MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Buchnera aphidicola str. LL01 (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 300

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017255	ATATTA	2	12	2722	2733	50 %	50 %	0 %	0 %	384226876
2	NC_017255	TTTTAT	2	12	3044	3055	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226876
3	NC_017255	GGAATT	2	12	3222	3233	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384226877
4	NC_017255	AAAACA	2	12	5827	5838	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384226880
5	NC_017255	CATCAG	2	12	9827	9838	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384226884
6	NC_017255	ACTGAA	2	12	11116	11127	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384226884
7	NC_017255	TAAAAA	2	12	11536	11547	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226885
8	NC_017255	GCCATT	2	12	12729	12740	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384226886
9	NC_017255	TGAACG	2	12	12758	12769	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384226886
10	NC_017255	TGAATA	2	12	15554	15565	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226889
11	NC_017255	ATTAAT	2	12	17193	17204	50 %	50 %	0 %	0 %	384226890
12	NC_017255	ATAAAA	2	12	25693	25704	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226898
13	NC_017255	AATGAT	2	12	30158	30169	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226900
14	NC_017255	AGAAAA	2	12	32968	32979	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226901
15	NC_017255	TTTTTG	2	12	34933	34944	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384226902
16	NC_017255	ACATAT	2	12	40973	40984	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384226906
17	NC_017255	CTACTG	2	12	42539	42550	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384226906
18	NC_017255	ATTTCG	2	12	44897	44908	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384226907
19	NC_017255	AGAAAC	2	12	47319	47330	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384226911
20	NC_017255	TCATTT	2	12	47582	47593	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384226911
21	NC_017255	TATAGA	2	12	48122	48133	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226912
22	NC_017255	GTTTTT	2	12	49184	49195	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384226913
23	NC_017255	CAATTT	2	12	51395	51406	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384226915
24	NC_017255	ATCTTT	2	12	55554	55565	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384226919
25	NC_017255	ATTTTT	2	12	60081	60092	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226923
26	NC_017255	ATCTGT	2	12	60570	60581	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384226923
27	NC_017255	TTCAAA	2	12	65479	65490	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384226928
28	NC_017255	TAAAGA	2	12	66348	66359	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384226929
29	NC_017255	TAATTT	2	12	67317	67328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226929
30	NC_017255	ATTTCC	2	12	72117	72128	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384226934
31	NC_017255	TTAAAA	2	12	72920	72931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384226935
32	NC_017255	TACTAT	2	12	73573	73584	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384226935
33	NC_017255	AAATCA	2	12	75192	75203	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384226936
34	NC_017255	GATATG	2	12	75355	75366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384226936
35	NC_017255	ATAGAA	2	12	76604	76615	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384226938
36	NC_017255	TGATTT	2	12	76697	76708	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384226938
37	NC_017255	GAAAAA	2	12	79489	79500	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226940
38	NC_017255	TATTGA	2	12	81468	81479	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384226942
39	NC_017255	TAATAT	2	12	82656	82667	50 %	50 %	0 %	0 %	384226945
40	NC_017255	ATTTCT	2	12	83197	83208	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384226945
41	NC_017255	TTTTAA	2	12	83943	83954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226946
42	NC_017255	AATAAA	2	12	84552	84563	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226947
43	NC_017255	TAAAAA	2	12	85637	85648	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226948
44	NC_017255	ATGTTA	2	12	86914	86925	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384226950
45	NC_017255	ATTTTT	2	12	87304	87315	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226951
46	NC_017255	TAAAAT	2	12	87733	87744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384226953
47	NC_017255	TTTTTC	2	12	90948	90959	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384226954
48	NC_017255	TGAAAA	2	12	92414	92425	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384226955
49	NC_017255	AACATT	2	12	99137	99148	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384226960
50	NC_017255	TTATTT	2	12	102077	102088	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226963
51	NC_017255	CATGGT	2	12	103690	103701	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384226965
52	NC_017255	ATAGTA	2	12	108557	108568	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226970
53	NC_017255	TTGATG	2	12	109893	109904	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384226972
54	NC_017255	ATTTAT	2	12	114285	114296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226976
55	NC_017255	TAAAAA	2	12	121888	121899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226985
56	NC_017255	TGTTCT	2	12	122916	122927	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384226986
57	NC_017255	ATTTTA	2	12	124337	124348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226988
58	NC_017255	TTTTTC	2	12	125434	125445	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384226988
59	NC_017255	AAAGAA	2	12	126201	126212	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226989
60	NC_017255	TTTTTA	2	12	126924	126935	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226989
61	NC_017255	TCTTTT	2	12	127406	127417	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384226990
62	NC_017255	AATGAT	2	12	132927	132938	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226994
63	NC_017255	TTAAAT	2	12	133841	133852	50 %	50 %	0 %	0 %	384226997
64	NC_017255	TGAATA	2	12	135885	135896	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226998
65	NC_017255	ATTTTC	2	12	138477	138488	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384227000
66	NC_017255	TAAAAA	2	12	139221	139232	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384227001
67	NC_017255	ATTCAT	2	12	139889	139900	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384227002
68	NC_017255	TTAAAT	2	12	142334	142345	50 %	50 %	0 %	0 %	384227003
69	NC_017255	CTTTTT	2	12	143979	143990	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384227004
70	NC_017255	TAAAGT	2	12	144986	144997	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384227005
71	NC_017255	CATCAA	2	12	150673	150684	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384227011
72	NC_017255	CTAAAT	2	12	153659	153670	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384227012
73	NC_017255	GAATAA	2	12	156608	156619	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384227015
74	NC_017255	GAATTT	2	12	161706	161717	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384227018
75	NC_017255	TTTCCT	2	12	163590	163601	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384227019
76	NC_017255	TTATTT	2	12	172209	172220	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227026
77	NC_017255	TTTTTA	2	12	174586	174597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227030
78	NC_017255	ATTTTA	2	12	176834	176845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227031
79	NC_017255	TTTAAT	2	12	177453	177464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227031
80	NC_017255	CTGGAA	2	12	177677	177688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384227031
81	NC_017255	AAAGAT	2	12	181574	181585	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384227034
82	NC_017255	ATATAA	2	12	181823	181834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227034
83	NC_017255	ATTTTT	2	12	181975	181986	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227035
84	NC_017255	AAAAAT	2	12	182130	182141	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384227035
85	NC_017255	AGTGAA	2	12	185018	185029	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384227038
86	NC_017255	ATAGAA	2	12	185478	185489	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384227038
87	NC_017255	AAAAGA	2	12	185862	185873	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384227039
88	NC_017255	GTCTTT	2	12	185880	185891	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384227039
89	NC_017255	GCTTTA	2	12	186016	186027	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384227039
90	NC_017255	AAATTC	2	12	187401	187412	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384227040
91	NC_017255	TTTATT	2	12	188461	188472	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227042
92	NC_017255	ATTTTT	2	12	194351	194362	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227045
93	NC_017255	TTAATT	2	12	195954	195965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227046
94	NC_017255	ATTAAT	2	12	196904	196915	50 %	50 %	0 %	0 %	384227046
95	NC_017255	TTTTCC	2	12	197360	197371	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384227046
96	NC_017255	TGACAA	2	12	199032	199043	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384227047
97	NC_017255	GTTTTA	2	12	201018	201029	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384227050
98	NC_017255	TTTTCT	2	12	201771	201782	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384227051
99	NC_017255	ATAGAA	2	12	204771	204782	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384227055
100	NC_017255	ATTGGT	2	12	205679	205690	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384227056
101	NC_017255	AGATAT	2	12	206231	206242	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384227057
102	NC_017255	CATTCG	2	12	207483	207494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384227058
103	NC_017255	ATTTTT	2	12	208049	208060	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227058
104	NC_017255	CCTAAT	2	12	208247	208258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384227058
105	NC_017255	TTTTAA	2	12	209552	209563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227060
106	NC_017255	TTGTTT	2	12	210254	210265	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384227060
107	NC_017255	CCTATT	2	12	210300	210311	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384227060
108	NC_017255	TTTATA	2	12	212517	212528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384227061
109	NC_017255	ATTAAT	2	12	214192	214203	50 %	50 %	0 %	0 %	384227063
110	NC_017255	CTAATC	2	12	217202	217213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384227066
111	NC_017255	TTTTAT	2	12	217238	217249	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227066
112	NC_017255	GAAAAA	2	12	220091	220102	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384227067
113	NC_017255	TTTTAT	2	12	221902	221913	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227069
114	NC_017255	TGGAAA	2	12	224655	224666	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384227071
115	NC_017255	AGAATT	2	12	227037	227048	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384227072
116	NC_017255	TTATCT	2	12	227626	227637	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384227072
117	NC_017255	GATATT	2	12	228011	228022	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384227073
118	NC_017255	AGAAAA	2	12	229225	229236	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384227074
119	NC_017255	GTATTT	2	12	230288	230299	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384227076
120	NC_017255	TCCAGT	2	12	233481	233492	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384227078
121	NC_017255	AGCTCC	2	12	233598	233609	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384227078
122	NC_017255	ATTTTT	2	12	237637	237648	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227080
123	NC_017255	TAATAC	2	12	239667	239678	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384227082
124	NC_017255	ATTTTT	2	12	240213	240224	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384227083
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133	NC_017255	TAAATA	2	12	263775	263786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384227103
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151	NC_017255	AAATTT	2	12	306178	306189	50 %	50 %	0 %	0 %	384227140
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.