MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 446

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017179	GATTTA	2	12	28338	28349	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017179	TATTTT	2	12	36492	36503	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017179	TATGTT	2	12	38209	38220	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017179	ATATGA	2	12	39736	39747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017179	TTATTT	2	12	62377	62388	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017179	AATATA	2	12	78206	78217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017179	TATAGA	2	12	86285	86296	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017179	AATATA	2	12	109979	109990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017179	TATTTT	2	12	133082	133093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017179	TAAATA	2	12	195933	195944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017179	AAATTT	2	12	205490	205501	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017179	TAAATA	2	12	216670	216681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017179	AAAATT	2	12	216700	216711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017179	ATATTA	2	12	216898	216909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017179	GTTTTT	2	12	217757	217768	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017179	TAGTTT	2	12	218006	218017	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017179	TGTATT	2	12	218591	218602	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017179	GAAATT	2	12	225114	225125	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017179	ATTTTG	2	12	225460	225471	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017179	TCCTAT	2	12	228419	228430	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017179	AATTTA	2	12	230628	230639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017179	TTAAAT	2	12	242117	242128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017179	TAACAT	2	12	252990	253001	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017179	TAAAAA	2	12	253679	253690	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017179	AAATAT	2	12	257169	257180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017179	AAGTAA	2	12	285008	285019	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017179	ATATGA	2	12	318292	318303	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017179	TTGAAT	2	12	346827	346838	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017179	AAATAA	2	12	352796	352807	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017179	TATTTA	2	12	380957	380968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017179	ATTTTT	2	12	404945	404956	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017179	ATAATT	2	12	407744	407755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017179	AGTAAA	2	12	417041	417052	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017179	ATTTTA	2	12	431657	431668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017179	TAAATT	2	12	448822	448833	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017179	TTTAAT	2	12	472513	472524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017179	TTTATA	2	12	484479	484490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017179	ATATAG	2	12	497862	497873	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017179	AGTAAT	2	12	503492	503503	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017179	TTATTT	2	12	503683	503694	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017179	TTAGAA	2	12	537642	537653	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017179	TTAAAA	2	12	547701	547712	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017179	TTTTTA	2	12	557686	557697	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017179	AGTATC	2	12	567003	567014	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017179	AAAGTA	2	12	583669	583680	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017179	TAAATT	2	12	587051	587062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017179	ATTAAA	2	12	595586	595597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017179	AAAATT	2	12	595762	595773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017179	CATATT	2	12	598723	598734	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017179	GAAGAG	2	12	611632	611643	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017179	GTATTT	2	12	611740	611751	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017179	AAATAA	2	12	632457	632468	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017179	TAAAAA	2	12	632731	632742	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017179	AGTTTT	2	12	645907	645918	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017179	ATTATA	2	12	647275	647286	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017179	AAAAGA	2	12	649287	649298	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017179	GAAAAT	2	12	659103	659114	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017179	GAAAAA	2	12	660946	660957	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017179	AAAATT	2	12	663294	663305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017179	GTAAAA	2	12	668112	668123	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017179	ATAGTA	2	12	685152	685163	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017179	AATATT	2	12	691886	691897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017179	TAATAT	2	12	692141	692152	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017179	TGAAGA	2	12	693864	693875	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017179	TAAATT	2	12	694558	694569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017179	AGATAA	2	12	697144	697155	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017179	AAATTT	2	12	709528	709539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017179	ATTTTT	2	12	714487	714498	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017179	AATAAA	2	12	717203	717214	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017179	TTATTT	2	12	717865	717876	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017179	TTAAAA	2	12	744813	744824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017179	AGAGAT	2	12	746485	746496	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017179	AGAGAT	2	12	746627	746638	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017179	AAAAAT	2	12	746662	746673	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017179	AATAAA	2	12	748482	748493	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017179	TATTTT	2	12	750267	750278	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017179	TAAAGT	2	12	751197	751208	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017179	AATATA	2	12	767167	767178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017179	TTAATT	2	12	767395	767406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017179	ATATAA	2	12	774430	774441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017179	TTAATA	2	12	778031	778042	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017179	TATAAA	2	12	789340	789351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017179	TAAATA	2	12	789464	789475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017179	TATAAA	2	12	789506	789517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017179	TAAATA	2	12	789542	789553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017179	TGATTT	2	12	789588	789599	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017179	TTAAAA	2	12	798862	798873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017179	TATTAA	2	12	824786	824797	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017179	AAAAGA	2	12	838386	838397	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017179	TTAAAT	2	12	839673	839684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017179	TTAATT	2	12	842861	842872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017179	TAAAAA	2	12	853664	853675	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017179	TATTAA	2	12	856248	856259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017179	TTTATA	2	12	861636	861647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017179	TAAGAG	2	12	862299	862310	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017179	TTTTAT	2	12	865068	865079	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017179	TGTATA	2	12	893887	893898	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017179	TATTTT	2	12	893922	893933	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017179	TTATAT	2	12	904371	904382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017179	TTTATA	2	12	906211	906222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017179	TTAAAA	2	12	945569	945580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017179	ATTTTA	2	12	949915	949926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017179	GTAATA	2	12	959443	959454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017179	CTTAAC	2	12	972134	972145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017179	TATTTC	2	12	972835	972846	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017179	AGAAGG	2	12	977211	977222	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017179	AGTGGA	2	12	995862	995873	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017179	ATTAAA	2	12	1009146	1009157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017179	TAAAAA	2	12	1009491	1009502	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017179	TAAAAT	2	12	1013911	1013922	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017179	TAAAAA	2	12	1013958	1013969	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017179	AATATA	2	12	1027615	1027626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017179	TTGTAT	2	12	1047986	1047997	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017179	ATAGAA	2	12	1048532	1048543	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017179	ATTATA	2	12	1061158	1061169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017179	TTTATA	2	12	1067287	1067298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017179	TATTAG	2	12	1067343	1067354	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017179	AGTTTA	2	12	1075546	1075557	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017179	TAAAAA	2	12	1075891	1075902	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017179	TTTAAA	2	12	1107512	1107523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017179	ATTAAT	2	12	1127427	1127438	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017179	TATAAA	2	12	1128753	1128764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017179	AAAATA	2	12	1128831	1128842	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017179	TAAAAA	2	12	1137406	1137417	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017179	ATCAAT	2	12	1171476	1171487	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017179	TTATAC	2	12	1194025	1194036	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017179	CGTATG	2	12	1194162	1194173	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017179	TTTAAT	2	12	1194407	1194418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017179	TAATTT	2	12	1221713	1221724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017179	AATTTT	2	12	1221933	1221944	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017179	AATAAA	2	12	1225031	1225042	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017179	AAATTT	2	12	1242986	1242997	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017179	TTTATA	2	12	1256543	1256554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.