MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis D182038 plasmid pMT1

Total Repeats: 245

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017158	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017158	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	384124389
3	NC_017158	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	384124389
4	NC_017158	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	384124389
5	NC_017158	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	384124390
6	NC_017158	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	384124390
7	NC_017158	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	384124390
8	NC_017158	CTAC	3	12	2009	2020	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017158	TTTA	2	8	2021	2028	25 %	75 %	0 %	0 %	384124391
10	NC_017158	CCAA	2	8	2710	2717	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017158	TGAG	2	8	3064	3071	25 %	25 %	50 %	0 %	384124392
12	NC_017158	GGTT	2	8	3400	3407	0 %	50 %	50 %	0 %	384124392
13	NC_017158	AGCC	2	8	4173	4180	25 %	0 %	25 %	50 %	384124392
14	NC_017158	TCCA	2	8	4258	4265	25 %	25 %	0 %	50 %	384124392
15	NC_017158	CTAT	2	8	4481	4488	25 %	50 %	0 %	25 %	384124392
16	NC_017158	CTTC	2	8	5613	5620	0 %	50 %	0 %	50 %	384124392
17	NC_017158	ACTT	2	8	5867	5874	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017158	AAAG	2	8	5889	5896	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017158	TCGT	2	8	5997	6004	0 %	50 %	25 %	25 %	384124393
20	NC_017158	ATTA	2	8	6246	6253	50 %	50 %	0 %	0 %	384124393
21	NC_017158	TTCA	2	8	6566	6573	25 %	50 %	0 %	25 %	384124394
22	NC_017158	GATT	2	8	6666	6673	25 %	50 %	25 %	0 %	384124394
23	NC_017158	CTGC	2	8	7029	7036	0 %	25 %	25 %	50 %	384124394
24	NC_017158	CTGC	2	8	7189	7196	0 %	25 %	25 %	50 %	384124394
25	NC_017158	TGTT	2	8	8550	8557	0 %	75 %	25 %	0 %	384124394
26	NC_017158	CAAC	2	8	8800	8807	50 %	0 %	0 %	50 %	384124394
27	NC_017158	TTGA	2	8	9174	9181	25 %	50 %	25 %	0 %	384124394
28	NC_017158	ACGC	2	8	9380	9387	25 %	0 %	25 %	50 %	384124394
29	NC_017158	AAGG	2	8	9680	9687	50 %	0 %	50 %	0 %	384124394
30	NC_017158	TGCG	2	8	9730	9737	0 %	25 %	50 %	25 %	384124394
31	NC_017158	GACG	2	8	9909	9916	25 %	0 %	50 %	25 %	384124394
32	NC_017158	CAGG	2	8	10266	10273	25 %	0 %	50 %	25 %	384124394
33	NC_017158	ACGA	2	8	10381	10388	50 %	0 %	25 %	25 %	384124394
34	NC_017158	CCAC	2	8	10489	10496	25 %	0 %	0 %	75 %	384124394
35	NC_017158	TGAC	2	8	10846	10853	25 %	25 %	25 %	25 %	384124394
36	NC_017158	CTGC	2	8	11326	11333	0 %	25 %	25 %	50 %	384124395
37	NC_017158	ACCA	2	8	11467	11474	50 %	0 %	0 %	50 %	384124395
38	NC_017158	AACT	2	8	11762	11769	50 %	25 %	0 %	25 %	384124395
39	NC_017158	TGAA	2	8	11939	11946	50 %	25 %	25 %	0 %	384124396
40	NC_017158	TTCG	2	8	12478	12485	0 %	50 %	25 %	25 %	384124396
41	NC_017158	AGAT	2	8	12506	12513	50 %	25 %	25 %	0 %	384124396
42	NC_017158	GCGT	2	8	12620	12627	0 %	25 %	50 %	25 %	384124397
43	NC_017158	AGTC	2	8	13663	13670	25 %	25 %	25 %	25 %	384124398
44	NC_017158	GTTA	2	8	13718	13725	25 %	50 %	25 %	0 %	384124399
45	NC_017158	GTTG	2	8	14421	14428	0 %	50 %	50 %	0 %	384124399
46	NC_017158	TGCC	2	8	14867	14874	0 %	25 %	25 %	50 %	384124399
47	NC_017158	GCCG	2	8	15309	15316	0 %	0 %	50 %	50 %	384124399
48	NC_017158	CTTC	2	8	15338	15345	0 %	50 %	0 %	50 %	384124399
49	NC_017158	AGCC	2	8	16779	16786	25 %	0 %	25 %	50 %	384124399
50	NC_017158	CGAA	2	8	16847	16854	50 %	0 %	25 %	25 %	384124399
51	NC_017158	AAGC	2	8	16880	16887	50 %	0 %	25 %	25 %	384124399
52	NC_017158	CGCA	2	8	17025	17032	25 %	0 %	25 %	50 %	384124399
53	NC_017158	CAAG	2	8	17555	17562	50 %	0 %	25 %	25 %	384124399
54	NC_017158	CGCC	2	8	17608	17615	0 %	0 %	25 %	75 %	384124399
55	NC_017158	CATC	2	8	17729	17736	25 %	25 %	0 %	50 %	384124399
56	NC_017158	CCCG	2	8	18226	18233	0 %	0 %	25 %	75 %	384124399
57	NC_017158	GCGA	2	8	18463	18470	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017158	CGCA	2	8	18496	18503	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017158	CAGT	2	8	18740	18747	25 %	25 %	25 %	25 %	384124400
60	NC_017158	CAGT	2	8	19219	19226	25 %	25 %	25 %	25 %	384124401
61	NC_017158	TCAA	2	8	19895	19902	50 %	25 %	0 %	25 %	384124402
62	NC_017158	AACC	2	8	19948	19955	50 %	0 %	0 %	50 %	384124402
63	NC_017158	TGGC	2	8	20148	20155	0 %	25 %	50 %	25 %	384124402
64	NC_017158	GATA	2	8	20388	20395	50 %	25 %	25 %	0 %	384124403
65	NC_017158	CAGA	2	8	21268	21275	50 %	0 %	25 %	25 %	384124405
66	NC_017158	TGAA	2	8	22861	22868	50 %	25 %	25 %	0 %	384124407
67	NC_017158	ACGG	2	8	22926	22933	25 %	0 %	50 %	25 %	384124407
68	NC_017158	AAGC	2	8	22980	22987	50 %	0 %	25 %	25 %	384124407
69	NC_017158	GCTC	2	8	23008	23015	0 %	25 %	25 %	50 %	384124407
70	NC_017158	TTAC	2	8	23171	23178	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017158	GCAG	2	8	23370	23377	25 %	0 %	50 %	25 %	384124408
72	NC_017158	TGCT	2	8	23382	23389	0 %	50 %	25 %	25 %	384124408
73	NC_017158	CGAT	2	8	23987	23994	25 %	25 %	25 %	25 %	384124408
74	NC_017158	GGCT	2	8	24324	24331	0 %	25 %	50 %	25 %	384124409
75	NC_017158	GAAG	2	8	24444	24451	50 %	0 %	50 %	0 %	384124409
76	NC_017158	CATC	2	8	24881	24888	25 %	25 %	0 %	50 %	384124409
77	NC_017158	TAAG	2	8	25028	25035	50 %	25 %	25 %	0 %	384124410
78	NC_017158	GTCA	2	8	25222	25229	25 %	25 %	25 %	25 %	384124410
79	NC_017158	CCAT	2	8	25293	25300	25 %	25 %	0 %	50 %	384124410
80	NC_017158	GATG	2	8	26158	26165	25 %	25 %	50 %	0 %	384124410
81	NC_017158	ATGA	2	8	26269	26276	50 %	25 %	25 %	0 %	384124410
82	NC_017158	CGCC	2	8	26414	26421	0 %	0 %	25 %	75 %	384124410
83	NC_017158	TAGG	2	8	26542	26549	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017158	ACTT	2	8	26551	26558	25 %	50 %	0 %	25 %	384124411
85	NC_017158	GTGC	2	8	26871	26878	0 %	25 %	50 %	25 %	384124411
86	NC_017158	CCGA	2	8	28158	28165	25 %	0 %	25 %	50 %	384124412
87	NC_017158	CGCA	2	8	28227	28234	25 %	0 %	25 %	50 %	384124412
88	NC_017158	TTTG	2	8	28898	28905	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017158	ACTC	2	8	29222	29229	25 %	25 %	0 %	50 %	384124413
90	NC_017158	CGGA	2	8	29331	29338	25 %	0 %	50 %	25 %	384124413
91	NC_017158	TGTC	2	8	29809	29816	0 %	50 %	25 %	25 %	384124414
92	NC_017158	GCGG	2	8	30188	30195	0 %	0 %	75 %	25 %	384124415
93	NC_017158	CAGC	2	8	30711	30718	25 %	0 %	25 %	50 %	384124416
94	NC_017158	GCAA	2	8	30794	30801	50 %	0 %	25 %	25 %	384124416
95	NC_017158	CCAG	2	8	31172	31179	25 %	0 %	25 %	50 %	384124416
96	NC_017158	CTCG	2	8	31547	31554	0 %	25 %	25 %	50 %	384124417
97	NC_017158	TACT	3	12	32081	32092	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017158	AATC	2	8	32609	32616	50 %	25 %	0 %	25 %	384124418
99	NC_017158	AATA	2	8	33574	33581	75 %	25 %	0 %	0 %	384124418
100	NC_017158	CATC	2	8	34224	34231	25 %	25 %	0 %	50 %	384124419
101	NC_017158	ATTT	2	8	35114	35121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017158	ATAA	3	12	35265	35276	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017158	AGCA	2	8	35559	35566	50 %	0 %	25 %	25 %	384124420
104	NC_017158	CCAA	2	8	35822	35829	50 %	0 %	0 %	50 %	384124420
105	NC_017158	AATC	2	8	35832	35839	50 %	25 %	0 %	25 %	384124420
106	NC_017158	TAAT	2	8	35962	35969	50 %	50 %	0 %	0 %	384124420
107	NC_017158	AAAG	2	8	36883	36890	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017158	GCCA	2	8	36920	36927	25 %	0 %	25 %	50 %	384124421
109	NC_017158	GGTG	2	8	37532	37539	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017158	TTAC	2	8	38083	38090	25 %	50 %	0 %	25 %	384124422
111	NC_017158	ACCT	2	8	38729	38736	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017158	TTGC	2	8	38873	38880	0 %	50 %	25 %	25 %	384124423
113	NC_017158	CTTC	2	8	38932	38939	0 %	50 %	0 %	50 %	384124423
114	NC_017158	CACG	2	8	39008	39015	25 %	0 %	25 %	50 %	384124423
115	NC_017158	ATCA	2	8	39467	39474	50 %	25 %	0 %	25 %	384124424
116	NC_017158	GCGT	2	8	39689	39696	0 %	25 %	50 %	25 %	384124424
117	NC_017158	TGCG	2	8	40053	40060	0 %	25 %	50 %	25 %	384124424
118	NC_017158	CGAG	2	8	41046	41053	25 %	0 %	50 %	25 %	384124425
119	NC_017158	AGCG	2	8	41221	41228	25 %	0 %	50 %	25 %	384124425
120	NC_017158	GCCA	2	8	41265	41272	25 %	0 %	25 %	50 %	384124425
121	NC_017158	TGCG	2	8	41411	41418	0 %	25 %	50 %	25 %	384124425
122	NC_017158	AGCC	2	8	42607	42614	25 %	0 %	25 %	50 %	384124426
123	NC_017158	TAAG	2	8	43417	43424	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017158	CCTG	2	8	43847	43854	0 %	25 %	25 %	50 %	384124427
125	NC_017158	GAAA	2	8	44315	44322	75 %	0 %	25 %	0 %	384124427
126	NC_017158	CAAG	2	8	44717	44724	50 %	0 %	25 %	25 %	384124427
127	NC_017158	TCGT	2	8	44960	44967	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017158	TGTT	2	8	45660	45667	0 %	75 %	25 %	0 %	384124428
129	NC_017158	GCGT	2	8	45724	45731	0 %	25 %	50 %	25 %	384124428
130	NC_017158	GTTT	2	8	46139	46146	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017158	ACCA	2	8	46364	46371	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017158	AATG	2	8	47688	47695	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017158	TGAA	2	8	47789	47796	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017158	TGGT	2	8	47944	47951	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017158	CAAC	2	8	48169	48176	50 %	0 %	0 %	50 %	384124430
136	NC_017158	TTAT	2	8	49020	49027	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017158	CTGG	2	8	49599	49606	0 %	25 %	50 %	25 %	384124432
138	NC_017158	TCAT	2	8	49825	49832	25 %	50 %	0 %	25 %	384124432
139	NC_017158	CCCA	2	8	50296	50303	25 %	0 %	0 %	75 %	384124433
140	NC_017158	TACC	2	8	50324	50331	25 %	25 %	0 %	50 %	384124433
141	NC_017158	TTAC	2	8	50813	50820	25 %	50 %	0 %	25 %	384124433
142	NC_017158	TGAG	2	8	50837	50844	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017158	AGTA	2	8	51053	51060	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.