MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis D182038 plasmid pCD1

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017157	GTCA	2	8	840	847	25 %	25 %	25 %	25 %	384124321
2	NC_017157	TAAG	2	8	1255	1262	50 %	25 %	25 %	0 %	384124322
3	NC_017157	AGCC	2	8	1805	1812	25 %	0 %	25 %	50 %	384124323
4	NC_017157	GCAG	2	8	2237	2244	25 %	0 %	50 %	25 %	384124323
5	NC_017157	AGAA	2	8	4316	4323	75 %	0 %	25 %	0 %	384124325
6	NC_017157	ACCA	2	8	4776	4783	50 %	0 %	0 %	50 %	384124325
7	NC_017157	TTCC	2	8	5029	5036	0 %	50 %	0 %	50 %	384124325
8	NC_017157	AAGC	2	8	5084	5091	50 %	0 %	25 %	25 %	384124325
9	NC_017157	AATT	2	8	5156	5163	50 %	50 %	0 %	0 %	384124325
10	NC_017157	GTCA	2	8	5357	5364	25 %	25 %	25 %	25 %	384124326
11	NC_017157	TCCA	2	8	5418	5425	25 %	25 %	0 %	50 %	384124326
12	NC_017157	GACT	2	8	5430	5437	25 %	25 %	25 %	25 %	384124326
13	NC_017157	GACT	2	8	5672	5679	25 %	25 %	25 %	25 %	384124326
14	NC_017157	ATCA	2	8	5939	5946	50 %	25 %	0 %	25 %	384124326
15	NC_017157	CCAT	2	8	5971	5978	25 %	25 %	0 %	50 %	384124326
16	NC_017157	TGGA	2	8	6111	6118	25 %	25 %	50 %	0 %	384124326
17	NC_017157	GCCA	2	8	7744	7751	25 %	0 %	25 %	50 %	384124327
18	NC_017157	CTGC	2	8	7994	8001	0 %	25 %	25 %	50 %	384124328
19	NC_017157	CCGG	2	8	8421	8428	0 %	0 %	50 %	50 %	384124329
20	NC_017157	TGTT	2	8	8489	8496	0 %	75 %	25 %	0 %	384124329
21	NC_017157	AACA	2	8	10008	10015	75 %	0 %	0 %	25 %	384124330
22	NC_017157	TATT	2	8	10074	10081	25 %	75 %	0 %	0 %	384124330
23	NC_017157	GGCG	2	8	11138	11145	0 %	0 %	75 %	25 %	384124331
24	NC_017157	TGGC	2	8	11928	11935	0 %	25 %	50 %	25 %	384124332
25	NC_017157	CCAA	2	8	13123	13130	50 %	0 %	0 %	50 %	384124334
26	NC_017157	TTTG	2	8	13137	13144	0 %	75 %	25 %	0 %	384124334
27	NC_017157	TAAA	2	8	14224	14231	75 %	25 %	0 %	0 %	384124336
28	NC_017157	CAAA	2	8	16977	16984	75 %	0 %	0 %	25 %	384124337
29	NC_017157	ACAT	2	8	16986	16993	50 %	25 %	0 %	25 %	384124337
30	NC_017157	CATT	2	8	17865	17872	25 %	50 %	0 %	25 %	384124338
31	NC_017157	TCAA	2	8	18714	18721	50 %	25 %	0 %	25 %	384124339
32	NC_017157	CTGT	2	8	19554	19561	0 %	50 %	25 %	25 %	384124339
33	NC_017157	GCTT	2	8	19797	19804	0 %	50 %	25 %	25 %	384124340
34	NC_017157	AGCC	2	8	20295	20302	25 %	0 %	25 %	50 %	384124340
35	NC_017157	CTTG	2	8	20335	20342	0 %	50 %	25 %	25 %	384124340
36	NC_017157	AAGC	2	8	20500	20507	50 %	0 %	25 %	25 %	384124340
37	NC_017157	TGGC	2	8	20619	20626	0 %	25 %	50 %	25 %	384124340
38	NC_017157	AGGA	2	8	21232	21239	50 %	0 %	50 %	0 %	384124341
39	NC_017157	TGAA	2	8	21352	21359	50 %	25 %	25 %	0 %	384124342
40	NC_017157	GTTG	2	8	22001	22008	0 %	50 %	50 %	0 %	384124342
41	NC_017157	GAGC	2	8	22730	22737	25 %	0 %	50 %	25 %	384124343
42	NC_017157	TAAT	2	8	23563	23570	50 %	50 %	0 %	0 %	384124344
43	NC_017157	CACG	2	8	23821	23828	25 %	0 %	25 %	50 %	384124344
44	NC_017157	ATCA	2	8	24035	24042	50 %	25 %	0 %	25 %	384124344
45	NC_017157	CTTT	2	8	24615	24622	0 %	75 %	0 %	25 %	384124344
46	NC_017157	AACC	2	8	25438	25445	50 %	0 %	0 %	50 %	384124345
47	NC_017157	GACT	2	8	25584	25591	25 %	25 %	25 %	25 %	384124346
48	NC_017157	GCTT	2	8	25696	25703	0 %	50 %	25 %	25 %	384124346
49	NC_017157	ACTC	2	8	26221	26228	25 %	25 %	0 %	50 %	384124347
50	NC_017157	TCAC	2	8	26536	26543	25 %	25 %	0 %	50 %	384124348
51	NC_017157	GGTA	2	8	26747	26754	25 %	25 %	50 %	0 %	384124348
52	NC_017157	TCAC	2	8	27040	27047	25 %	25 %	0 %	50 %	384124348
53	NC_017157	TTAC	2	8	27694	27701	25 %	50 %	0 %	25 %	384124349
54	NC_017157	GGGT	2	8	27843	27850	0 %	25 %	75 %	0 %	384124349
55	NC_017157	TGCT	2	8	28083	28090	0 %	50 %	25 %	25 %	384124349
56	NC_017157	GCTT	2	8	28939	28946	0 %	50 %	25 %	25 %	384124350
57	NC_017157	GCAG	2	8	28947	28954	25 %	0 %	50 %	25 %	384124350
58	NC_017157	TGCG	2	8	29533	29540	0 %	25 %	50 %	25 %	384124351
59	NC_017157	GGAA	2	8	29571	29578	50 %	0 %	50 %	0 %	384124351
60	NC_017157	AAAT	2	8	31324	31331	75 %	25 %	0 %	0 %	384124352
61	NC_017157	GTGA	2	8	32056	32063	25 %	25 %	50 %	0 %	384124353
62	NC_017157	AACC	2	8	32704	32711	50 %	0 %	0 %	50 %	384124354
63	NC_017157	ATTG	2	8	32775	32782	25 %	50 %	25 %	0 %	384124354
64	NC_017157	ACCC	2	8	33341	33348	25 %	0 %	0 %	75 %	384124355
65	NC_017157	ACCT	2	8	35154	35161	25 %	25 %	0 %	50 %	384124356
66	NC_017157	TTGC	2	8	35906	35913	0 %	50 %	25 %	25 %	384124357
67	NC_017157	AGCG	2	8	36116	36123	25 %	0 %	50 %	25 %	384124357
68	NC_017157	AGTC	2	8	36203	36210	25 %	25 %	25 %	25 %	384124357
69	NC_017157	TGGC	2	8	37527	37534	0 %	25 %	50 %	25 %	384124359
70	NC_017157	AGCG	2	8	37692	37699	25 %	0 %	50 %	25 %	384124359
71	NC_017157	TGAT	2	8	38117	38124	25 %	50 %	25 %	0 %	384124359
72	NC_017157	TGAT	2	8	38234	38241	25 %	50 %	25 %	0 %	384124359
73	NC_017157	TCGC	2	8	38459	38466	0 %	25 %	25 %	50 %	384124359
74	NC_017157	TTCT	2	8	39040	39047	0 %	75 %	0 %	25 %	384124360
75	NC_017157	AAAT	2	8	40841	40848	75 %	25 %	0 %	0 %	384124362
76	NC_017157	TTAT	2	8	41392	41399	25 %	75 %	0 %	0 %	384124363
77	NC_017157	GCTG	2	8	41704	41711	0 %	25 %	50 %	25 %	384124364
78	NC_017157	GAAG	2	8	41938	41945	50 %	0 %	50 %	0 %	384124365
79	NC_017157	AGTG	2	8	42478	42485	25 %	25 %	50 %	0 %	384124365
80	NC_017157	CACT	2	8	42966	42973	25 %	25 %	0 %	50 %	384124366
81	NC_017157	GGCT	2	8	43025	43032	0 %	25 %	50 %	25 %	384124366
82	NC_017157	CAGG	2	8	43614	43621	25 %	0 %	50 %	25 %	384124367
83	NC_017157	AGGT	2	8	43732	43739	25 %	25 %	50 %	0 %	384124367
84	NC_017157	TCAT	2	8	46632	46639	25 %	50 %	0 %	25 %	384124370
85	NC_017157	CATA	2	8	46744	46751	50 %	25 %	0 %	25 %	384124370
86	NC_017157	GTAA	2	8	47239	47246	50 %	25 %	25 %	0 %	384124370
87	NC_017157	GGTC	2	8	48606	48613	0 %	25 %	50 %	25 %	384124371
88	NC_017157	CAGA	2	8	48691	48698	50 %	0 %	25 %	25 %	384124371
89	NC_017157	ATCC	2	8	50316	50323	25 %	25 %	0 %	50 %	384124372
90	NC_017157	ATTT	2	8	50416	50423	25 %	75 %	0 %	0 %	384124372
91	NC_017157	ATTT	2	8	50441	50448	25 %	75 %	0 %	0 %	384124372
92	NC_017157	CATC	2	8	52391	52398	25 %	25 %	0 %	50 %	384124373
93	NC_017157	CATC	2	8	55935	55942	25 %	25 %	0 %	50 %	384124375
94	NC_017157	GGTA	2	8	56112	56119	25 %	25 %	50 %	0 %	384124375
95	NC_017157	GCCA	2	8	58106	58113	25 %	0 %	25 %	50 %	384124376
96	NC_017157	CTGC	2	8	58355	58362	0 %	25 %	25 %	50 %	384124377
97	NC_017157	TGAC	2	8	59086	59093	25 %	25 %	25 %	25 %	384124378
98	NC_017157	TTAC	2	8	60241	60248	25 %	50 %	0 %	25 %	384124379
99	NC_017157	TTTC	2	8	60473	60480	0 %	75 %	0 %	25 %	384124379
100	NC_017157	CTTA	2	8	60801	60808	25 %	50 %	0 %	25 %	384124379
101	NC_017157	ACGT	2	8	62204	62211	25 %	25 %	25 %	25 %	384124380
102	NC_017157	AGCC	2	8	62649	62656	25 %	0 %	25 %	50 %	384124381
103	NC_017157	TGTC	2	8	62930	62937	0 %	50 %	25 %	25 %	384124381
104	NC_017157	AATG	2	8	63959	63966	50 %	25 %	25 %	0 %	384124381
105	NC_017157	AGGG	2	8	64822	64829	25 %	0 %	75 %	0 %	384124382
106	NC_017157	GAAA	2	8	65551	65558	75 %	0 %	25 %	0 %	384124383
107	NC_017157	ATTT	2	8	65894	65901	25 %	75 %	0 %	0 %	384124384
108	NC_017157	GGCT	2	8	66771	66778	0 %	25 %	50 %	25 %	384124385
109	NC_017157	GCAC	2	8	66872	66879	25 %	0 %	25 %	50 %	384124385
110	NC_017157	GGTC	2	8	67007	67014	0 %	25 %	50 %	25 %	384124385
111	NC_017157	CAGA	2	8	67092	67099	50 %	0 %	25 %	25 %	384124385
112	NC_017157	TCTT	2	8	67582	67589	0 %	75 %	0 %	25 %	384124386
113	NC_017157	AAGA	2	8	67604	67611	75 %	0 %	25 %	0 %	384124386
114	NC_017157	CGAT	2	8	68494	68501	25 %	25 %	25 %	25 %	384124387

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.