MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 184

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017176	ATTA	2	8	333	340	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017176	AATT	2	8	868	875	50 %	50 %	0 %	0 %	384358976
3	NC_017176	GGAT	2	8	1444	1451	25 %	25 %	50 %	0 %	384358977
4	NC_017176	ATGG	2	8	1516	1523	25 %	25 %	50 %	0 %	384358977
5	NC_017176	GGGT	2	8	2058	2065	0 %	25 %	75 %	0 %	384358977
6	NC_017176	ATTT	2	8	2460	2467	25 %	75 %	0 %	0 %	384358978
7	NC_017176	ATCT	2	8	2469	2476	25 %	50 %	0 %	25 %	384358978
8	NC_017176	AATT	2	8	2544	2551	50 %	50 %	0 %	0 %	384358978
9	NC_017176	GATA	2	8	2610	2617	50 %	25 %	25 %	0 %	384358979
10	NC_017176	ATTT	2	8	3641	3648	25 %	75 %	0 %	0 %	384358981
11	NC_017176	AACT	2	8	4012	4019	50 %	25 %	0 %	25 %	384358982
12	NC_017176	ATAA	2	8	4713	4720	75 %	25 %	0 %	0 %	384358983
13	NC_017176	GTTG	2	8	4829	4836	0 %	50 %	50 %	0 %	384358983
14	NC_017176	AATT	2	8	5003	5010	50 %	50 %	0 %	0 %	384358983
15	NC_017176	ATTT	2	8	5377	5384	25 %	75 %	0 %	0 %	384358984
16	NC_017176	GAAT	2	8	5788	5795	50 %	25 %	25 %	0 %	384358985
17	NC_017176	AAAG	2	8	6030	6037	75 %	0 %	25 %	0 %	384358985
18	NC_017176	GAAA	2	8	6191	6198	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017176	ATGC	2	8	6659	6666	25 %	25 %	25 %	25 %	384358986
20	NC_017176	ACAA	2	8	8392	8399	75 %	0 %	0 %	25 %	384358986
21	NC_017176	CCAA	2	8	8800	8807	50 %	0 %	0 %	50 %	384358986
22	NC_017176	CTTT	2	8	8843	8850	0 %	75 %	0 %	25 %	384358986
23	NC_017176	ATGG	2	8	9122	9129	25 %	25 %	50 %	0 %	384358986
24	NC_017176	TAGT	2	8	9195	9202	25 %	50 %	25 %	0 %	384358986
25	NC_017176	CAAT	2	8	9478	9485	50 %	25 %	0 %	25 %	384358986
26	NC_017176	AATA	2	8	9989	9996	75 %	25 %	0 %	0 %	384358987
27	NC_017176	TAAT	2	8	10860	10867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017176	AGAT	2	8	11019	11026	50 %	25 %	25 %	0 %	384358989
29	NC_017176	GTTT	2	8	11045	11052	0 %	75 %	25 %	0 %	384358989
30	NC_017176	AAGC	2	8	11331	11338	50 %	0 %	25 %	25 %	384358989
31	NC_017176	AAAT	2	8	11532	11539	75 %	25 %	0 %	0 %	384358989
32	NC_017176	AAAC	2	8	12028	12035	75 %	0 %	0 %	25 %	384358989
33	NC_017176	AGGT	2	8	12411	12418	25 %	25 %	50 %	0 %	384358989
34	NC_017176	CAGG	2	8	12443	12450	25 %	0 %	50 %	25 %	384358989
35	NC_017176	CAAT	2	8	12625	12632	50 %	25 %	0 %	25 %	384358990
36	NC_017176	ATAA	2	8	12732	12739	75 %	25 %	0 %	0 %	384358990
37	NC_017176	GAAA	2	8	13084	13091	75 %	0 %	25 %	0 %	384358991
38	NC_017176	TTTA	2	8	13142	13149	25 %	75 %	0 %	0 %	384358991
39	NC_017176	AAAG	2	8	13892	13899	75 %	0 %	25 %	0 %	384358992
40	NC_017176	AATC	2	8	14051	14058	50 %	25 %	0 %	25 %	384358992
41	NC_017176	AGCA	2	8	14293	14300	50 %	0 %	25 %	25 %	384358992
42	NC_017176	TTTA	2	8	14864	14871	25 %	75 %	0 %	0 %	384358993
43	NC_017176	CTAG	2	8	14973	14980	25 %	25 %	25 %	25 %	384358993
44	NC_017176	TTAC	2	8	15060	15067	25 %	50 %	0 %	25 %	384358994
45	NC_017176	ATTA	2	8	15404	15411	50 %	50 %	0 %	0 %	384358994
46	NC_017176	TAGT	2	8	15622	15629	25 %	50 %	25 %	0 %	384358994
47	NC_017176	AAGG	2	8	15820	15827	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017176	AGAA	2	8	15855	15862	75 %	0 %	25 %	0 %	384358995
49	NC_017176	CTTA	2	8	15916	15923	25 %	50 %	0 %	25 %	384358995
50	NC_017176	AATT	2	8	16274	16281	50 %	50 %	0 %	0 %	384358995
51	NC_017176	ATTT	2	8	17316	17323	25 %	75 %	0 %	0 %	384358995
52	NC_017176	ATAA	2	8	17640	17647	75 %	25 %	0 %	0 %	384358997
53	NC_017176	TAAC	2	8	17731	17738	50 %	25 %	0 %	25 %	384358997
54	NC_017176	TTTA	2	8	18412	18419	25 %	75 %	0 %	0 %	384358999
55	NC_017176	ACTT	2	8	18863	18870	25 %	50 %	0 %	25 %	384359000
56	NC_017176	GGAA	2	8	18941	18948	50 %	0 %	50 %	0 %	384359000
57	NC_017176	TAAA	2	8	19178	19185	75 %	25 %	0 %	0 %	384359000
58	NC_017176	ATAA	2	8	19189	19196	75 %	25 %	0 %	0 %	384359000
59	NC_017176	GTTG	2	8	19270	19277	0 %	50 %	50 %	0 %	384359000
60	NC_017176	CAAT	2	8	19485	19492	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017176	AATC	2	8	19671	19678	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017176	AAAT	2	8	19803	19810	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017176	CATC	2	8	20055	20062	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017176	CTTT	2	8	20343	20350	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017176	TAAA	3	12	20412	20423	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017176	TTTA	2	8	20457	20464	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017176	TAAA	2	8	20581	20588	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017176	AATT	2	8	20657	20664	50 %	50 %	0 %	0 %	384359001
69	NC_017176	GAAA	2	8	20706	20713	75 %	0 %	25 %	0 %	384359001
70	NC_017176	CTAT	2	8	21162	21169	25 %	50 %	0 %	25 %	384359002
71	NC_017176	CTAT	2	8	21273	21280	25 %	50 %	0 %	25 %	384359002
72	NC_017176	TCAA	2	8	22176	22183	50 %	25 %	0 %	25 %	384359003
73	NC_017176	TTTC	2	8	22291	22298	0 %	75 %	0 %	25 %	384359003
74	NC_017176	TATT	2	8	22312	22319	25 %	75 %	0 %	0 %	384359003
75	NC_017176	CATT	2	8	22579	22586	25 %	50 %	0 %	25 %	384359004
76	NC_017176	ATTT	2	8	23124	23131	25 %	75 %	0 %	0 %	384359005
77	NC_017176	AATT	2	8	23271	23278	50 %	50 %	0 %	0 %	384359005
78	NC_017176	CTTT	2	8	23432	23439	0 %	75 %	0 %	25 %	384359006
79	NC_017176	TGTA	2	8	23704	23711	25 %	50 %	25 %	0 %	384359006
80	NC_017176	ACAT	2	8	24546	24553	50 %	25 %	0 %	25 %	384359008
81	NC_017176	CTTT	2	8	24601	24608	0 %	75 %	0 %	25 %	384359008
82	NC_017176	AATT	2	8	24647	24654	50 %	50 %	0 %	0 %	384359008
83	NC_017176	AATA	2	8	24705	24712	75 %	25 %	0 %	0 %	384359008
84	NC_017176	TAAA	2	8	24828	24835	75 %	25 %	0 %	0 %	384359008
85	NC_017176	TTTA	2	8	24918	24925	25 %	75 %	0 %	0 %	384359008
86	NC_017176	TATT	2	8	24955	24962	25 %	75 %	0 %	0 %	384359008
87	NC_017176	ATTC	2	8	25437	25444	25 %	50 %	0 %	25 %	384359009
88	NC_017176	ACTT	2	8	25567	25574	25 %	50 %	0 %	25 %	384359009
89	NC_017176	ATCT	2	8	25585	25592	25 %	50 %	0 %	25 %	384359009
90	NC_017176	TTCT	2	8	25593	25600	0 %	75 %	0 %	25 %	384359009
91	NC_017176	TAAA	2	8	25747	25754	75 %	25 %	0 %	0 %	384359009
92	NC_017176	TTTA	2	8	25957	25964	25 %	75 %	0 %	0 %	384359010
93	NC_017176	AAAT	2	8	26000	26007	75 %	25 %	0 %	0 %	384359010
94	NC_017176	TCTT	2	8	26057	26064	0 %	75 %	0 %	25 %	384359010
95	NC_017176	TCTT	2	8	26265	26272	0 %	75 %	0 %	25 %	384359010
96	NC_017176	ATTT	2	8	26522	26529	25 %	75 %	0 %	0 %	384359010
97	NC_017176	CATT	2	8	26530	26537	25 %	50 %	0 %	25 %	384359010
98	NC_017176	TAAA	2	8	26668	26675	75 %	25 %	0 %	0 %	384359010
99	NC_017176	ATTA	2	8	26846	26853	50 %	50 %	0 %	0 %	384359010
100	NC_017176	ATTT	2	8	27067	27074	25 %	75 %	0 %	0 %	384359010
101	NC_017176	TATT	2	8	27488	27495	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017176	AGAA	2	8	27589	27596	75 %	0 %	25 %	0 %	384359011
103	NC_017176	TTAC	2	8	27599	27606	25 %	50 %	0 %	25 %	384359011
104	NC_017176	TAAA	2	8	27769	27776	75 %	25 %	0 %	0 %	384359011
105	NC_017176	AAAT	2	8	28109	28116	75 %	25 %	0 %	0 %	384359011
106	NC_017176	ATTT	2	8	28449	28456	25 %	75 %	0 %	0 %	384359012
107	NC_017176	GAAA	2	8	28515	28522	75 %	0 %	25 %	0 %	384359012
108	NC_017176	ATCT	2	8	28590	28597	25 %	50 %	0 %	25 %	384359012
109	NC_017176	AATT	2	8	28881	28888	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017176	TAAA	2	8	28941	28948	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017176	TTAT	2	8	28949	28956	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017176	ATTA	2	8	29136	29143	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017176	GGTT	2	8	29264	29271	0 %	50 %	50 %	0 %	384359013
114	NC_017176	GAAT	2	8	29616	29623	50 %	25 %	25 %	0 %	384359013
115	NC_017176	ATAA	2	8	29762	29769	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017176	TACG	2	8	29909	29916	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017176	AATC	2	8	30198	30205	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017176	AATA	2	8	30230	30237	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017176	TTTA	2	8	30257	30264	25 %	75 %	0 %	0 %	384359014
120	NC_017176	ATTA	2	8	30282	30289	50 %	50 %	0 %	0 %	384359014
121	NC_017176	AATT	2	8	30359	30366	50 %	50 %	0 %	0 %	384359014
122	NC_017176	ATGA	2	8	30742	30749	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017176	TAAA	2	8	31015	31022	75 %	25 %	0 %	0 %	384359015
124	NC_017176	TTAA	2	8	31454	31461	50 %	50 %	0 %	0 %	384359016
125	NC_017176	AAAG	2	8	31496	31503	75 %	0 %	25 %	0 %	384359016
126	NC_017176	ACTA	2	8	31738	31745	50 %	25 %	0 %	25 %	384359016
127	NC_017176	ATAC	2	8	31786	31793	50 %	25 %	0 %	25 %	384359016
128	NC_017176	ATGA	2	8	31989	31996	50 %	25 %	25 %	0 %	384359017
129	NC_017176	TAAA	2	8	32412	32419	75 %	25 %	0 %	0 %	384359018
130	NC_017176	TAAT	2	8	32660	32667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017176	AATT	2	8	32692	32699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017176	GAAA	2	8	32784	32791	75 %	0 %	25 %	0 %	384359020
133	NC_017176	TAGA	2	8	33319	33326	50 %	25 %	25 %	0 %	384359021
134	NC_017176	GTTA	2	8	33345	33352	25 %	50 %	25 %	0 %	384359021
135	NC_017176	AATT	2	8	33460	33467	50 %	50 %	0 %	0 %	384359021
136	NC_017176	ATTG	2	8	33500	33507	25 %	50 %	25 %	0 %	384359021
137	NC_017176	TAAA	2	8	33742	33749	75 %	25 %	0 %	0 %	384359021
138	NC_017176	TGCC	2	8	33778	33785	0 %	25 %	25 %	50 %	384359021
139	NC_017176	TATG	2	8	34178	34185	25 %	50 %	25 %	0 %	384359021
140	NC_017176	TTAT	2	8	34277	34284	25 %	75 %	0 %	0 %	384359021
141	NC_017176	AGAA	2	8	34343	34350	75 %	0 %	25 %	0 %	384359021
142	NC_017176	TAAA	2	8	34405	34412	75 %	25 %	0 %	0 %	384359021
143	NC_017176	AATT	2	8	34637	34644	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017176	ATTA	2	8	34769	34776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.