MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Hydrogenobacter thermophilus TK-6 chromosome

Total Repeats: 222

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017161	ATAA	2	8	3756	3763	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017161	CTCC	2	8	3834	3841	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_017161	GCAG	2	8	12015	12022	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017161	GCTC	2	8	12066	12073	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017161	CTAA	2	8	12081	12088	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017161	TGGA	2	8	27567	27574	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017161	ACCC	2	8	50131	50138	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
8	NC_017161	GGTG	2	8	50179	50186	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017161	TAAT	2	8	59380	59387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017161	CTTC	2	8	79376	79383	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017161	CTTA	2	8	103231	103238	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017161	TTAA	2	8	103273	103280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017161	AAAT	2	8	157809	157816	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017161	TACT	2	8	162258	162265	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017161	TAAA	2	8	162288	162295	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017161	CGCA	2	8	162349	162356	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017161	ATTA	2	8	162363	162370	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017161	GTAA	2	8	162371	162378	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017161	ACCC	2	8	170901	170908	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
20	NC_017161	CCTG	2	8	192651	192658	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017161	AAGG	2	8	193058	193065	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017161	TATG	2	8	193647	193654	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017161	GCTG	2	8	193761	193768	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017161	GAAA	2	8	193886	193893	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017161	TACT	2	8	201380	201387	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017161	ATTT	2	8	215613	215620	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017161	ATTA	2	8	223164	223171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017161	ATTA	2	8	224879	224886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017161	TCAC	2	8	234593	234600	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017161	TTAC	2	8	236298	236305	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017161	CTTC	2	8	242693	242700	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017161	GGAC	2	8	242943	242950	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017161	GGTA	2	8	243461	243468	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017161	AAAG	2	8	243527	243534	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017161	TCCC	2	8	244278	244285	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
36	NC_017161	CGGC	2	8	244522	244529	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_017161	TGCC	2	8	244913	244920	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017161	CGCT	2	8	245223	245230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_017161	GACT	2	8	245457	245464	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017161	GGAG	2	8	245983	245990	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017161	TCGC	2	8	246235	246242	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_017161	AAGG	2	8	246488	246495	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017161	GACT	2	8	246875	246882	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017161	GGCC	2	8	247991	247998	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_017161	TCCT	2	8	248325	248332	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017161	TTAA	2	8	255285	255292	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017161	CCGC	2	8	262864	262871	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
48	NC_017161	TTTA	2	8	269311	269318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017161	AGAT	2	8	269361	269368	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017161	GGAA	2	8	282462	282469	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017161	TGGG	2	8	282496	282503	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017161	TTGA	2	8	282515	282522	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017161	CGCC	2	8	321156	321163	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
54	NC_017161	CTTT	2	8	322019	322026	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017161	ATTC	2	8	322119	322126	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017161	ATTT	2	8	322231	322238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017161	CAAG	2	8	322378	322385	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017161	AAAG	2	8	325122	325129	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017161	TATT	2	8	327805	327812	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017161	GCGG	2	8	336877	336884	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017161	GAGG	2	8	338204	338211	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017161	GGGA	2	8	338212	338219	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017161	TTTC	2	8	345704	345711	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_017161	GTCA	2	8	352971	352978	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017161	CCCA	2	8	352991	352998	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_017161	TTTA	2	8	366793	366800	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017161	ACAT	2	8	385300	385307	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017161	AAAT	2	8	395082	395089	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017161	GGAT	2	8	398918	398925	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017161	CTTT	2	8	399385	399392	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017161	TGAT	2	8	399429	399436	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017161	AAGG	2	8	436790	436797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017161	CCTT	2	8	436826	436833	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017161	AATG	2	8	455925	455932	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017161	AACG	2	8	455977	455984	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017161	GGTT	2	8	463381	463388	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017161	CCCT	2	8	482607	482614	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_017161	CCCT	2	8	492155	492162	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
79	NC_017161	TAAT	2	8	502091	502098	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017161	TTGC	2	8	502294	502301	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017161	TTGT	2	8	503571	503578	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017161	CCCT	2	8	513474	513481	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_017161	TCCC	2	8	516896	516903	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
84	NC_017161	GAGG	2	8	516923	516930	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017161	GAGG	2	8	516955	516962	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017161	AGGG	2	8	524673	524680	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017161	GCCT	2	8	525572	525579	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017161	TTGG	2	8	525602	525609	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017161	GCTT	2	8	525623	525630	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017161	GGAG	2	8	536787	536794	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017161	TACT	2	8	587914	587921	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017161	CATC	2	8	590423	590430	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017161	AAAC	2	8	602066	602073	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017161	ATCC	2	8	685213	685220	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017161	ACAG	2	8	685534	685541	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017161	GTAT	2	8	686183	686190	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017161	AGCC	2	8	723211	723218	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017161	TAAA	2	8	752085	752092	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017161	AATT	2	8	756458	756465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017161	TCTT	2	8	761954	761961	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017161	TCCA	2	8	778101	778108	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017161	ATCC	2	8	778251	778258	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017161	CTTT	2	8	778276	778283	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017161	CCTT	2	8	803526	803533	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017161	CCCG	2	8	808297	808304	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
106	NC_017161	AAAG	2	8	809757	809764	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017161	AGGA	2	8	810113	810120	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017161	AGAA	2	8	810278	810285	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017161	TTAA	2	8	815172	815179	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017161	TATG	2	8	815237	815244	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017161	TCCC	2	8	818470	818477	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
112	NC_017161	ATTT	2	8	835987	835994	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017161	CCTC	2	8	837269	837276	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
114	NC_017161	TGGC	2	8	858612	858619	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017161	TTGC	2	8	873197	873204	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017161	CTCC	2	8	881517	881524	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
117	NC_017161	AATT	2	8	885989	885996	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017161	TTTC	2	8	893081	893088	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017161	TGAT	2	8	893972	893979	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017161	GAAG	2	8	904119	904126	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017161	CCGC	2	8	909100	909107	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
122	NC_017161	TGTT	2	8	909131	909138	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017161	TCTT	2	8	909234	909241	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017161	TTTC	2	8	909251	909258	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017161	GAAT	2	8	915772	915779	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017161	AATT	2	8	927280	927287	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017161	ATTA	2	8	932391	932398	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017161	AAAG	2	8	932452	932459	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017161	AACG	2	8	944237	944244	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017161	CTTC	2	8	944292	944299	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_017161	ATAA	2	8	959176	959183	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017161	TAGG	2	8	962468	962475	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017161	GAAG	2	8	966288	966295	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017161	TCCC	2	8	976416	976423	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
135	NC_017161	TGGT	2	8	985924	985931	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017161	AGTG	2	8	1009985	1009992	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017161	GGAG	2	8	1009998	1010005	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017161	AAAG	2	8	1026324	1026331	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017161	GCAA	2	8	1027129	1027136	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017161	TGAA	2	8	1027151	1027158	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017161	AGAA	2	8	1033263	1033270	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017161	AAGA	2	8	1036830	1036837	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017161	CCTT	2	8	1038354	1038361	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_017161	CATA	2	8	1038577	1038584	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017161	AAAG	2	8	1038919	1038926	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017161	GATA	2	8	1039374	1039381	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017161	CATA	2	8	1039389	1039396	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017161	GACT	2	8	1045625	1045632	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017161	GAAA	2	8	1046546	1046553	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017161	GGAA	2	8	1046585	1046592	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017161	ATTT	2	8	1056395	1056402	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_017161	GCAG	2	8	1295379	1295386	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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192	NC_017161	CTGC	2	8	1381125	1381132	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
193	NC_017161	ATTT	2	8	1426208	1426215	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_017161	CTAT	2	8	1437499	1437506	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
198	NC_017161	TGAG	2	8	1437717	1437724	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
199	NC_017161	TTAT	2	8	1444037	1444044	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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222	NC_017161	GTGA	2	8	1720272	1720279	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.