MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Yersinia pestis A1122 chromosome

Total Repeats: 195

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017168	GTGTTT	2	12	1875	1886	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017168	TTATCA	2	12	7789	7800	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017168	ATAATT	2	12	14617	14628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017168	TTATGT	2	12	18303	18314	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017168	ATTTTT	2	12	34373	34384	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017168	ATTTTT	2	12	39476	39487	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017168	ATTTTT	2	12	41504	41515	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017168	TAATTA	2	12	58209	58220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017168	TATTTT	2	12	58376	58387	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017168	TCTACC	2	12	116350	116361	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017168	GGGATA	2	12	137635	137646	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017168	AATAAA	2	12	150435	150446	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017168	TGTATT	2	12	162164	162175	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017168	CTGGGT	2	12	194472	194483	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017168	CTTCCT	2	12	196311	196322	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017168	AAGGAA	2	12	206755	206766	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017168	ATTCAT	2	12	208455	208466	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017168	TGGCCT	2	12	244016	244027	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017168	ATGTGG	2	12	262746	262757	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017168	AAAAAT	2	12	271561	271572	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017168	TTTTTA	2	12	271602	271613	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017168	ATTAAT	2	12	280264	280275	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017168	TAAAAG	15	90	295704	295793	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017168	TAAAGG	15	90	295794	295883	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017168	ATCAAA	2	12	308564	308575	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017168	TTGCAG	2	12	312147	312158	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017168	GGTGGC	2	12	319270	319281	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017168	AGAGAA	2	12	332024	332035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017168	CCTCTA	2	12	332048	332059	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017168	CGCAGC	2	12	400423	400434	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017168	AGATGT	2	12	413174	413185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017168	AATTAA	2	12	414443	414454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017168	ACAAAT	2	12	416482	416493	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017168	ACATAA	2	12	456295	456306	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017168	TATAGG	2	12	488061	488072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017168	TGCCTG	2	12	499314	499325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017168	TAAAAA	2	12	514688	514699	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017168	TGATAT	2	12	523645	523656	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017168	TAATTA	2	12	524147	524158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017168	CATAAT	2	12	533639	533650	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017168	GAAAAA	2	12	534055	534066	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017168	GGTTAA	2	12	600137	600148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017168	TTTCTA	2	12	621525	621536	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017168	TACTGA	2	12	673971	673982	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017168	TTCCAG	2	12	674044	674055	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017168	ATAAAA	2	12	726046	726057	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017168	AGATTA	2	12	744602	744613	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017168	TTTCAC	2	12	764969	764980	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017168	TCTTAT	2	12	789710	789721	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017168	ATAAAA	2	12	804068	804079	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017168	CTGCCG	2	12	836230	836241	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017168	TTAAAT	2	12	846389	846400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017168	TTGGAT	2	12	897655	897666	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017168	ATCAGC	2	12	897863	897874	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017168	TTTGGA	2	12	898497	898508	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017168	GGCTGA	2	12	916138	916149	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017168	TTGGTG	4	24	922037	922060	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017168	GATGGG	2	12	947926	947937	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017168	AAAGAT	2	12	968993	969004	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017168	CAGGCG	2	12	970214	970225	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017168	ATTGGC	2	12	1000916	1000927	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017168	AGGGAG	2	12	1068843	1068854	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017168	TGCAGC	2	12	1068952	1068963	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017168	TTTTCG	2	12	1073032	1073043	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017168	GATATA	2	12	1128033	1128044	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017168	GCTATT	2	12	1139543	1139554	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017168	AGGGGA	2	12	1139664	1139675	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017168	ATTGTT	2	12	1146296	1146307	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017168	TAAGTG	2	12	1152433	1152444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017168	TTTTGA	2	12	1194059	1194070	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017168	TAAAAA	2	12	1222320	1222331	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017168	ACAGAT	2	12	1246086	1246097	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017168	TGCATA	2	12	1313238	1313249	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017168	GATAAT	2	12	1337536	1337547	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017168	GCCAAA	2	12	1338470	1338481	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017168	TTTTGA	2	12	1338689	1338700	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017168	TCAAAA	2	12	1342499	1342510	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017168	TCACCC	2	12	1342930	1342941	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_017168	GACGAT	2	12	1349365	1349376	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017168	CATTTT	2	12	1376070	1376081	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017168	TAGTGG	2	12	1432246	1432257	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017168	TGTCAG	2	12	1605532	1605543	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017168	TTTGTC	2	12	1614075	1614086	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017168	TTTGAT	2	12	1619628	1619639	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017168	TCCAGC	2	12	1641248	1641259	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017168	ATCAAA	2	12	1664889	1664900	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017168	GCCATA	2	12	1735496	1735507	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017168	CTGTTG	2	12	1735825	1735836	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017168	CGAATT	2	12	1776073	1776084	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017168	CCTTGG	2	12	1806020	1806031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017168	GAGTGA	2	12	1812713	1812724	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017168	TTTCTT	2	12	1813751	1813762	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017168	TCAAAA	2	12	1890550	1890561	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017168	TGCAAA	2	12	1890568	1890579	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017168	CCATAT	2	12	1932941	1932952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017168	AATTTA	2	12	1935086	1935097	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017168	TGGTTA	2	12	1943142	1943153	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017168	ATCGGT	2	12	1952566	1952577	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017168	AGCCTT	2	12	1976858	1976869	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017168	TTATAA	2	12	2027853	2027864	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017168	AAACTC	2	12	2047587	2047598	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017168	TCAGTA	2	12	2080606	2080617	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017168	AATTAT	2	12	2093374	2093385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017168	TGAAAT	2	12	2093595	2093606	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017168	TGGCCC	2	12	2162623	2162634	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017168	CTTAAT	2	12	2202466	2202477	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017168	TACAAA	2	12	2229446	2229457	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017168	ACTGAA	2	12	2253250	2253261	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017168	AAAAAG	2	12	2260795	2260806	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017168	GTTATG	2	12	2360471	2360482	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017168	GTTGAG	2	12	2360483	2360494	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017168	TTCTCT	2	12	2390088	2390099	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017168	TTATAT	2	12	2429191	2429202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017168	GAGGTT	2	12	2440718	2440729	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017168	TTTCTT	2	12	2450817	2450828	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017168	ATTTTT	2	12	2470006	2470017	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017168	CAAAAC	2	12	2533121	2533132	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017168	GGGTTG	2	12	2534128	2534139	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017168	TTACAT	2	12	2597104	2597115	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017168	TTATCC	2	12	2598255	2598266	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017168	CAATAT	2	12	2642253	2642264	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017168	AACAGA	2	12	2653638	2653649	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017168	AGAAAA	2	12	2656764	2656775	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017168	ATAACG	2	12	2681532	2681543	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017168	CCTTAT	2	12	2739790	2739801	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017168	GAAAGT	2	12	2771015	2771026	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017168	TTAAAA	2	12	2771694	2771705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017168	AGAATC	2	12	2795070	2795081	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017168	TGGCTC	2	12	2834886	2834897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017168	TAACCG	2	12	2839269	2839280	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017168	ACGCTA	2	12	2845112	2845123	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017168	TGCAAA	2	12	2846378	2846389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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139	NC_017168	CTCATC	5	30	2990919	2990948	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
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147	NC_017168	CTGCAT	2	12	3199355	3199366	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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159	NC_017168	TACACC	4	24	3515915	3515938	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
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163	NC_017168	AATAAA	2	12	3628406	3628417	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.