MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 567

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017176	CAG	2	6	108	113	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358974
2	NC_017176	GAA	2	6	518	523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358975
3	NC_017176	AAT	2	6	574	579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358975
4	NC_017176	GAA	2	6	635	640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358975
5	NC_017176	CTT	2	6	649	654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384358975
6	NC_017176	AGA	2	6	776	781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358976
7	NC_017176	TGC	2	6	802	807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384358976
8	NC_017176	AGA	2	6	854	859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358976
9	NC_017176	AAT	2	6	876	881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358976
10	NC_017176	TAT	2	6	899	904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358976
11	NC_017176	AGA	2	6	1016	1021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358976
12	NC_017176	TAT	2	6	1153	1158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358976
13	NC_017176	TGA	4	12	1160	1171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358976
14	NC_017176	CAA	2	6	1402	1407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358977
15	NC_017176	ACT	2	6	1438	1443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358977
16	NC_017176	GGA	2	6	1483	1488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358977
17	NC_017176	TCT	2	6	1669	1674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384358977
18	NC_017176	ATT	2	6	1683	1688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358977
19	NC_017176	TTA	3	9	1865	1873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358977
20	NC_017176	ATC	2	6	1908	1913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358977
21	NC_017176	TGA	2	6	1920	1925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358977
22	NC_017176	TAA	2	6	1985	1990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358977
23	NC_017176	TAA	2	6	2102	2107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358977
24	NC_017176	CAG	2	6	2180	2185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358977
25	NC_017176	GTT	2	6	2339	2344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358978
26	NC_017176	AGA	2	6	2398	2403	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358978
27	NC_017176	GAA	2	6	2432	2437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358978
28	NC_017176	ACT	2	6	2554	2559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358978
29	NC_017176	TAA	2	6	2626	2631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358979
30	NC_017176	AGA	2	6	2714	2719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358979
31	NC_017176	GAA	2	6	2751	2756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358979
32	NC_017176	CTG	2	6	2854	2859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384358979
33	NC_017176	TCA	2	6	2874	2879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358979
34	NC_017176	ATC	2	6	3002	3007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358980
35	NC_017176	ATT	2	6	3059	3064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358980
36	NC_017176	GCG	2	6	3117	3122	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384358980
37	NC_017176	GAA	2	6	3218	3223	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358980
38	NC_017176	AAG	2	6	3382	3387	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358981
39	NC_017176	GAA	2	6	3472	3477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358981
40	NC_017176	TTG	2	6	3503	3508	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358981
41	NC_017176	ATG	2	6	3539	3544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358981
42	NC_017176	TGG	2	6	3561	3566	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384358981
43	NC_017176	ATT	2	6	3568	3573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358981
44	NC_017176	GGT	2	6	3657	3662	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384358981
45	NC_017176	TTA	2	6	3739	3744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358982
46	NC_017176	ATA	2	6	3751	3756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358982
47	NC_017176	GAG	2	6	3768	3773	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358982
48	NC_017176	GAA	2	6	4044	4049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358982
49	NC_017176	GGA	2	6	4244	4249	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358983
50	NC_017176	ATT	2	6	4261	4266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358983
51	NC_017176	TCC	2	6	4316	4321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384358983
52	NC_017176	GAT	2	6	4365	4370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358983
53	NC_017176	GAA	3	9	4422	4430	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358983
54	NC_017176	ATA	2	6	4477	4482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358983
55	NC_017176	CAG	2	6	4516	4521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358983
56	NC_017176	TAA	2	6	4534	4539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358983
57	NC_017176	TAA	2	6	4735	4740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358983
58	NC_017176	ACA	2	6	4785	4790	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358983
59	NC_017176	ATA	2	6	4915	4920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358983
60	NC_017176	TTG	2	6	4933	4938	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358983
61	NC_017176	CAA	2	6	4993	4998	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358983
62	NC_017176	GAA	2	6	5064	5069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358983
63	NC_017176	CAA	2	6	5070	5075	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358983
64	NC_017176	AAT	2	6	5213	5218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358984
65	NC_017176	ATG	2	6	5259	5264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358984
66	NC_017176	AGA	2	6	5303	5308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358984
67	NC_017176	TAA	2	6	5455	5460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358984
68	NC_017176	TGA	2	6	5522	5527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358984
69	NC_017176	AGG	2	6	5626	5631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358984
70	NC_017176	ATT	2	6	5660	5665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358985
71	NC_017176	GAT	2	6	5730	5735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358985
72	NC_017176	TGA	2	6	5777	5782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358985
73	NC_017176	TAA	2	6	5984	5989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358985
74	NC_017176	AAT	2	6	6268	6273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
75	NC_017176	AGC	2	6	6313	6318	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358986
76	NC_017176	AAT	2	6	6368	6373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
77	NC_017176	AGG	2	6	6418	6423	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384358986
78	NC_017176	CTG	2	6	6432	6437	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384358986
79	NC_017176	TGG	2	6	6442	6447	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384358986
80	NC_017176	GCT	2	6	6560	6565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384358986
81	NC_017176	CTG	3	9	6594	6602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384358986
82	NC_017176	AGC	2	6	6694	6699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358986
83	NC_017176	CTA	2	6	6843	6848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358986
84	NC_017176	ACA	2	6	6865	6870	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358986
85	NC_017176	GGT	2	6	6896	6901	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384358986
86	NC_017176	ACA	2	6	7022	7027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358986
87	NC_017176	TGA	2	6	7150	7155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358986
88	NC_017176	ATT	2	6	7164	7169	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358986
89	NC_017176	TGG	2	6	7183	7188	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384358986
90	NC_017176	ATA	2	6	7311	7316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
91	NC_017176	GAA	2	6	7352	7357	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358986
92	NC_017176	TAA	2	6	7438	7443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
93	NC_017176	TTA	2	6	7511	7516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358986
94	NC_017176	AAT	2	6	7579	7584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
95	NC_017176	GTT	2	6	7846	7851	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358986
96	NC_017176	TAA	2	6	7899	7904	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
97	NC_017176	GAT	2	6	8098	8103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358986
98	NC_017176	TGG	2	6	8128	8133	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384358986
99	NC_017176	CTA	2	6	8310	8315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384358986
100	NC_017176	AGC	2	6	8344	8349	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358986
101	NC_017176	TTA	2	6	8439	8444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358986
102	NC_017176	ATG	2	6	8523	8528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358986
103	NC_017176	ACA	2	6	8926	8931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358986
104	NC_017176	GTT	2	6	8966	8971	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358986
105	NC_017176	AAT	2	6	8977	8982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
106	NC_017176	AAT	2	6	9019	9024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
107	NC_017176	AAC	2	6	9025	9030	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358986
108	NC_017176	ATT	2	6	9074	9079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358986
109	NC_017176	TTA	2	6	9084	9089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358986
110	NC_017176	TAA	2	6	9162	9167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
111	NC_017176	TTG	2	6	9186	9191	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358986
112	NC_017176	AAG	2	6	9267	9272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358986
113	NC_017176	TGC	2	6	9370	9375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384358986
114	NC_017176	ATT	2	6	9426	9431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358986
115	NC_017176	AAG	2	6	9471	9476	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384358986
116	NC_017176	AAT	2	6	9538	9543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358986
117	NC_017176	TAT	2	6	9712	9717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358987
118	NC_017176	GCA	2	6	9736	9741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384358987
119	NC_017176	GTT	2	6	9816	9821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358987
120	NC_017176	GAT	2	6	9966	9971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358987
121	NC_017176	ATA	2	6	10234	10239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358988
122	NC_017176	CAA	2	6	10288	10293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384358988
123	NC_017176	ATT	2	6	10549	10554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358988
124	NC_017176	TAA	2	6	10622	10627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358988
125	NC_017176	TGA	2	6	10628	10633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358988
126	NC_017176	TCT	2	6	10641	10646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384358988
127	NC_017176	GTT	2	6	10701	10706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384358988
128	NC_017176	TAT	2	6	10740	10745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384358988
129	NC_017176	TAA	2	6	10810	10815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358988
130	NC_017176	TAA	2	6	10831	10836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384358988
131	NC_017176	TGA	2	6	11059	11064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384358989
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