MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Bacillus amyloliquefaciens LL3 chromosome

Total Repeats: 1419

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017190	AAAAGA	2	12	4197	4208	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384162408
2	NC_017190	TGAAGA	2	12	8494	8505	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384162411
3	NC_017190	TTTGAA	2	12	17431	17442	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017190	ACGAAT	2	12	22709	22720	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384162418
5	NC_017190	TTCGGC	2	12	24621	24632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384162420
6	NC_017190	GAAGGT	2	12	28956	28967	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384162425
7	NC_017190	TTAAAT	2	12	29462	29473	50 %	50 %	0 %	0 %	384162425
8	NC_017190	GAAAAA	2	12	48088	48099	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384162444
9	NC_017190	TTGTCG	2	12	48903	48914	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384162445
10	NC_017190	AGCGGA	2	12	55347	55358	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384162452
11	NC_017190	TTGCCA	2	12	58757	58768	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384162456
12	NC_017190	ATTGTT	2	12	59347	59358	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384162457
13	NC_017190	GAATCG	2	12	60962	60973	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162459
14	NC_017190	TGTTAG	2	12	62419	62430	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384162461
15	NC_017190	GTGAGA	2	12	73226	73237	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384162470
16	NC_017190	ATCTGA	2	12	76117	76128	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384162473
17	NC_017190	AGCTGC	2	12	76956	76967	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384162473
18	NC_017190	TGTCGG	2	12	78697	78708	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384162475
19	NC_017190	AACACC	2	12	80088	80099	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_017190	GACGGA	2	12	84396	84407	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384162480
21	NC_017190	AGGATC	2	12	88066	88077	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162485
22	NC_017190	GGAAAA	2	12	89916	89927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384162488
23	NC_017190	AGTCAA	2	12	96540	96551	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017190	TGGCAC	2	12	98731	98742	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384162492
25	NC_017190	GTGAAG	2	12	98809	98820	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384162492
26	NC_017190	GCAAAA	2	12	100932	100943	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384162492
27	NC_017190	TGCCGA	2	12	103510	103521	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384162494
28	NC_017190	ATGAAA	2	12	109287	109298	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384162501
29	NC_017190	CATTTA	2	12	113901	113912	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384162509
30	NC_017190	TCTGGT	2	12	113966	113977	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384162509
31	NC_017190	GAAGCT	2	12	114483	114494	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162510
32	NC_017190	CTTGCA	2	12	115628	115639	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384162511
33	NC_017190	CTGTAG	2	12	115835	115846	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384162512
34	NC_017190	ACACAA	2	12	118350	118361	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384162514
35	NC_017190	AACGAA	2	12	123265	123276	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384162515
36	NC_017190	AATCAC	2	12	125968	125979	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384162518
37	NC_017190	AGTTGA	2	12	126055	126066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384162518
38	NC_017190	AAACAG	2	12	126132	126143	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384162518
39	NC_017190	TAAAGG	2	12	131181	131192	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384162522
40	NC_017190	GTCGGT	2	12	137802	137813	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384162535
41	NC_017190	AATAAA	2	12	139181	139192	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384162538
42	NC_017190	CATTAA	2	12	141334	141345	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384162541
43	NC_017190	GAAAAG	2	12	143033	143044	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384162543
44	NC_017190	AAACAA	2	12	143074	143085	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384162543
45	NC_017190	AAAAAG	2	12	144802	144813	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384162545
46	NC_017190	TTAACT	2	12	149599	149610	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017190	CGGTTG	2	12	150043	150054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384162551
48	NC_017190	AATGGC	2	12	150964	150975	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162553
49	NC_017190	ATTTTT	2	12	154335	154346	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384162557
50	NC_017190	GGTTTT	2	12	164759	164770	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384162563
51	NC_017190	TTGCTC	2	12	165615	165626	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384162565
52	NC_017190	ACGGAT	2	12	166280	166291	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162565
53	NC_017190	TGAGAG	2	12	168168	168179	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384162567
54	NC_017190	GCTCCG	2	12	169532	169543	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	384162568
55	NC_017190	TAAATA	2	12	171184	171195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384162570
56	NC_017190	TCTGAT	2	12	171204	171215	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384162570
57	NC_017190	ATCGTC	2	12	174148	174159	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384162572
58	NC_017190	GTTGAA	2	12	185064	185075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384162583
59	NC_017190	TGTTGA	2	12	185279	185290	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384162583
60	NC_017190	AGACAA	2	12	185945	185956	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384162583
61	NC_017190	TGGCTG	2	12	188686	188697	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384162587
62	NC_017190	GAAATG	2	12	189198	189209	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384162587
63	NC_017190	AGATGA	2	12	190328	190339	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384162588
64	NC_017190	GAAAAT	2	12	191849	191860	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017190	AGCGAT	2	12	192296	192307	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017190	AATTAA	2	12	193645	193656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017190	TTAATA	2	12	194753	194764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017190	TTTATT	2	12	197055	197066	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384162590
69	NC_017190	GTGAAA	2	12	197143	197154	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384162590
70	NC_017190	TGCGGA	2	12	199847	199858	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384162593
71	NC_017190	TATCTT	2	12	201948	201959	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384162596
72	NC_017190	GATTTT	2	12	202518	202529	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384162596
73	NC_017190	TGTCTA	2	12	202863	202874	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384162596
74	NC_017190	TGAACA	2	12	207375	207386	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384162601
75	NC_017190	CTTTTC	2	12	208133	208144	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384162602
76	NC_017190	AAGCGA	2	12	212920	212931	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384162609
77	NC_017190	GAACAT	2	12	218842	218853	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384162615
78	NC_017190	TGAGGC	2	12	220204	220215	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384162618
79	NC_017190	GAAAAA	2	12	221031	221042	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384162619
80	NC_017190	TTTTAT	2	12	223439	223450	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384162622
81	NC_017190	AATACA	2	12	225544	225555	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384162625
82	NC_017190	CTGCCG	2	12	226792	226803	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	384162626
83	NC_017190	GAGACG	2	12	228734	228745	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384162629
84	NC_017190	TCCACA	2	12	229452	229463	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384162629
85	NC_017190	ATGCCG	2	12	232575	232586	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384162632
86	NC_017190	TCCACG	2	12	233166	233177	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384162632
87	NC_017190	GAGGAT	2	12	235046	235057	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384162635
88	NC_017190	TTTTAG	2	12	239652	239663	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384162641
89	NC_017190	GCGGAA	2	12	243354	243365	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384162648
90	NC_017190	CGTTTG	2	12	244509	244520	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384162649
91	NC_017190	AGCGGG	2	12	245229	245240	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	384162649
92	NC_017190	CAGGAT	2	12	250423	250434	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162655
93	NC_017190	CCTGAA	2	12	255869	255880	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384162663
94	NC_017190	CGGCAG	2	12	256474	256485	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384162663
95	NC_017190	TGAGAT	2	12	258994	259005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384162666
96	NC_017190	ATGAGC	2	12	261652	261663	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162668
97	NC_017190	TTTTCA	2	12	261674	261685	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384162668
98	NC_017190	TCATTG	2	12	263776	263787	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384162671
99	NC_017190	GAAGAG	2	12	264141	264152	50 %	0 %	50 %	0 %	384162671
100	NC_017190	CCACAG	2	12	264176	264187	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384162671
101	NC_017190	TTCTGC	2	12	266181	266192	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384162673
102	NC_017190	TCAAAG	2	12	266350	266361	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384162674
103	NC_017190	TGATTT	2	12	268307	268318	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384162677
104	NC_017190	GAAGCG	2	12	268533	268544	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384162677
105	NC_017190	ATCGGA	2	12	269669	269680	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162679
106	NC_017190	AAAATC	2	12	271908	271919	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384162681
107	NC_017190	CTGTCA	2	12	272691	272702	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384162681
108	NC_017190	CATTGA	2	12	272830	272841	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384162681
109	NC_017190	TAAAAA	2	12	274787	274798	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384162683
110	NC_017190	AGAGTG	2	12	280531	280542	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384162688
111	NC_017190	TTGCCG	2	12	280792	280803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384162688
112	NC_017190	GGAAAA	2	12	285542	285553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384162693
113	NC_017190	AGGATG	2	12	289141	289152	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384162695
114	NC_017190	AGAATG	2	12	289296	289307	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384162695
115	NC_017190	ATTGAT	2	12	292293	292304	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384162698
116	NC_017190	AGCGAC	2	12	294042	294053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384162700
117	NC_017190	GATCTC	2	12	295222	295233	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384162701
118	NC_017190	GATAAA	2	12	299057	299068	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017190	TATTGA	2	12	300464	300475	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017190	GTCGAG	2	12	306753	306764	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384162710
121	NC_017190	TTTGAG	2	12	307194	307205	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384162710
122	NC_017190	GAGCAG	2	12	307497	307508	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384162710
123	NC_017190	CAAACC	2	12	308095	308106	50 %	0 %	0 %	50 %	384162711
124	NC_017190	TCAGCT	2	12	309914	309925	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384162714
125	NC_017190	TTTCAA	2	12	311471	311482	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384162715
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129	NC_017190	CGGAAA	2	12	324041	324052	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384162721
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131	NC_017190	CGGCGA	2	12	334278	334289	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384162722
132	NC_017190	CGGAAA	2	12	334808	334819	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384162722
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135	NC_017190	TGCTCG	2	12	357835	357846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384162742
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138	NC_017190	ATCCAG	2	12	372337	372348	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384162759
139	NC_017190	TGATAA	2	12	372922	372933	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017190	CGGAAA	2	12	375731	375742	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384162764
141	NC_017190	CGGTTT	2	12	378398	378409	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384162766
142	NC_017190	GAAAAA	2	12	379097	379108	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017190	ATTCGG	2	12	382682	382693	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384162771
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162	NC_017190	CATTAT	2	12	448762	448773	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384162846
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165	NC_017190	ACAGGT	2	12	455451	455462	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384162855
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172	NC_017190	CGTCGG	2	12	469523	469534	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384162873
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215	NC_017190	ATTAAT	2	12	608487	608498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
216	NC_017190	AATCCC	2	12	609244	609255	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384163043
217	NC_017190	GTAATA	2	12	609349	609360	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384163043
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224	NC_017190	AAAAGG	2	12	623381	623392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
225	NC_017190	TGGATC	2	12	625319	625330	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384163059
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230	NC_017190	GCCGCG	2	12	635518	635529	0 %	0 %	50 %	50 %	384163068
231	NC_017190	TTCTTG	2	12	636027	636038	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384163070
232	NC_017190	ATCGAA	2	12	636614	636625	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384163070
233	NC_017190	ATCAGA	2	12	639129	639140	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384163072
234	NC_017190	TCAATC	2	12	639816	639827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
235	NC_017190	AAAGGA	2	12	641204	641215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384163073
236	NC_017190	CAAAAG	2	12	641580	641591	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384163074
237	NC_017190	CCGGCT	2	12	641613	641624	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	384163074
238	NC_017190	GCCGGA	2	12	643959	643970	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384163080
239	NC_017190	CTGTAC	2	12	645262	645273	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384163081
240	NC_017190	CTCCGC	2	12	649469	649480	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	384163086
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243	NC_017190	CTTTCT	2	12	652076	652087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
244	NC_017190	GCGGGT	2	12	657528	657539	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384163093
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249	NC_017190	ATCGAA	2	12	675952	675963	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384163109
250	NC_017190	GCTGAC	2	12	676590	676601	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384163109
251	NC_017190	ATGCTG	2	12	680894	680905	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384163111
252	NC_017190	CATTGG	2	12	681063	681074	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384163111
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254	NC_017190	AGAAAA	2	12	686112	686123	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
255	NC_017190	TCAGTA	2	12	689642	689653	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384163119
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260	NC_017190	CCGAAG	2	12	704018	704029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384163139
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264	NC_017190	GTTTAC	2	12	724310	724321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
265	NC_017190	CAAGCA	2	12	726255	726266	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384163158
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269	NC_017190	ACAAAA	2	12	730637	730648	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
270	NC_017190	GGCTCA	2	12	731633	731644	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384163163
271	NC_017190	CATGAC	2	12	731969	731980	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384163163
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287	NC_017190	CGACAT	2	12	767148	767159	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384163189
288	NC_017190	CTGATC	2	12	769845	769856	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384163192
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290	NC_017190	TCCCTT	2	12	772039	772050	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
291	NC_017190	CAAAGG	2	12	773975	773986	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384163196
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332	NC_017190	AAGTCA	2	12	876373	876384	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384163311
333	NC_017190	TCGAAA	2	12	889727	889738	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
334	NC_017190	GGGTGT	2	12	891555	891566	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384163324
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336	NC_017190	AAAAGT	2	12	899956	899967	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384163334
337	NC_017190	TTGTCA	2	12	901299	901310	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384163337
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340	NC_017190	TTATAT	2	12	908860	908871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_017190	GTGCTG	2	12	911688	911699	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
342	NC_017190	ATTCAT	2	12	911953	911964	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384163341
343	NC_017190	CATCTT	2	12	913540	913551	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
344	NC_017190	GTGAAA	2	12	917820	917831	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384163347
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458	NC_017190	GACAGA	2	12	1307264	1307275	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384163792
459	NC_017190	AGCTGG	2	12	1319646	1319657	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384163809
460	NC_017190	CAATAT	2	12	1325831	1325842	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384163813
461	NC_017190	CGGAAT	2	12	1330067	1330078	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384163817
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463	NC_017190	TCAGGA	2	12	1334499	1334510	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384163822
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469	NC_017190	TGCTTT	2	12	1357713	1357724	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384163848
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477	NC_017190	TGCCGA	2	12	1374960	1374971	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384163868
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481	NC_017190	CGATTC	2	12	1389400	1389411	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384163885
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484	NC_017190	AATTTC	2	12	1401697	1401708	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384163893
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489	NC_017190	ATCATT	2	12	1412905	1412916	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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