MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Yersinia pestis D182038 plasmid pCD1

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017157	CT	3	6	231	236	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017157	CG	3	6	699	704	0 %	0 %	50 %	50 %	384124321
3	NC_017157	TA	3	6	1135	1140	50 %	50 %	0 %	0 %	384124322
4	NC_017157	AT	3	6	1228	1233	50 %	50 %	0 %	0 %	384124322
5	NC_017157	AT	3	6	1243	1248	50 %	50 %	0 %	0 %	384124322
6	NC_017157	TC	3	6	2424	2429	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017157	TA	3	6	2524	2529	50 %	50 %	0 %	0 %	384124324
8	NC_017157	TA	3	6	2531	2536	50 %	50 %	0 %	0 %	384124324
9	NC_017157	AT	3	6	2887	2892	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017157	AT	3	6	3051	3056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017157	GT	3	6	3282	3287	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017157	AC	3	6	3368	3373	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017157	TC	3	6	4395	4400	0 %	50 %	0 %	50 %	384124325
14	NC_017157	GA	4	8	4622	4629	50 %	0 %	50 %	0 %	384124325
15	NC_017157	AT	3	6	6442	6447	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017157	AT	3	6	6640	6645	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017157	AC	3	6	7479	7484	50 %	0 %	0 %	50 %	384124327
18	NC_017157	AT	3	6	7594	7599	50 %	50 %	0 %	0 %	384124327
19	NC_017157	CA	3	6	7606	7611	50 %	0 %	0 %	50 %	384124327
20	NC_017157	TG	3	6	8504	8509	0 %	50 %	50 %	0 %	384124329
21	NC_017157	AG	3	6	9743	9748	50 %	0 %	50 %	0 %	384124330
22	NC_017157	AT	3	6	10341	10346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017157	AT	3	6	10596	10601	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017157	GA	3	6	10957	10962	50 %	0 %	50 %	0 %	384124331
25	NC_017157	CA	3	6	11627	11632	50 %	0 %	0 %	50 %	384124332
26	NC_017157	TC	3	6	12724	12729	0 %	50 %	0 %	50 %	384124333
27	NC_017157	TA	3	6	13429	13434	50 %	50 %	0 %	0 %	384124335
28	NC_017157	TA	4	8	13645	13652	50 %	50 %	0 %	0 %	384124335
29	NC_017157	AT	3	6	14834	14839	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017157	AT	3	6	14932	14937	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017157	CT	3	6	15818	15823	0 %	50 %	0 %	50 %	384124337
32	NC_017157	CT	3	6	16647	16652	0 %	50 %	0 %	50 %	384124337
33	NC_017157	TA	3	6	17002	17007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017157	TA	3	6	17010	17015	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017157	TA	3	6	18579	18584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017157	CT	3	6	19001	19006	0 %	50 %	0 %	50 %	384124339
37	NC_017157	CA	3	6	21096	21101	50 %	0 %	0 %	50 %	384124341
38	NC_017157	AG	3	6	21163	21168	50 %	0 %	50 %	0 %	384124341
39	NC_017157	CA	3	6	22467	22472	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017157	GA	3	6	22749	22754	50 %	0 %	50 %	0 %	384124343
41	NC_017157	AT	3	6	23350	23355	50 %	50 %	0 %	0 %	384124344
42	NC_017157	AT	3	6	23406	23411	50 %	50 %	0 %	0 %	384124344
43	NC_017157	GA	3	6	23686	23691	50 %	0 %	50 %	0 %	384124344
44	NC_017157	AT	3	6	24529	24534	50 %	50 %	0 %	0 %	384124344
45	NC_017157	CG	3	6	24632	24637	0 %	0 %	50 %	50 %	384124344
46	NC_017157	AG	3	6	24720	24725	50 %	0 %	50 %	0 %	384124344
47	NC_017157	GC	3	6	25408	25413	0 %	0 %	50 %	50 %	384124345
48	NC_017157	CT	3	6	28476	28481	0 %	50 %	0 %	50 %	384124349
49	NC_017157	AG	3	6	29705	29710	50 %	0 %	50 %	0 %	384124351
50	NC_017157	CG	3	6	30265	30270	0 %	0 %	50 %	50 %	384124351
51	NC_017157	GC	3	6	30350	30355	0 %	0 %	50 %	50 %	384124351
52	NC_017157	CA	3	6	31448	31453	50 %	0 %	0 %	50 %	384124352
53	NC_017157	CT	3	6	32959	32964	0 %	50 %	0 %	50 %	384124354
54	NC_017157	GC	3	6	33366	33371	0 %	0 %	50 %	50 %	384124355
55	NC_017157	AT	3	6	33944	33949	50 %	50 %	0 %	0 %	384124355
56	NC_017157	AT	3	6	34562	34567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017157	AT	3	6	34584	34589	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017157	TG	3	6	34932	34937	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017157	CA	3	6	35076	35081	50 %	0 %	0 %	50 %	384124356
60	NC_017157	CT	3	6	35228	35233	0 %	50 %	0 %	50 %	384124356
61	NC_017157	AT	3	6	35437	35442	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017157	TA	3	6	35553	35558	50 %	50 %	0 %	0 %	384124357
63	NC_017157	TC	3	6	35938	35943	0 %	50 %	0 %	50 %	384124357
64	NC_017157	TA	4	8	36672	36679	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017157	GT	3	6	38904	38909	0 %	50 %	50 %	0 %	384124359
66	NC_017157	CG	3	6	39168	39173	0 %	0 %	50 %	50 %	384124360
67	NC_017157	AG	3	6	40323	40328	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017157	AC	3	6	41695	41700	50 %	0 %	0 %	50 %	384124364
69	NC_017157	AG	3	6	42999	43004	50 %	0 %	50 %	0 %	384124366
70	NC_017157	TC	3	6	43226	43231	0 %	50 %	0 %	50 %	384124367
71	NC_017157	GC	3	6	43256	43261	0 %	0 %	50 %	50 %	384124367
72	NC_017157	AT	3	6	43839	43844	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017157	TA	3	6	44404	44409	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017157	GA	3	6	44581	44586	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017157	AT	3	6	44923	44928	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017157	CT	3	6	45158	45163	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017157	GC	4	8	47310	47317	0 %	0 %	50 %	50 %	384124370
78	NC_017157	GT	3	6	47388	47393	0 %	50 %	50 %	0 %	384124370
79	NC_017157	CT	3	6	47744	47749	0 %	50 %	0 %	50 %	384124370
80	NC_017157	CT	3	6	47835	47840	0 %	50 %	0 %	50 %	384124370
81	NC_017157	AT	3	6	48055	48060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017157	TC	4	8	49880	49887	0 %	50 %	0 %	50 %	384124372
83	NC_017157	AT	3	6	50325	50330	50 %	50 %	0 %	0 %	384124372
84	NC_017157	TA	4	8	50721	50728	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017157	AT	3	6	50807	50812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017157	TC	3	6	50902	50907	0 %	50 %	0 %	50 %	384124373
87	NC_017157	GC	3	6	51343	51348	0 %	0 %	50 %	50 %	384124373
88	NC_017157	GT	3	6	51375	51380	0 %	50 %	50 %	0 %	384124373
89	NC_017157	GT	3	6	52361	52366	0 %	50 %	50 %	0 %	384124373
90	NC_017157	GT	3	6	52784	52789	0 %	50 %	50 %	0 %	384124373
91	NC_017157	AG	3	6	52859	52864	50 %	0 %	50 %	0 %	384124373
92	NC_017157	GC	3	6	53296	53301	0 %	0 %	50 %	50 %	384124374
93	NC_017157	CA	3	6	53403	53408	50 %	0 %	0 %	50 %	384124374
94	NC_017157	CA	3	6	53491	53496	50 %	0 %	0 %	50 %	384124374
95	NC_017157	AT	3	6	53553	53558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017157	GT	3	6	53824	53829	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017157	GC	3	6	55130	55135	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017157	GC	3	6	55840	55845	0 %	0 %	50 %	50 %	384124375
99	NC_017157	CG	3	6	56345	56350	0 %	0 %	50 %	50 %	384124375
100	NC_017157	TG	3	6	56489	56494	0 %	50 %	50 %	0 %	384124375
101	NC_017157	TC	3	6	56854	56859	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017157	GT	3	6	57561	57566	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017157	GT	3	6	57718	57723	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017157	AT	3	6	57956	57961	50 %	50 %	0 %	0 %	384124376
105	NC_017157	CA	3	6	57968	57973	50 %	0 %	0 %	50 %	384124376
106	NC_017157	CG	3	6	59199	59204	0 %	0 %	50 %	50 %	384124378
107	NC_017157	GA	3	6	59753	59758	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017157	TC	3	6	60578	60583	0 %	50 %	0 %	50 %	384124379
109	NC_017157	AT	3	6	61293	61298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017157	AT	3	6	61415	61420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017157	TA	3	6	61703	61708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017157	TG	3	6	62062	62067	0 %	50 %	50 %	0 %	384124380
113	NC_017157	TC	3	6	62540	62545	0 %	50 %	0 %	50 %	384124381
114	NC_017157	AC	3	6	64596	64601	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_017157	TG	3	6	64617	64622	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017157	CG	3	6	64707	64712	0 %	0 %	50 %	50 %	384124382
117	NC_017157	GT	3	6	64949	64954	0 %	50 %	50 %	0 %	384124382
118	NC_017157	GA	3	6	65076	65081	50 %	0 %	50 %	0 %	384124382
119	NC_017157	TA	3	6	65480	65485	50 %	50 %	0 %	0 %	384124383
120	NC_017157	AC	3	6	65849	65854	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_017157	GA	3	6	66764	66769	50 %	0 %	50 %	0 %	384124385
122	NC_017157	TC	3	6	68009	68014	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017157	GT	3	6	69423	69428	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.