MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis D106004 plasmid pMT1

Total Repeats: 237

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017155	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017155	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	384124223
3	NC_017155	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	384124223
4	NC_017155	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	384124223
5	NC_017155	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	384124224
6	NC_017155	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	384124224
7	NC_017155	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	384124224
8	NC_017155	CTAC	3	12	2009	2020	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017155	TTTA	2	8	2021	2028	25 %	75 %	0 %	0 %	384124225
10	NC_017155	CCAA	2	8	2710	2717	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017155	TGAG	2	8	3064	3071	25 %	25 %	50 %	0 %	384124226
12	NC_017155	GGTT	2	8	3400	3407	0 %	50 %	50 %	0 %	384124226
13	NC_017155	AGCC	2	8	4173	4180	25 %	0 %	25 %	50 %	384124226
14	NC_017155	TCCA	2	8	4258	4265	25 %	25 %	0 %	50 %	384124226
15	NC_017155	CTAT	2	8	4481	4488	25 %	50 %	0 %	25 %	384124226
16	NC_017155	CTTC	2	8	5613	5620	0 %	50 %	0 %	50 %	384124226
17	NC_017155	ACTT	2	8	5867	5874	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017155	AAAG	2	8	5889	5896	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017155	TCGT	2	8	5997	6004	0 %	50 %	25 %	25 %	384124227
20	NC_017155	ATTA	2	8	6246	6253	50 %	50 %	0 %	0 %	384124227
21	NC_017155	TTCA	2	8	6566	6573	25 %	50 %	0 %	25 %	384124228
22	NC_017155	GATT	2	8	6666	6673	25 %	50 %	25 %	0 %	384124228
23	NC_017155	CTGC	2	8	7029	7036	0 %	25 %	25 %	50 %	384124228
24	NC_017155	CTGC	2	8	7189	7196	0 %	25 %	25 %	50 %	384124228
25	NC_017155	TGTT	2	8	8550	8557	0 %	75 %	25 %	0 %	384124228
26	NC_017155	CAAC	2	8	8800	8807	50 %	0 %	0 %	50 %	384124228
27	NC_017155	TTGA	2	8	9174	9181	25 %	50 %	25 %	0 %	384124228
28	NC_017155	ACGC	2	8	9380	9387	25 %	0 %	25 %	50 %	384124228
29	NC_017155	AAGG	2	8	9680	9687	50 %	0 %	50 %	0 %	384124228
30	NC_017155	TGCG	2	8	9730	9737	0 %	25 %	50 %	25 %	384124228
31	NC_017155	GACG	2	8	9909	9916	25 %	0 %	50 %	25 %	384124228
32	NC_017155	CAGG	2	8	10266	10273	25 %	0 %	50 %	25 %	384124228
33	NC_017155	ACGA	2	8	10381	10388	50 %	0 %	25 %	25 %	384124228
34	NC_017155	CCAC	2	8	10489	10496	25 %	0 %	0 %	75 %	384124228
35	NC_017155	TGAC	2	8	10846	10853	25 %	25 %	25 %	25 %	384124228
36	NC_017155	CTGC	2	8	11326	11333	0 %	25 %	25 %	50 %	384124229
37	NC_017155	ACCA	2	8	11467	11474	50 %	0 %	0 %	50 %	384124229
38	NC_017155	AACT	2	8	11762	11769	50 %	25 %	0 %	25 %	384124229
39	NC_017155	TGAA	2	8	11939	11946	50 %	25 %	25 %	0 %	384124230
40	NC_017155	TTCG	2	8	12478	12485	0 %	50 %	25 %	25 %	384124230
41	NC_017155	AGAT	2	8	12506	12513	50 %	25 %	25 %	0 %	384124230
42	NC_017155	GCGT	2	8	12620	12627	0 %	25 %	50 %	25 %	384124231
43	NC_017155	AGTC	2	8	13663	13670	25 %	25 %	25 %	25 %	384124232
44	NC_017155	GTTA	2	8	13718	13725	25 %	50 %	25 %	0 %	384124233
45	NC_017155	GTTG	2	8	14421	14428	0 %	50 %	50 %	0 %	384124233
46	NC_017155	TGCC	2	8	14867	14874	0 %	25 %	25 %	50 %	384124233
47	NC_017155	GCCG	2	8	15309	15316	0 %	0 %	50 %	50 %	384124233
48	NC_017155	CTTC	2	8	15338	15345	0 %	50 %	0 %	50 %	384124233
49	NC_017155	AGCC	2	8	16779	16786	25 %	0 %	25 %	50 %	384124233
50	NC_017155	CGAA	2	8	16847	16854	50 %	0 %	25 %	25 %	384124233
51	NC_017155	AAGC	2	8	16880	16887	50 %	0 %	25 %	25 %	384124233
52	NC_017155	CGCA	2	8	17025	17032	25 %	0 %	25 %	50 %	384124233
53	NC_017155	CAAG	2	8	17555	17562	50 %	0 %	25 %	25 %	384124233
54	NC_017155	CGCC	2	8	17608	17615	0 %	0 %	25 %	75 %	384124233
55	NC_017155	CATC	2	8	17729	17736	25 %	25 %	0 %	50 %	384124233
56	NC_017155	CCCG	2	8	18226	18233	0 %	0 %	25 %	75 %	384124233
57	NC_017155	GCGA	2	8	18463	18470	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017155	CGCA	2	8	18496	18503	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017155	CAGT	2	8	18740	18747	25 %	25 %	25 %	25 %	384124234
60	NC_017155	CAGT	2	8	19219	19226	25 %	25 %	25 %	25 %	384124235
61	NC_017155	TCAA	2	8	19895	19902	50 %	25 %	0 %	25 %	384124236
62	NC_017155	AACC	2	8	19948	19955	50 %	0 %	0 %	50 %	384124236
63	NC_017155	TGGC	2	8	20148	20155	0 %	25 %	50 %	25 %	384124236
64	NC_017155	GATA	2	8	20388	20395	50 %	25 %	25 %	0 %	384124237
65	NC_017155	CAGA	2	8	21268	21275	50 %	0 %	25 %	25 %	384124239
66	NC_017155	TGAA	2	8	22861	22868	50 %	25 %	25 %	0 %	384124241
67	NC_017155	ACGG	2	8	22926	22933	25 %	0 %	50 %	25 %	384124241
68	NC_017155	AAGC	2	8	22980	22987	50 %	0 %	25 %	25 %	384124241
69	NC_017155	GCTC	2	8	23008	23015	0 %	25 %	25 %	50 %	384124241
70	NC_017155	TTAC	2	8	23171	23178	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017155	GCAG	2	8	23370	23377	25 %	0 %	50 %	25 %	384124242
72	NC_017155	TGCT	2	8	23382	23389	0 %	50 %	25 %	25 %	384124242
73	NC_017155	CGAT	2	8	23987	23994	25 %	25 %	25 %	25 %	384124242
74	NC_017155	GGCT	2	8	24324	24331	0 %	25 %	50 %	25 %	384124243
75	NC_017155	GAAG	2	8	24444	24451	50 %	0 %	50 %	0 %	384124243
76	NC_017155	CATC	2	8	24881	24888	25 %	25 %	0 %	50 %	384124243
77	NC_017155	TAAG	2	8	25028	25035	50 %	25 %	25 %	0 %	384124244
78	NC_017155	GTCA	2	8	25222	25229	25 %	25 %	25 %	25 %	384124244
79	NC_017155	CCAT	2	8	25293	25300	25 %	25 %	0 %	50 %	384124244
80	NC_017155	GATG	2	8	26158	26165	25 %	25 %	50 %	0 %	384124244
81	NC_017155	ATGA	2	8	26269	26276	50 %	25 %	25 %	0 %	384124244
82	NC_017155	CGCC	2	8	26414	26421	0 %	0 %	25 %	75 %	384124244
83	NC_017155	TAGG	2	8	26542	26549	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017155	ACTT	2	8	26551	26558	25 %	50 %	0 %	25 %	384124245
85	NC_017155	GTGC	2	8	26871	26878	0 %	25 %	50 %	25 %	384124245
86	NC_017155	CCGA	2	8	28158	28165	25 %	0 %	25 %	50 %	384124246
87	NC_017155	CGCA	2	8	28227	28234	25 %	0 %	25 %	50 %	384124246
88	NC_017155	TTTG	2	8	28898	28905	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017155	ACTC	2	8	29222	29229	25 %	25 %	0 %	50 %	384124247
90	NC_017155	CGGA	2	8	29331	29338	25 %	0 %	50 %	25 %	384124247
91	NC_017155	TGTC	2	8	29810	29817	0 %	50 %	25 %	25 %	384124247
92	NC_017155	GCGG	2	8	30189	30196	0 %	0 %	75 %	25 %	384124248
93	NC_017155	CAGC	2	8	30712	30719	25 %	0 %	25 %	50 %	384124249
94	NC_017155	GCAA	2	8	30795	30802	50 %	0 %	25 %	25 %	384124249
95	NC_017155	CCAG	2	8	31173	31180	25 %	0 %	25 %	50 %	384124249
96	NC_017155	CTCG	2	8	31548	31555	0 %	25 %	25 %	50 %	384124250
97	NC_017155	TACT	3	12	32082	32093	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017155	AATC	2	8	32610	32617	50 %	25 %	0 %	25 %	384124251
99	NC_017155	AATA	2	8	33575	33582	75 %	25 %	0 %	0 %	384124251
100	NC_017155	CATC	2	8	34225	34232	25 %	25 %	0 %	50 %	384124252
101	NC_017155	ATTT	2	8	35114	35121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017155	ATAA	3	12	35266	35277	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017155	AGCA	2	8	35560	35567	50 %	0 %	25 %	25 %	384124254
104	NC_017155	CCAA	2	8	35823	35830	50 %	0 %	0 %	50 %	384124254
105	NC_017155	AATC	2	8	35833	35840	50 %	25 %	0 %	25 %	384124254
106	NC_017155	TAAT	2	8	35963	35970	50 %	50 %	0 %	0 %	384124254
107	NC_017155	AAAG	2	8	36885	36892	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017155	GCCA	2	8	36922	36929	25 %	0 %	25 %	50 %	384124255
109	NC_017155	GGTG	2	8	37534	37541	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017155	TTAC	2	8	38085	38092	25 %	50 %	0 %	25 %	384124256
111	NC_017155	ACCT	2	8	38731	38738	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017155	TTGC	2	8	38875	38882	0 %	50 %	25 %	25 %	384124257
113	NC_017155	CTTC	2	8	38934	38941	0 %	50 %	0 %	50 %	384124257
114	NC_017155	CACG	2	8	39010	39017	25 %	0 %	25 %	50 %	384124257
115	NC_017155	ATCA	2	8	39469	39476	50 %	25 %	0 %	25 %	384124258
116	NC_017155	GCGT	2	8	39691	39698	0 %	25 %	50 %	25 %	384124258
117	NC_017155	TGCG	2	8	40055	40062	0 %	25 %	50 %	25 %	384124258
118	NC_017155	CGAG	2	8	41048	41055	25 %	0 %	50 %	25 %	384124259
119	NC_017155	AGCG	2	8	41223	41230	25 %	0 %	50 %	25 %	384124259
120	NC_017155	GCCA	2	8	41267	41274	25 %	0 %	25 %	50 %	384124259
121	NC_017155	TGCG	2	8	41413	41420	0 %	25 %	50 %	25 %	384124259
122	NC_017155	AGCC	2	8	42608	42615	25 %	0 %	25 %	50 %	384124260
123	NC_017155	TAAG	2	8	43418	43425	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017155	CCTG	2	8	43848	43855	0 %	25 %	25 %	50 %	384124261
125	NC_017155	GAAA	2	8	44316	44323	75 %	0 %	25 %	0 %	384124261
126	NC_017155	CAAG	2	8	44718	44725	50 %	0 %	25 %	25 %	384124261
127	NC_017155	TCGT	2	8	44961	44968	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017155	TGTT	2	8	45661	45668	0 %	75 %	25 %	0 %	384124262
129	NC_017155	GCGT	2	8	45725	45732	0 %	25 %	50 %	25 %	384124262
130	NC_017155	GTTT	2	8	46140	46147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017155	ACCA	2	8	46365	46372	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017155	AATG	2	8	47689	47696	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017155	TGAA	2	8	47954	47961	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017155	TGGT	2	8	48109	48116	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017155	CAAC	2	8	48334	48341	50 %	0 %	0 %	50 %	384124264
136	NC_017155	TTAT	2	8	49185	49192	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017155	CTGG	2	8	49764	49771	0 %	25 %	50 %	25 %	384124266
138	NC_017155	TCAT	2	8	49990	49997	25 %	50 %	0 %	25 %	384124266
139	NC_017155	CCCA	2	8	50460	50467	25 %	0 %	0 %	75 %	384124267
140	NC_017155	TACC	2	8	50488	50495	25 %	25 %	0 %	50 %	384124267
141	NC_017155	TTAC	2	8	50977	50984	25 %	50 %	0 %	25 %	384124267
142	NC_017155	TGAG	2	8	51001	51008	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017155	AGTA	2	8	51217	51224	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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232	NC_017155	TGGA	2	8	90187	90194	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
233	NC_017155	TCGC	2	8	90534	90541	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
234	NC_017155	CTGC	2	8	91246	91253	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
235	NC_017155	AAGA	2	8	92129	92136	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.