MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Yersinia pestis A1122 chromosome

Total Repeats: 598

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017168	CCAGC	2	10	279	288	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_017168	GCGCT	2	10	1061	1070	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017168	AGGGA	2	10	10427	10436	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017168	ATTGT	3	15	13959	13973	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017168	GTTTA	2	10	15845	15854	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017168	TGCTC	2	10	18651	18660	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017168	CTTTA	2	10	18738	18747	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017168	TTCCC	2	10	18837	18846	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_017168	GCCTC	2	10	34139	34148	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_017168	ACTTA	2	10	34509	34518	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017168	ACTTA	2	10	39612	39621	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017168	CGGAT	2	10	73789	73798	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017168	ACACC	2	10	77097	77106	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_017168	GGGTT	2	10	80456	80465	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017168	CAGAG	2	10	81819	81828	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017168	TCAGT	2	10	96890	96899	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017168	TCATA	2	10	99883	99892	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017168	TAGTT	2	10	115150	115159	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017168	TTTTA	2	10	115233	115242	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017168	TTCTA	2	10	115460	115469	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017168	AATTA	2	10	115483	115492	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017168	ATAAA	2	10	115840	115849	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017168	CGCAG	2	10	116616	116625	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017168	GGCGT	2	10	117173	117182	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017168	TGTTT	2	10	120287	120296	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017168	GTAGA	2	10	120907	120916	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017168	TTCAC	2	10	125070	125079	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017168	CTAGA	2	10	126636	126645	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017168	TAATC	2	10	133635	133644	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017168	ACTCT	2	10	135987	135996	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_017168	TATTT	2	10	150402	150411	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017168	ATTAA	2	10	155596	155605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017168	GAATG	2	10	155880	155889	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017168	ATCTG	2	10	160374	160383	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017168	AGCGT	2	10	162090	162099	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017168	ATCAG	2	10	175289	175298	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017168	ATTTC	2	10	179861	179870	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017168	ATTAA	2	10	206818	206827	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017168	TAAAT	2	10	208143	208152	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017168	TAATT	2	10	208486	208495	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017168	TAATG	2	10	239632	239641	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017168	CGGGC	2	10	262974	262983	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017168	TAAAA	2	10	271476	271485	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017168	ATCTG	2	10	275783	275792	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017168	TGATC	2	10	277841	277850	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017168	TAAAT	2	10	288958	288967	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017168	GAACC	2	10	295440	295449	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017168	TATTT	2	10	305292	305301	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017168	AATTC	2	10	306702	306711	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017168	AATTA	2	10	310497	310506	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017168	TAAGT	2	10	323920	323929	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017168	TCTGT	2	10	338416	338425	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017168	TAAAA	2	10	340887	340896	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017168	TGCGT	2	10	395675	395684	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017168	CTCTC	2	10	406046	406055	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_017168	TAAAC	2	10	413374	413383	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017168	CGTGG	2	10	415302	415311	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017168	TTTAA	2	10	417786	417795	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017168	ATTTT	2	10	419853	419862	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017168	CAGAG	2	10	438728	438737	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017168	TTCCC	2	10	456271	456280	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_017168	TTACG	2	10	456310	456319	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017168	AAAAT	2	10	456735	456744	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017168	ATTTA	2	10	463645	463654	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017168	CTTAA	2	10	471481	471490	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017168	TTTTA	2	10	472208	472217	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017168	TAAAT	2	10	473426	473435	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017168	GCTTT	2	10	481321	481330	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017168	TCAGC	2	10	495722	495731	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017168	TAACG	2	10	519957	519966	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017168	ATTGA	4	20	522315	522334	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017168	ACTGA	2	10	522335	522344	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017168	GCGAT	2	10	522518	522527	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017168	TCAAT	2	10	536368	536377	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017168	ATCTC	2	10	572417	572426	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017168	ACATT	2	10	572712	572721	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017168	ATTTA	2	10	572747	572756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017168	TTAAT	2	10	573268	573277	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017168	TTATT	2	10	582816	582825	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017168	CCTAG	2	10	584870	584879	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017168	TAAAA	2	10	592135	592144	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017168	GCCTT	2	10	613749	613758	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017168	TGCTG	2	10	613904	613913	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017168	CCAGC	2	10	631167	631176	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_017168	TCATG	2	10	631258	631267	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017168	CTATC	2	10	641189	641198	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017168	GCTCA	2	10	642969	642978	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017168	ATTAT	2	10	657039	657048	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017168	TAATT	2	10	660503	660512	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017168	CCATT	2	10	662140	662149	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017168	TTAAA	2	10	674585	674594	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017168	TGAAA	2	10	681485	681494	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017168	ACCAT	2	10	711725	711734	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017168	ATAAG	2	10	726023	726032	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017168	AAAAC	2	10	734610	734619	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017168	AGAAT	2	10	742327	742336	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017168	GTTCA	2	10	744250	744259	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017168	ATACA	2	10	745816	745825	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017168	TAAAT	2	10	761320	761329	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017168	TTATT	2	10	775310	775319	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017168	TGTGA	2	10	799598	799607	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017168	ATATT	2	10	804515	804524	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017168	ATCAT	2	10	809523	809532	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017168	TTATT	2	10	828564	828573	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017168	AATAA	2	10	852021	852030	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017168	AAACA	2	10	852341	852350	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017168	CCTAT	2	10	869441	869450	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017168	TAATT	2	10	883695	883704	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017168	GCCAT	2	10	897441	897450	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017168	AATTA	2	10	909161	909170	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017168	CATTT	2	10	924414	924423	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017168	TACAA	2	10	937820	937829	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017168	CCCGC	2	10	939663	939672	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
114	NC_017168	GCTAG	2	10	950146	950155	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017168	TTTAG	2	10	954221	954230	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017168	GGTTC	2	10	976599	976608	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017168	AACCA	2	10	978073	978082	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017168	CAGAA	2	10	979239	979248	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017168	TAGCA	2	10	983049	983058	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017168	GTACA	2	10	990506	990515	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017168	ATAAA	2	10	994675	994684	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017168	TTATT	2	10	1011341	1011350	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017168	CTTAT	2	10	1035915	1035924	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017168	GGGGT	2	10	1036043	1036052	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017168	ATATT	2	10	1039379	1039388	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017168	AAATC	2	10	1043366	1043375	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017168	TCTCC	2	10	1047638	1047647	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
128	NC_017168	TCTTT	2	10	1048613	1048622	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017168	CCAGC	2	10	1079295	1079304	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_017168	TTAAT	2	10	1088243	1088252	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017168	GAGAA	2	10	1088372	1088381	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017168	AGCCT	2	10	1090319	1090328	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017168	TCGGT	2	10	1091023	1091032	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017168	CCCCA	2	10	1106091	1106100	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
135	NC_017168	GTTTT	2	10	1109188	1109197	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017168	ATCTC	2	10	1126990	1126999	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017168	ATGCT	2	10	1132381	1132390	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017168	GAACC	2	10	1148987	1148996	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017168	ATTTT	2	10	1151116	1151125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017168	GAAAA	2	10	1160773	1160782	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017168	CCATT	2	10	1165504	1165513	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017168	AATAC	2	10	1175087	1175096	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017168	AAAGA	2	10	1175923	1175932	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017168	TTAGT	2	10	1193946	1193955	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017168	GAACC	2	10	1195657	1195666	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017168	ATTTT	2	10	1197317	1197326	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017168	TAATT	2	10	1197345	1197354	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017168	TTATT	2	10	1197705	1197714	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017168	TTTAA	2	10	1197789	1197798	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017168	GCTGG	2	10	1205947	1205956	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017168	CTAAT	2	10	1211630	1211639	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017168	TTATC	2	10	1217021	1217030	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_017168	TAATT	2	10	1226468	1226477	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_017168	ACCGG	2	10	1246035	1246044	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
157	NC_017168	CTTGG	2	10	1254382	1254391	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
158	NC_017168	ATTGT	2	10	1268837	1268846	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017168	CATTT	2	10	1288200	1288209	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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161	NC_017168	AGTTT	2	10	1337615	1337624	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017168	TGAAC	2	10	1347399	1347408	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_017168	TATCT	2	10	1361584	1361593	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_017168	AGGCT	2	10	1373496	1373505	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
165	NC_017168	TGTTT	2	10	1381918	1381927	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017168	CCATT	2	10	1393235	1393244	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
167	NC_017168	TACAG	2	10	1393829	1393838	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_017168	CACAA	2	10	1395842	1395851	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_017168	AGCAG	2	10	1398204	1398213	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
170	NC_017168	CTGGA	2	10	1399096	1399105	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
171	NC_017168	CTAAA	2	10	1407788	1407797	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_017168	ATTTT	2	10	1410198	1410207	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_017168	GCCAA	2	10	1452287	1452296	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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179	NC_017168	CGGCG	2	10	1473683	1473692	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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182	NC_017168	ATTAA	2	10	1498000	1498009	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017168	AATGG	2	10	1498563	1498572	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
184	NC_017168	TTTCA	2	10	1498885	1498894	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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189	NC_017168	GTCTT	2	10	1553274	1553283	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_017168	GTTAT	2	10	1573188	1573197	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017168	CTCTT	2	10	1573252	1573261	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
193	NC_017168	AGGCT	2	10	1584892	1584901	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
194	NC_017168	CTTCC	2	10	1588335	1588344	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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233	NC_017168	TATTG	2	10	1950551	1950560	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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249	NC_017168	TTTAT	2	10	2139087	2139096	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
250	NC_017168	TTAAT	2	10	2147172	2147181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
251	NC_017168	CTTGT	2	10	2165281	2165290	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
252	NC_017168	TTTAT	2	10	2167605	2167614	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
253	NC_017168	CAACT	2	10	2167913	2167922	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_017168	TTGTA	2	10	2168119	2168128	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
255	NC_017168	ATGAA	2	10	2169771	2169780	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
256	NC_017168	TTTTA	2	10	2169816	2169825	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
257	NC_017168	GATGT	2	10	2182716	2182725	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
258	NC_017168	TAACG	2	10	2223557	2223566	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
259	NC_017168	GAAAA	2	10	2226864	2226873	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_017168	AGGGT	2	10	2229419	2229428	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_017168	AAAGA	2	10	2260811	2260820	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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267	NC_017168	TATAA	2	10	2265593	2265602	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
268	NC_017168	TTATT	2	10	2265695	2265704	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_017168	GAGGG	2	10	2266573	2266582	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
270	NC_017168	TAATT	2	10	2271040	2271049	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_017168	GAGCA	2	10	2276378	2276387	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
272	NC_017168	AAACC	2	10	2280800	2280809	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
273	NC_017168	ATGGT	2	10	2286219	2286228	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
274	NC_017168	TGATC	2	10	2288128	2288137	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
275	NC_017168	ACATC	2	10	2288162	2288171	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
276	NC_017168	CTTAA	2	10	2288240	2288249	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
277	NC_017168	ACACT	2	10	2295984	2295993	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
278	NC_017168	ATAAA	2	10	2299857	2299866	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_017168	TCATT	2	10	2299893	2299902	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
280	NC_017168	CTAAT	2	10	2316235	2316244	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
281	NC_017168	TCTGC	2	10	2338773	2338782	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
282	NC_017168	ATTTA	2	10	2356994	2357003	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_017168	CGATG	2	10	2360518	2360527	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_017168	CTTCA	2	10	2373126	2373135	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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