MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697

Total Repeats: 406

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017219	TGTGG	2	10	11143	11152	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017219	TCGAT	2	10	14579	14588	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017219	CAGCG	2	10	14665	14674	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_017219	TCATA	2	10	15537	15546	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017219	CGGCG	2	10	19398	19407	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017219	TTTCC	2	10	23406	23415	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017219	GGTGT	2	10	24562	24571	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017219	GGGTT	2	10	33950	33959	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017219	CGAAT	2	10	40383	40392	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017219	AATCG	2	10	40395	40404	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017219	GGCTA	2	10	45725	45734	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017219	CAAGA	2	10	46076	46085	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017219	CGAAG	2	10	47897	47906	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017219	CGAAT	2	10	65167	65176	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017219	TCGGC	2	10	80255	80264	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017219	GCCAA	2	10	86404	86413	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017219	AGTCG	2	10	110241	110250	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017219	CAAAA	2	10	117525	117534	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017219	CGCAC	2	10	135712	135721	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_017219	GACCA	2	10	148448	148457	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017219	GGTTG	2	10	162464	162473	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017219	TCGGC	2	10	173618	173627	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017219	CGCGC	2	10	195774	195783	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017219	GGCGG	2	10	210706	210715	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017219	CTTCC	2	10	213006	213015	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_017219	CTCCC	2	10	215435	215444	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
27	NC_017219	GAGGT	2	10	217106	217115	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017219	TGGCG	2	10	221747	221756	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017219	GCCAA	2	10	228368	228377	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017219	GTTGG	2	10	230782	230791	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017219	TCTCT	2	10	243082	243091	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017219	GTTTT	2	10	255590	255599	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017219	CGTTT	2	10	272373	272382	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017219	CGCCA	2	10	272402	272411	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_017219	TGCTC	2	10	286477	286486	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017219	ATTTT	2	10	288852	288861	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017219	CGCGT	2	10	290379	290388	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017219	GCATT	2	10	293884	293893	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017219	GTTTT	2	10	302895	302904	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017219	CATAC	2	10	308290	308299	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017219	TGAAG	2	10	310276	310285	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017219	CTTTC	2	10	319186	319195	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017219	GAAAA	2	10	319505	319514	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017219	TTTCC	2	10	321446	321455	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017219	GAATG	2	10	323847	323856	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017219	AATCG	2	10	333186	333195	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017219	GCCGC	2	10	340325	340334	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_017219	TCAAT	2	10	341232	341241	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017219	CGAAA	2	10	341424	341433	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017219	TTTTA	2	10	341609	341618	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017219	ATTTC	2	10	345650	345659	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017219	AGAAA	2	10	345773	345782	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017219	GTTCT	2	10	376513	376522	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017219	GCCGT	2	10	376889	376898	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017219	GGCTT	2	10	384451	384460	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017219	GAGAA	2	10	386226	386235	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017219	TTCTG	2	10	386782	386791	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017219	GAATA	2	10	391071	391080	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017219	CTCTT	2	10	394612	394621	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017219	TAGAG	2	10	394654	394663	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017219	ACAAG	2	10	425880	425889	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017219	ACCAA	2	10	431161	431170	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017219	ACGAG	2	10	440645	440654	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017219	GCCTT	2	10	442047	442056	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017219	CGGTC	2	10	443906	443915	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017219	CAGGG	2	10	446221	446230	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017219	ACAGT	2	10	446297	446306	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017219	TGCCG	2	10	452896	452905	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017219	CCACA	2	10	455891	455900	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_017219	AAACC	2	10	470722	470731	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017219	GTGGC	2	10	473858	473867	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017219	CGTCT	2	10	478087	478096	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017219	TGGCT	2	10	479564	479573	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017219	GGAAT	2	10	479844	479853	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017219	CGACA	2	10	488157	488166	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017219	CATTA	2	10	489754	489763	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017219	TGCGT	2	10	494810	494819	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017219	ACTGG	2	10	505168	505177	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017219	TCTCA	2	10	505201	505210	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017219	GCGAT	2	10	509585	509594	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017219	ATTCA	2	10	520940	520949	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017219	TCAAT	2	10	521874	521883	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017219	TTTTA	2	10	523617	523626	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017219	GCTTG	2	10	554383	554392	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017219	AGGAA	2	10	554524	554533	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017219	TCTTT	2	10	554852	554861	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017219	AGGTG	2	10	558714	558723	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017219	TTGAT	2	10	567996	568005	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017219	TTGCC	2	10	573118	573127	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017219	TGCGC	2	10	573516	573525	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017219	CATGC	2	10	573610	573619	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017219	TAATT	2	10	598391	598400	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017219	TAGAT	2	10	598456	598465	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017219	CTTTA	2	10	598495	598504	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017219	GGCCG	2	10	621671	621680	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017219	AACGA	2	10	621707	621716	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017219	GCAAC	2	10	624918	624927	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017219	GCGGG	2	10	626698	626707	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017219	GGCGT	2	10	631872	631881	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017219	CATTA	2	10	632993	633002	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017219	TTTGC	2	10	637574	637583	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017219	GCGTC	2	10	638521	638530	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017219	ACAGT	2	10	642834	642843	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017219	CACAT	2	10	645677	645686	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017219	CGATT	2	10	649543	649552	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017219	GAACA	2	10	649644	649653	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017219	TCGCG	2	10	653376	653385	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017219	CTCCC	2	10	661856	661865	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
109	NC_017219	ATGCC	2	10	666920	666929	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017219	GGGCT	2	10	671348	671357	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017219	TGCAT	2	10	675166	675175	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017219	GATGT	2	10	675354	675363	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017219	GCAAG	2	10	681811	681820	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017219	CAGTC	2	10	690527	690536	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017219	ATGTT	2	10	706297	706306	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017219	CGCTG	2	10	711111	711120	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017219	CGGAG	2	10	728591	728600	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017219	AAGGA	2	10	741932	741941	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017219	TCGCT	2	10	758206	758215	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017219	CGGTT	2	10	783834	783843	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017219	TCGCA	2	10	783890	783899	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017219	TGGGA	2	10	786094	786103	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017219	AGGAC	2	10	788209	788218	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017219	TCCCA	2	10	807473	807482	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_017219	TTCCT	2	10	825531	825540	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017219	AAGGA	2	10	836023	836032	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017219	TGCCG	2	10	837100	837109	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017219	GAGCC	2	10	845281	845290	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017219	ACTCC	2	10	848190	848199	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_017219	TGTGG	2	10	861114	861123	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017219	GCGCG	2	10	869996	870005	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017219	GCTTC	2	10	879512	879521	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017219	TGCGT	2	10	886022	886031	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017219	CGAAC	2	10	890422	890431	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017219	GCGCT	2	10	892138	892147	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017219	CCAAT	2	10	918373	918382	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017219	TGAAT	2	10	934575	934584	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017219	TGGTG	2	10	960626	960635	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017219	TTTTG	2	10	960800	960809	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017219	ATGGG	2	10	961061	961070	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017219	TCGTG	2	10	961889	961898	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017219	TGGCG	2	10	962602	962611	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017219	TCGAA	2	10	962687	962696	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017219	GGGAG	2	10	963351	963360	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017219	CCCGT	2	10	964441	964450	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_017219	CGCAC	2	10	992233	992242	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_017219	TGGAT	2	10	998942	998951	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017219	TCCCG	2	10	1010467	1010476	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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157	NC_017219	TCGCG	2	10	1049363	1049372	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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184	NC_017219	CCTTT	2	10	1329571	1329580	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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267	NC_017219	CGATA	2	10	1810658	1810667	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.