MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 2001

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017179	GTTGCA	2	12	376	387	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384359320
2	NC_017179	GAATTG	2	12	1599	1610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359321
3	NC_017179	TTATAT	2	12	3586	3597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359323
4	NC_017179	AATTAT	2	12	5617	5628	50 %	50 %	0 %	0 %	384359324
5	NC_017179	AAAGTT	2	12	6777	6788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359325
6	NC_017179	ATGCTA	2	12	6988	6999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384359325
7	NC_017179	AACTAC	2	12	7703	7714	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384359325
8	NC_017179	AAAAAT	2	12	9818	9829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359329
9	NC_017179	ATAAAA	2	12	9924	9935	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359330
10	NC_017179	TGGCGG	2	12	40537	40548	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384359341
11	NC_017179	TTAGAG	2	12	41304	41315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359341
12	NC_017179	ACTAAA	2	12	42086	42097	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359341
13	NC_017179	AAAGCT	2	12	44667	44678	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359342
14	NC_017179	AATTAA	2	12	46434	46445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359343
15	NC_017179	ACAGGA	2	12	47531	47542	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384359345
16	NC_017179	TAGAAA	2	12	49360	49371	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359346
17	NC_017179	AAAGAA	2	12	49380	49391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359346
18	NC_017179	ATTTTT	2	12	49724	49735	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359346
19	NC_017179	TAATTG	2	12	52205	52216	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359348
20	NC_017179	TGATTT	2	12	60683	60694	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359353
21	NC_017179	TGAAAA	2	12	65949	65960	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359358
22	NC_017179	AGAAGG	2	12	66988	66999	50 %	0 %	50 %	0 %	384359359
23	NC_017179	AGATGT	2	12	67513	67524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359359
24	NC_017179	AGTAAA	2	12	71762	71773	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359360
25	NC_017179	TATTAA	2	12	73629	73640	50 %	50 %	0 %	0 %	384359363
26	NC_017179	ATAAGA	2	12	74526	74537	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359364
27	NC_017179	AAAATC	2	12	75855	75866	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359366
28	NC_017179	AAATAT	2	12	77050	77061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359367
29	NC_017179	TAGGAT	2	12	77645	77656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359368
30	NC_017179	CTGATG	2	12	77741	77752	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384359368
31	NC_017179	TAAGAT	2	12	82693	82704	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359371
32	NC_017179	ATATGC	2	12	84606	84617	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384359372
33	NC_017179	AAAGCT	2	12	85764	85775	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359373
34	NC_017179	TGAAAT	2	12	85793	85804	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359373
35	NC_017179	GATAGT	2	12	88559	88570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359377
36	NC_017179	AGTTGT	2	12	88999	89010	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384359377
37	NC_017179	AGTTAG	2	12	91942	91953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359381
38	NC_017179	GCTAAA	2	12	92870	92881	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359383
39	NC_017179	CAAGCA	2	12	93677	93688	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384359383
40	NC_017179	AGTTTT	2	12	96020	96031	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359388
41	NC_017179	TCAGCT	2	12	97377	97388	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384359390
42	NC_017179	AGGATT	2	12	97514	97525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359390
43	NC_017179	TAGGAA	2	12	99892	99903	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359392
44	NC_017179	AGATGA	2	12	102812	102823	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359392
45	NC_017179	GCTAAA	2	12	110056	110067	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359397
46	NC_017179	CAAGCA	2	12	110863	110874	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384359397
47	NC_017179	AGCTAA	2	12	114960	114971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359404
48	NC_017179	ATAGAA	2	12	115325	115336	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359405
49	NC_017179	AGTTTC	2	12	117989	118000	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359411
50	NC_017179	AATGAC	2	12	118455	118466	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359413
51	NC_017179	AAAGGT	2	12	119359	119370	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359414
52	NC_017179	GAAAAG	2	12	124401	124412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384359424
53	NC_017179	AAGCAA	2	12	124442	124453	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384359424
54	NC_017179	CTAGAA	2	12	124931	124942	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359425
55	NC_017179	ATAGAA	2	12	126153	126164	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359428
56	NC_017179	AAAAAG	2	12	126880	126891	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359428
57	NC_017179	GATTTA	2	12	131677	131688	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359435
58	NC_017179	TATACA	2	12	132284	132295	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359436
59	NC_017179	TCTAAT	2	12	132669	132680	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359436
60	NC_017179	AAATTT	2	12	148412	148423	50 %	50 %	0 %	0 %	384359439
61	NC_017179	AAAATA	2	12	162546	162557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359441
62	NC_017179	TCAAAA	2	12	164778	164789	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359442
63	NC_017179	AAGAAT	2	12	166014	166025	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359444
64	NC_017179	CCATTC	2	12	167816	167827	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384359446
65	NC_017179	AGGATT	2	12	168639	168650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359447
66	NC_017179	AGATGT	2	12	169113	169124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359448
67	NC_017179	GTTGGT	2	12	171676	171687	0 %	50 %	50 %	0 %	384359450
68	NC_017179	CTATAA	2	12	180356	180367	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359457
69	NC_017179	TTTAGT	2	12	182299	182310	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359460
70	NC_017179	GCAGGA	2	12	183977	183988	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384359461
71	NC_017179	AATTTT	2	12	184678	184689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359461
72	NC_017179	AAATGA	2	12	185100	185111	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359462
73	NC_017179	ATAGAT	2	12	185926	185937	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359462
74	NC_017179	AGATAA	2	12	186897	186908	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359462
75	NC_017179	ATAATT	2	12	188768	188779	50 %	50 %	0 %	0 %	384359464
76	NC_017179	AAAAGA	2	12	189819	189830	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359464
77	NC_017179	AGCTGG	2	12	192491	192502	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384359468
78	NC_017179	AGCTAC	2	12	193660	193671	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384359469
79	NC_017179	AGAAAA	2	12	194556	194567	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359470
80	NC_017179	ATAGTA	2	12	197975	197986	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359473
81	NC_017179	CTGGAG	2	12	200472	200483	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384359474
82	NC_017179	GATATA	2	12	202078	202089	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359475
83	NC_017179	AGAATA	2	12	202712	202723	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359475
84	NC_017179	TAGGTT	2	12	205194	205205	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384359477
85	NC_017179	GAAAAT	2	12	206871	206882	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359479
86	NC_017179	TTTTAG	2	12	209125	209136	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359482
87	NC_017179	GAGTAT	2	12	213605	213616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359485
88	NC_017179	AACAAT	2	12	214439	214450	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359486
89	NC_017179	ATAGAA	2	12	221778	221789	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359491
90	NC_017179	AATGAA	2	12	222942	222953	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359491
91	NC_017179	CATCTT	2	12	224557	224568	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384359494
92	NC_017179	TATGAT	2	12	225158	225169	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359495
93	NC_017179	ATGCAG	2	12	227284	227295	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384359497
94	NC_017179	TACATT	2	12	227750	227761	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359497
95	NC_017179	TACCAA	2	12	228732	228743	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384359498
96	NC_017179	ATCATT	2	12	230428	230439	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359498
97	NC_017179	TAAAAT	2	12	232171	232182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359500
98	NC_017179	TTTCAA	2	12	233346	233357	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359501
99	NC_017179	CTAAAA	2	12	233571	233582	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359501
100	NC_017179	AATCCT	2	12	234665	234676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359501
101	NC_017179	TATCCA	2	12	234704	234715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359501
102	NC_017179	TTTAGA	2	12	235800	235811	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359502
103	NC_017179	AAGATG	2	12	239244	239255	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359506
104	NC_017179	CAACCA	2	12	242810	242821	50 %	0 %	0 %	50 %	384359509
105	NC_017179	TATCAT	2	12	242904	242915	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359509
106	NC_017179	GAAATA	2	12	243966	243977	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359510
107	NC_017179	AGATTC	2	12	246613	246624	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384359512
108	NC_017179	ATTAAT	2	12	247214	247225	50 %	50 %	0 %	0 %	384359513
109	NC_017179	TAGATT	2	12	247659	247670	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359513
110	NC_017179	GGTTAA	2	12	249336	249347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359514
111	NC_017179	TGGTTC	2	12	249942	249953	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384359514
112	NC_017179	TTTGGA	2	12	252098	252109	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384359517
113	NC_017179	AATGGG	2	12	252742	252753	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384359517
114	NC_017179	TTGGAA	2	12	254170	254181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359519
115	NC_017179	ACAATA	2	12	256190	256201	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359521
116	NC_017179	AGAAAA	2	12	258273	258284	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359523
117	NC_017179	AACTAA	2	12	260320	260331	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359525
118	NC_017179	GAAGCA	2	12	263116	263127	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384359527
119	NC_017179	TATACC	2	12	263298	263309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359527
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