MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Bordetella pertussis CS chromosome

Total Repeats: 3983

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017223	GGCAA	2	10	1501	1510	40 %	0 %	40 %	20 %	384202564
2	NC_017223	CTGGC	2	10	2703	2712	0 %	20 %	40 %	40 %	384202566
3	NC_017223	GGGAG	2	10	3457	3466	20 %	0 %	80 %	0 %	384202567
4	NC_017223	TTCGC	2	10	5656	5665	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_017223	GGCCG	2	10	5674	5683	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017223	GCTGG	2	10	8516	8525	0 %	20 %	60 %	20 %	384202570
7	NC_017223	TCGCC	2	10	9915	9924	0 %	20 %	20 %	60 %	384202573
8	NC_017223	TACCG	2	10	10058	10067	20 %	20 %	20 %	40 %	384202573
9	NC_017223	GACCA	2	10	13225	13234	40 %	0 %	20 %	40 %	384202576
10	NC_017223	TGCCT	2	10	13748	13757	0 %	40 %	20 %	40 %	384202576
11	NC_017223	CTGGG	2	10	15067	15076	0 %	20 %	60 %	20 %	384202576
12	NC_017223	TCGCC	2	10	15844	15853	0 %	20 %	20 %	60 %	384202577
13	NC_017223	AAGGC	2	10	17101	17110	40 %	0 %	40 %	20 %	384202577
14	NC_017223	CGGCC	2	10	19406	19415	0 %	0 %	40 %	60 %	384202577
15	NC_017223	CTGGC	2	10	19852	19861	0 %	20 %	40 %	40 %	384202577
16	NC_017223	GCGCC	2	10	20818	20827	0 %	0 %	40 %	60 %	384202579
17	NC_017223	CGGCC	2	10	22091	22100	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
18	NC_017223	GGCGC	2	10	22947	22956	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017223	GCGTC	2	10	23034	23043	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017223	GCAGC	2	10	23430	23439	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017223	GGGCT	2	10	25385	25394	0 %	20 %	60 %	20 %	384202580
22	NC_017223	GGCGC	2	10	26926	26935	0 %	0 %	60 %	40 %	384202581
23	NC_017223	CGTGT	2	10	28517	28526	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017223	CAGGG	2	10	29916	29925	20 %	0 %	60 %	20 %	384202584
25	NC_017223	TGGAT	2	10	30274	30283	20 %	40 %	40 %	0 %	384202584
26	NC_017223	ACTCC	2	10	30437	30446	20 %	20 %	0 %	60 %	384202585
27	NC_017223	ACGGC	2	10	32546	32555	20 %	0 %	40 %	40 %	384202587
28	NC_017223	GCCGG	2	10	34472	34481	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017223	GCGCC	2	10	36289	36298	0 %	0 %	40 %	60 %	384202590
30	NC_017223	CTGGG	2	10	37388	37397	0 %	20 %	60 %	20 %	384202591
31	NC_017223	CCGCG	2	10	39131	39140	0 %	0 %	40 %	60 %	384202592
32	NC_017223	GCGCC	2	10	39410	39419	0 %	0 %	40 %	60 %	384202592
33	NC_017223	GCCGC	2	10	42829	42838	0 %	0 %	40 %	60 %	384202597
34	NC_017223	ACCGC	2	10	44796	44805	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_017223	TCCAG	2	10	44862	44871	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017223	CGGGC	2	10	45065	45074	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017223	GTTTC	2	10	45215	45224	0 %	60 %	20 %	20 %	384202599
38	NC_017223	AGGCC	2	10	47573	47582	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017223	AGGCC	2	10	47723	47732	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017223	TCCTG	2	10	48156	48165	0 %	40 %	20 %	40 %	384202602
41	NC_017223	GCGCA	2	10	48340	48349	20 %	0 %	40 %	40 %	384202602
42	NC_017223	GGCGC	2	10	48789	48798	0 %	0 %	60 %	40 %	384202602
43	NC_017223	GCACG	2	10	48843	48852	20 %	0 %	40 %	40 %	384202602
44	NC_017223	CGGCG	2	10	51761	51770	0 %	0 %	60 %	40 %	384202605
45	NC_017223	GGCCG	2	10	52244	52253	0 %	0 %	60 %	40 %	384202605
46	NC_017223	CCAGC	2	10	53641	53650	20 %	0 %	20 %	60 %	384202606
47	NC_017223	GTTGC	2	10	54993	55002	0 %	40 %	40 %	20 %	384202607
48	NC_017223	ACGGC	2	10	56452	56461	20 %	0 %	40 %	40 %	384202608
49	NC_017223	TGTCC	2	10	60801	60810	0 %	40 %	20 %	40 %	384202612
50	NC_017223	AGCGA	2	10	61056	61065	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017223	GAACG	2	10	61609	61618	40 %	0 %	40 %	20 %	384202613
52	NC_017223	TTTTG	2	10	62972	62981	0 %	80 %	20 %	0 %	384202614
53	NC_017223	TTTTC	2	10	64313	64322	0 %	80 %	0 %	20 %	384202616
54	NC_017223	CCTGT	2	10	64681	64690	0 %	40 %	20 %	40 %	384202617
55	NC_017223	CATCT	2	10	65574	65583	20 %	40 %	0 %	40 %	384202618
56	NC_017223	GGCAC	2	10	66588	66597	20 %	0 %	40 %	40 %	384202618
57	NC_017223	ATGGG	2	10	67998	68007	20 %	20 %	60 %	0 %	384202619
58	NC_017223	CGATT	2	10	68204	68213	20 %	40 %	20 %	20 %	384202619
59	NC_017223	GGCGA	2	10	70376	70385	20 %	0 %	60 %	20 %	384202621
60	NC_017223	GCCGC	2	10	70521	70530	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_017223	GGGGT	2	10	72024	72033	0 %	20 %	80 %	0 %	384202622
62	NC_017223	GCGCA	2	10	75128	75137	20 %	0 %	40 %	40 %	384202625
63	NC_017223	GGGCG	3	15	75162	75176	0 %	0 %	80 %	20 %	384202625
64	NC_017223	CAGCG	2	10	75363	75372	20 %	0 %	40 %	40 %	384202626
65	NC_017223	CGAAG	2	10	78798	78807	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017223	CCGCA	2	10	78840	78849	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_017223	GACGG	2	10	80945	80954	20 %	0 %	60 %	20 %	384202629
68	NC_017223	GGACG	2	10	81555	81564	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017223	ACAGC	2	10	82192	82201	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017223	GCGCG	2	10	84368	84377	0 %	0 %	60 %	40 %	384202631
71	NC_017223	CGATG	2	10	85506	85515	20 %	20 %	40 %	20 %	384202633
72	NC_017223	GGGCA	2	10	86640	86649	20 %	0 %	60 %	20 %	384202633
73	NC_017223	AGGGC	2	10	87445	87454	20 %	0 %	60 %	20 %	384202634
74	NC_017223	CTTCG	2	10	89858	89867	0 %	40 %	20 %	40 %	384202636
75	NC_017223	CAGCG	2	10	91161	91170	20 %	0 %	40 %	40 %	384202638
76	NC_017223	GGCCG	2	10	92481	92490	0 %	0 %	60 %	40 %	384202639
77	NC_017223	GGCCT	2	10	93856	93865	0 %	20 %	40 %	40 %	384202640
78	NC_017223	CAGCG	2	10	96064	96073	20 %	0 %	40 %	40 %	384202643
79	NC_017223	CGGGC	2	10	99072	99081	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017223	GCCGC	2	10	99181	99190	0 %	0 %	40 %	60 %	384202646
81	NC_017223	GCCCA	2	10	102131	102140	20 %	0 %	20 %	60 %	384202649
82	NC_017223	GCGCC	2	10	103349	103358	0 %	0 %	40 %	60 %	384202651
83	NC_017223	GCGCG	2	10	106179	106188	0 %	0 %	60 %	40 %	384202654
84	NC_017223	GGCCG	2	10	106513	106522	0 %	0 %	60 %	40 %	384202655
85	NC_017223	CGGCC	2	10	108989	108998	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_017223	CCGGG	2	10	109034	109043	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017223	GGCCT	2	10	110156	110165	0 %	20 %	40 %	40 %	384202657
88	NC_017223	CGAAT	2	10	110730	110739	40 %	20 %	20 %	20 %	384202658
89	NC_017223	CGTCC	2	10	111699	111708	0 %	20 %	20 %	60 %	384202659
90	NC_017223	TCCGG	2	10	111942	111951	0 %	20 %	40 %	40 %	384202660
91	NC_017223	CGGCG	2	10	112359	112368	0 %	0 %	60 %	40 %	384202660
92	NC_017223	AGGCC	2	10	112842	112851	20 %	0 %	40 %	40 %	384202660
93	NC_017223	GCGCG	2	10	113269	113278	0 %	0 %	60 %	40 %	384202660
94	NC_017223	CATTC	2	10	113917	113926	20 %	40 %	0 %	40 %	384202661
95	NC_017223	GACCT	2	10	114222	114231	20 %	20 %	20 %	40 %	384202661
96	NC_017223	GCGCT	2	10	115260	115269	0 %	20 %	40 %	40 %	384202663
97	NC_017223	ACGCG	2	10	115380	115389	20 %	0 %	40 %	40 %	384202663
98	NC_017223	CGGCG	2	10	116667	116676	0 %	0 %	60 %	40 %	384202664
99	NC_017223	GCCAG	2	10	119102	119111	20 %	0 %	40 %	40 %	384202667
100	NC_017223	GGTGC	2	10	120426	120435	0 %	20 %	60 %	20 %	384202668
101	NC_017223	GCCAG	2	10	124487	124496	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017223	CGGCG	2	10	126501	126510	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017223	GCGCG	2	10	126939	126948	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017223	GGCGT	2	10	129465	129474	0 %	20 %	60 %	20 %	384202673
105	NC_017223	GCGCA	2	10	130438	130447	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017223	CCGCG	2	10	131524	131533	0 %	0 %	40 %	60 %	384202675
107	NC_017223	GGCCG	2	10	131926	131935	0 %	0 %	60 %	40 %	384202675
108	NC_017223	ATGCG	2	10	133249	133258	20 %	20 %	40 %	20 %	384202677
109	NC_017223	TCGGG	2	10	133339	133348	0 %	20 %	60 %	20 %	384202677
110	NC_017223	GGTGC	2	10	133784	133793	0 %	20 %	60 %	20 %	384202677
111	NC_017223	GGCGC	2	10	134036	134045	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
112	NC_017223	CGGCT	2	10	136893	136902	0 %	20 %	40 %	40 %	384202679
113	NC_017223	GCCGT	2	10	137338	137347	0 %	20 %	40 %	40 %	384202679
114	NC_017223	CAGCC	2	10	137761	137770	20 %	0 %	20 %	60 %	384202679
115	NC_017223	CCGCG	2	10	139148	139157	0 %	0 %	40 %	60 %	384202680
116	NC_017223	CCTGG	2	10	139750	139759	0 %	20 %	40 %	40 %	384202680
117	NC_017223	AGGCC	2	10	142525	142534	20 %	0 %	40 %	40 %	384202680
118	NC_017223	GCGCC	2	10	142702	142711	0 %	0 %	40 %	60 %	384202680
119	NC_017223	GCGGG	2	10	143045	143054	0 %	0 %	80 %	20 %	384202681
120	NC_017223	CGGCG	2	10	143456	143465	0 %	0 %	60 %	40 %	384202681
121	NC_017223	GCACG	2	10	143919	143928	20 %	0 %	40 %	40 %	384202682
122	NC_017223	GCGGT	2	10	146853	146862	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017223	GCGCT	2	10	147246	147255	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017223	CGGCC	2	10	147900	147909	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
125	NC_017223	GGCTG	2	10	149344	149353	0 %	20 %	60 %	20 %	384202686
126	NC_017223	GCTCG	2	10	149717	149726	0 %	20 %	40 %	40 %	384202686
127	NC_017223	GGCGC	2	10	150347	150356	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017223	AGCGC	2	10	150702	150711	20 %	0 %	40 %	40 %	384202687
129	NC_017223	GGCCG	2	10	151233	151242	0 %	0 %	60 %	40 %	384202687
130	NC_017223	GGCGC	2	10	151773	151782	0 %	0 %	60 %	40 %	384202688
131	NC_017223	CCGGG	2	10	152057	152066	0 %	0 %	60 %	40 %	384202688
132	NC_017223	GCGCC	2	10	154205	154214	0 %	0 %	40 %	60 %	384202691
133	NC_017223	CGCGC	2	10	154293	154302	0 %	0 %	40 %	60 %	384202691
134	NC_017223	GAACA	2	10	154944	154953	60 %	0 %	20 %	20 %	384202691
135	NC_017223	GGCCG	2	10	155150	155159	0 %	0 %	60 %	40 %	384202692
136	NC_017223	GGCGT	2	10	156735	156744	0 %	20 %	60 %	20 %	384202693
137	NC_017223	GCGCC	2	10	158028	158037	0 %	0 %	40 %	60 %	384202695
138	NC_017223	GCGCC	2	10	158309	158318	0 %	0 %	40 %	60 %	384202695
139	NC_017223	GCGCC	2	10	158696	158705	0 %	0 %	40 %	60 %	384202695
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266	NC_017223	GCGCC	2	10	302329	302338	0 %	0 %	40 %	60 %	384202819
267	NC_017223	GGCGC	2	10	303280	303289	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
268	NC_017223	CCCAG	2	10	305086	305095	20 %	0 %	20 %	60 %	384202820
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270	NC_017223	TGACC	2	10	306177	306186	20 %	20 %	20 %	40 %	384202821
271	NC_017223	GATCC	2	10	306556	306565	20 %	20 %	20 %	40 %	384202821
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372	NC_017223	GCCCG	2	10	399172	399181	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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382	NC_017223	CGCGG	2	10	411198	411207	0 %	0 %	60 %	40 %	384202920
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392	NC_017223	GGCGC	2	10	423121	423130	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
393	NC_017223	CCGGG	2	10	427097	427106	0 %	0 %	60 %	40 %	384202932
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397	NC_017223	TGCCG	2	10	433543	433552	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
398	NC_017223	GCGCC	2	10	436776	436785	0 %	0 %	40 %	60 %	384202939
399	NC_017223	GCGCC	2	10	438559	438568	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
400	NC_017223	GCGCC	2	10	438941	438950	0 %	0 %	40 %	60 %	384202940
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