MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bradyrhizobium japonicum USDA 6

Total Repeats: 1443

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017249	CCCGC	2	10	9849	9858	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
2	NC_017249	CTCGT	2	10	10079	10088	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017249	GCTGG	2	10	11215	11224	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017249	GATCG	2	10	11607	11616	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017249	CGTCA	2	10	14579	14588	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017249	GCAAC	2	10	23539	23548	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017249	GAGCG	2	10	27667	27676	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017249	GCGCG	2	10	29756	29765	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017249	GCGCG	2	10	36334	36343	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017249	GGCCG	2	10	41025	41034	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017249	AGACC	2	10	47189	47198	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_017249	ATCGC	2	10	47614	47623	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017249	ATCTG	2	10	48067	48076	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017249	GAGAA	2	10	49686	49695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017249	ATGAA	2	10	50426	50435	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017249	CGCAG	2	10	54009	54018	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017249	AGCGC	2	10	57521	57530	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017249	CTTGA	2	10	59144	59153	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017249	GTTGA	2	10	60187	60196	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017249	GACCG	2	10	68119	68128	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017249	GCCGG	2	10	78521	78530	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017249	TTCCG	2	10	81346	81355	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017249	CGTGT	2	10	87722	87731	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017249	AAATG	2	10	96754	96763	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017249	CAGGG	2	10	103799	103808	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017249	CGCCT	2	10	105062	105071	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_017249	GAAGA	2	10	128967	128976	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017249	AGCAG	2	10	129215	129224	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017249	CGGGC	2	10	130112	130121	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017249	TCCCC	2	10	131134	131143	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
31	NC_017249	TCTGA	2	10	131568	131577	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017249	GCTTC	2	10	138313	138322	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017249	CCGGA	2	10	164124	164133	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017249	CAATC	2	10	165166	165175	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017249	GCCCC	2	10	165350	165359	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
36	NC_017249	GCCGC	2	10	165421	165430	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_017249	TTGCG	2	10	166040	166049	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017249	AGCCT	2	10	170498	170507	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017249	CCCTC	2	10	175364	175373	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
40	NC_017249	AAGCG	2	10	175949	175958	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017249	AGCGC	2	10	176140	176149	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_017249	GTGCA	2	10	186971	186980	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017249	CGCAG	2	10	212535	212544	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017249	CGCAT	2	10	213548	213557	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017249	CATGA	2	10	214458	214467	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017249	CGTTC	2	10	231530	231539	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017249	GCTGC	2	10	232660	232669	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017249	ATTGC	2	10	234572	234581	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017249	ATTTG	2	10	237748	237757	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017249	GTTGC	2	10	239250	239259	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017249	GCTTC	2	10	242734	242743	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017249	GCAAG	2	10	245723	245732	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017249	TTTTG	2	10	246993	247002	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017249	GCCGC	2	10	254377	254386	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
55	NC_017249	CAATC	2	10	261041	261050	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017249	AGGGA	2	10	263702	263711	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017249	TGGTA	2	10	270228	270237	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017249	TCCAC	2	10	277766	277775	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_017249	CTTCG	2	10	287551	287560	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017249	ACGGT	2	10	288079	288088	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017249	CGATC	2	10	292789	292798	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017249	CCCCA	2	10	295337	295346	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
63	NC_017249	GCCCC	2	10	297742	297751	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
64	NC_017249	GGATG	2	10	297846	297855	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017249	GGGGT	2	10	306802	306811	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017249	CCCTC	2	10	306896	306905	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_017249	TTTTC	2	10	314119	314128	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017249	GCCAG	2	10	316974	316983	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017249	CTTCG	2	10	321134	321143	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017249	TTCCG	2	10	331344	331353	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017249	CGATG	2	10	334553	334562	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017249	GCCCG	2	10	334747	334756	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_017249	CTGCG	2	10	336131	336140	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017249	GCTTC	2	10	337189	337198	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017249	AAGGG	2	10	340298	340307	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017249	AGCGC	2	10	345423	345432	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017249	CGCTT	2	10	347637	347646	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017249	AATCA	2	10	366422	366431	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017249	ATGTG	2	10	372199	372208	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017249	TTGGC	2	10	379116	379125	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017249	TGCCA	2	10	386048	386057	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017249	TTCCG	2	10	395906	395915	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017249	CGCAA	2	10	397015	397024	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_017249	TAACC	2	10	397034	397043	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017249	ACATC	2	10	405133	405142	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017249	TCATC	2	10	418128	418137	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017249	AGCGT	2	10	456840	456849	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017249	ACTCA	2	10	457404	457413	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017249	TTCGC	2	10	466876	466885	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017249	CCCCG	2	10	467753	467762	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
91	NC_017249	CGCTG	2	10	473074	473083	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017249	ATCGC	2	10	481246	481255	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017249	AGCGG	2	10	485919	485928	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017249	CGCTT	2	10	489590	489599	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017249	ATCGA	2	10	497032	497041	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017249	CCGGG	2	10	501634	501643	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017249	CACGA	2	10	511263	511272	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017249	GTAGC	2	10	516837	516846	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017249	TGCGT	2	10	524448	524457	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017249	GGTCC	2	10	529241	529250	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017249	TTCGA	2	10	534397	534406	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017249	CGCAG	2	10	539124	539133	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017249	GTCTT	2	10	539175	539184	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017249	CTTGA	2	10	542339	542348	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017249	CGCAG	2	10	567127	567136	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017249	CAAGG	2	10	570549	570558	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017249	GCTTC	2	10	582593	582602	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017249	TTTTG	2	10	585776	585785	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017249	GGCGG	2	10	585991	586000	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017249	AGCGC	2	10	593673	593682	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017249	GTGAA	2	10	603382	603391	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017249	GCTTC	2	10	620094	620103	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017249	AAGCG	2	10	621257	621266	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017249	GAGCG	2	10	625154	625163	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017249	AAGGT	2	10	628497	628506	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017249	CTGTG	2	10	633103	633112	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017249	CAGCG	2	10	645609	645618	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017249	GAAGC	2	10	666057	666066	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017249	CCCCA	2	10	703305	703314	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
120	NC_017249	GCCGG	2	10	704506	704515	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017249	CTGGG	2	10	707153	707162	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017249	TCGCC	2	10	733593	733602	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
123	NC_017249	CAAAA	2	10	763638	763647	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017249	GCCGA	2	10	765093	765102	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017249	CATGC	2	10	765162	765171	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017249	TGCGC	2	10	769941	769950	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017249	AGCGC	2	10	777953	777962	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017249	CGATG	2	10	786618	786627	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017249	TACTC	2	10	797763	797772	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017249	TGCCC	2	10	799803	799812	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_017249	CGCAG	2	10	803332	803341	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017249	CAAGA	2	10	809016	809025	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017249	GGCCC	2	10	810562	810571	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
134	NC_017249	CGGCC	2	10	830539	830548	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
135	NC_017249	GGAGT	2	10	845371	845380	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017249	CCGAT	2	10	853799	853808	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017249	GCTTC	2	10	858703	858712	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017249	GGGGT	2	10	864048	864057	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017249	CACCC	2	10	864098	864107	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
140	NC_017249	TCGCT	2	10	864120	864129	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_017249	CGCAG	2	10	885032	885041	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017249	CGAAG	2	10	890661	890670	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017249	ACGGG	2	10	902938	902947	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017249	GCACG	2	10	904739	904748	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017249	GCCGC	2	10	908516	908525	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
146	NC_017249	GCAAG	2	10	921671	921680	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017249	GACAT	2	10	922136	922145	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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152	NC_017249	GCCCG	2	10	952246	952255	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
153	NC_017249	TGCAT	2	10	953336	953345	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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422	NC_017249	GGTCT	2	10	2660759	2660768	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
423	NC_017249	GGACG	2	10	2677305	2677314	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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453	NC_017249	GCGAG	2	10	2879409	2879418	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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462	NC_017249	AGCGC	2	10	2948000	2948009	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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468	NC_017249	CGGTC	2	10	2988669	2988678	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
469	NC_017249	CGCTT	2	10	2996122	2996131	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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481	NC_017249	GGGGT	2	10	3035041	3035050	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
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489	NC_017249	TTTTG	2	10	3069794	3069803	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
490	NC_017249	GGCTT	2	10	3069823	3069832	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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500	NC_017249	ATTTC	2	10	3129552	3129561	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

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