MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 431

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017177	ATATA	2	10	2824	2833	60 %	40 %	0 %	0 %	384359041
2	NC_017177	TTCTT	2	10	3599	3608	0 %	80 %	0 %	20 %	384359042
3	NC_017177	CTTTT	2	10	4017	4026	0 %	80 %	0 %	20 %	384359042
4	NC_017177	AATTA	2	10	4782	4791	60 %	40 %	0 %	0 %	384359043
5	NC_017177	AAATA	2	10	5400	5409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017177	AATTG	2	10	5529	5538	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017177	TAAAA	2	10	6358	6367	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017177	TCTAT	2	10	6802	6811	20 %	60 %	0 %	20 %	384359046
9	NC_017177	TAAAT	2	10	6818	6827	60 %	40 %	0 %	0 %	384359046
10	NC_017177	ATAAG	2	10	6928	6937	60 %	20 %	20 %	0 %	384359046
11	NC_017177	AAGAA	2	10	7029	7038	80 %	0 %	20 %	0 %	384359046
12	NC_017177	TTAAA	2	10	7799	7808	60 %	40 %	0 %	0 %	384359047
13	NC_017177	AAAAT	2	10	9226	9235	80 %	20 %	0 %	0 %	384359048
14	NC_017177	ATATA	2	10	9914	9923	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017177	AATAA	2	10	9949	9958	80 %	20 %	0 %	0 %	384359050
16	NC_017177	TAAAT	2	10	10083	10092	60 %	40 %	0 %	0 %	384359050
17	NC_017177	AATAG	2	10	10273	10282	60 %	20 %	20 %	0 %	384359050
18	NC_017177	TTAAT	2	10	10334	10343	40 %	60 %	0 %	0 %	384359050
19	NC_017177	TCCTT	2	10	11120	11129	0 %	60 %	0 %	40 %	384359051
20	NC_017177	GAATT	2	10	11325	11334	40 %	40 %	20 %	0 %	384359051
21	NC_017177	ATTTT	2	10	11634	11643	20 %	80 %	0 %	0 %	384359051
22	NC_017177	TTAAA	3	15	13187	13201	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017177	TTATG	2	10	13273	13282	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017177	GTTTT	2	10	13710	13719	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017177	TAAAG	2	10	13735	13744	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017177	ATTAT	2	10	13919	13928	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017177	TAAAA	2	10	15633	15642	80 %	20 %	0 %	0 %	384359056
28	NC_017177	ATTTA	2	10	15817	15826	40 %	60 %	0 %	0 %	384359057
29	NC_017177	GATTT	2	10	16512	16521	20 %	60 %	20 %	0 %	384359058
30	NC_017177	ATATT	2	10	16689	16698	40 %	60 %	0 %	0 %	384359058
31	NC_017177	TATTT	2	10	16825	16834	20 %	80 %	0 %	0 %	384359058
32	NC_017177	AATAA	2	10	17888	17897	80 %	20 %	0 %	0 %	384359058
33	NC_017177	AAGTG	2	10	19339	19348	40 %	20 %	40 %	0 %	384359058
34	NC_017177	AAGAA	2	10	20527	20536	80 %	0 %	20 %	0 %	384359058
35	NC_017177	ATAAA	2	10	21081	21090	80 %	20 %	0 %	0 %	384359058
36	NC_017177	AAATA	2	10	21919	21928	80 %	20 %	0 %	0 %	384359058
37	NC_017177	TTAAA	2	10	24348	24357	60 %	40 %	0 %	0 %	384359059
38	NC_017177	TCTTT	2	10	24518	24527	0 %	80 %	0 %	20 %	384359059
39	NC_017177	TTTTG	2	10	25768	25777	0 %	80 %	20 %	0 %	384359060
40	NC_017177	ATATT	2	10	25914	25923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017177	TAAAA	2	10	27350	27359	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017177	TTATA	2	10	27604	27613	40 %	60 %	0 %	0 %	384359063
43	NC_017177	TTTAA	2	10	28328	28337	40 %	60 %	0 %	0 %	384359063
44	NC_017177	TAATA	2	10	30315	30324	60 %	40 %	0 %	0 %	384359068
45	NC_017177	ACAAA	2	10	30611	30620	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017177	ATAGA	2	10	32079	32088	60 %	20 %	20 %	0 %	384359071
47	NC_017177	AATTT	2	10	33043	33052	40 %	60 %	0 %	0 %	384359072
48	NC_017177	ATTTA	2	10	33516	33525	40 %	60 %	0 %	0 %	384359073
49	NC_017177	TGTTT	2	10	35413	35422	0 %	80 %	20 %	0 %	384359074
50	NC_017177	GTTTA	2	10	35853	35862	20 %	60 %	20 %	0 %	384359074
51	NC_017177	TTGTT	2	10	36754	36763	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017177	ATATA	2	10	38356	38365	60 %	40 %	0 %	0 %	384359077
53	NC_017177	ATATT	2	10	38379	38388	40 %	60 %	0 %	0 %	384359077
54	NC_017177	AAATT	2	10	42326	42335	60 %	40 %	0 %	0 %	384359081
55	NC_017177	AATGA	2	10	42506	42515	60 %	20 %	20 %	0 %	384359081
56	NC_017177	AATTA	2	10	42963	42972	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017177	AAATT	2	10	43036	43045	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017177	TATTT	2	10	44165	44174	20 %	80 %	0 %	0 %	384359082
59	NC_017177	AATTT	2	10	44422	44431	40 %	60 %	0 %	0 %	384359082
60	NC_017177	GAAAT	2	10	46618	46627	60 %	20 %	20 %	0 %	384359084
61	NC_017177	AAAAG	2	10	46700	46709	80 %	0 %	20 %	0 %	384359084
62	NC_017177	GAAAT	2	10	47267	47276	60 %	20 %	20 %	0 %	384359085
63	NC_017177	AATAA	2	10	47416	47425	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017177	AAAAT	2	10	47428	47437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017177	TTAAA	2	10	47452	47461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017177	CTAAA	2	10	48899	48908	60 %	20 %	0 %	20 %	384359087
67	NC_017177	GTTTT	2	10	49145	49154	0 %	80 %	20 %	0 %	384359087
68	NC_017177	ATTAA	2	10	50577	50586	60 %	40 %	0 %	0 %	384359088
69	NC_017177	GTATA	2	10	50738	50747	40 %	40 %	20 %	0 %	384359088
70	NC_017177	ATTAT	2	10	51148	51157	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017177	ACTTA	2	10	54195	54204	40 %	40 %	0 %	20 %	384359092
72	NC_017177	TCATT	2	10	54512	54521	20 %	60 %	0 %	20 %	384359092
73	NC_017177	ATTAA	2	10	54971	54980	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017177	GAAGA	2	10	55671	55680	60 %	0 %	40 %	0 %	384359094
75	NC_017177	AATTA	2	10	57170	57179	60 %	40 %	0 %	0 %	384359094
76	NC_017177	ATATA	2	10	57640	57649	60 %	40 %	0 %	0 %	384359094
77	NC_017177	AGAAA	2	10	58133	58142	80 %	0 %	20 %	0 %	384359095
78	NC_017177	AGTTA	2	10	58168	58177	40 %	40 %	20 %	0 %	384359095
79	NC_017177	TTAGA	2	10	58503	58512	40 %	40 %	20 %	0 %	384359095
80	NC_017177	ATATT	2	10	60825	60834	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017177	TATAA	2	10	60878	60887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017177	TTTAA	2	10	62550	62559	40 %	60 %	0 %	0 %	384359099
83	NC_017177	TATAA	2	10	64038	64047	60 %	40 %	0 %	0 %	384359099
84	NC_017177	ATAAA	2	10	65549	65558	80 %	20 %	0 %	0 %	384359099
85	NC_017177	CAAAA	2	10	66043	66052	80 %	0 %	0 %	20 %	384359100
86	NC_017177	AGATA	2	10	66620	66629	60 %	20 %	20 %	0 %	384359100
87	NC_017177	TTAAA	2	10	67615	67624	60 %	40 %	0 %	0 %	384359101
88	NC_017177	AAAGA	2	10	67888	67897	80 %	0 %	20 %	0 %	384359102
89	NC_017177	AAGTT	2	10	68540	68549	40 %	40 %	20 %	0 %	384359102
90	NC_017177	AAATT	2	10	69716	69725	60 %	40 %	0 %	0 %	384359103
91	NC_017177	TATAT	2	10	71000	71009	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017177	TACCT	2	10	72446	72455	20 %	40 %	0 %	40 %	384359107
93	NC_017177	TTTCT	2	10	72476	72485	0 %	80 %	0 %	20 %	384359107
94	NC_017177	GATTT	2	10	72740	72749	20 %	60 %	20 %	0 %	384359108
95	NC_017177	TTTCC	2	10	73563	73572	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017177	TTAAC	2	10	73890	73899	40 %	40 %	0 %	20 %	384359112
97	NC_017177	CATTT	2	10	74725	74734	20 %	60 %	0 %	20 %	384359112
98	NC_017177	TTTAT	2	10	76344	76353	20 %	80 %	0 %	0 %	384359115
99	NC_017177	AAGAC	2	10	76511	76520	60 %	0 %	20 %	20 %	384359115
100	NC_017177	CAAAT	2	10	77091	77100	60 %	20 %	0 %	20 %	384359115
101	NC_017177	ATGTT	2	10	77200	77209	20 %	60 %	20 %	0 %	384359115
102	NC_017177	TATTT	2	10	78101	78110	20 %	80 %	0 %	0 %	384359115
103	NC_017177	ATTAA	2	10	78237	78246	60 %	40 %	0 %	0 %	384359115
104	NC_017177	ATTTT	2	10	78728	78737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017177	ATTAT	2	10	78760	78769	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017177	AAATA	2	10	79079	79088	80 %	20 %	0 %	0 %	384359116
107	NC_017177	AATAA	2	10	79377	79386	80 %	20 %	0 %	0 %	384359117
108	NC_017177	AATTT	2	10	79863	79872	40 %	60 %	0 %	0 %	384359117
109	NC_017177	TAAAT	2	10	80074	80083	60 %	40 %	0 %	0 %	384359117
110	NC_017177	ATTGT	2	10	80705	80714	20 %	60 %	20 %	0 %	384359118
111	NC_017177	ATGTT	2	10	83282	83291	20 %	60 %	20 %	0 %	384359120
112	NC_017177	GTATA	2	10	83826	83835	40 %	40 %	20 %	0 %	384359121
113	NC_017177	AAATA	2	10	83961	83970	80 %	20 %	0 %	0 %	384359121
114	NC_017177	ATTTT	2	10	84226	84235	20 %	80 %	0 %	0 %	384359121
115	NC_017177	ATAAA	2	10	85766	85775	80 %	20 %	0 %	0 %	384359124
116	NC_017177	TAATA	2	10	86003	86012	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017177	TAAAT	2	10	86243	86252	60 %	40 %	0 %	0 %	384359125
118	NC_017177	AAAAT	2	10	86509	86518	80 %	20 %	0 %	0 %	384359125
119	NC_017177	TTGGT	2	10	87369	87378	0 %	60 %	40 %	0 %	384359126
120	NC_017177	TGTAT	2	10	88953	88962	20 %	60 %	20 %	0 %	384359127
121	NC_017177	ATTAT	2	10	89248	89257	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017177	AAATA	2	10	91454	91463	80 %	20 %	0 %	0 %	384359129
123	NC_017177	TAAAT	2	10	91585	91594	60 %	40 %	0 %	0 %	384359129
124	NC_017177	TTGTT	2	10	91644	91653	0 %	80 %	20 %	0 %	384359129
125	NC_017177	ATTAT	2	10	93043	93052	40 %	60 %	0 %	0 %	384359132
126	NC_017177	TATGT	2	10	93289	93298	20 %	60 %	20 %	0 %	384359132
127	NC_017177	AAATA	2	10	94592	94601	80 %	20 %	0 %	0 %	384359135
128	NC_017177	AGTTA	2	10	94958	94967	40 %	40 %	20 %	0 %	384359135
129	NC_017177	CAAAT	2	10	95087	95096	60 %	20 %	0 %	20 %	384359135
130	NC_017177	TATCT	2	10	95372	95381	20 %	60 %	0 %	20 %	384359136
131	NC_017177	TTTAA	2	10	95751	95760	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017177	ATTTT	2	10	96387	96396	20 %	80 %	0 %	0 %	384359137
133	NC_017177	CTTGT	2	10	96524	96533	0 %	60 %	20 %	20 %	384359137
134	NC_017177	AACTA	2	10	97184	97193	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017177	TATAT	2	10	97235	97244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017177	AATAA	2	10	97403	97412	80 %	20 %	0 %	0 %	384359139
137	NC_017177	TTTTA	2	10	97733	97742	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017177	GTTTT	2	10	98502	98511	0 %	80 %	20 %	0 %	384359140
139	NC_017177	TATAT	2	10	98704	98713	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017177	AATTT	2	10	98841	98850	40 %	60 %	0 %	0 %	384359141
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142	NC_017177	ATTTA	2	10	99196	99205	40 %	60 %	0 %	0 %	384359142
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.