MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis D106004 plasmid pPCY1

Total Repeats: 59

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017156	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124300
2	NC_017156	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124300
3	NC_017156	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124300
4	NC_017156	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124300
5	NC_017156	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124300
6	NC_017156	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124300
7	NC_017156	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124300
8	NC_017156	TGA	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124300
9	NC_017156	CAT	2	6	1062	1067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124300
10	NC_017156	TGA	2	6	1107	1112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124300
11	NC_017156	GAA	2	6	1253	1258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124301
12	NC_017156	TCA	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124301
13	NC_017156	CGG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124301
14	NC_017156	CAG	3	9	1518	1526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
15	NC_017156	ACG	2	6	1574	1579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
16	NC_017156	TCA	2	6	1611	1616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124301
17	NC_017156	TGA	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124301
18	NC_017156	GAA	2	6	1649	1654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124301
19	NC_017156	TTC	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124301
20	NC_017156	GCA	2	6	1760	1765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
21	NC_017156	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124303
22	NC_017156	GAT	2	6	4588	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124303
23	NC_017156	TAA	2	6	4656	4661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124303
24	NC_017156	TAG	2	6	4725	4730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124303
25	NC_017156	TAT	2	6	4770	4775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124303
26	NC_017156	ATT	2	6	4795	4800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124303
27	NC_017156	CAA	2	6	4890	4895	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124304
28	NC_017156	TAT	2	6	4896	4901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124304
29	NC_017156	CCT	2	6	5172	5177	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384124304
30	NC_017156	ATA	2	6	5191	5196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124304
31	NC_017156	CTA	2	6	5315	5320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124304
32	NC_017156	CAA	2	6	5388	5393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124304
33	NC_017156	ACG	2	6	5404	5409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124304
34	NC_017156	TTA	2	6	5483	5488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124304
35	NC_017156	ACC	2	6	5854	5859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384124304
36	NC_017156	GCA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124305
37	NC_017156	CTG	2	6	6169	6174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124305
38	NC_017156	GAA	2	6	6199	6204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124305
39	NC_017156	GAA	2	6	6668	6673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124306
40	NC_017156	GCA	2	6	6723	6728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124306
41	NC_017156	GAA	2	6	6835	6840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124306
42	NC_017156	CAG	2	6	7117	7122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124306
43	NC_017156	GGT	2	6	7158	7163	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124306
44	NC_017156	TAA	2	6	7175	7180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124306
45	NC_017156	ATT	2	6	7301	7306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124306
46	NC_017156	ATG	2	6	7339	7344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124306
47	NC_017156	TTA	2	6	7394	7399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124306
48	NC_017156	ATG	2	6	7474	7479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124306
49	NC_017156	AGG	2	6	7487	7492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384124306
50	NC_017156	TGC	2	6	7544	7549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124306
51	NC_017156	CGG	2	6	7579	7584	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124306
52	NC_017156	GCT	2	6	7904	7909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124307
53	NC_017156	CTG	2	6	7922	7927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124307
54	NC_017156	TTC	2	6	7977	7982	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124307
55	NC_017156	CAT	2	6	7986	7991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124307
56	NC_017156	ATC	2	6	8011	8016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124307
57	NC_017156	CGA	2	6	8205	8210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124308
58	NC_017156	TCT	2	6	8382	8387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124308
59	NC_017156	GTC	2	6	8402	8407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124308

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.