MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 172

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017177	AAATCT	2	12	4729	4740	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359043
2	NC_017177	GGGATA	2	12	7306	7317	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384359047
3	NC_017177	GAAAAA	2	12	7843	7854	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359047
4	NC_017177	AAAAAG	2	12	8299	8310	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359048
5	NC_017177	AATAAA	2	12	11270	11281	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359051
6	NC_017177	AGGATA	2	12	14758	14769	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359055
7	NC_017177	AAAGGC	2	12	15568	15579	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384359056
8	NC_017177	AAAATA	2	12	15605	15616	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359056
9	NC_017177	AATAAA	2	12	17219	17230	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359058
10	NC_017177	AATTTA	2	12	18321	18332	50 %	50 %	0 %	0 %	384359058
11	NC_017177	AATGGG	2	12	18579	18590	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384359058
12	NC_017177	AAAAGA	2	12	18940	18951	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359058
13	NC_017177	TTAATT	2	12	19071	19082	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359058
14	NC_017177	AAATGG	2	12	20177	20188	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359058
15	NC_017177	TACAGA	2	12	22201	22212	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359058
16	NC_017177	AAAATA	2	12	22347	22358	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359058
17	NC_017177	ATCCAG	2	12	23637	23648	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384359058
18	NC_017177	ATGAAG	2	12	23667	23678	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359058
19	NC_017177	AGATGG	2	12	23770	23781	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384359058
20	NC_017177	TCAACT	2	12	25394	25405	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359060
21	NC_017177	GAAATA	2	12	27715	27726	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359063
22	NC_017177	ATATTT	2	12	29812	29823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359066
23	NC_017177	TAGATA	2	12	30488	30499	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359068
24	NC_017177	TATTTG	2	12	31021	31032	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359069
25	NC_017177	AGCTAA	2	12	33230	33241	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384359072
26	NC_017177	AATAAA	2	12	33559	33570	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359073
27	NC_017177	AAATGG	2	12	36490	36501	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359075
28	NC_017177	TTCTTT	2	12	39643	39654	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359079
29	NC_017177	ATTTAT	2	12	39921	39932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359079
30	NC_017177	ATGAAA	2	12	44221	44232	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359082
31	NC_017177	CAAGAG	2	12	45565	45576	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384359082
32	NC_017177	CTGGAG	2	12	52728	52739	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384359090
33	NC_017177	ATAAAT	2	12	56197	56208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359094
34	NC_017177	TAAAGA	2	12	56717	56728	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359094
35	NC_017177	AGAAAT	2	12	56825	56836	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359094
36	NC_017177	ATATTT	2	12	60124	60135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359097
37	NC_017177	TAGTTT	2	12	60474	60485	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359098
38	NC_017177	ACATTT	2	12	61620	61631	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359099
39	NC_017177	ATTAAT	2	12	64110	64121	50 %	50 %	0 %	0 %	384359099
40	NC_017177	TAGAAG	2	12	65971	65982	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359100
41	NC_017177	CAAGTG	2	12	66103	66114	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384359100
42	NC_017177	AATTAA	2	12	69417	69428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359103
43	NC_017177	ATTCTA	2	12	70661	70672	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359105
44	NC_017177	TCCTCT	2	12	71207	71218	0 %	50 %	0 %	50 %	384359106
45	NC_017177	ATTTTT	2	12	71548	71559	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359106
46	NC_017177	TATATT	2	12	73987	73998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359112
47	NC_017177	TCATCT	2	12	79541	79552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384359117
48	NC_017177	TTTTAT	2	12	81305	81316	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359119
49	NC_017177	TCATAT	2	12	81561	81572	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359119
50	NC_017177	CTTTTA	2	12	85649	85660	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359124
51	NC_017177	AAGAAA	2	12	87275	87286	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359126
52	NC_017177	GAAAAA	2	12	88430	88441	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359127
53	NC_017177	CTTTTT	2	12	90686	90697	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359129
54	NC_017177	AATTTA	2	12	93920	93931	50 %	50 %	0 %	0 %	384359134
55	NC_017177	ATTTAT	2	12	95331	95342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359136
56	NC_017177	AGATAT	2	12	97498	97509	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359139
57	NC_017177	TGTTTT	2	12	98410	98421	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384359140
58	NC_017177	ACTTAT	2	12	102393	102404	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359145
59	NC_017177	TACTTG	2	12	117572	117583	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359158
60	NC_017177	TACATT	2	12	118056	118067	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359158
61	NC_017177	ACATCA	2	12	118240	118251	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384359158
62	NC_017177	TTAAAT	2	12	118561	118572	50 %	50 %	0 %	0 %	384359158
63	NC_017177	CATCTG	2	12	119894	119905	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384359158
64	NC_017177	TCCACC	2	12	120021	120032	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384359158
65	NC_017177	ATCTCC	2	12	120854	120865	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384359159
66	NC_017177	TAAATA	2	12	123296	123307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359161
67	NC_017177	AATCTA	2	12	124886	124897	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359163
68	NC_017177	TTAATT	2	12	127932	127943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359165
69	NC_017177	AACATA	2	12	128111	128122	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359165
70	NC_017177	TTAAGA	2	12	131834	131845	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359168
71	NC_017177	CACATT	2	12	131877	131888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359168
72	NC_017177	TTTTTC	2	12	132647	132658	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359168
73	NC_017177	AATTCC	2	12	139952	139963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359173
74	NC_017177	AATCTA	2	12	139983	139994	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359173
75	NC_017177	TTCATT	2	12	141767	141778	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359175
76	NC_017177	CATTTG	2	12	142135	142146	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359175
77	NC_017177	TCTTTA	2	12	149077	149088	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359179
78	NC_017177	TCTATA	2	12	158493	158504	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359187
79	NC_017177	TCTTTA	2	12	159398	159409	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359188
80	NC_017177	ATTTAA	2	12	161391	161402	50 %	50 %	0 %	0 %	384359189
81	NC_017177	AATCTA	2	12	164334	164345	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359192
82	NC_017177	TTGAAT	2	12	165642	165653	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359193
83	NC_017177	TCTTTA	2	12	168275	168286	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359195
84	NC_017177	TATAAA	2	12	170415	170426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359198
85	NC_017177	CTTCAT	2	12	175423	175434	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384359204
86	NC_017177	TTTTTC	2	12	175490	175501	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359204
87	NC_017177	TTCTAT	2	12	178623	178634	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359210
88	NC_017177	TTTGAA	2	12	179549	179560	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359212
89	NC_017177	TCTATA	2	12	181503	181514	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359213
90	NC_017177	ATCTCA	2	12	181998	182009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359214
91	NC_017177	CAAGTG	2	12	182179	182190	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384359214
92	NC_017177	AATAAA	2	12	188599	188610	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359218
93	NC_017177	GAAAAA	2	12	189371	189382	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359219
94	NC_017177	TTCAAT	2	12	190031	190042	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384359221
95	NC_017177	TTTCTT	2	12	191606	191617	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359222
96	NC_017177	GAAGGA	2	12	192601	192612	50 %	0 %	50 %	0 %	384359223
97	NC_017177	TCATTT	2	12	194832	194843	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359225
98	NC_017177	ATAAAA	2	12	194960	194971	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359225
99	NC_017177	AAAAAT	2	12	196712	196723	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	384359226
100	NC_017177	TTAAAA	2	12	202174	202185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359230
101	NC_017177	CTTTAC	2	12	204352	204363	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384359231
102	NC_017177	TAAACT	2	12	204662	204673	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359231
103	NC_017177	TTTCAT	2	12	205249	205260	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359231
104	NC_017177	GCATTT	2	12	205728	205739	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359231
105	NC_017177	TCAAAA	2	12	206254	206265	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359232
106	NC_017177	ATAGAT	2	12	209621	209632	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359235
107	NC_017177	AACATA	2	12	209969	209980	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359235
108	NC_017177	CTTTTT	2	12	210692	210703	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359236
109	NC_017177	TTAAAT	2	12	211978	211989	50 %	50 %	0 %	0 %	384359238
110	NC_017177	TCCTAT	2	12	213160	213171	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384359240
111	NC_017177	CTAATA	2	12	213555	213566	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359240
112	NC_017177	CTTTAT	2	12	214514	214525	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384359241
113	NC_017177	CTATAG	2	12	215084	215095	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384359241
114	NC_017177	ATTTTT	2	12	217598	217609	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359245
115	NC_017177	TTTATT	2	12	220009	220020	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359249
116	NC_017177	ATTAAT	2	12	223345	223356	50 %	50 %	0 %	0 %	384359252
117	NC_017177	TCTAAA	2	12	224294	224305	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384359253
118	NC_017177	TTTATT	2	12	226622	226633	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384359254
119	NC_017177	TTATAT	2	12	231733	231744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359259
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121	NC_017177	AGAAAA	2	12	233627	233638	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359260
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.