MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Buchnera aphidicola str. JF98 (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017254	ATATTA	2	12	2721	2732	50 %	50 %	0 %	0 %	384226398
2	NC_017254	TTTTAT	2	12	3043	3054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226398
3	NC_017254	GGAATT	2	12	3221	3232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384226399
4	NC_017254	AAAACA	2	12	5826	5837	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384226402
5	NC_017254	CATCAG	2	12	9826	9837	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384226406
6	NC_017254	ACTGAA	2	12	11115	11126	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384226406
7	NC_017254	TAAAAA	2	12	11534	11545	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226407
8	NC_017254	GCCATT	2	12	12727	12738	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384226408
9	NC_017254	TGAACG	2	12	12756	12767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384226408
10	NC_017254	ATTAAT	2	12	17190	17201	50 %	50 %	0 %	0 %	384226411
11	NC_017254	AATGAT	2	12	30153	30164	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226420
12	NC_017254	AGAAAA	2	12	32963	32974	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226421
13	NC_017254	TTTTTG	2	12	34928	34939	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384226422
14	NC_017254	ATTTCG	2	12	44893	44904	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384226425
15	NC_017254	TATAGA	2	12	48119	48130	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226429
16	NC_017254	CAATTT	2	12	51392	51403	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384226431
17	NC_017254	ATCTTT	2	12	55552	55563	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384226434
18	NC_017254	ATTTCC	2	12	72118	72129	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384226444
19	NC_017254	ATAGAA	2	12	76609	76620	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384226446
20	NC_017254	TGATTT	2	12	76702	76713	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384226446
21	NC_017254	GAAAAA	2	12	79495	79506	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226448
22	NC_017254	TATTGA	2	12	81474	81485	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384226450
23	NC_017254	TAATAT	2	12	82662	82673	50 %	50 %	0 %	0 %	384226453
24	NC_017254	ATTTCT	2	12	83203	83214	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384226453
25	NC_017254	TTTTAA	2	12	83952	83963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226454
26	NC_017254	AATAAA	2	12	84561	84572	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226455
27	NC_017254	TAAAAA	2	12	85646	85657	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226456
28	NC_017254	ATTTTT	2	12	87309	87320	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226458
29	NC_017254	TAAAAT	2	12	87738	87749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384226460
30	NC_017254	TGAAAA	2	12	92424	92435	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384226462
31	NC_017254	AACATT	2	12	99148	99159	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384226467
32	NC_017254	CATGGT	2	12	103704	103715	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384226471
33	NC_017254	ATAGTA	2	12	108572	108583	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226475
34	NC_017254	TTGATG	2	12	109908	109919	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384226477
35	NC_017254	ATTTAT	2	12	114301	114312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226479
36	NC_017254	TAAAAA	2	12	121908	121919	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226486
37	NC_017254	TGTTCT	2	12	122936	122947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384226487
38	NC_017254	TCTTTT	2	12	127426	127437	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384226489
39	NC_017254	AATGAT	2	12	132948	132959	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226492
40	NC_017254	TGAATA	2	12	135905	135916	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226495
41	NC_017254	TAAAAA	2	12	139239	139250	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226497
42	NC_017254	ATTCAT	2	12	139907	139918	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384226498
43	NC_017254	TTTTTA	2	12	140378	140389	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226499
44	NC_017254	ATAAAA	2	12	141397	141408	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384226499
45	NC_017254	TTTTAT	2	12	141708	141719	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226499
46	NC_017254	CTTTTT	2	12	144000	144011	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384226500
47	NC_017254	TAAAGT	2	12	145007	145018	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226501
48	NC_017254	ATTAGA	2	12	155464	155475	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226507
49	NC_017254	GAATAA	2	12	156628	156639	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384226508
50	NC_017254	TTTCCT	2	12	163611	163622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384226511
51	NC_017254	TTATTT	2	12	172232	172243	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226516
52	NC_017254	TTTTTA	2	12	174609	174620	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226520
53	NC_017254	AAAAGA	2	12	185881	185892	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226524
54	NC_017254	GTCTTT	2	12	185899	185910	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384226524
55	NC_017254	GCTTTA	2	12	186035	186046	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384226524
56	NC_017254	AAATTC	2	12	187421	187432	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384226525
57	NC_017254	TTTATT	2	12	188481	188492	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226527
58	NC_017254	TGACAA	2	12	199055	199066	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384226530
59	NC_017254	GTTTTA	2	12	201039	201050	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384226534
60	NC_017254	TTTTCT	2	12	201792	201803	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384226535
61	NC_017254	ATAGAA	2	12	204794	204805	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384226539
62	NC_017254	ATTGGT	2	12	205701	205712	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384226540
63	NC_017254	AGATAT	2	12	206253	206264	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226541
64	NC_017254	CATTCG	2	12	207505	207516	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384226542
65	NC_017254	ATTTTT	2	12	208071	208082	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226542
66	NC_017254	CCTAAT	2	12	208269	208280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384226542
67	NC_017254	TTTATA	2	12	212541	212552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226543
68	NC_017254	ATTAAT	2	12	214216	214227	50 %	50 %	0 %	0 %	384226545
69	NC_017254	CTAATC	2	12	217226	217237	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384226548
70	NC_017254	TTTTAT	2	12	217262	217273	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226548
71	NC_017254	GAAAAA	2	12	220115	220126	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226549
72	NC_017254	TTTTAT	2	12	221928	221939	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226550
73	NC_017254	AGAATT	2	12	227064	227075	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226552
74	NC_017254	TTATCT	2	12	227653	227664	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384226552
75	NC_017254	GATATT	2	12	228038	228049	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384226553
76	NC_017254	AGAAAA	2	12	229252	229263	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226554
77	NC_017254	TCCAGT	2	12	233510	233521	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384226557
78	NC_017254	AGCTCC	2	12	233627	233638	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384226557
79	NC_017254	ATTTTT	2	12	237667	237678	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226560
80	NC_017254	ATTTTT	2	12	240243	240254	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226562
81	NC_017254	CAAAAA	2	12	241533	241544	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384226563
82	NC_017254	AAATAT	2	12	242136	242147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384226563
83	NC_017254	TATAAA	2	12	251886	251897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384226567
84	NC_017254	TAAATA	2	12	263806	263817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384226574
85	NC_017254	TTTTCT	2	12	270215	270226	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384226576
86	NC_017254	AAAAGA	2	12	270412	270423	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226576
87	NC_017254	AATCTT	2	12	277015	277026	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384226577
88	NC_017254	AAAGAA	2	12	279651	279662	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384226581
89	NC_017254	CCTATA	2	12	282911	282922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384226587
90	NC_017254	ACGAGA	2	12	285942	285953	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384226591
91	NC_017254	ATATAG	2	12	291341	291352	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226594
92	NC_017254	GGATTT	2	12	292755	292766	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384226596
93	NC_017254	AGATTT	2	12	293243	293254	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384226596
94	NC_017254	AAATCA	2	12	293580	293591	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384226596
95	NC_017254	TTGAAA	2	12	299701	299712	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226601
96	NC_017254	TTTTTG	2	12	304911	304922	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384226604
97	NC_017254	AATTTT	2	12	305601	305612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226605
98	NC_017254	TCTATA	2	12	305715	305726	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384226605
99	NC_017254	AAATTT	2	12	306225	306236	50 %	50 %	0 %	0 %	384226605
100	NC_017254	TAGAAT	2	12	308186	308197	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384226607
101	NC_017254	TTATTT	2	12	308460	308471	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226607
102	NC_017254	GATAAG	2	12	313900	313911	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384226610
103	NC_017254	TATGGG	2	12	314839	314850	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384226611
104	NC_017254	TGGTTT	2	12	314911	314922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384226611
105	NC_017254	ATCCAA	2	12	318572	318583	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384226613
106	NC_017254	ATTTTT	2	12	319292	319303	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226614
107	NC_017254	TATTTT	2	12	319317	319328	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384226614
108	NC_017254	TCTTTT	2	12	321026	321037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384226615
109	NC_017254	GTAAAG	2	12	322313	322324	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384226616
110	NC_017254	TGCTAA	2	12	322380	322391	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384226616
111	NC_017254	TATTAA	2	12	325247	325258	50 %	50 %	0 %	0 %	384226618
112	NC_017254	ATCAGG	2	12	328006	328017	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384226620
113	NC_017254	GTTGCT	2	12	328337	328348	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384226620
114	NC_017254	ATTAAA	2	12	332140	332151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384226623
115	NC_017254	ATCCTA	2	12	333291	333302	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384226623
116	NC_017254	ACAATG	2	12	337913	337924	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384226626
117	NC_017254	CAGATT	2	12	343857	343868	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384226630
118	NC_017254	GAAATA	2	12	350668	350679	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384226634
119	NC_017254	ATGATT	2	12	353030	353041	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384226636
120	NC_017254	GAAGCA	2	12	358630	358641	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384226639
121	NC_017254	GGTTTT	2	12	359509	359520	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384226640
122	NC_017254	ATTCAT	2	12	361449	361460	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384226642
123	NC_017254	TTTCTA	2	12	366783	366794	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384226647
124	NC_017254	ATTTTG	2	12	370626	370637	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384226652
125	NC_017254	ATTTTA	2	12	371635	371646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384226654
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127	NC_017254	ATACTA	2	12	374912	374923	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384226658
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.