MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 4495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017179	TTAAA	2	10	2322	2331	60 %	40 %	0 %	0 %	384359321
2	NC_017179	TAAAA	2	10	2993	3002	80 %	20 %	0 %	0 %	384359322
3	NC_017179	TTGTT	2	10	4891	4900	0 %	80 %	20 %	0 %	384359324
4	NC_017179	AAGAA	2	10	5992	6001	80 %	0 %	20 %	0 %	384359324
5	NC_017179	ATATT	2	10	6204	6213	40 %	60 %	0 %	0 %	384359325
6	NC_017179	AGTGT	2	10	6667	6676	20 %	40 %	40 %	0 %	384359325
7	NC_017179	AAAGA	2	10	6903	6912	80 %	0 %	20 %	0 %	384359325
8	NC_017179	AGATA	2	10	7370	7379	60 %	20 %	20 %	0 %	384359325
9	NC_017179	TAAAT	2	10	7757	7766	60 %	40 %	0 %	0 %	384359325
10	NC_017179	AAGAA	2	10	8665	8674	80 %	0 %	20 %	0 %	384359326
11	NC_017179	GCTCT	2	10	8900	8909	0 %	40 %	20 %	40 %	384359327
12	NC_017179	ATTTA	2	10	9910	9919	40 %	60 %	0 %	0 %	384359330
13	NC_017179	CTAGA	2	10	10572	10581	40 %	20 %	20 %	20 %	384359330
14	NC_017179	GGTAA	2	10	11052	11061	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017179	AGGAG	2	10	11432	11441	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017179	TCGTG	2	10	11843	11852	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017179	GGGAG	2	10	13121	13130	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017179	TAAGT	2	10	13646	13655	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017179	TAAGC	2	10	14067	14076	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017179	AAGAT	2	10	15375	15384	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017179	GGTAA	2	10	16345	16354	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017179	AGGAG	2	10	16725	16734	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017179	TCGTG	2	10	17136	17145	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017179	CTTGC	2	10	17689	17698	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017179	GGGAG	2	10	18512	18521	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017179	TAAGT	2	10	19037	19046	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017179	TAAGC	2	10	19458	19467	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017179	AAGAT	2	10	20766	20775	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017179	TTAAA	2	10	23020	23029	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017179	AGATA	2	10	23343	23352	60 %	20 %	20 %	0 %	384359333
31	NC_017179	AAAAT	2	10	24624	24633	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017179	GATAA	2	10	24659	24668	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017179	TTTGT	2	10	25740	25749	0 %	80 %	20 %	0 %	384359335
34	NC_017179	AATAA	2	10	25813	25822	80 %	20 %	0 %	0 %	384359335
35	NC_017179	TTAAT	2	10	26225	26234	40 %	60 %	0 %	0 %	384359335
36	NC_017179	AAATA	2	10	27221	27230	80 %	20 %	0 %	0 %	384359335
37	NC_017179	AAATT	2	10	28732	28741	60 %	40 %	0 %	0 %	384359339
38	NC_017179	GGTAA	2	10	30665	30674	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017179	AGGAG	2	10	31045	31054	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017179	TCGTG	2	10	31456	31465	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017179	GGGAG	2	10	32734	32743	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017179	TAAGT	2	10	33259	33268	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017179	TAAGC	2	10	33680	33689	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017179	AAGAT	2	10	34988	34997	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017179	TAATA	2	10	35258	35267	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017179	AAAAT	2	10	35998	36007	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017179	ATTAA	2	10	36891	36900	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017179	AAAAT	2	10	37829	37838	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017179	ATTTA	2	10	38111	38120	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017179	ATTAA	2	10	38816	38825	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017179	GAAAT	2	10	39337	39346	60 %	20 %	20 %	0 %	384359340
52	NC_017179	ATATT	2	10	40638	40647	40 %	60 %	0 %	0 %	384359341
53	NC_017179	GTTCA	2	10	40740	40749	20 %	40 %	20 %	20 %	384359341
54	NC_017179	AGTTA	2	10	40831	40840	40 %	40 %	20 %	0 %	384359341
55	NC_017179	ATATT	2	10	42109	42118	40 %	60 %	0 %	0 %	384359341
56	NC_017179	AGGTA	2	10	43099	43108	40 %	20 %	40 %	0 %	384359341
57	NC_017179	AATGG	2	10	43178	43187	40 %	20 %	40 %	0 %	384359341
58	NC_017179	TAATT	2	10	43472	43481	40 %	60 %	0 %	0 %	384359341
59	NC_017179	TACAT	2	10	44870	44879	40 %	40 %	0 %	20 %	384359342
60	NC_017179	AAAAT	2	10	44950	44959	80 %	20 %	0 %	0 %	384359342
61	NC_017179	TTGAA	2	10	44983	44992	40 %	40 %	20 %	0 %	384359342
62	NC_017179	TGGAA	2	10	45452	45461	40 %	20 %	40 %	0 %	384359342
63	NC_017179	AAGGT	2	10	46502	46511	40 %	20 %	40 %	0 %	384359343
64	NC_017179	AGATG	2	10	48938	48947	40 %	20 %	40 %	0 %	384359346
65	NC_017179	TATAG	2	10	50681	50690	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017179	AATAT	2	10	53198	53207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017179	TTTTG	2	10	53851	53860	0 %	80 %	20 %	0 %	384359349
68	NC_017179	TAGAT	2	10	55182	55191	40 %	40 %	20 %	0 %	384359350
69	NC_017179	TTATT	2	10	57840	57849	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017179	ATAAG	2	10	57875	57884	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017179	GAGTG	2	10	59430	59439	20 %	20 %	60 %	0 %	384359353
72	NC_017179	ATGTT	2	10	61795	61804	20 %	60 %	20 %	0 %	384359354
73	NC_017179	CAAAT	2	10	63109	63118	60 %	20 %	0 %	20 %	384359355
74	NC_017179	AAATA	2	10	65634	65643	80 %	20 %	0 %	0 %	384359358
75	NC_017179	TAAAA	2	10	66546	66555	80 %	20 %	0 %	0 %	384359358
76	NC_017179	ATTAT	2	10	66712	66721	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017179	ATTCA	2	10	67759	67768	40 %	40 %	0 %	20 %	384359359
78	NC_017179	GAAGA	2	10	69075	69084	60 %	0 %	40 %	0 %	384359360
79	NC_017179	AGAAA	2	10	70246	70255	80 %	0 %	20 %	0 %	384359360
80	NC_017179	ATATA	2	10	70684	70693	60 %	40 %	0 %	0 %	384359360
81	NC_017179	AAAAG	2	10	71140	71149	80 %	0 %	20 %	0 %	384359360
82	NC_017179	CAAAT	2	10	71472	71481	60 %	20 %	0 %	20 %	384359360
83	NC_017179	ACTCT	2	10	71828	71837	20 %	40 %	0 %	40 %	384359360
84	NC_017179	AATTT	2	10	71940	71949	40 %	60 %	0 %	0 %	384359361
85	NC_017179	TAAAA	2	10	72472	72481	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017179	GAATA	2	10	74173	74182	60 %	20 %	20 %	0 %	384359363
87	NC_017179	TTGAA	2	10	74737	74746	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017179	AAGAA	2	10	74915	74924	80 %	0 %	20 %	0 %	384359365
89	NC_017179	ATAAA	2	10	75695	75704	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017179	TAAAA	2	10	76866	76875	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017179	AAAAT	2	10	76905	76914	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017179	ACAGA	2	10	78782	78791	60 %	0 %	20 %	20 %	384359369
93	NC_017179	GTTAG	2	10	80191	80200	20 %	40 %	40 %	0 %	384359369
94	NC_017179	TACAT	2	10	80827	80836	40 %	40 %	0 %	20 %	384359370
95	NC_017179	CCATA	2	10	81101	81110	40 %	20 %	0 %	40 %	384359370
96	NC_017179	TGTGG	2	10	81618	81627	0 %	40 %	60 %	0 %	384359370
97	NC_017179	ATAAG	2	10	81869	81878	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017179	AGAAA	2	10	82973	82982	80 %	0 %	20 %	0 %	384359371
99	NC_017179	AAATT	2	10	83181	83190	60 %	40 %	0 %	0 %	384359371
100	NC_017179	AATAG	2	10	83658	83667	60 %	20 %	20 %	0 %	384359371
101	NC_017179	AGCAA	2	10	83803	83812	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017179	TATAA	2	10	84155	84164	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017179	AGCTA	2	10	86172	86181	40 %	20 %	20 %	20 %	384359374
104	NC_017179	AAATG	2	10	86963	86972	60 %	20 %	20 %	0 %	384359375
105	NC_017179	AATTT	2	10	87871	87880	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017179	TAAAC	2	10	88144	88153	60 %	20 %	0 %	20 %	384359377
107	NC_017179	TTACT	2	10	88794	88803	20 %	60 %	0 %	20 %	384359377
108	NC_017179	AAAAC	2	10	89056	89065	80 %	0 %	0 %	20 %	384359377
109	NC_017179	AGAAT	2	10	89651	89660	60 %	20 %	20 %	0 %	384359378
110	NC_017179	ATATT	2	10	94248	94257	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017179	GTTTA	2	10	94526	94535	20 %	60 %	20 %	0 %	384359385
112	NC_017179	GAAAA	2	10	94892	94901	80 %	0 %	20 %	0 %	384359386
113	NC_017179	AAAAT	2	10	95791	95800	80 %	20 %	0 %	0 %	384359388
114	NC_017179	TAAAA	2	10	97739	97748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017179	TTCTA	2	10	98720	98729	20 %	60 %	0 %	20 %	384359391
116	NC_017179	AATTA	2	10	98828	98837	60 %	40 %	0 %	0 %	384359391
117	NC_017179	AGTAG	2	10	101178	101187	40 %	20 %	40 %	0 %	384359392
118	NC_017179	GGTAA	2	10	101868	101877	40 %	20 %	40 %	0 %	384359392
119	NC_017179	TAATA	2	10	102881	102890	60 %	40 %	0 %	0 %	384359392
120	NC_017179	GGTAT	2	10	104597	104606	20 %	40 %	40 %	0 %	384359393
121	NC_017179	AAAAT	2	10	111402	111411	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017179	TGAGA	2	10	114160	114169	40 %	20 %	40 %	0 %	384359402
123	NC_017179	AATTA	2	10	114769	114778	60 %	40 %	0 %	0 %	384359403
124	NC_017179	AAAGA	2	10	115291	115300	80 %	0 %	20 %	0 %	384359405
125	NC_017179	TAATG	2	10	117540	117549	40 %	40 %	20 %	0 %	384359410
126	NC_017179	AGAAA	2	10	118810	118819	80 %	0 %	20 %	0 %	384359413
127	NC_017179	CCAAA	2	10	119263	119272	60 %	0 %	0 %	40 %	384359414
128	NC_017179	TAAGA	2	10	119325	119334	60 %	20 %	20 %	0 %	384359414
129	NC_017179	TAAAA	2	10	122342	122351	80 %	20 %	0 %	0 %	384359419
130	NC_017179	TTATG	2	10	127312	127321	20 %	60 %	20 %	0 %	384359429
131	NC_017179	TAGTA	2	10	127452	127461	40 %	40 %	20 %	0 %	384359429
132	NC_017179	ATATC	2	10	130474	130483	40 %	40 %	0 %	20 %	384359433
133	NC_017179	GTTAA	2	10	131875	131884	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017179	AATAA	2	10	131897	131906	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017179	ATTTT	2	10	131996	132005	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017179	TATAA	2	10	132096	132105	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017179	AGAAA	2	10	132654	132663	80 %	0 %	20 %	0 %	384359436
138	NC_017179	TAAAA	2	10	133108	133117	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017179	GGTAA	2	10	133534	133543	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017179	AGGAG	2	10	133914	133923	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017179	TCGTG	2	10	134325	134334	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017179	CTTGC	2	10	134878	134887	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017179	GGGAG	2	10	135723	135732	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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