MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT281

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017203	AAAAAG	2	12	1100	1111	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017203	AAAAAG	2	12	2404	2415	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017203	AAGTTT	2	12	10269	10280	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384183827
4	NC_017203	TGCTTG	2	12	11871	11882	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384183829
5	NC_017203	CGTATT	2	12	18558	18569	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384183836
6	NC_017203	TGCTCC	2	12	22065	22076	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017203	CTGTAA	2	12	23431	23442	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384183838
8	NC_017203	GTGTTA	2	12	25653	25664	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384183840
9	NC_017203	CTCTTT	2	12	28968	28979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017203	TTTTAA	2	12	30721	30732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384183848
11	NC_017203	AAAATC	2	12	37513	37524	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384183857
12	NC_017203	TCTCTT	2	12	42529	42540	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017203	TTATAT	2	12	43136	43147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017203	TGCAGC	2	12	44575	44586	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384183867
15	NC_017203	AGCTGG	2	12	45305	45316	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384183868
16	NC_017203	TTAATT	2	12	52803	52814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384183874
17	NC_017203	TAGAAC	2	12	56550	56561	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384183879
18	NC_017203	GATAAA	2	12	59307	59318	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384183883
19	NC_017203	TAAATA	2	12	59392	59403	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384183883
20	NC_017203	CGTATT	2	12	63713	63724	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384183888
21	NC_017203	ATTAAA	2	12	64009	64020	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384183888
22	NC_017203	ATACAC	2	12	65290	65301	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384183889
23	NC_017203	TTCAAT	2	12	67336	67347	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384183890
24	NC_017203	ATTTTT	2	12	67964	67975	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017203	TTTTTC	2	12	75767	75778	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384183900
26	NC_017203	TTTGGT	2	12	83120	83131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384183908
27	NC_017203	TATATC	2	12	85737	85748	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384183910
28	NC_017203	TCTTTT	2	12	87398	87409	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017203	TGTGTT	2	12	88059	88070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384183911
30	NC_017203	TTTCTC	2	12	90239	90250	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384183911
31	NC_017203	ACCCAT	2	12	91037	91048	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384183911
32	NC_017203	CTCTGG	2	12	92678	92689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384183912
33	NC_017203	CTTTTT	2	12	96739	96750	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384183914
34	NC_017203	TTTGAA	2	12	98674	98685	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384183919
35	NC_017203	TCATTT	2	12	107037	107048	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384183928
36	NC_017203	CTAAAT	2	12	107885	107896	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017203	ACACGT	2	12	115352	115363	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384183940
38	NC_017203	TTTAAA	2	12	115511	115522	50 %	50 %	0 %	0 %	384183940
39	NC_017203	CCTTTA	2	12	117699	117710	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384183943
40	NC_017203	CTGGAT	2	12	118231	118242	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384183943
41	NC_017203	TTTGAA	2	12	120376	120387	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384183944
42	NC_017203	CCAAAG	2	12	120617	120628	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384183944
43	NC_017203	TGCTCC	2	12	120757	120768	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384183944
44	NC_017203	TGCTGT	2	12	120796	120807	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384183944
45	NC_017203	TTTTGT	2	12	125368	125379	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384183949
46	NC_017203	ACGATA	2	12	125918	125929	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384183949
47	NC_017203	ACTATA	2	12	126667	126678	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017203	CAAACA	2	12	127380	127391	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017203	CTAATG	2	12	129579	129590	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384183952
50	NC_017203	ATTTGG	2	12	133117	133128	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384183955
51	NC_017203	TTTTAA	2	12	135782	135793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384183957
52	NC_017203	TGATTT	2	12	139241	139252	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384183960
53	NC_017203	CGTCTT	2	12	142726	142737	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384183962
54	NC_017203	TATAGA	2	12	143451	143462	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384183962
55	NC_017203	TTTAAA	2	12	144172	144183	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017203	AAAGGA	2	12	144541	144552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384183963
57	NC_017203	TTATAT	2	12	145184	145195	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017203	GAAAGT	2	12	147690	147701	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384183966
59	NC_017203	TTTAAA	2	12	150034	150045	50 %	50 %	0 %	0 %	384183969
60	NC_017203	ATCAAT	2	12	151086	151097	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384183971
61	NC_017203	AATATA	2	12	152162	152173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384183972
62	NC_017203	CTTTTT	2	12	154353	154364	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384183975
63	NC_017203	ATAAAA	2	12	157467	157478	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384183981
64	NC_017203	ATCATT	2	12	160477	160488	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384183983
65	NC_017203	TATCTA	2	12	161072	161083	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017203	AAACAA	2	12	166267	166278	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384183986
67	NC_017203	AAAAGA	2	12	167599	167610	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384183986
68	NC_017203	TTCAAA	2	12	169009	169020	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017203	TTTGAA	2	12	171444	171455	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384183992
70	NC_017203	AAATGA	2	12	171509	171520	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384183992
71	NC_017203	AGAGAA	2	12	174179	174190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384183994
72	NC_017203	TACTCA	2	12	174599	174610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384183994
73	NC_017203	GAAAGA	2	12	176634	176645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384183995
74	NC_017203	AAAATT	2	12	177231	177242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384183995
75	NC_017203	GAAATA	2	12	177317	177328	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384183995
76	NC_017203	GAAAAA	2	12	178462	178473	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384183995
77	NC_017203	GAAAAT	2	12	178717	178728	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384183996
78	NC_017203	ATGGGA	2	12	180928	180939	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384183997
79	NC_017203	ATGGAA	2	12	183295	183306	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017203	AGAACA	2	12	194297	194308	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384184011
81	NC_017203	AATTGA	2	12	195254	195265	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384184012
82	NC_017203	AATGAA	2	12	195273	195284	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384184012
83	NC_017203	AAAGGA	2	12	196869	196880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384184015
84	NC_017203	AAATAA	2	12	197393	197404	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017203	CATTAG	2	12	197705	197716	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384184017
86	NC_017203	ACGTAA	2	12	203560	203571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384184023
87	NC_017203	ATATGT	2	12	204088	204099	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017203	TAAAAA	2	12	205509	205520	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017203	TTACTT	2	12	209218	209229	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384184033
90	NC_017203	ATTTTT	2	12	215061	215072	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017203	TATCAA	2	12	216931	216942	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017203	ATAATT	2	12	219894	219905	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017203	TATTTT	2	12	222816	222827	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384184046
94	NC_017203	CAAGCA	2	12	223804	223815	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384184048
95	NC_017203	GCTGCA	2	12	226535	226546	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384184049
96	NC_017203	AGATGA	2	12	228910	228921	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384184051
97	NC_017203	TAAATT	2	12	229288	229299	50 %	50 %	0 %	0 %	384184051
98	NC_017203	AATGTT	2	12	235315	235326	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384184057
99	NC_017203	ATTTTT	2	12	236183	236194	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017203	AATTTA	2	12	237527	237538	50 %	50 %	0 %	0 %	384184059
101	NC_017203	CCTACA	2	12	239494	239505	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384184062
102	NC_017203	ATGTGC	2	12	240282	240293	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384184062
103	NC_017203	CAAGCA	2	12	243323	243334	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017203	AAACAA	2	12	246698	246709	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017203	AATTGA	2	12	251999	252010	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017203	ATGAAC	2	12	252111	252122	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384184072
107	NC_017203	AATGTA	2	12	252585	252596	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384184072
108	NC_017203	ATTTAA	2	12	254617	254628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017203	CAAGCA	2	12	255279	255290	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384184073
110	NC_017203	CTTTTT	2	12	256451	256462	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017203	TTTAAT	2	12	257181	257192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017203	TTTATT	2	12	259252	259263	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017203	ATATGG	2	12	259727	259738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017203	TAGAAA	2	12	259755	259766	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017203	GAAAGT	2	12	264279	264290	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384184077
116	NC_017203	AACCGT	2	12	265790	265801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384184078
117	NC_017203	GAAGTA	2	12	267027	267038	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384184079
118	NC_017203	TTAAGA	2	12	269512	269523	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384184079
119	NC_017203	ATGTAG	2	12	269950	269961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384184079
120	NC_017203	CTTTTT	2	12	270715	270726	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017203	GGTATT	2	12	271193	271204	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384184080
122	NC_017203	CTTAAA	2	12	279074	279085	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384184086
123	NC_017203	CACAAT	2	12	280395	280406	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384184087

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.