MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 2447

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017179	GTTGCA	2	12	376	387	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384359320
2	NC_017179	GAATTG	2	12	1599	1610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359321
3	NC_017179	TTATAT	2	12	3586	3597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359323
4	NC_017179	AATTAT	2	12	5617	5628	50 %	50 %	0 %	0 %	384359324
5	NC_017179	AAAGTT	2	12	6777	6788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359325
6	NC_017179	ATGCTA	2	12	6988	6999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384359325
7	NC_017179	AACTAC	2	12	7703	7714	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384359325
8	NC_017179	AAAAAT	2	12	9818	9829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359329
9	NC_017179	ATAAAA	2	12	9924	9935	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359330
10	NC_017179	GATTTA	2	12	28338	28349	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017179	TATTTT	2	12	36492	36503	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017179	TATGTT	2	12	38209	38220	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017179	ATATGA	2	12	39736	39747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017179	TGGCGG	2	12	40537	40548	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384359341
15	NC_017179	TTAGAG	2	12	41304	41315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359341
16	NC_017179	ACTAAA	2	12	42086	42097	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359341
17	NC_017179	AAAGCT	2	12	44667	44678	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359342
18	NC_017179	AATTAA	2	12	46434	46445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359343
19	NC_017179	ACAGGA	2	12	47531	47542	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384359345
20	NC_017179	TAGAAA	2	12	49360	49371	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359346
21	NC_017179	AAAGAA	2	12	49380	49391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359346
22	NC_017179	ATTTTT	2	12	49724	49735	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359346
23	NC_017179	TAATTG	2	12	52205	52216	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359348
24	NC_017179	TGATTT	2	12	60683	60694	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359353
25	NC_017179	TTATTT	2	12	62377	62388	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017179	TGAAAA	2	12	65949	65960	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359358
27	NC_017179	AGAAGG	2	12	66988	66999	50 %	0 %	50 %	0 %	384359359
28	NC_017179	AGATGT	2	12	67513	67524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359359
29	NC_017179	AGTAAA	2	12	71762	71773	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359360
30	NC_017179	TATTAA	2	12	73629	73640	50 %	50 %	0 %	0 %	384359363
31	NC_017179	ATAAGA	2	12	74526	74537	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359364
32	NC_017179	AAAATC	2	12	75855	75866	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359366
33	NC_017179	AAATAT	2	12	77050	77061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359367
34	NC_017179	TAGGAT	2	12	77645	77656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359368
35	NC_017179	CTGATG	2	12	77741	77752	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384359368
36	NC_017179	AATATA	2	12	78206	78217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017179	TAAGAT	2	12	82693	82704	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359371
38	NC_017179	ATATGC	2	12	84606	84617	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384359372
39	NC_017179	AAAGCT	2	12	85764	85775	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359373
40	NC_017179	TGAAAT	2	12	85793	85804	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359373
41	NC_017179	TATAGA	2	12	86285	86296	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017179	GATAGT	2	12	88559	88570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359377
43	NC_017179	AGTTGT	2	12	88999	89010	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384359377
44	NC_017179	AGTTAG	2	12	91942	91953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359381
45	NC_017179	GCTAAA	2	12	92870	92881	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359383
46	NC_017179	CAAGCA	2	12	93677	93688	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384359383
47	NC_017179	AGTTTT	2	12	96020	96031	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359388
48	NC_017179	TCAGCT	2	12	97377	97388	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384359390
49	NC_017179	AGGATT	2	12	97514	97525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359390
50	NC_017179	TAGGAA	2	12	99892	99903	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359392
51	NC_017179	AGATGA	2	12	102812	102823	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359392
52	NC_017179	AATATA	2	12	109979	109990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017179	GCTAAA	2	12	110056	110067	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359397
54	NC_017179	CAAGCA	2	12	110863	110874	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384359397
55	NC_017179	AGCTAA	2	12	114960	114971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359404
56	NC_017179	ATAGAA	2	12	115325	115336	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359405
57	NC_017179	AGTTTC	2	12	117989	118000	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359411
58	NC_017179	AATGAC	2	12	118455	118466	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359413
59	NC_017179	AAAGGT	2	12	119359	119370	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359414
60	NC_017179	GAAAAG	2	12	124401	124412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384359424
61	NC_017179	AAGCAA	2	12	124442	124453	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384359424
62	NC_017179	CTAGAA	2	12	124931	124942	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359425
63	NC_017179	ATAGAA	2	12	126153	126164	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359428
64	NC_017179	AAAAAG	2	12	126880	126891	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359428
65	NC_017179	GATTTA	2	12	131677	131688	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359435
66	NC_017179	TATACA	2	12	132284	132295	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359436
67	NC_017179	TCTAAT	2	12	132669	132680	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359436
68	NC_017179	TATTTT	2	12	133082	133093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017179	AAATTT	2	12	148412	148423	50 %	50 %	0 %	0 %	384359439
70	NC_017179	AAAATA	2	12	162546	162557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359441
71	NC_017179	TCAAAA	2	12	164778	164789	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359442
72	NC_017179	AAGAAT	2	12	166014	166025	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359444
73	NC_017179	CCATTC	2	12	167816	167827	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384359446
74	NC_017179	AGGATT	2	12	168639	168650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359447
75	NC_017179	AGATGT	2	12	169113	169124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359448
76	NC_017179	GTTGGT	2	12	171676	171687	0 %	50 %	50 %	0 %	384359450
77	NC_017179	CTATAA	2	12	180356	180367	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359457
78	NC_017179	TTTAGT	2	12	182299	182310	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359460
79	NC_017179	GCAGGA	2	12	183977	183988	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384359461
80	NC_017179	AATTTT	2	12	184678	184689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359461
81	NC_017179	AAATGA	2	12	185100	185111	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359462
82	NC_017179	ATAGAT	2	12	185926	185937	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359462
83	NC_017179	AGATAA	2	12	186897	186908	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359462
84	NC_017179	ATAATT	2	12	188768	188779	50 %	50 %	0 %	0 %	384359464
85	NC_017179	AAAAGA	2	12	189819	189830	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359464
86	NC_017179	AGCTGG	2	12	192491	192502	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384359468
87	NC_017179	AGCTAC	2	12	193660	193671	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384359469
88	NC_017179	AGAAAA	2	12	194556	194567	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359470
89	NC_017179	TAAATA	2	12	195933	195944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017179	ATAGTA	2	12	197975	197986	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359473
91	NC_017179	CTGGAG	2	12	200472	200483	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384359474
92	NC_017179	GATATA	2	12	202078	202089	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359475
93	NC_017179	AGAATA	2	12	202712	202723	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359475
94	NC_017179	TAGGTT	2	12	205194	205205	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384359477
95	NC_017179	AAATTT	2	12	205490	205501	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017179	GAAAAT	2	12	206871	206882	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359479
97	NC_017179	TTTTAG	2	12	209125	209136	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359482
98	NC_017179	GAGTAT	2	12	213605	213616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359485
99	NC_017179	AACAAT	2	12	214439	214450	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359486
100	NC_017179	TAAATA	2	12	216670	216681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017179	AAAATT	2	12	216700	216711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017179	ATATTA	2	12	216898	216909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017179	GTTTTT	2	12	217757	217768	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017179	TAGTTT	2	12	218006	218017	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017179	TGTATT	2	12	218591	218602	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017179	ATAGAA	2	12	221778	221789	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359491
107	NC_017179	AATGAA	2	12	222942	222953	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359491
108	NC_017179	CATCTT	2	12	224557	224568	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384359494
109	NC_017179	GAAATT	2	12	225114	225125	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017179	TATGAT	2	12	225158	225169	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359495
111	NC_017179	ATTTTG	2	12	225460	225471	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017179	ATGCAG	2	12	227284	227295	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384359497
113	NC_017179	TACATT	2	12	227750	227761	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359497
114	NC_017179	TCCTAT	2	12	228419	228430	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017179	TACCAA	2	12	228732	228743	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384359498
116	NC_017179	ATCATT	2	12	230428	230439	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359498
117	NC_017179	AATTTA	2	12	230628	230639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017179	TAAAAT	2	12	232171	232182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359500
119	NC_017179	TTTCAA	2	12	233346	233357	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359501
120	NC_017179	CTAAAA	2	12	233571	233582	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359501
121	NC_017179	AATCCT	2	12	234665	234676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359501
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352	NC_017179	AAAATT	2	12	663294	663305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
353	NC_017179	GTAAAA	2	12	668112	668123	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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476	NC_017179	TAGGTG	2	12	882917	882928	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384360052
477	NC_017179	AGTACT	2	12	891569	891580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384360061
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479	NC_017179	TATTTT	2	12	893922	893933	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
480	NC_017179	TAATTT	2	12	895067	895078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384360063
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