MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 130

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017177	AAATA	2	10	5400	5409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017177	AATTG	2	10	5529	5538	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017177	TAAAA	2	10	6358	6367	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017177	ATATA	2	10	9914	9923	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017177	TTAAA	3	15	13187	13201	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017177	TTATG	2	10	13273	13282	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017177	GTTTT	2	10	13710	13719	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017177	TAAAG	2	10	13735	13744	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017177	ATTAT	2	10	13919	13928	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017177	ATATT	2	10	25914	25923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017177	TAAAA	2	10	27350	27359	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017177	ACAAA	2	10	30611	30620	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017177	TTGTT	2	10	36754	36763	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017177	AATTA	2	10	42963	42972	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017177	AAATT	2	10	43036	43045	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017177	AATAA	2	10	47416	47425	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017177	AAAAT	2	10	47428	47437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017177	TTAAA	2	10	47452	47461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017177	ATTAT	2	10	51148	51157	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017177	ATTAA	2	10	54971	54980	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017177	ATATT	2	10	60825	60834	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017177	TATAA	2	10	60878	60887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017177	TATAT	2	10	71000	71009	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017177	TTTCC	2	10	73563	73572	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017177	ATTTT	2	10	78728	78737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017177	ATTAT	2	10	78760	78769	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017177	TAATA	2	10	86003	86012	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017177	ATTAT	2	10	89248	89257	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017177	TTTAA	2	10	95751	95760	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017177	AACTA	2	10	97184	97193	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017177	TATAT	2	10	97235	97244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017177	TTTTA	2	10	97733	97742	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017177	TATAT	2	10	98704	98713	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017177	TTATT	2	10	99933	99942	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017177	TTAAG	2	10	100720	100729	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017177	AATTT	2	10	107530	107539	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017177	TAATA	2	10	108118	108127	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017177	ATTAT	2	10	109527	109536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017177	ATTTT	2	10	109552	109561	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017177	AAAAG	2	10	111051	111060	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017177	AAACT	2	10	111300	111309	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017177	ATTTT	2	10	112459	112468	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017177	AATCA	2	10	112635	112644	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017177	AACTT	2	10	114304	114313	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017177	AATAT	2	10	115826	115835	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017177	TAATT	2	10	116611	116620	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017177	AATTA	2	10	120407	120416	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017177	ATTAA	2	10	120487	120496	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017177	CTAAT	2	10	121412	121421	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017177	AATTA	2	10	127053	127062	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017177	AGTTT	2	10	128741	128750	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017177	ATTTT	2	10	133710	133719	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017177	AATTA	2	10	133829	133838	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017177	ATTTT	2	10	135852	135861	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017177	TAGAG	2	10	137841	137850	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017177	TAAAA	2	10	140254	140263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017177	ATTTT	2	10	141017	141026	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017177	ATTTT	2	10	142737	142746	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017177	TAAAA	2	10	142967	142976	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017177	CTTTT	2	10	143463	143472	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017177	TAATT	2	10	144032	144041	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017177	AGTTA	2	10	144074	144083	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017177	AGTTA	2	10	145138	145147	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017177	ATTTT	2	10	145264	145273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017177	ATTTT	2	10	145320	145329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017177	TAAAA	2	10	147791	147800	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017177	ATTTA	2	10	148989	148998	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017177	ATTTT	2	10	149905	149914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017177	TAAAA	2	10	150134	150143	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017177	TAATT	2	10	152977	152986	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017177	TAATT	2	10	153806	153815	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017177	ATTAT	2	10	153873	153882	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017177	CCATT	2	10	155092	155101	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017177	CCATT	2	10	155158	155167	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017177	TTTAA	2	10	156072	156081	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017177	TAAAT	2	10	158890	158899	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017177	TAATA	2	10	160714	160723	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017177	CAAAA	2	10	164538	164547	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017177	TTAAT	2	10	164558	164567	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017177	ATTTA	2	10	166553	166562	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017177	TATTT	2	10	168926	168935	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017177	AATTA	2	10	168949	168958	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017177	ATAAA	2	10	168994	169003	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017177	TTTTA	2	10	169029	169038	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017177	CATAA	2	10	173917	173926	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017177	AATAT	2	10	178486	178495	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017177	AAAAT	2	10	178515	178524	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017177	GCTTT	2	10	184049	184058	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017177	TAAAA	2	10	187959	187968	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017177	ACTTT	2	10	199335	199344	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017177	TCTAA	2	10	203521	203530	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017177	TAATC	2	10	210055	210064	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017177	ATTAT	2	10	210112	210121	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017177	TCCTT	2	10	215848	215857	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017177	ATTAT	2	10	218181	218190	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017177	ATATA	2	10	220119	220128	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017177	TAAAA	2	10	221655	221664	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017177	TTTTA	2	10	223288	223297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017177	ATTTT	2	10	226171	226180	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017177	TTATT	2	10	228737	228746	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017177	AAAAT	2	10	230160	230169	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017177	CTCTA	2	10	230584	230593	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017177	TTGTT	2	10	230637	230646	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017177	ATTTT	2	10	230668	230677	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017177	TAAAA	2	10	230691	230700	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017177	TTTAA	2	10	231546	231555	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017177	TTTTG	2	10	244642	244651	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017177	TAAAT	2	10	252343	252352	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017177	TATAT	2	10	252446	252455	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017177	ATTTA	2	10	253340	253349	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017177	AAATT	2	10	253546	253555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017177	AGTAT	2	10	253652	253661	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017177	TATTT	2	10	254668	254677	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017177	ATTTT	2	10	261062	261071	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017177	TTTAA	2	10	261214	261223	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017177	TTTAT	2	10	261840	261849	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017177	TATAT	2	10	261920	261929	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017177	ATTTT	2	10	267786	267795	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017177	AAAGT	2	10	269113	269122	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017177	AAAGT	2	10	269170	269179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017177	AAAGT	2	10	269355	269364	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017177	AAAAT	2	10	269396	269405	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017177	ATATA	2	10	269784	269793	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017177	AAAAT	3	15	272898	272912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017177	TAAAA	2	10	282694	282703	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017177	TTTTA	2	10	283114	283123	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017177	ATATA	2	10	283262	283271	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017177	TATAA	2	10	290694	290703	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017177	TCTTA	2	10	299116	299125	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017177	TTTTA	2	10	299643	299652	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.