MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 chromosome

Total Repeats: 204

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017214	AGATG	2	10	14395	14404	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017214	TCGCC	2	10	20522	20531	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_017214	TCAAA	2	10	23380	23389	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017214	GGTTC	2	10	41288	41297	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017214	ACACT	2	10	44707	44716	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017214	TTCCA	2	10	54473	54482	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017214	CCGCG	2	10	59874	59883	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
8	NC_017214	CCGGT	2	10	68274	68283	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017214	AATCG	2	10	74131	74140	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017214	TCGAG	2	10	74217	74226	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017214	AAGCG	2	10	105510	105519	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017214	GTGCA	2	10	105811	105820	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017214	TGCGC	2	10	106299	106308	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_017214	TCTCC	2	10	131165	131174	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_017214	CAGAT	2	10	155757	155766	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017214	TTTGC	2	10	168375	168384	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017214	GGGGC	2	10	170286	170295	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017214	CTCCC	2	10	171384	171393	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
19	NC_017214	ACCCC	2	10	172094	172103	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
20	NC_017214	CACAC	2	10	172270	172279	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
21	NC_017214	CACGA	2	10	172863	172872	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017214	CCCAT	2	10	173703	173712	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_017214	CCCAC	2	10	173728	173737	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
24	NC_017214	GGAGC	2	10	173746	173755	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017214	GATCA	2	10	199288	199297	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017214	TGCGC	2	10	280908	280917	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017214	TCTAT	2	10	289423	289432	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017214	AATGC	2	10	291588	291597	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017214	TTTCA	2	10	300583	300592	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017214	TCAGC	2	10	322702	322711	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_017214	ACAGA	2	10	326585	326594	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017214	ATACT	2	10	338085	338094	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017214	CAGCT	2	10	396712	396721	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017214	GCATT	2	10	462915	462924	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017214	GGGGC	2	10	464856	464865	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017214	CTCCC	2	10	465954	465963	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
37	NC_017214	ACCCC	2	10	466664	466673	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
38	NC_017214	CACAC	2	10	466840	466849	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_017214	CACGA	2	10	467433	467442	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017214	CCCAT	2	10	468273	468282	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_017214	CCCAC	2	10	468298	468307	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
42	NC_017214	GGAGC	2	10	468316	468325	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017214	CATAT	2	10	471592	471601	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017214	TTGTA	2	10	480705	480714	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017214	TCATA	2	10	482551	482560	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017214	CGTGT	2	10	482571	482580	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017214	CCGCA	2	10	503371	503380	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_017214	ATGCC	2	10	514323	514332	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017214	GCAGG	2	10	514682	514691	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017214	TCCTG	2	10	522745	522754	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017214	CGCCC	2	10	541323	541332	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
52	NC_017214	CCATG	2	10	547252	547261	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017214	TCGTG	2	10	550352	550361	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017214	CCGGC	2	10	555582	555591	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
55	NC_017214	CGGCC	2	10	555715	555724	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
56	NC_017214	GGGGC	2	10	561099	561108	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017214	CTCCC	2	10	562197	562206	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
58	NC_017214	ACCCC	2	10	562907	562916	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
59	NC_017214	CACAC	2	10	563083	563092	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_017214	CACGA	2	10	563676	563685	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017214	CCCAT	2	10	564516	564525	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_017214	CCCAC	2	10	564541	564550	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
63	NC_017214	GGAGC	2	10	564559	564568	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017214	ACCCC	2	10	565097	565106	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
65	NC_017214	GGGGC	2	10	569800	569809	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017214	CTCCC	2	10	570898	570907	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_017214	ACCCC	2	10	571608	571617	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_017214	CACAC	2	10	571784	571793	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
69	NC_017214	CACGA	2	10	572377	572386	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017214	CCCAT	2	10	573217	573226	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_017214	CCCAC	2	10	573242	573251	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
72	NC_017214	GGAGC	2	10	573260	573269	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017214	ACCCC	2	10	573798	573807	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
74	NC_017214	ACACC	2	10	573868	573877	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_017214	GCGCC	2	10	575612	575621	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
76	NC_017214	CGCAG	2	10	588143	588152	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017214	TGCCA	2	10	595075	595084	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017214	CTGCA	2	10	597869	597878	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_017214	TGTGT	2	10	608604	608613	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017214	CCGAG	2	10	613705	613714	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017214	CGCAC	2	10	632791	632800	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_017214	CACCG	2	10	632847	632856	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
83	NC_017214	TCTGT	2	10	657032	657041	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017214	GCCGT	2	10	661715	661724	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017214	AGAGA	2	10	663811	663820	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017214	CGGTT	2	10	663860	663869	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017214	TTCAC	2	10	667083	667092	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017214	TTTTG	2	10	669635	669644	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017214	AAATC	2	10	671655	671664	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017214	GGAAG	2	10	681571	681580	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017214	GGGAA	2	10	700020	700029	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017214	CGGCT	2	10	723403	723412	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017214	GAGAA	2	10	725492	725501	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017214	ATACA	2	10	727113	727122	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017214	CGCCC	2	10	743063	743072	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
96	NC_017214	AGGAA	2	10	744326	744335	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017214	GTGCG	2	10	754615	754624	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017214	AGGTG	2	10	761339	761348	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017214	TGGGT	2	10	770142	770151	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017214	TGGAT	2	10	772406	772415	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017214	TGAGG	2	10	773672	773681	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017214	TCTCA	2	10	779652	779661	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017214	AACAG	2	10	782984	782993	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017214	TCCCG	2	10	795672	795681	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
105	NC_017214	GCGAA	2	10	799509	799518	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017214	AGTGT	2	10	800006	800015	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017214	GTGCG	2	10	803304	803313	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017214	GGAGG	2	10	807520	807529	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017214	CTCAT	2	10	813247	813256	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017214	TGAGG	2	10	815672	815681	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017214	GCACC	2	10	817416	817425	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_017214	GCGCC	2	10	836173	836182	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
113	NC_017214	GAAGT	2	10	836219	836228	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017214	ACGAG	2	10	845399	845408	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017214	GTGAG	2	10	852079	852088	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017214	CAGCA	2	10	864885	864894	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017214	CAATA	2	10	884912	884921	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017214	TGCGT	2	10	887489	887498	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017214	CGTTG	2	10	889954	889963	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017214	GTTGG	2	10	894123	894132	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017214	TGCCG	2	10	895548	895557	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017214	GGCTG	2	10	904498	904507	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017214	AGTGT	2	10	910651	910660	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017214	CGGGG	2	10	912547	912556	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017214	TGTAG	2	10	914861	914870	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017214	AGGAG	2	10	927179	927188	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017214	CGTTC	2	10	933376	933385	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017214	AGCGT	2	10	938165	938174	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017214	AGAGA	2	10	972816	972825	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017214	ATGAG	2	10	984503	984512	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017214	CTGGG	2	10	984529	984538	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017214	AGTGT	2	10	1003688	1003697	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017214	ACGGC	2	10	1046470	1046479	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
134	NC_017214	GGCGG	2	10	1054814	1054823	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017214	CCCGC	2	10	1054853	1054862	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
136	NC_017214	TGGGG	2	10	1056192	1056201	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017214	CTGTC	2	10	1066579	1066588	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017214	AGCAA	2	10	1115632	1115641	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017214	CGTTG	2	10	1132476	1132485	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017214	CGAAT	2	10	1134304	1134313	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017214	GGAAG	2	10	1162516	1162525	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017214	ATGCG	2	10	1164308	1164317	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017214	GGTCA	2	10	1164804	1164813	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017214	CCGCG	2	10	1169888	1169897	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
145	NC_017214	GACCC	2	10	1171576	1171585	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_017214	GCAAT	2	10	1179488	1179497	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017214	TCGAT	2	10	1180970	1180979	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017214	AAGAG	2	10	1185087	1185096	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017214	ATCGA	2	10	1210469	1210478	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_017214	CCGCA	2	10	1238031	1238040	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
151	NC_017214	GGCTG	2	10	1246057	1246066	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017214	TCCGG	2	10	1259050	1259059	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
153	NC_017214	AGCGT	2	10	1265977	1265986	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
154	NC_017214	CGGGG	2	10	1278188	1278197	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
155	NC_017214	CTGCA	2	10	1289100	1289109	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_017214	AAATG	2	10	1290731	1290740	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017214	GGAGT	2	10	1290936	1290945	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017214	GCCAT	2	10	1292671	1292680	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
159	NC_017214	AATGG	2	10	1302092	1302101	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017214	TGGCA	2	10	1316172	1316181	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
161	NC_017214	TCAAC	2	10	1347244	1347253	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
162	NC_017214	CCAAC	2	10	1357353	1357362	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
163	NC_017214	TGGGC	2	10	1360031	1360040	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
164	NC_017214	CAGAG	2	10	1361580	1361589	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
165	NC_017214	CGAGG	2	10	1361637	1361646	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
166	NC_017214	CACAA	2	10	1365302	1365311	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
167	NC_017214	TGGAA	2	10	1387963	1387972	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017214	CTGTT	2	10	1404257	1404266	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_017214	TGCGT	2	10	1406171	1406180	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
170	NC_017214	GTTCC	2	10	1408294	1408303	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
171	NC_017214	GCATC	2	10	1424360	1424369	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
172	NC_017214	TGGTC	2	10	1468588	1468597	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
173	NC_017214	ATTGT	2	10	1470155	1470164	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017214	TCGCA	2	10	1473729	1473738	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
175	NC_017214	GATTC	2	10	1502748	1502757	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_017214	CATGG	2	10	1516465	1516474	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
177	NC_017214	CATGG	2	10	1516586	1516595	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
178	NC_017214	AACAC	2	10	1527468	1527477	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
179	NC_017214	CTAAA	2	10	1530011	1530020	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
180	NC_017214	TGTCA	2	10	1565110	1565119	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
181	NC_017214	TTTTC	2	10	1570646	1570655	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
182	NC_017214	GTTCA	2	10	1591606	1591615	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_017214	TCCCC	2	10	1602540	1602549	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
184	NC_017214	GAAGC	2	10	1637690	1637699	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
185	NC_017214	ATGCA	2	10	1638071	1638080	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
186	NC_017214	CTTCG	2	10	1657196	1657205	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
187	NC_017214	TCTTT	2	10	1667204	1667213	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
188	NC_017214	ACACG	2	10	1682175	1682184	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
189	NC_017214	CCTAA	2	10	1691666	1691675	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
190	NC_017214	TACTC	2	10	1704250	1704259	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
191	NC_017214	ATTGG	2	10	1725577	1725586	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017214	ATCGT	2	10	1748895	1748904	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
193	NC_017214	ACGTG	2	10	1757184	1757193	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
194	NC_017214	CACGT	2	10	1757204	1757213	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
195	NC_017214	TCGCC	2	10	1810603	1810612	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
196	NC_017214	AGGTG	2	10	1832623	1832632	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
197	NC_017214	TGGGG	2	10	1832635	1832644	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
198	NC_017214	AGACA	2	10	1837794	1837803	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
199	NC_017214	GCTCC	2	10	1839426	1839435	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
200	NC_017214	GTTCT	2	10	1872665	1872674	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
201	NC_017214	GGGGC	2	10	1875045	1875054	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
202	NC_017214	GCCCC	2	10	1875061	1875070	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
203	NC_017214	CACAA	2	10	1877628	1877637	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
204	NC_017214	AACCG	2	10	1884470	1884479	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.