MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 224

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017177	ATCAGA	2	12	1126	1137	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017177	AAATTA	2	12	3292	3303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017177	AAATCT	2	12	4729	4740	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359043
4	NC_017177	ATATTA	2	12	5442	5453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017177	GGGATA	2	12	7306	7317	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384359047
6	NC_017177	GAAAAA	2	12	7843	7854	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359047
7	NC_017177	AAAAAG	2	12	8299	8310	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359048
8	NC_017177	TAAATT	2	12	10636	10647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017177	AATAAA	2	12	11270	11281	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359051
10	NC_017177	CCTAAA	2	12	13831	13842	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017177	AGGATA	2	12	14758	14769	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359055
12	NC_017177	AAAGGC	2	12	15568	15579	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384359056
13	NC_017177	AAAATA	2	12	15605	15616	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359056
14	NC_017177	AATAAA	2	12	17219	17230	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359058
15	NC_017177	AATTTA	2	12	18321	18332	50 %	50 %	0 %	0 %	384359058
16	NC_017177	AATGGG	2	12	18579	18590	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384359058
17	NC_017177	AAAAGA	2	12	18940	18951	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359058
18	NC_017177	TTAATT	2	12	19071	19082	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359058
19	NC_017177	AAATGG	2	12	20177	20188	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359058
20	NC_017177	TACAGA	2	12	22201	22212	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359058
21	NC_017177	AAAATA	2	12	22347	22358	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359058
22	NC_017177	ATCCAG	2	12	23637	23648	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384359058
23	NC_017177	ATGAAG	2	12	23667	23678	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359058
24	NC_017177	AGATGG	2	12	23770	23781	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384359058
25	NC_017177	TCAACT	2	12	25394	25405	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359060
26	NC_017177	AATGAA	2	12	25951	25962	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017177	GAAATA	2	12	27715	27726	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359063
28	NC_017177	ATATTT	2	12	29812	29823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359066
29	NC_017177	TAGATA	2	12	30488	30499	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359068
30	NC_017177	TATTTG	2	12	31021	31032	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359069
31	NC_017177	ATCATA	2	12	32592	32603	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017177	AGCTAA	2	12	33230	33241	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359072
33	NC_017177	AATAAA	2	12	33559	33570	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359073
34	NC_017177	TCCTTT	2	12	36062	36073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017177	AAATGG	2	12	36490	36501	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359075
36	NC_017177	TTCTTT	2	12	39643	39654	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359079
37	NC_017177	ATTTAT	2	12	39921	39932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359079
38	NC_017177	ATGAAA	2	12	44221	44232	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359082
39	NC_017177	CAAGAG	2	12	45565	45576	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384359082
40	NC_017177	ATATAA	2	12	46114	46125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017177	GCTAAA	2	12	47933	47944	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017177	ATATCT	2	12	49930	49941	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017177	CTGGAG	2	12	52728	52739	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384359090
44	NC_017177	ATAAAT	2	12	56197	56208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359094
45	NC_017177	TAAAGA	2	12	56717	56728	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359094
46	NC_017177	AGAAAT	2	12	56825	56836	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359094
47	NC_017177	ATTTAA	2	12	57669	57680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017177	ATATTT	2	12	60124	60135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359097
49	NC_017177	TAGTTT	2	12	60474	60485	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359098
50	NC_017177	AAATAT	2	12	61110	61121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017177	ACATTT	2	12	61620	61631	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359099
52	NC_017177	ATTAAT	2	12	64110	64121	50 %	50 %	0 %	0 %	384359099
53	NC_017177	TAGAAG	2	12	65971	65982	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359100
54	NC_017177	CAAGTG	2	12	66103	66114	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384359100
55	NC_017177	AATTAA	2	12	69417	69428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359103
56	NC_017177	ATTCTA	2	12	70661	70672	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359105
57	NC_017177	TCCTCT	2	12	71207	71218	0 %	50 %	0 %	50 %	384359106
58	NC_017177	ATTTTT	2	12	71548	71559	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359106
59	NC_017177	TATATT	2	12	73987	73998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359112
60	NC_017177	TCATCT	2	12	79541	79552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384359117
61	NC_017177	TTTTAT	2	12	81305	81316	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359119
62	NC_017177	TCATAT	2	12	81561	81572	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359119
63	NC_017177	TTATTT	2	12	85246	85257	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017177	CTTTTA	2	12	85649	85660	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359124
65	NC_017177	AAGAAA	2	12	87275	87286	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359126
66	NC_017177	TCTTAA	2	12	87798	87809	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017177	GAAAAA	2	12	88430	88441	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359127
68	NC_017177	CTTTTT	2	12	90686	90697	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359129
69	NC_017177	TATTTT	2	12	92897	92908	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017177	AATTTA	2	12	93920	93931	50 %	50 %	0 %	0 %	384359134
71	NC_017177	ATTTTA	2	12	95179	95190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017177	ATAATT	2	12	95244	95255	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017177	ATTTAT	2	12	95331	95342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359136
74	NC_017177	AGATAT	2	12	97498	97509	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359139
75	NC_017177	TGTTTT	2	12	98410	98421	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384359140
76	NC_017177	TTTTAT	2	12	100653	100664	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017177	ACTTAT	2	12	102393	102404	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359145
78	NC_017177	CTTTAT	2	12	104506	104517	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017177	AATATT	2	12	107638	107649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017177	ACTTTT	2	12	108328	108339	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017177	AAAATG	2	12	110951	110962	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017177	TACTTG	2	12	117572	117583	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359158
83	NC_017177	TACATT	2	12	118056	118067	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359158
84	NC_017177	ACATCA	2	12	118240	118251	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384359158
85	NC_017177	TTAAAT	2	12	118561	118572	50 %	50 %	0 %	0 %	384359158
86	NC_017177	CATCTG	2	12	119894	119905	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384359158
87	NC_017177	TCCACC	2	12	120021	120032	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384359158
88	NC_017177	TATTTT	2	12	120452	120463	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017177	ATCTCC	2	12	120854	120865	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384359159
90	NC_017177	TAAATA	2	12	123296	123307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359161
91	NC_017177	AATCTA	2	12	124886	124897	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359163
92	NC_017177	TTAATT	2	12	127932	127943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359165
93	NC_017177	AACATA	2	12	128111	128122	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359165
94	NC_017177	TTAAGA	2	12	131834	131845	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359168
95	NC_017177	CACATT	2	12	131877	131888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359168
96	NC_017177	TTTTTC	2	12	132647	132658	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359168
97	NC_017177	ATTTAA	2	12	134261	134272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017177	TATTTA	2	12	138919	138930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017177	AATTCC	2	12	139952	139963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359173
100	NC_017177	AATCTA	2	12	139983	139994	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359173
101	NC_017177	TTCATT	2	12	141767	141778	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359175
102	NC_017177	CATTTG	2	12	142135	142146	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359175
103	NC_017177	ATTTAA	2	12	142829	142840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017177	CCTTCA	2	12	145007	145018	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017177	TCTTTA	2	12	149077	149088	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359179
106	NC_017177	TTTTTA	2	12	156060	156071	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017177	TCTATA	2	12	158493	158504	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359187
108	NC_017177	TGATAT	2	12	158614	158625	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017177	TCTTTA	2	12	159398	159409	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359188
110	NC_017177	ATTTAA	2	12	161391	161402	50 %	50 %	0 %	0 %	384359189
111	NC_017177	AATCTA	2	12	164334	164345	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359192
112	NC_017177	TTGAAT	2	12	165642	165653	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359193
113	NC_017177	TTGTAT	2	12	167983	167994	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017177	TCTTTA	2	12	168275	168286	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359195
115	NC_017177	TGTTTT	2	12	168974	168985	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017177	TGGAAA	2	12	169039	169050	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017177	TATAAA	2	12	170415	170426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359198
118	NC_017177	CTTCAT	2	12	175423	175434	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384359204
119	NC_017177	TTTTTC	2	12	175490	175501	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359204
120	NC_017177	TCCATT	2	12	176503	176514	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017177	TTCTAT	2	12	178623	178634	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359210
122	NC_017177	TTTGAA	2	12	179549	179560	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359212
123	NC_017177	TCTATA	2	12	181503	181514	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359213
124	NC_017177	ATCTCA	2	12	181998	182009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359214
125	NC_017177	CAAGTG	2	12	182179	182190	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384359214
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.