MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Mono-nucleotide Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017176	A	7	7	12	18	100 %	0 %	0 %	0 %	384358974
2	NC_017176	T	6	6	162	167	0 %	100 %	0 %	0 %	384358974
3	NC_017176	A	6	6	367	372	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017176	A	7	7	743	749	100 %	0 %	0 %	0 %	384358976
5	NC_017176	A	7	7	913	919	100 %	0 %	0 %	0 %	384358976
6	NC_017176	A	6	6	954	959	100 %	0 %	0 %	0 %	384358976
7	NC_017176	A	7	7	1064	1070	100 %	0 %	0 %	0 %	384358976
8	NC_017176	A	7	7	1344	1350	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017176	A	6	6	2320	2325	100 %	0 %	0 %	0 %	384358978
10	NC_017176	A	6	6	2426	2431	100 %	0 %	0 %	0 %	384358978
11	NC_017176	A	6	6	2788	2793	100 %	0 %	0 %	0 %	384358979
12	NC_017176	T	6	6	2882	2887	0 %	100 %	0 %	0 %	384358979
13	NC_017176	A	6	6	2901	2906	100 %	0 %	0 %	0 %	384358979
14	NC_017176	A	6	6	3459	3464	100 %	0 %	0 %	0 %	384358981
15	NC_017176	A	6	6	3605	3610	100 %	0 %	0 %	0 %	384358981
16	NC_017176	A	6	6	3710	3715	100 %	0 %	0 %	0 %	384358982
17	NC_017176	T	7	7	3779	3785	0 %	100 %	0 %	0 %	384358982
18	NC_017176	A	6	6	3878	3883	100 %	0 %	0 %	0 %	384358982
19	NC_017176	A	6	6	3919	3924	100 %	0 %	0 %	0 %	384358982
20	NC_017176	A	6	6	4211	4216	100 %	0 %	0 %	0 %	384358983
21	NC_017176	A	6	6	4572	4577	100 %	0 %	0 %	0 %	384358983
22	NC_017176	A	7	7	4866	4872	100 %	0 %	0 %	0 %	384358983
23	NC_017176	A	6	6	4880	4885	100 %	0 %	0 %	0 %	384358983
24	NC_017176	A	6	6	5721	5726	100 %	0 %	0 %	0 %	384358985
25	NC_017176	A	7	7	5936	5942	100 %	0 %	0 %	0 %	384358985
26	NC_017176	A	7	7	6018	6024	100 %	0 %	0 %	0 %	384358985
27	NC_017176	A	6	6	6050	6055	100 %	0 %	0 %	0 %	384358985
28	NC_017176	A	7	7	7256	7262	100 %	0 %	0 %	0 %	384358986
29	NC_017176	T	6	6	7568	7573	0 %	100 %	0 %	0 %	384358986
30	NC_017176	A	6	6	8735	8740	100 %	0 %	0 %	0 %	384358986
31	NC_017176	T	7	7	8752	8758	0 %	100 %	0 %	0 %	384358986
32	NC_017176	T	6	6	9239	9244	0 %	100 %	0 %	0 %	384358986
33	NC_017176	A	6	6	9332	9337	100 %	0 %	0 %	0 %	384358986
34	NC_017176	A	7	7	9590	9596	100 %	0 %	0 %	0 %	384358986
35	NC_017176	A	7	7	9681	9687	100 %	0 %	0 %	0 %	384358987
36	NC_017176	A	6	6	9752	9757	100 %	0 %	0 %	0 %	384358987
37	NC_017176	T	6	6	10373	10378	0 %	100 %	0 %	0 %	384358988
38	NC_017176	A	6	6	10687	10692	100 %	0 %	0 %	0 %	384358988
39	NC_017176	A	7	7	10733	10739	100 %	0 %	0 %	0 %	384358988
40	NC_017176	A	6	6	10814	10819	100 %	0 %	0 %	0 %	384358988
41	NC_017176	A	6	6	10891	10896	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017176	A	8	8	11348	11355	100 %	0 %	0 %	0 %	384358989
43	NC_017176	A	6	6	11482	11487	100 %	0 %	0 %	0 %	384358989
44	NC_017176	A	6	6	11637	11642	100 %	0 %	0 %	0 %	384358989
45	NC_017176	T	6	6	11730	11735	0 %	100 %	0 %	0 %	384358989
46	NC_017176	A	6	6	11945	11950	100 %	0 %	0 %	0 %	384358989
47	NC_017176	A	7	7	11963	11969	100 %	0 %	0 %	0 %	384358989
48	NC_017176	T	7	7	12683	12689	0 %	100 %	0 %	0 %	384358990
49	NC_017176	A	6	6	12842	12847	100 %	0 %	0 %	0 %	384358990
50	NC_017176	A	6	6	13179	13184	100 %	0 %	0 %	0 %	384358991
51	NC_017176	A	7	7	13914	13920	100 %	0 %	0 %	0 %	384358992
52	NC_017176	A	6	6	14320	14325	100 %	0 %	0 %	0 %	384358992
53	NC_017176	T	6	6	14541	14546	0 %	100 %	0 %	0 %	384358993
54	NC_017176	A	7	7	15238	15244	100 %	0 %	0 %	0 %	384358994
55	NC_017176	A	6	6	15265	15270	100 %	0 %	0 %	0 %	384358994
56	NC_017176	A	6	6	16006	16011	100 %	0 %	0 %	0 %	384358995
57	NC_017176	A	6	6	16217	16222	100 %	0 %	0 %	0 %	384358995
58	NC_017176	A	7	7	16244	16250	100 %	0 %	0 %	0 %	384358995
59	NC_017176	A	6	6	17169	17174	100 %	0 %	0 %	0 %	384358995
60	NC_017176	A	7	7	17333	17339	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017176	A	7	7	17561	17567	100 %	0 %	0 %	0 %	384358996
62	NC_017176	A	6	6	17702	17707	100 %	0 %	0 %	0 %	384358997
63	NC_017176	T	8	8	17818	17825	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017176	T	6	6	17848	17853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017176	T	6	6	17863	17868	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017176	A	7	7	17884	17890	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017176	A	6	6	17909	17914	100 %	0 %	0 %	0 %	384358998
68	NC_017176	T	7	7	18216	18222	0 %	100 %	0 %	0 %	384358999
69	NC_017176	T	6	6	18371	18376	0 %	100 %	0 %	0 %	384358999
70	NC_017176	A	6	6	18520	18525	100 %	0 %	0 %	0 %	384358999
71	NC_017176	A	6	6	18554	18559	100 %	0 %	0 %	0 %	384358999
72	NC_017176	A	7	7	18993	18999	100 %	0 %	0 %	0 %	384359000
73	NC_017176	A	6	6	19876	19881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017176	A	7	7	20323	20329	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017176	T	6	6	20489	20494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017176	T	7	7	20549	20555	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017176	A	7	7	20586	20592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017176	A	7	7	20785	20791	100 %	0 %	0 %	0 %	384359001
79	NC_017176	T	6	6	21401	21406	0 %	100 %	0 %	0 %	384359002
80	NC_017176	T	7	7	21462	21468	0 %	100 %	0 %	0 %	384359002
81	NC_017176	A	6	6	21504	21509	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017176	T	6	6	21568	21573	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
83	NC_017176	T	7	7	21583	21589	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
84	NC_017176	T	6	6	21844	21849	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
85	NC_017176	T	7	7	21899	21905	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
86	NC_017176	T	6	6	22389	22394	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
87	NC_017176	T	6	6	22544	22549	0 %	100 %	0 %	0 %	384359004
88	NC_017176	T	7	7	22572	22578	0 %	100 %	0 %	0 %	384359004
89	NC_017176	T	6	6	22585	22590	0 %	100 %	0 %	0 %	384359004
90	NC_017176	T	6	6	22712	22717	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017176	T	6	6	22797	22802	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017176	T	6	6	22817	22822	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017176	A	8	8	22877	22884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017176	T	6	6	23026	23031	0 %	100 %	0 %	0 %	384359005
95	NC_017176	T	7	7	23378	23384	0 %	100 %	0 %	0 %	384359005
96	NC_017176	T	7	7	23402	23408	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017176	T	6	6	23663	23668	0 %	100 %	0 %	0 %	384359006
98	NC_017176	A	6	6	23686	23691	100 %	0 %	0 %	0 %	384359006
99	NC_017176	T	7	7	23815	23821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017176	T	6	6	23855	23860	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017176	A	7	7	23888	23894	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017176	T	6	6	24115	24120	0 %	100 %	0 %	0 %	384359007
103	NC_017176	T	6	6	24184	24189	0 %	100 %	0 %	0 %	384359007
104	NC_017176	T	6	6	25011	25016	0 %	100 %	0 %	0 %	384359008
105	NC_017176	T	6	6	25118	25123	0 %	100 %	0 %	0 %	384359008
106	NC_017176	T	7	7	25326	25332	0 %	100 %	0 %	0 %	384359009
107	NC_017176	A	6	6	25547	25552	100 %	0 %	0 %	0 %	384359009
108	NC_017176	T	6	6	25561	25566	0 %	100 %	0 %	0 %	384359009
109	NC_017176	A	6	6	25678	25683	100 %	0 %	0 %	0 %	384359009
110	NC_017176	A	7	7	25759	25765	100 %	0 %	0 %	0 %	384359009
111	NC_017176	T	6	6	25938	25943	0 %	100 %	0 %	0 %	384359009
112	NC_017176	T	6	6	26066	26071	0 %	100 %	0 %	0 %	384359010
113	NC_017176	A	7	7	26174	26180	100 %	0 %	0 %	0 %	384359010
114	NC_017176	A	6	6	26449	26454	100 %	0 %	0 %	0 %	384359010
115	NC_017176	T	6	6	26475	26480	0 %	100 %	0 %	0 %	384359010
116	NC_017176	T	6	6	26482	26487	0 %	100 %	0 %	0 %	384359010
117	NC_017176	T	6	6	26516	26521	0 %	100 %	0 %	0 %	384359010
118	NC_017176	T	8	8	27134	27141	0 %	100 %	0 %	0 %	384359010
119	NC_017176	T	7	7	27464	27470	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017176	A	6	6	27476	27481	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017176	T	6	6	27558	27563	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017176	A	7	7	27797	27803	100 %	0 %	0 %	0 %	384359011
123	NC_017176	A	7	7	27927	27933	100 %	0 %	0 %	0 %	384359011
124	NC_017176	T	6	6	27971	27976	0 %	100 %	0 %	0 %	384359011
125	NC_017176	A	7	7	28127	28133	100 %	0 %	0 %	0 %	384359011
126	NC_017176	A	6	6	28640	28645	100 %	0 %	0 %	0 %	384359012
127	NC_017176	T	6	6	28660	28665	0 %	100 %	0 %	0 %	384359012
128	NC_017176	T	6	6	28772	28777	0 %	100 %	0 %	0 %	384359012
129	NC_017176	T	6	6	28800	28805	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017176	T	6	6	28873	28878	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017176	A	6	6	28897	28902	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017176	A	6	6	28984	28989	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017176	A	6	6	29243	29248	100 %	0 %	0 %	0 %	384359013
134	NC_017176	A	6	6	29582	29587	100 %	0 %	0 %	0 %	384359013
135	NC_017176	T	6	6	29746	29751	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017176	A	6	6	29796	29801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017176	A	6	6	30009	30014	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017176	A	6	6	30145	30150	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017176	A	7	7	30187	30193	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017176	T	7	7	30508	30514	0 %	100 %	0 %	0 %	384359014
141	NC_017176	A	6	6	30671	30676	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017176	A	6	6	30691	30696	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017176	A	6	6	30698	30703	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017176	A	6	6	31314	31319	100 %	0 %	0 %	0 %	384359016
145	NC_017176	A	6	6	31460	31465	100 %	0 %	0 %	0 %	384359016
146	NC_017176	T	6	6	32458	32463	0 %	100 %	0 %	0 %	384359019
147	NC_017176	A	7	7	32789	32795	100 %	0 %	0 %	0 %	384359020
148	NC_017176	A	6	6	33299	33304	100 %	0 %	0 %	0 %	384359021
149	NC_017176	A	6	6	33313	33318	100 %	0 %	0 %	0 %	384359021
150	NC_017176	A	7	7	33995	34001	100 %	0 %	0 %	0 %	384359021
151	NC_017176	A	6	6	34097	34102	100 %	0 %	0 %	0 %	384359021
152	NC_017176	A	6	6	34110	34115	100 %	0 %	0 %	0 %	384359021
153	NC_017176	A	6	6	34292	34297	100 %	0 %	0 %	0 %	384359021
154	NC_017176	A	8	8	34450	34457	100 %	0 %	0 %	0 %	384359021
155	NC_017176	A	6	6	34462	34467	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017176	A	7	7	34537	34543	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017176	A	7	7	34597	34603	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017176	A	7	7	34681	34687	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017176	A	7	7	34929	34935	100 %	0 %	0 %	0 %	384359022
160	NC_017176	A	6	6	35258	35263	100 %	0 %	0 %	0 %	384359023
161	NC_017176	A	6	6	35508	35513	100 %	0 %	0 %	0 %	384359023
162	NC_017176	A	6	6	35622	35627	100 %	0 %	0 %	0 %	384359023
163	NC_017176	A	6	6	35682	35687	100 %	0 %	0 %	0 %	384359023
164	NC_017176	A	6	6	36317	36322	100 %	0 %	0 %	0 %	384359025
165	NC_017176	A	7	7	36465	36471	100 %	0 %	0 %	0 %	384359025
166	NC_017176	A	6	6	37105	37110	100 %	0 %	0 %	0 %	384359026
167	NC_017176	A	6	6	37514	37519	100 %	0 %	0 %	0 %	384359027
168	NC_017176	A	6	6	37625	37630	100 %	0 %	0 %	0 %	384359027
169	NC_017176	A	6	6	37688	37693	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017176	A	6	6	38204	38209	100 %	0 %	0 %	0 %	384359028
171	NC_017176	A	6	6	38507	38512	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017176	A	6	6	38514	38519	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017176	A	6	6	38616	38621	100 %	0 %	0 %	0 %	384359030
174	NC_017176	A	7	7	38664	38670	100 %	0 %	0 %	0 %	384359030
175	NC_017176	A	6	6	38686	38691	100 %	0 %	0 %	0 %	384359030
176	NC_017176	A	6	6	38714	38719	100 %	0 %	0 %	0 %	384359030
177	NC_017176	A	6	6	38869	38874	100 %	0 %	0 %	0 %	384359030
178	NC_017176	A	7	7	38908	38914	100 %	0 %	0 %	0 %	384359030
179	NC_017176	A	6	6	39099	39104	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017176	A	6	6	39186	39191	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017176	T	6	6	39217	39222	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017176	A	6	6	39400	39405	100 %	0 %	0 %	0 %	384359031
183	NC_017176	A	6	6	39703	39708	100 %	0 %	0 %	0 %	384359031
184	NC_017176	A	6	6	39929	39934	100 %	0 %	0 %	0 %	384359032
185	NC_017176	A	6	6	39937	39942	100 %	0 %	0 %	0 %	384359032
186	NC_017176	A	6	6	39981	39986	100 %	0 %	0 %	0 %	384359032
187	NC_017176	A	7	7	41351	41357	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017176	T	9	9	41401	41409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_017176	A	6	6	41437	41442	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017176	T	6	6	41446	41451	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017176	A	7	7	41578	41584	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017176	A	6	6	42071	42076	100 %	0 %	0 %	0 %	384359034
193	NC_017176	A	6	6	42102	42107	100 %	0 %	0 %	0 %	384359034
194	NC_017176	A	6	6	42312	42317	100 %	0 %	0 %	0 %	384359034
195	NC_017176	A	6	6	42452	42457	100 %	0 %	0 %	0 %	384359034
196	NC_017176	A	7	7	43015	43021	100 %	0 %	0 %	0 %	384359034
197	NC_017176	A	6	6	43064	43069	100 %	0 %	0 %	0 %	384359034
198	NC_017176	A	6	6	43399	43404	100 %	0 %	0 %	0 %	384359035
199	NC_017176	A	6	6	43413	43418	100 %	0 %	0 %	0 %	384359035
200	NC_017176	A	6	6	43733	43738	100 %	0 %	0 %	0 %	384359036
201	NC_017176	A	6	6	43851	43856	100 %	0 %	0 %	0 %	384359036
202	NC_017176	A	6	6	44174	44179	100 %	0 %	0 %	0 %	384359036
203	NC_017176	A	6	6	44464	44469	100 %	0 %	0 %	0 %	384359036
204	NC_017176	A	6	6	44601	44606	100 %	0 %	0 %	0 %	384359036
205	NC_017176	A	6	6	44781	44786	100 %	0 %	0 %	0 %	384359036
206	NC_017176	A	6	6	45247	45252	100 %	0 %	0 %	0 %	384359037

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.