MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 22

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017176	AACTAA	2	12	2527	2538	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384358978
2	NC_017176	ACTGAT	2	12	2889	2900	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384358979
3	NC_017176	ATAGAT	2	12	3723	3734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384358982
4	NC_017176	TTGAAG	2	12	4558	4569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358983
5	NC_017176	TTTTAC	2	12	11151	11162	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384358989
6	NC_017176	GTAAAA	2	12	11693	11704	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384358989
7	NC_017176	GTTAAT	2	12	12371	12382	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384358989
8	NC_017176	ATATTA	2	12	14154	14165	50 %	50 %	0 %	0 %	384358992
9	NC_017176	GCACAA	2	12	15039	15050	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384358994
10	NC_017176	AAATGA	2	12	17601	17612	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384358996
11	NC_017176	TTTGCA	2	12	21597	21608	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359003
12	NC_017176	ATCTGA	2	12	22370	22381	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384359003
13	NC_017176	CAAAAT	2	12	22510	22521	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359004
14	NC_017176	TAAATT	2	12	24132	24143	50 %	50 %	0 %	0 %	384359007
15	NC_017176	TTTTTC	2	12	26745	26756	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384359010
16	NC_017176	GTTTTA	2	12	29285	29296	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384359013
17	NC_017176	TTTAGA	2	12	31711	31722	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359016
18	NC_017176	TAGAGA	2	12	35514	35525	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384359023
19	NC_017176	TTTAGA	2	12	35577	35588	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384359023
20	NC_017176	AAAAGA	2	12	38831	38842	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	384359030
21	NC_017176	ATGATA	2	12	42127	42138	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384359034
22	NC_017176	ATGAAA	2	12	43972	43983	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384359036

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.