MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Yersinia pestis D182038 plasmid pMT1

Total Repeats: 57

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017158	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	384124389
2	NC_017158	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	384124389
3	NC_017158	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	384124390
4	NC_017158	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	384124390
5	NC_017158	CAGAG	2	10	7499	7508	40 %	0 %	40 %	20 %	384124394
6	NC_017158	TTGTC	2	10	7897	7906	0 %	60 %	20 %	20 %	384124394
7	NC_017158	TGCGC	2	10	13799	13808	0 %	20 %	40 %	40 %	384124399
8	NC_017158	GGATG	2	10	18771	18780	20 %	20 %	60 %	0 %	384124400
9	NC_017158	ACCAG	2	10	19128	19137	40 %	0 %	20 %	40 %	384124401
10	NC_017158	TGAAC	2	10	19339	19348	40 %	20 %	20 %	20 %	384124401
11	NC_017158	CGGTA	2	10	21232	21241	20 %	20 %	40 %	20 %	384124405
12	NC_017158	CGACA	2	10	21800	21809	40 %	0 %	20 %	40 %	384124405
13	NC_017158	CGGCA	2	10	23047	23056	20 %	0 %	40 %	40 %	384124407
14	NC_017158	AGTGC	2	10	27456	27465	20 %	20 %	40 %	20 %	384124411
15	NC_017158	CTTCG	2	10	28389	28398	0 %	40 %	20 %	40 %	384124412
16	NC_017158	CGGAA	2	10	29273	29282	40 %	0 %	40 %	20 %	384124413
17	NC_017158	AACGG	2	10	29481	29490	40 %	0 %	40 %	20 %	384124413
18	NC_017158	TGCCC	2	10	34654	34663	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_017158	AAATT	2	10	35792	35801	60 %	40 %	0 %	0 %	384124420
20	NC_017158	ATTTT	2	10	36024	36033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017158	TGTCG	2	10	36495	36504	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017158	CCCCT	2	10	36903	36912	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
23	NC_017158	TCCCC	2	10	37051	37060	0 %	20 %	0 %	80 %	384124421
24	NC_017158	GACTG	2	10	39055	39064	20 %	20 %	40 %	20 %	384124423
25	NC_017158	CATTG	2	10	39743	39752	20 %	40 %	20 %	20 %	384124424
26	NC_017158	CGTCA	2	10	43478	43487	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017158	ACGTA	2	10	45546	45555	40 %	20 %	20 %	20 %	384124428
28	NC_017158	ACTTA	2	10	47215	47224	40 %	40 %	0 %	20 %	384124429
29	NC_017158	CAGCG	2	10	49438	49447	20 %	0 %	40 %	40 %	384124431
30	NC_017158	CCATT	2	10	50041	50050	20 %	40 %	0 %	40 %	384124433
31	NC_017158	GTTCG	2	10	54648	54657	0 %	40 %	40 %	20 %	384124437
32	NC_017158	AAGGT	2	10	54997	55006	40 %	20 %	40 %	0 %	384124437
33	NC_017158	AGCGC	2	10	55396	55405	20 %	0 %	40 %	40 %	384124438
34	NC_017158	TCAAA	2	10	56034	56043	60 %	20 %	0 %	20 %	384124438
35	NC_017158	GGGGT	2	10	57079	57088	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017158	GCTGC	2	10	57320	57329	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017158	GCGAT	2	10	57628	57637	20 %	20 %	40 %	20 %	384124440
38	NC_017158	CGCAG	2	10	60719	60728	20 %	0 %	40 %	40 %	384124442
39	NC_017158	GAAGA	2	10	62961	62970	60 %	0 %	40 %	0 %	384124443
40	NC_017158	TGAAC	2	10	64305	64314	40 %	20 %	20 %	20 %	384124444
41	NC_017158	ATCAG	2	10	66911	66920	40 %	20 %	20 %	20 %	384124445
42	NC_017158	AATTG	2	10	70437	70446	40 %	40 %	20 %	0 %	384124448
43	NC_017158	TAAAA	2	10	71514	71523	80 %	20 %	0 %	0 %	384124448
44	NC_017158	GGAAT	2	10	74178	74187	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017158	AACAA	2	10	78509	78518	80 %	0 %	0 %	20 %	384124454
46	NC_017158	GGTAA	2	10	81517	81526	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017158	CCGTT	2	10	82078	82087	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017158	AAAGA	2	10	85190	85199	80 %	0 %	20 %	0 %	384124460
49	NC_017158	CGCTT	2	10	87870	87879	0 %	40 %	20 %	40 %	384124463
50	NC_017158	TGATT	2	10	88284	88293	20 %	60 %	20 %	0 %	384124463
51	NC_017158	CTGCG	2	10	89815	89824	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017158	GGAAT	2	10	90938	90947	40 %	20 %	40 %	0 %	384124465
53	NC_017158	CTCTA	2	10	92214	92223	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017158	TGTCG	2	10	92419	92428	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017158	CTGTC	2	10	93229	93238	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017158	CCTCG	2	10	94374	94383	0 %	20 %	20 %	60 %	384124468
57	NC_017158	ACGGC	2	10	94811	94820	20 %	0 %	40 %	40 %	384124468

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.