MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Brucella suis 1330 chromosome I

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017251	CATGC	2	10	26938	26947	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_017251	CATGC	2	10	28353	28362	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017251	CGAAA	2	10	28551	28560	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017251	CGGAG	2	10	31529	31538	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017251	CCGTG	2	10	40683	40692	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017251	TAAAG	2	10	50828	50837	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017251	TGAAA	2	10	51945	51954	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017251	CGGAG	2	10	72788	72797	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017251	AAATA	2	10	78919	78928	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017251	AAGGC	2	10	83554	83563	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017251	TCTGG	2	10	83699	83708	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017251	TCGAT	2	10	89253	89262	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017251	TTCCA	2	10	95528	95537	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_017251	CGGTT	2	10	95900	95909	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017251	GAACC	2	10	95952	95961	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017251	GCACC	2	10	106836	106845	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_017251	TTTGT	2	10	107329	107338	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017251	GCCGC	2	10	114545	114554	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
19	NC_017251	ATGGA	2	10	122877	122886	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017251	CCGCC	2	10	145066	145075	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
21	NC_017251	GCACG	2	10	146976	146985	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017251	CGAAC	2	10	147272	147281	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017251	GCTTC	2	10	147320	147329	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017251	CGAAG	2	10	147457	147466	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017251	CAATG	2	10	148697	148706	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017251	CGCGC	2	10	148711	148720	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
27	NC_017251	ACAGC	2	10	162478	162487	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017251	CGGAG	2	10	165813	165822	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017251	ACAAA	2	10	165880	165889	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017251	CTGCC	2	10	170444	170453	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_017251	TGAAA	2	10	171816	171825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017251	CGTGT	2	10	172713	172722	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017251	TTTTA	2	10	174520	174529	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017251	AAAGC	2	10	196420	196429	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017251	TTTCG	2	10	217059	217068	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017251	CTTGG	2	10	228087	228096	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017251	GGCAG	2	10	233465	233474	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017251	GCAAC	2	10	269122	269131	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017251	GGGGC	2	10	269659	269668	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017251	ATTCT	2	10	288935	288944	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017251	TGGCT	2	10	305581	305590	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017251	AAAAG	2	10	311554	311563	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017251	GTTTC	2	10	321475	321484	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017251	CAGCT	2	10	327085	327094	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017251	TCTTT	2	10	330906	330915	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017251	CGTGG	2	10	347335	347344	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017251	CCAAG	2	10	349416	349425	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017251	GCGCA	2	10	350351	350360	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017251	GCCTG	2	10	386273	386282	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017251	ACGCG	2	10	386287	386296	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017251	CCGGC	2	10	386307	386316	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
52	NC_017251	CGAAA	2	10	403986	403995	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017251	CCGGG	2	10	405080	405089	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017251	ACAAA	2	10	405291	405300	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017251	AGCGA	2	10	408380	408389	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017251	GAAAA	2	10	413315	413324	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017251	CAGGC	2	10	418350	418359	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017251	CGTCA	2	10	418508	418517	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017251	TACGA	3	15	418865	418879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017251	AGGCT	2	10	422056	422065	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017251	GGGTT	2	10	427862	427871	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017251	AATGT	2	10	427939	427948	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017251	AAAAG	2	10	432513	432522	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017251	ACCGC	2	10	433643	433652	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_017251	GTTTT	2	10	433664	433673	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017251	AACGC	2	10	451505	451514	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017251	CGGCA	2	10	468597	468606	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017251	AGGGC	2	10	475927	475936	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017251	TGCCG	2	10	475988	475997	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017251	CGGAA	2	10	484484	484493	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017251	TTTTA	2	10	485197	485206	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017251	AAATT	2	10	487164	487173	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017251	ATGAA	2	10	487185	487194	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017251	ACAGG	2	10	494338	494347	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017251	CCGCA	2	10	516369	516378	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_017251	TGCCA	2	10	522001	522010	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017251	TGCAT	2	10	527612	527621	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017251	AGTTT	2	10	546730	546739	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017251	ATAGT	2	10	546857	546866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017251	TTTGC	2	10	560978	560987	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017251	AAAGA	2	10	561001	561010	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017251	ACTGA	2	10	565403	565412	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017251	TGGGC	2	10	569803	569812	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017251	CGGGC	2	10	589188	589197	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017251	CGGGC	2	10	590704	590713	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017251	AGGCG	2	10	590784	590793	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017251	GGGCA	2	10	590905	590914	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017251	TGCCA	2	10	591298	591307	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017251	TTGGA	2	10	591731	591740	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017251	TAAAA	2	10	618289	618298	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017251	GAACG	2	10	625047	625056	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017251	ACCGG	2	10	626771	626780	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017251	TTTGC	2	10	629330	629339	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017251	CCGAT	2	10	689672	689681	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017251	ACAAA	2	10	695232	695241	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017251	AAGAT	2	10	702525	702534	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017251	CAAAG	2	10	703095	703104	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017251	TCTTT	2	10	705837	705846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017251	ACATT	2	10	717201	717210	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017251	CATGC	2	10	732290	732299	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017251	ACAAA	2	10	743661	743670	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017251	CAAGA	2	10	743689	743698	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017251	TTTGT	2	10	761289	761298	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017251	GAAAA	2	10	763044	763053	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017251	ACAAA	2	10	763176	763185	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017251	CTTGT	2	10	768456	768465	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017251	CTTGA	2	10	772769	772778	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017251	ATGCC	2	10	779127	779136	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017251	ATTGG	2	10	788113	788122	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017251	GTAAA	2	10	809014	809023	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017251	TGAAG	2	10	819915	819924	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017251	AGCGA	2	10	822555	822564	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017251	GGCAG	2	10	830854	830863	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017251	GCGCG	2	10	830904	830913	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017251	ATCAG	2	10	835871	835880	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017251	GATGA	2	10	836099	836108	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017251	GAGCT	2	10	843325	843334	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017251	GGGCA	2	10	845100	845109	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017251	GACAG	2	10	847941	847950	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017251	TGCGA	2	10	892961	892970	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017251	GACAG	2	10	911812	911821	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017251	GGTGC	2	10	918514	918523	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017251	ATGCG	2	10	922603	922612	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017251	CGGGG	2	10	922690	922699	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017251	CCAAC	2	10	923140	923149	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
126	NC_017251	CATCT	2	10	927771	927780	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017251	TTGCC	2	10	929210	929219	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017251	GCAGG	2	10	936990	936999	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017251	TTCCT	2	10	943769	943778	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017251	CGCTG	2	10	943804	943813	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017251	TGCGA	2	10	945193	945202	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017251	TTGCG	2	10	980410	980419	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017251	TGCAG	2	10	980430	980439	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017251	AAATA	2	10	985803	985812	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017251	ATGAA	2	10	995629	995638	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017251	ACAAA	2	10	997493	997502	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017251	TCGGT	2	10	1009843	1009852	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017251	TTTTA	2	10	1015739	1015748	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017251	CGTGG	2	10	1016406	1016415	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017251	AGGGC	2	10	1022626	1022635	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017251	AAAAG	2	10	1026980	1026989	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017251	AAAAT	2	10	1027163	1027172	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017251	ACGAA	2	10	1046898	1046907	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017251	CTCAT	2	10	1050228	1050237	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017251	AAGAA	2	10	1050419	1050428	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017251	GCGTT	2	10	1053716	1053725	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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153	NC_017251	AAAAG	2	10	1113915	1113924	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_017251	TTTGT	2	10	1128766	1128775	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_017251	TTTGT	2	10	1225381	1225390	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_017251	TTCGG	2	10	1407757	1407766	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
184	NC_017251	CTTTC	2	10	1413787	1413796	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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187	NC_017251	ATAAA	2	10	1426314	1426323	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_017251	GCTTC	2	10	1431735	1431744	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
190	NC_017251	AATGA	2	10	1439468	1439477	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017251	TCCTT	2	10	1459340	1459349	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
192	NC_017251	TTGCC	2	10	1459394	1459403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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194	NC_017251	GCGCA	2	10	1464595	1464604	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
195	NC_017251	CGGGG	2	10	1468101	1468110	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
196	NC_017251	ACCGA	2	10	1470114	1470123	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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202	NC_017251	CTTGT	2	10	1501760	1501769	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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263	NC_017251	GGTCA	2	10	1897543	1897552	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
264	NC_017251	GCCCG	2	10	1897626	1897635	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
265	NC_017251	CGGGT	2	10	1899317	1899326	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
266	NC_017251	CGGAG	2	10	1900764	1900773	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
267	NC_017251	CCATG	2	10	1909259	1909268	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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269	NC_017251	CGCAA	2	10	1920478	1920487	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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271	NC_017251	CCCGA	2	10	1941251	1941260	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
272	NC_017251	ACAAA	2	10	1945767	1945776	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
273	NC_017251	GGAAG	2	10	1991997	1992006	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
274	NC_017251	TTTAA	2	10	1994070	1994079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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277	NC_017251	TTTGT	2	10	2053611	2053620	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
278	NC_017251	GTTTG	2	10	2071572	2071581	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
279	NC_017251	GAACA	2	10	2079978	2079987	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
280	NC_017251	ACAAA	2	10	2085373	2085382	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
281	NC_017251	CCTGT	2	10	2086207	2086216	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
282	NC_017251	TGTGC	2	10	2089348	2089357	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
283	NC_017251	CCCGG	2	10	2090966	2090975	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
284	NC_017251	ACCCG	2	10	2091354	2091363	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
285	NC_017251	CGGAT	2	10	2091379	2091388	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
286	NC_017251	GGCTT	2	10	2101939	2101948	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
287	NC_017251	GGATG	2	10	2107022	2107031	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.