MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017167	AGGGA	2	10	1609	1618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017167	CTTGA	2	10	11362	11371	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017167	CCTTC	2	10	11736	11745	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_017167	TCGTG	2	10	11784	11793	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017167	GTTCT	2	10	23400	23409	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017167	CAGAA	2	10	36314	36323	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017167	CGTGG	2	10	48110	48119	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017167	AGGCG	2	10	50856	50865	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017167	GGATT	2	10	70577	70586	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017167	CAGGT	2	10	76504	76513	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017167	CGCAC	2	10	80384	80393	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_017167	GGCCG	2	10	121464	121473	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017167	GCGCG	2	10	126669	126678	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_017167	CAGCA	2	10	131732	131741	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017167	AGAGG	2	10	141049	141058	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017167	ATGCG	2	10	153369	153378	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017167	GTTTC	2	10	155750	155759	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017167	GAAAC	2	10	164485	164494	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017167	CAATC	2	10	173927	173936	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017167	TCGAT	2	10	185880	185889	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017167	GAAGG	2	10	185903	185912	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017167	GGCCG	2	10	203412	203421	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017167	ATGGA	2	10	205433	205442	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017167	TGGCA	2	10	221454	221463	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017167	TGGCT	2	10	234859	234868	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017167	AGTCG	2	10	239030	239039	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017167	GCGCC	2	10	240299	240308	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_017167	GGCCC	2	10	257142	257151	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_017167	CTTGA	2	10	257999	258008	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017167	CCTTC	2	10	258375	258384	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
31	NC_017167	TCGTG	2	10	258424	258433	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017167	GCTTC	2	10	263422	263431	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017167	TCGAC	2	10	293003	293012	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017167	TTTAC	2	10	293048	293057	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017167	TGCGA	2	10	298063	298072	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017167	ACATC	2	10	299323	299332	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017167	GGTGG	2	10	316521	316530	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017167	GCCCA	2	10	320811	320820	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_017167	TGGGA	2	10	322159	322168	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017167	ATCGA	2	10	325602	325611	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017167	CTTGA	2	10	334067	334076	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017167	CCTTC	2	10	334443	334452	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
43	NC_017167	TCGTG	2	10	334492	334501	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017167	TGGGC	2	10	352405	352414	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017167	TCCTG	2	10	352754	352763	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017167	AAGGA	2	10	356086	356095	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017167	TCATC	2	10	361845	361854	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017167	CAGGA	2	10	361868	361877	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017167	CCAGT	2	10	370089	370098	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017167	TCGAA	2	10	383404	383413	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017167	CGCGC	2	10	405545	405554	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
52	NC_017167	ATGCC	2	10	417052	417061	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017167	GCACT	2	10	417402	417411	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017167	CGCGG	2	10	423672	423681	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017167	CTTTT	2	10	471930	471939	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017167	GGGGC	2	10	471968	471977	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017167	TGGCT	2	10	483859	483868	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017167	CTTCT	2	10	483914	483923	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017167	TCTCT	2	10	515249	515258	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017167	CTTGA	2	10	536176	536185	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017167	CCTTC	2	10	536550	536559	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_017167	TCGTG	2	10	536598	536607	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017167	ATGCT	2	10	556528	556537	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017167	GTTGT	2	10	560459	560468	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017167	GCTGG	2	10	563932	563941	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017167	GGGAA	2	10	582034	582043	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017167	GTGCC	2	10	586550	586559	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017167	GCGTG	2	10	609658	609667	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017167	CTCGG	2	10	610493	610502	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017167	TGCTT	2	10	634907	634916	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017167	GAAAT	2	10	653535	653544	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017167	GAATG	2	10	654925	654934	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017167	TGGTG	2	10	656006	656015	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017167	TATTT	2	10	669228	669237	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017167	TGCGT	2	10	672114	672123	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017167	GATGA	2	10	687479	687488	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017167	ACACT	2	10	687637	687646	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017167	GGGGC	2	10	722460	722469	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017167	TACAA	2	10	723599	723608	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017167	AGCGC	2	10	736393	736402	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017167	TTCGC	2	10	776512	776521	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017167	AGTGG	2	10	776609	776618	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017167	GGATG	2	10	823985	823994	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017167	GAAGG	2	10	827032	827041	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017167	CGAAC	2	10	827946	827955	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017167	TCTTG	2	10	850793	850802	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017167	AAGGT	2	10	864250	864259	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017167	CGACG	2	10	875898	875907	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017167	ACGCG	2	10	877537	877546	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017167	AGGCG	2	10	877578	877587	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017167	GAAAT	2	10	880700	880709	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017167	GGGGA	2	10	886639	886648	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017167	GCTAC	2	10	910966	910975	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017167	TCCTT	2	10	915990	915999	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017167	GCAAG	2	10	919393	919402	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017167	CACGG	2	10	940462	940471	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017167	AAAAG	2	10	950047	950056	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017167	TGCAA	2	10	956153	956162	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017167	TTGAG	2	10	963156	963165	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017167	AACGC	2	10	967072	967081	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017167	GCCCG	2	10	970994	971003	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
102	NC_017167	TCACC	2	10	1009294	1009303	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
103	NC_017167	GCGCC	2	10	1019194	1019203	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_017167	AGCCG	2	10	1019423	1019432	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017167	TCTTT	2	10	1031635	1031644	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017167	CGCGC	2	10	1050424	1050433	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
107	NC_017167	GTTTC	2	10	1055454	1055463	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017167	GCACC	2	10	1058241	1058250	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
109	NC_017167	GGGCT	2	10	1059640	1059649	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017167	GAATC	2	10	1060418	1060427	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017167	TTACG	2	10	1068888	1068897	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017167	GGCCG	2	10	1074417	1074426	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017167	CGGCG	2	10	1082293	1082302	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017167	CAAAG	2	10	1083397	1083406	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017167	GTAAC	2	10	1084320	1084329	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017167	GGAGG	2	10	1085083	1085092	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017167	TGCGC	2	10	1086048	1086057	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017167	AGTCG	2	10	1086076	1086085	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017167	TGAAA	2	10	1094422	1094431	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017167	ATGCG	2	10	1107060	1107069	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017167	GGGGA	2	10	1110060	1110069	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017167	GTCGC	2	10	1114005	1114014	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017167	AGAGA	2	10	1115230	1115239	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017167	GAGCA	2	10	1116848	1116857	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017167	AGAGA	2	10	1132075	1132084	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017167	CGGGG	2	10	1139082	1139091	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017167	GGGCG	2	10	1139165	1139174	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017167	AGAGA	2	10	1139378	1139387	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017167	TCGCT	2	10	1141372	1141381	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017167	TCGAA	2	10	1152475	1152484	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017167	GATTC	2	10	1153227	1153236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017167	CTGTC	2	10	1162572	1162581	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017167	TATAC	2	10	1162583	1162592	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017167	GCATG	2	10	1176635	1176644	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017167	TGATG	2	10	1246403	1246412	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017167	CTCCG	2	10	1247073	1247082	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_017167	CTTGA	2	10	1273288	1273297	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017167	CCTTC	2	10	1273663	1273672	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
139	NC_017167	TCGTG	2	10	1273711	1273720	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017167	AGCCC	2	10	1290433	1290442	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_017167	CGTTT	2	10	1295558	1295567	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017167	GGTTC	2	10	1298799	1298808	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017167	AAAGG	2	10	1299913	1299922	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017167	GCGCG	2	10	1331822	1331831	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017167	AGGTG	2	10	1345311	1345320	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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164	NC_017167	TCAAG	2	10	1582088	1582097	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_017167	CGCGC	2	10	2634174	2634183	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
282	NC_017167	CCGGC	2	10	2637521	2637530	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
283	NC_017167	TAACA	2	10	2645572	2645581	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
284	NC_017167	AGCGC	2	10	2652802	2652811	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
285	NC_017167	TCGAG	2	10	2658371	2658380	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
286	NC_017167	AGGGG	2	10	2658677	2658686	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
287	NC_017167	CCAGG	2	10	2659248	2659257	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
288	NC_017167	TCTCT	2	10	2661763	2661772	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
289	NC_017167	CCTTC	2	10	2662761	2662770	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
290	NC_017167	AGCTC	2	10	2664605	2664614	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
291	NC_017167	CGCGC	2	10	2685932	2685941	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
292	NC_017167	TCGGC	2	10	2698550	2698559	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
293	NC_017167	AGCCC	2	10	2706833	2706842	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
294	NC_017167	GAGAG	2	10	2734522	2734531	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
295	NC_017167	GACTT	2	10	2736844	2736853	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_017167	CATCG	2	10	2742275	2742284	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
297	NC_017167	CCAGC	2	10	2748458	2748467	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
298	NC_017167	GCCGT	2	10	2749014	2749023	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
299	NC_017167	GCGAG	2	10	2753064	2753073	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
300	NC_017167	ATGCC	2	10	2761101	2761110	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
301	NC_017167	CGACG	2	10	2773624	2773633	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
302	NC_017167	GAATC	2	10	2778120	2778129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
303	NC_017167	CCGCG	2	10	2789615	2789624	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
304	NC_017167	GGCGC	2	10	2790050	2790059	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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306	NC_017167	TACGG	2	10	2798277	2798286	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
307	NC_017167	GTATA	2	10	2798288	2798297	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
308	NC_017167	ACGCC	2	10	2799281	2799290	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
309	NC_017167	TCGAT	2	10	2811615	2811624	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
310	NC_017167	TGTAT	2	10	2819010	2819019	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
311	NC_017167	TACAT	2	10	2819407	2819416	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
312	NC_017167	TTTAT	2	10	2819442	2819451	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_017167	CGCGG	2	10	2823704	2823713	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
314	NC_017167	CAGAA	2	10	2832021	2832030	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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316	NC_017167	TTGTT	2	10	2836267	2836276	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
317	NC_017167	ATGCG	2	10	2857425	2857434	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
318	NC_017167	GGGCT	2	10	2871208	2871217	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
319	NC_017167	GAATC	2	10	2909818	2909827	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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321	NC_017167	GCTCG	2	10	2943160	2943169	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
322	NC_017167	CTTCC	2	10	2945897	2945906	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
323	NC_017167	CTCTC	2	10	2955576	2955585	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
324	NC_017167	CCGCG	2	10	2955759	2955768	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
325	NC_017167	CGAAA	2	10	2961558	2961567	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
326	NC_017167	CATCC	2	10	2967008	2967017	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
327	NC_017167	ATGCT	2	10	2984682	2984691	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
328	NC_017167	CTGTC	2	10	2989884	2989893	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
329	NC_017167	GCGCC	2	10	2989936	2989945	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
330	NC_017167	CCCCG	2	10	2991419	2991428	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
331	NC_017167	AAGGA	2	10	3024293	3024302	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
332	NC_017167	TATTT	2	10	3035956	3035965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_017167	CTCCG	2	10	3049726	3049735	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
334	NC_017167	CCTCC	2	10	3056338	3056347	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
335	NC_017167	TTGCG	2	10	3058733	3058742	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
336	NC_017167	GGAAG	2	10	3059784	3059793	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
337	NC_017167	ACGCG	2	10	3065992	3066001	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
338	NC_017167	TAGCT	2	10	3067360	3067369	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.