MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis D182038 plasmid pCD1

Total Repeats: 176

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017157	CTGG	2	8	109	116	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017157	GTTC	2	8	148	155	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017157	GTCA	2	8	840	847	25 %	25 %	25 %	25 %	384124321
4	NC_017157	TAAG	2	8	1255	1262	50 %	25 %	25 %	0 %	384124322
5	NC_017157	ATTT	2	8	1655	1662	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017157	AGCC	2	8	1805	1812	25 %	0 %	25 %	50 %	384124323
7	NC_017157	GCAG	2	8	2237	2244	25 %	0 %	50 %	25 %	384124323
8	NC_017157	AGCC	2	8	3031	3038	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017157	GGAT	2	8	3544	3551	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017157	AGAT	2	8	3606	3613	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017157	TAAA	2	8	4187	4194	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017157	AGAA	2	8	4316	4323	75 %	0 %	25 %	0 %	384124325
13	NC_017157	ACCA	2	8	4776	4783	50 %	0 %	0 %	50 %	384124325
14	NC_017157	TTCC	2	8	5029	5036	0 %	50 %	0 %	50 %	384124325
15	NC_017157	AAGC	2	8	5084	5091	50 %	0 %	25 %	25 %	384124325
16	NC_017157	AATT	2	8	5156	5163	50 %	50 %	0 %	0 %	384124325
17	NC_017157	GTCA	2	8	5357	5364	25 %	25 %	25 %	25 %	384124326
18	NC_017157	TCCA	2	8	5418	5425	25 %	25 %	0 %	50 %	384124326
19	NC_017157	GACT	2	8	5430	5437	25 %	25 %	25 %	25 %	384124326
20	NC_017157	GACT	2	8	5672	5679	25 %	25 %	25 %	25 %	384124326
21	NC_017157	ATCA	2	8	5939	5946	50 %	25 %	0 %	25 %	384124326
22	NC_017157	CCAT	2	8	5971	5978	25 %	25 %	0 %	50 %	384124326
23	NC_017157	TGGA	2	8	6111	6118	25 %	25 %	50 %	0 %	384124326
24	NC_017157	CTTT	2	8	6603	6610	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017157	TCAG	2	8	6715	6722	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017157	CCCT	2	8	7407	7414	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_017157	GCCA	2	8	7744	7751	25 %	0 %	25 %	50 %	384124327
28	NC_017157	CTGC	2	8	7994	8001	0 %	25 %	25 %	50 %	384124328
29	NC_017157	CCGG	2	8	8421	8428	0 %	0 %	50 %	50 %	384124329
30	NC_017157	TGTT	2	8	8489	8496	0 %	75 %	25 %	0 %	384124329
31	NC_017157	CGAC	2	8	9319	9326	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017157	AACA	2	8	10008	10015	75 %	0 %	0 %	25 %	384124330
33	NC_017157	TATT	2	8	10074	10081	25 %	75 %	0 %	0 %	384124330
34	NC_017157	GGCG	2	8	11138	11145	0 %	0 %	75 %	25 %	384124331
35	NC_017157	TGGC	2	8	11928	11935	0 %	25 %	50 %	25 %	384124332
36	NC_017157	CCAA	2	8	13123	13130	50 %	0 %	0 %	50 %	384124334
37	NC_017157	TTTG	2	8	13137	13144	0 %	75 %	25 %	0 %	384124334
38	NC_017157	TAAA	2	8	14224	14231	75 %	25 %	0 %	0 %	384124336
39	NC_017157	ATAA	2	8	14601	14608	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017157	TTAT	2	8	14769	14776	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017157	AATG	2	8	15550	15557	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017157	ATTT	2	8	15617	15624	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017157	CAAA	2	8	16977	16984	75 %	0 %	0 %	25 %	384124337
44	NC_017157	ACAT	2	8	16986	16993	50 %	25 %	0 %	25 %	384124337
45	NC_017157	TTAT	2	8	17041	17048	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017157	ATAA	2	8	17096	17103	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017157	CATT	2	8	17865	17872	25 %	50 %	0 %	25 %	384124338
48	NC_017157	TTAA	2	8	18631	18638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017157	TCAA	2	8	18714	18721	50 %	25 %	0 %	25 %	384124339
50	NC_017157	CTGT	2	8	19554	19561	0 %	50 %	25 %	25 %	384124339
51	NC_017157	GCTT	2	8	19797	19804	0 %	50 %	25 %	25 %	384124340
52	NC_017157	AGCC	2	8	20295	20302	25 %	0 %	25 %	50 %	384124340
53	NC_017157	CTTG	2	8	20335	20342	0 %	50 %	25 %	25 %	384124340
54	NC_017157	AAGC	2	8	20500	20507	50 %	0 %	25 %	25 %	384124340
55	NC_017157	TGGC	2	8	20619	20626	0 %	25 %	50 %	25 %	384124340
56	NC_017157	AGGA	2	8	21232	21239	50 %	0 %	50 %	0 %	384124341
57	NC_017157	TGAA	2	8	21352	21359	50 %	25 %	25 %	0 %	384124342
58	NC_017157	GTTG	2	8	22001	22008	0 %	50 %	50 %	0 %	384124342
59	NC_017157	GAGC	2	8	22730	22737	25 %	0 %	50 %	25 %	384124343
60	NC_017157	TAAT	2	8	23563	23570	50 %	50 %	0 %	0 %	384124344
61	NC_017157	CACG	2	8	23821	23828	25 %	0 %	25 %	50 %	384124344
62	NC_017157	ATCA	2	8	24035	24042	50 %	25 %	0 %	25 %	384124344
63	NC_017157	CTTT	2	8	24615	24622	0 %	75 %	0 %	25 %	384124344
64	NC_017157	AACC	2	8	25438	25445	50 %	0 %	0 %	50 %	384124345
65	NC_017157	GACT	2	8	25584	25591	25 %	25 %	25 %	25 %	384124346
66	NC_017157	GCTT	2	8	25696	25703	0 %	50 %	25 %	25 %	384124346
67	NC_017157	ACTC	2	8	26221	26228	25 %	25 %	0 %	50 %	384124347
68	NC_017157	ATCG	2	8	26258	26265	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017157	TCAC	2	8	26536	26543	25 %	25 %	0 %	50 %	384124348
70	NC_017157	GGTA	2	8	26747	26754	25 %	25 %	50 %	0 %	384124348
71	NC_017157	TCAC	2	8	27040	27047	25 %	25 %	0 %	50 %	384124348
72	NC_017157	GTAG	2	8	27596	27603	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017157	TTAC	2	8	27694	27701	25 %	50 %	0 %	25 %	384124349
74	NC_017157	GGGT	2	8	27843	27850	0 %	25 %	75 %	0 %	384124349
75	NC_017157	TGCT	2	8	28083	28090	0 %	50 %	25 %	25 %	384124349
76	NC_017157	GCTT	2	8	28939	28946	0 %	50 %	25 %	25 %	384124350
77	NC_017157	GCAG	2	8	28947	28954	25 %	0 %	50 %	25 %	384124350
78	NC_017157	TGCG	2	8	29533	29540	0 %	25 %	50 %	25 %	384124351
79	NC_017157	GGAA	2	8	29571	29578	50 %	0 %	50 %	0 %	384124351
80	NC_017157	AAAT	2	8	31324	31331	75 %	25 %	0 %	0 %	384124352
81	NC_017157	GTGA	2	8	32056	32063	25 %	25 %	50 %	0 %	384124353
82	NC_017157	AACC	2	8	32704	32711	50 %	0 %	0 %	50 %	384124354
83	NC_017157	ATTG	2	8	32775	32782	25 %	50 %	25 %	0 %	384124354
84	NC_017157	ACCC	2	8	33341	33348	25 %	0 %	0 %	75 %	384124355
85	NC_017157	TGTT	2	8	34716	34723	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017157	GAAA	2	8	34761	34768	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017157	AGGG	2	8	34944	34951	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017157	ACCT	2	8	35154	35161	25 %	25 %	0 %	50 %	384124356
89	NC_017157	CGCA	2	8	35401	35408	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017157	TTGC	2	8	35906	35913	0 %	50 %	25 %	25 %	384124357
91	NC_017157	AGCG	2	8	36116	36123	25 %	0 %	50 %	25 %	384124357
92	NC_017157	AGTC	2	8	36203	36210	25 %	25 %	25 %	25 %	384124357
93	NC_017157	TTAT	2	8	36643	36650	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017157	TGGC	2	8	37527	37534	0 %	25 %	50 %	25 %	384124359
95	NC_017157	AGCG	2	8	37692	37699	25 %	0 %	50 %	25 %	384124359
96	NC_017157	TGAT	2	8	38117	38124	25 %	50 %	25 %	0 %	384124359
97	NC_017157	TGAT	2	8	38234	38241	25 %	50 %	25 %	0 %	384124359
98	NC_017157	TCGC	2	8	38459	38466	0 %	25 %	25 %	50 %	384124359
99	NC_017157	TTCT	2	8	39040	39047	0 %	75 %	0 %	25 %	384124360
100	NC_017157	TTCT	2	8	39316	39323	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017157	ACTA	2	8	40261	40268	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017157	AAAT	2	8	40385	40392	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017157	CAAA	2	8	40479	40486	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017157	AAAT	2	8	40841	40848	75 %	25 %	0 %	0 %	384124362
105	NC_017157	TTAT	2	8	41392	41399	25 %	75 %	0 %	0 %	384124363
106	NC_017157	GCTG	2	8	41704	41711	0 %	25 %	50 %	25 %	384124364
107	NC_017157	GAAG	2	8	41938	41945	50 %	0 %	50 %	0 %	384124365
108	NC_017157	AGTG	2	8	42478	42485	25 %	25 %	50 %	0 %	384124365
109	NC_017157	CACT	2	8	42966	42973	25 %	25 %	0 %	50 %	384124366
110	NC_017157	GGCT	2	8	43025	43032	0 %	25 %	50 %	25 %	384124366
111	NC_017157	CAGG	2	8	43614	43621	25 %	0 %	50 %	25 %	384124367
112	NC_017157	AGGT	2	8	43732	43739	25 %	25 %	50 %	0 %	384124367
113	NC_017157	ATAA	2	8	44002	44009	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017157	TGTC	2	8	45023	45030	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017157	TGGA	2	8	45944	45951	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017157	TACA	2	8	45989	45996	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017157	GACG	2	8	46125	46132	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017157	TTAT	2	8	46148	46155	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017157	TTTA	2	8	46457	46464	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017157	AATA	2	8	46473	46480	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017157	TCAT	2	8	46632	46639	25 %	50 %	0 %	25 %	384124370
122	NC_017157	CATA	2	8	46744	46751	50 %	25 %	0 %	25 %	384124370
123	NC_017157	GTAA	2	8	47239	47246	50 %	25 %	25 %	0 %	384124370
124	NC_017157	TTAA	2	8	47904	47911	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017157	GCTG	2	8	48217	48224	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017157	CGGA	2	8	48383	48390	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017157	GGTC	2	8	48606	48613	0 %	25 %	50 %	25 %	384124371
128	NC_017157	CAGA	2	8	48691	48698	50 %	0 %	25 %	25 %	384124371
129	NC_017157	GGGA	2	8	49012	49019	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017157	CTTT	2	8	49341	49348	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017157	CAGG	2	8	49484	49491	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017157	AGAA	2	8	49526	49533	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017157	ATCC	2	8	50316	50323	25 %	25 %	0 %	50 %	384124372
134	NC_017157	ATTT	2	8	50416	50423	25 %	75 %	0 %	0 %	384124372
135	NC_017157	ATTT	2	8	50441	50448	25 %	75 %	0 %	0 %	384124372
136	NC_017157	CATC	2	8	52391	52398	25 %	25 %	0 %	50 %	384124373
137	NC_017157	CCCT	2	8	54032	54039	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
138	NC_017157	GGGC	2	8	55277	55284	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017157	TTAT	3	12	55323	55334	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017157	CATC	2	8	55935	55942	25 %	25 %	0 %	50 %	384124375
141	NC_017157	GGTA	2	8	56112	56119	25 %	25 %	50 %	0 %	384124375
142	NC_017157	GCCA	2	8	56748	56755	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_017157	CACT	2	8	56784	56791	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_017157	TCTG	2	8	56881	56888	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017157	TGAA	2	8	56941	56948	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017157	CAGT	2	8	57234	57241	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.