MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia afzelii PKo chromosome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017238	AATTT	2	10	8322	8331	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017238	AATTA	2	10	22786	22795	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017238	TAACC	2	10	29507	29516	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_017238	AAGTA	2	10	46530	46539	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017238	ACTAA	2	10	47118	47127	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017238	TAAAT	2	10	56778	56787	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017238	TATTT	2	10	56788	56797	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017238	TTTCA	2	10	80799	80808	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017238	AAAAT	2	10	80927	80936	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017238	TACAA	2	10	108107	108116	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017238	ATTTA	2	10	114605	114614	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017238	TTATA	2	10	131130	131139	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017238	TATAA	2	10	143957	143966	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017238	AAAAT	2	10	150507	150516	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017238	TAAAA	2	10	150569	150578	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017238	TAAAA	2	10	152701	152710	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017238	TAAAA	2	10	152738	152747	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017238	ATAAA	2	10	156130	156139	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017238	ATCAG	2	10	169162	169171	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017238	TTTAA	2	10	188988	188997	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017238	ATCTA	2	10	193254	193263	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017238	TAAAA	2	10	193382	193391	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017238	TCAAA	2	10	202433	202442	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017238	AAATT	2	10	208304	208313	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017238	ACAAA	2	10	210244	210253	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017238	AAAAT	2	10	210556	210565	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017238	AAAGA	2	10	219976	219985	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017238	ATCAA	2	10	220000	220009	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017238	ACATT	2	10	227919	227928	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017238	TAAAA	2	10	243896	243905	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017238	ATAAA	2	10	244644	244653	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017238	TATAA	2	10	244806	244815	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017238	AAAAT	2	10	244909	244918	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017238	TAAAA	2	10	245726	245735	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017238	AGAAA	2	10	247639	247648	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017238	TTTAA	2	10	249291	249300	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017238	AACAA	2	10	262893	262902	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017238	TTTAT	2	10	272796	272805	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017238	TATAA	3	15	272853	272867	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017238	TTTTA	2	10	272896	272905	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017238	TAATT	2	10	327033	327042	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017238	AATAA	2	10	337431	337440	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017238	ATAAA	2	10	354478	354487	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017238	AGCAA	2	10	355965	355974	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017238	TAAAA	2	10	373322	373331	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017238	ATAAA	2	10	396023	396032	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017238	TTAAT	2	10	411471	411480	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017238	TAAAA	2	10	429385	429394	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017238	TAAAA	2	10	435946	435955	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017238	CTCCC	2	10	438450	438459	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_017238	TAAAA	2	10	439182	439191	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017238	CTCCC	2	10	441687	441696	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
53	NC_017238	ATAAA	2	10	442424	442433	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017238	AATAT	2	10	444063	444072	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017238	CAAAA	2	10	444290	444299	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017238	AAAAT	2	10	444462	444471	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017238	TTTAA	2	10	444924	444933	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017238	AACAG	2	10	446550	446559	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017238	AAAAG	2	10	446934	446943	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017238	TCGCT	2	10	447274	447283	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017238	AAAAC	2	10	451805	451814	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017238	TATTT	2	10	483712	483721	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017238	CTTTA	2	10	484938	484947	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017238	ATGTT	4	20	488046	488065	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017238	TTTTA	2	10	492081	492090	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017238	ATTAA	2	10	494621	494630	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017238	TTATG	2	10	536390	536399	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017238	TTTTA	2	10	541748	541757	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017238	AAATT	2	10	579655	579664	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017238	AAATT	2	10	586347	586356	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017238	TATTT	2	10	590274	590283	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017238	ATTTG	2	10	593426	593435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017238	AGATT	2	10	601778	601787	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017238	GGATA	2	10	609324	609333	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017238	ATGTT	2	10	621120	621129	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017238	TATAT	2	10	636834	636843	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017238	TTTAT	2	10	647959	647968	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017238	TAAAT	2	10	665270	665279	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017238	CTTAT	2	10	677155	677164	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017238	ATTTT	2	10	677232	677241	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017238	TTAAA	2	10	688875	688884	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017238	TATAT	2	10	690683	690692	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017238	ATTTT	2	10	702334	702343	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017238	TAATT	2	10	705313	705322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017238	TTTTA	2	10	717144	717153	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017238	TAGAA	2	10	717300	717309	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017238	TATAA	2	10	726526	726535	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017238	TAAGA	2	10	739048	739057	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017238	TTTTG	2	10	741207	741216	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017238	ATTAT	2	10	744976	744985	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017238	ATTTT	2	10	747240	747249	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017238	CTTAT	2	10	771805	771814	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017238	ATTTT	2	10	785121	785130	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017238	ATTAA	2	10	785645	785654	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017238	TTTGA	2	10	791156	791165	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017238	AAATT	2	10	793906	793915	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017238	TTTTA	2	10	795661	795670	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017238	CTTAA	2	10	801150	801159	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017238	ATTAT	2	10	801162	801171	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017238	ATTTA	2	10	806371	806380	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017238	ATTTT	2	10	811630	811639	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017238	TAAAT	2	10	815386	815395	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017238	ATAAA	2	10	817524	817533	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017238	AGATG	2	10	820070	820079	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017238	CTTTT	2	10	820631	820640	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017238	TATAT	2	10	862235	862244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017238	GTTTT	2	10	862359	862368	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017238	TTTTA	4	20	890367	890386	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.