MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Buchnera aphidicola str. JF99 (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 399

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017253	AAAATT	2	12	2139	2150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017253	ATATTA	2	12	2721	2732	50 %	50 %	0 %	0 %	414562368
3	NC_017253	TTTTAT	2	12	3043	3054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562368
4	NC_017253	GGAATT	2	12	3221	3232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414562369
5	NC_017253	AAAACA	2	12	5826	5837	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	414562372
6	NC_017253	CATCAG	2	12	9826	9837	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	414562376
7	NC_017253	ACTGAA	2	12	11115	11126	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	414562376
8	NC_017253	TAAAAA	2	12	11534	11545	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562377
9	NC_017253	GCCATT	2	12	12727	12738	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	414562378
10	NC_017253	TGAACG	2	12	12756	12767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	414562378
11	NC_017253	TGAATA	2	12	15552	15563	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562382
12	NC_017253	ATTAAT	2	12	17191	17202	50 %	50 %	0 %	0 %	414562383
13	NC_017253	ATATTT	2	12	18168	18179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017253	TAAAAA	2	12	24806	24817	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017253	ATAAAA	2	12	25689	25700	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562391
16	NC_017253	AATATA	2	12	27815	27826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017253	AATGAT	2	12	30154	30165	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562393
18	NC_017253	AGAAAA	2	12	32949	32960	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562394
19	NC_017253	TTTTTG	2	12	34914	34925	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	414562395
20	NC_017253	ACATAT	2	12	40954	40965	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562399
21	NC_017253	CTACTG	2	12	42520	42531	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	414562399
22	NC_017253	ATTTCG	2	12	44878	44889	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	414562400
23	NC_017253	AGAAAC	2	12	47300	47311	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	414562404
24	NC_017253	TCATTT	2	12	47563	47574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	414562404
25	NC_017253	TATAGA	2	12	48103	48114	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562405
26	NC_017253	GTTTTT	2	12	49165	49176	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	414562406
27	NC_017253	ATACAT	2	12	50095	50106	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562406
28	NC_017253	CAATTT	2	12	51376	51387	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	414562408
29	NC_017253	ATCTTT	2	12	55535	55546	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	414562412
30	NC_017253	ATTTTT	2	12	60062	60073	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562416
31	NC_017253	ATCTGT	2	12	60551	60562	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	414562416
32	NC_017253	TTCAAA	2	12	65460	65471	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562421
33	NC_017253	TAAAGA	2	12	66329	66340	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562422
34	NC_017253	TAATTT	2	12	67298	67309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562422
35	NC_017253	ATTTCC	2	12	72098	72109	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	414562427
36	NC_017253	TTAAAA	2	12	72901	72912	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562428
37	NC_017253	TACTAT	2	12	73554	73565	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	414562428
38	NC_017253	AAATCA	2	12	75189	75200	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	414562429
39	NC_017253	GATATG	2	12	75352	75363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414562429
40	NC_017253	ATAGAA	2	12	76601	76612	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562431
41	NC_017253	TGATTT	2	12	76694	76705	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	414562431
42	NC_017253	ATTAAA	2	12	76935	76946	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017253	AATTAA	2	12	76983	76994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017253	GAAAAA	2	12	79486	79497	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562433
45	NC_017253	TATTGA	2	12	81465	81476	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	414562435
46	NC_017253	TAATAT	2	12	82653	82664	50 %	50 %	0 %	0 %	414562438
47	NC_017253	ATTTCT	2	12	83194	83205	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	414562438
48	NC_017253	TTTTAA	2	12	83944	83955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017253	AATAAA	2	12	84554	84565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562439
50	NC_017253	TAAAAA	2	12	85639	85650	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562440
51	NC_017253	ATGTTA	2	12	86916	86927	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	414562442
52	NC_017253	ATTTTT	2	12	87306	87317	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562443
53	NC_017253	ATTTTT	2	12	87630	87641	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017253	TAAAAT	2	12	87735	87746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562445
55	NC_017253	TTTATA	2	12	87882	87893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017253	ATTTTA	2	12	89389	89400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562446
57	NC_017253	AAAATT	2	12	90089	90100	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562446
58	NC_017253	TTTTTC	2	12	90951	90962	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562447
59	NC_017253	TGAAAA	2	12	92417	92428	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562448
60	NC_017253	AAAAAT	2	12	98915	98926	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017253	AACATT	2	12	99140	99151	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562454
62	NC_017253	TTATTT	2	12	102081	102092	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562457
63	NC_017253	CATGGT	2	12	103694	103705	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	414562459
64	NC_017253	ATAGTA	2	12	108560	108571	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562463
65	NC_017253	TTGATG	2	12	109896	109907	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	414562465
66	NC_017253	TAAAAA	2	12	111437	111448	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017253	ATTTAT	2	12	114288	114299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562469
68	NC_017253	TAAAAA	2	12	121892	121903	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562478
69	NC_017253	TGTTCT	2	12	122920	122931	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	414562479
70	NC_017253	ATTTTA	2	12	124341	124352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562481
71	NC_017253	TTTTTC	2	12	125438	125449	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562481
72	NC_017253	AAAGAA	2	12	126205	126216	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562482
73	NC_017253	TTTTTA	2	12	126928	126939	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562482
74	NC_017253	TCTTTT	2	12	127410	127421	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562483
75	NC_017253	TAAAAA	2	12	127650	127661	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017253	AATGAT	2	12	132931	132942	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562487
77	NC_017253	TTAAAT	2	12	133845	133856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017253	TGAATA	2	12	135888	135899	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562490
79	NC_017253	ATTTTC	2	12	138478	138489	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017253	TAAAAA	2	12	139221	139232	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562493
81	NC_017253	ATTCAT	2	12	139889	139900	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	414562494
82	NC_017253	TTTTTA	2	12	140361	140372	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562495
83	NC_017253	ATAAAA	2	12	141380	141391	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562495
84	NC_017253	TTTTAT	2	12	141691	141702	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562495
85	NC_017253	TTAAAT	2	12	142336	142347	50 %	50 %	0 %	0 %	414562496
86	NC_017253	TTTATT	2	12	143709	143720	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017253	AAATAA	2	12	143785	143796	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017253	CTTTTT	2	12	143981	143992	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562497
89	NC_017253	TAAAGT	2	12	144988	144999	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562498
90	NC_017253	CATCAA	2	12	150675	150686	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	414562504
91	NC_017253	CTAAAT	2	12	153661	153672	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562505
92	NC_017253	ATTAGA	2	12	155443	155454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562507
93	NC_017253	ATTTAA	2	12	158847	158858	50 %	50 %	0 %	0 %	414562509
94	NC_017253	GAATTT	2	12	161706	161717	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	414562512
95	NC_017253	TTTCCT	2	12	163590	163601	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414562513
96	NC_017253	TTATTT	2	12	172209	172220	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562520
97	NC_017253	TTTTTA	2	12	174586	174597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562524
98	NC_017253	ATTTTA	2	12	176834	176845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562525
99	NC_017253	TTTAAT	2	12	177453	177464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562525
100	NC_017253	CTGGAA	2	12	177677	177688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	414562525
101	NC_017253	ATATTT	2	12	180413	180424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017253	AAAGAT	2	12	181574	181585	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562527
103	NC_017253	ATATAA	2	12	181823	181834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562527
104	NC_017253	ATTTTT	2	12	181975	181986	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562528
105	NC_017253	AAAAAT	2	12	182131	182142	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562529
106	NC_017253	TTTTTA	2	12	182214	182225	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562529
107	NC_017253	AGTGAA	2	12	185019	185030	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	414562532
108	NC_017253	ATAGAA	2	12	185479	185490	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562532
109	NC_017253	AAAAGA	2	12	185863	185874	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562533
110	NC_017253	GTCTTT	2	12	185881	185892	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	414562533
111	NC_017253	GCTTTA	2	12	186017	186028	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	414562533
112	NC_017253	AACAAA	2	12	186529	186540	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017253	ATTACT	2	12	186622	186633	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017253	AAATTC	2	12	187403	187414	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562534
115	NC_017253	TTTATT	2	12	188463	188474	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562536
116	NC_017253	AAACAA	2	12	190198	190209	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017253	ATTAAA	2	12	190523	190534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017253	TCTATT	2	12	190575	190586	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017253	AACTTT	2	12	190632	190643	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017253	ATTAAT	2	12	191269	191280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017253	ATTTTT	2	12	193214	193225	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017253	ATTTTT	2	12	194357	194368	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562539
123	NC_017253	TTAATT	2	12	195960	195971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562540
124	NC_017253	ATTAAT	2	12	196910	196921	50 %	50 %	0 %	0 %	414562540
125	NC_017253	TTTTCC	2	12	197366	197377	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414562540
126	NC_017253	TGACAA	2	12	199042	199053	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017253	GTTTTA	2	12	201028	201039	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	414562543
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232	NC_017253	ATACTA	2	12	374960	374971	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562700
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237	NC_017253	AAAATT	2	12	381389	381400	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
238	NC_017253	AAAGAT	2	12	381729	381740	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
239	NC_017253	ATGTAT	2	12	387030	387041	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	414562712
240	NC_017253	TTATAA	2	12	388439	388450	50 %	50 %	0 %	0 %	414562713
241	NC_017253	AGGAAA	2	12	389288	389299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414562714
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243	NC_017253	TAAAGA	2	12	395981	395992	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562720
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363	NC_017253	AACCAA	2	12	588553	588564	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414562900
364	NC_017253	TAAATA	2	12	589705	589716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562901
365	NC_017253	TCATAA	2	12	592441	592452	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562904
366	NC_017253	TTACTT	2	12	596622	596633	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	414562913
367	NC_017253	ATATTT	2	12	597319	597330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562913
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391	NC_017253	AATATT	2	12	631108	631119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
392	NC_017253	TTTTTA	2	12	631166	631177	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562947
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394	NC_017253	TTAAAT	2	12	637921	637932	50 %	50 %	0 %	0 %	414562952
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398	NC_017253	CTGTGC	2	12	640598	640609	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414562954
399	NC_017253	GTATTT	2	12	641134	641145	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	414562955

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.