MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017167	AAGCGA	2	12	13068	13079	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017167	CAGGGG	2	12	173937	173948	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017167	CAGCGG	2	12	186010	186021	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017167	AAAGAA	2	12	199480	199491	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017167	CGGAGG	2	12	214636	214647	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017167	TGAGGG	2	12	234935	234946	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017167	GGGCCG	2	12	257127	257138	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017167	AAGCGA	2	12	259709	259720	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017167	AAGCGA	2	12	335778	335789	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017167	TCCGAA	2	12	344886	344897	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017167	CATGAG	2	12	349543	349554	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017167	TTATGC	2	12	370121	370132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017167	ATCAAC	2	12	398610	398621	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017167	AGGGGA	2	12	413195	413206	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017167	GGGATT	2	12	415994	416005	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017167	CGATTA	2	12	416656	416667	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017167	TCGGAC	2	12	441387	441398	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017167	CCACAG	2	12	458333	458344	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_017167	AAGCGA	2	12	520697	520708	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017167	AAGCGA	2	12	537884	537895	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017167	CGATCT	2	12	551699	551710	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017167	GCTGGC	2	12	551777	551788	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017167	AAAAGC	2	12	552657	552668	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017167	TCCATG	2	12	602917	602928	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017167	CAAGTG	2	12	704988	704999	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017167	GTCGTT	2	12	722508	722519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017167	GTACAT	2	12	753173	753184	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017167	AAGCCC	2	12	875918	875929	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017167	CCAGGG	3	18	914799	914816	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017167	TGGCGT	2	12	925920	925931	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017167	CCGATA	2	12	949922	949933	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017167	CACGCC	2	12	1008114	1008125	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_017167	GTGGCG	2	12	1023332	1023343	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017167	CACGCT	2	12	1036503	1036514	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017167	GCTTAC	2	12	1062250	1062261	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017167	GACTCG	2	12	1086059	1086070	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017167	CCCGGA	2	12	1139206	1139217	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017167	TCCGAA	2	12	1141303	1141314	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017167	CGAGCT	2	12	1152563	1152574	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017167	TTGACT	2	12	1172442	1172453	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017167	GTCGGC	2	12	1256904	1256915	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017167	AAGCGA	2	12	1274997	1275008	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017167	TCGCTT	2	12	1419395	1419406	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017167	GCGAGG	2	12	1427097	1427108	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017167	GTGGTC	2	12	1427140	1427151	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017167	CATAGA	2	12	1555208	1555219	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017167	TCGCTT	2	12	1580379	1580390	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017167	TTACAT	2	12	1659025	1659036	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017167	TGTACG	2	12	1708919	1708930	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017167	TCCCAG	2	12	1709179	1709190	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017167	GGCACC	2	12	1710069	1710080	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017167	GTGCCG	2	12	1710277	1710288	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017167	ATTATA	2	12	1713413	1713424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017167	CACATC	2	12	1714419	1714430	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017167	CGCATT	2	12	1732886	1732897	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017167	GAAAAT	2	12	1733198	1733209	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017167	ATTATC	2	12	1742916	1742927	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017167	ATTGAC	2	12	1785860	1785871	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017167	TTCCCC	2	12	1807488	1807499	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_017167	GGAGAT	2	12	1860381	1860392	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017167	GTGCAA	2	12	1868375	1868386	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017167	GGCGCG	2	12	1886015	1886026	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017167	CGGCTG	2	12	1957494	1957505	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017167	CTCGTT	2	12	1962292	1962303	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017167	CCGCTC	2	12	2037115	2037126	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_017167	CCCAAC	2	12	2049714	2049725	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_017167	TCGAAA	2	12	2086696	2086707	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017167	GTCCTC	2	12	2096333	2096344	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017167	TTCGCC	2	12	2191521	2191532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017167	TCAGCG	2	12	2218312	2218323	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017167	TTACAT	2	12	2267394	2267405	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017167	TTGGCC	2	12	2347823	2347834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017167	AGTCGC	2	12	2378584	2378595	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017167	TTCTAT	2	12	2378824	2378835	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017167	CTTCAT	2	12	2419579	2419590	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017167	GCCGGA	2	12	2426736	2426747	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017167	CGAGTA	2	12	2455486	2455497	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017167	CACACC	2	12	2518706	2518717	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_017167	GACAGA	2	12	2560731	2560742	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017167	CGCCTC	2	12	2598895	2598906	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_017167	CGCGAG	2	12	2634398	2634409	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017167	ACTGGT	2	12	2725440	2725451	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017167	CGGTTT	2	12	2807214	2807225	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017167	GACGGA	2	12	2819557	2819568	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017167	AAGCGT	2	12	2833652	2833663	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017167	CGCACG	2	12	2896678	2896689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017167	TTCCCC	2	12	2897897	2897908	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_017167	CGCCCT	2	12	2897947	2897958	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_017167	GCGTGC	2	12	2902604	2902615	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017167	GACTTT	2	12	2907252	2907263	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017167	ACCCGC	2	12	3021214	3021225	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.