MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017176	CAATT	2	10	657	666	40 %	40 %	0 %	20 %	384358975
2	NC_017176	GAAAA	2	10	1119	1128	80 %	0 %	20 %	0 %	384358976
3	NC_017176	AATAA	2	10	2643	2652	80 %	20 %	0 %	0 %	384358979
4	NC_017176	AAGAA	2	10	3094	3103	80 %	0 %	20 %	0 %	384358980
5	NC_017176	TAAAT	2	10	3884	3893	60 %	40 %	0 %	0 %	384358982
6	NC_017176	ATTAA	2	10	5121	5130	60 %	40 %	0 %	0 %	384358983
7	NC_017176	AATAC	2	10	5853	5862	60 %	20 %	0 %	20 %	384358985
8	NC_017176	GGATG	2	10	6638	6647	20 %	20 %	60 %	0 %	384358986
9	NC_017176	TAATG	2	10	7474	7483	40 %	40 %	20 %	0 %	384358986
10	NC_017176	ATTTA	2	10	8056	8065	40 %	60 %	0 %	0 %	384358986
11	NC_017176	CAAAA	2	10	8507	8516	80 %	0 %	0 %	20 %	384358986
12	NC_017176	AAGAG	2	10	9547	9556	60 %	0 %	40 %	0 %	384358986
13	NC_017176	GTTAT	2	10	9667	9676	20 %	60 %	20 %	0 %	384358987
14	NC_017176	TTTTA	2	10	10188	10197	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017176	AAGAT	2	10	10786	10795	60 %	20 %	20 %	0 %	384358988
16	NC_017176	CATAT	2	10	12150	12159	40 %	40 %	0 %	20 %	384358989
17	NC_017176	GATAT	2	10	14190	14199	40 %	40 %	20 %	0 %	384358992
18	NC_017176	ACTCA	2	10	17276	17285	40 %	20 %	0 %	40 %	384358995
19	NC_017176	AAACA	2	10	17513	17522	80 %	0 %	0 %	20 %	384358996
20	NC_017176	GATTG	2	10	18431	18440	20 %	40 %	40 %	0 %	384358999
21	NC_017176	TCTAT	2	10	18482	18491	20 %	60 %	0 %	20 %	384358999
22	NC_017176	ATAAA	2	10	20867	20876	80 %	20 %	0 %	0 %	384359001
23	NC_017176	TAATT	2	10	21726	21735	40 %	60 %	0 %	0 %	384359003
24	NC_017176	ACTTT	2	10	22404	22413	20 %	60 %	0 %	20 %	384359003
25	NC_017176	CTATT	2	10	23861	23870	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017176	ATAGA	2	10	23879	23888	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017176	TTATT	2	10	26149	26158	20 %	80 %	0 %	0 %	384359010
28	NC_017176	AATTT	2	10	28832	28841	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017176	CAAAA	2	10	30678	30687	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017176	TCAAA	2	10	32733	32742	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017176	AAAAG	2	10	34862	34871	80 %	0 %	20 %	0 %	384359022
32	NC_017176	AGTTA	2	10	35289	35298	40 %	40 %	20 %	0 %	384359023
33	NC_017176	TTCAA	2	10	36416	36425	40 %	40 %	0 %	20 %	384359025
34	NC_017176	TTAAT	2	10	38002	38011	40 %	60 %	0 %	0 %	384359028
35	NC_017176	AAAGA	2	10	38751	38760	80 %	0 %	20 %	0 %	384359030
36	NC_017176	AAAGA	2	10	38811	38820	80 %	0 %	20 %	0 %	384359030
37	NC_017176	AGATA	2	10	39023	39032	60 %	20 %	20 %	0 %	384359030
38	NC_017176	ATTGT	2	10	39158	39167	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017176	AAAGA	2	10	40363	40372	80 %	0 %	20 %	0 %	384359032
40	NC_017176	TAAGA	2	10	41027	41036	60 %	20 %	20 %	0 %	384359033
41	NC_017176	AGTGA	2	10	41232	41241	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017176	TTTAT	2	10	41545	41554	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017176	GAAAT	2	10	42621	42630	60 %	20 %	20 %	0 %	384359034
44	NC_017176	TAAAA	2	10	43058	43067	80 %	20 %	0 %	0 %	384359034
45	NC_017176	AGGAT	2	10	43550	43559	40 %	20 %	40 %	0 %	384359035
46	NC_017176	ATACT	2	10	43829	43838	40 %	40 %	0 %	20 %	384359036

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.