MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC1

Total Repeats: 201

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017078	TGACC	2	10	1471	1480	20 %	20 %	20 %	40 %	383760690
2	NC_017078	ATATA	2	10	2846	2855	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017078	ATGAA	2	10	3080	3089	60 %	20 %	20 %	0 %	383760691
4	NC_017078	AATAT	2	10	3155	3164	60 %	40 %	0 %	0 %	383760691
5	NC_017078	AAGGC	2	10	5070	5079	40 %	0 %	40 %	20 %	383760692
6	NC_017078	GATCA	2	10	5645	5654	40 %	20 %	20 %	20 %	383760692
7	NC_017078	TTTCT	2	10	11356	11365	0 %	80 %	0 %	20 %	383760697
8	NC_017078	GAAAA	2	10	11861	11870	80 %	0 %	20 %	0 %	383760698
9	NC_017078	CAGGT	2	10	12098	12107	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017078	AAAAG	2	10	12568	12577	80 %	0 %	20 %	0 %	383760699
11	NC_017078	GTCCA	2	10	12983	12992	20 %	20 %	20 %	40 %	383760699
12	NC_017078	GTGGA	2	10	13898	13907	20 %	20 %	60 %	0 %	383760699
13	NC_017078	GCTGT	2	10	18929	18938	0 %	40 %	40 %	20 %	383760705
14	NC_017078	ATAAA	2	10	22304	22313	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017078	TCTTT	2	10	24377	24386	0 %	80 %	0 %	20 %	383760710
16	NC_017078	AAGAC	2	10	25038	25047	60 %	0 %	20 %	20 %	383760710
17	NC_017078	TGCGG	2	10	25506	25515	0 %	20 %	60 %	20 %	383760711
18	NC_017078	AAGTA	2	10	27323	27332	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017078	CAAAT	2	10	29269	29278	60 %	20 %	0 %	20 %	383760719
20	NC_017078	TTCAG	2	10	29599	29608	20 %	40 %	20 %	20 %	383760719
21	NC_017078	CTGTT	2	10	29730	29739	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017078	GATGG	2	10	30483	30492	20 %	20 %	60 %	0 %	383760720
23	NC_017078	CTAAA	2	10	30867	30876	60 %	20 %	0 %	20 %	383760721
24	NC_017078	GATTT	2	10	31010	31019	20 %	60 %	20 %	0 %	383760721
25	NC_017078	CGGCA	2	10	32506	32515	20 %	0 %	40 %	40 %	383760723
26	NC_017078	TCAAG	2	10	33302	33311	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017078	CAGGA	2	10	33889	33898	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017078	ATATC	2	10	34624	34633	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017078	CTGGG	2	10	34751	34760	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017078	CCGTT	2	10	35620	35629	0 %	40 %	20 %	40 %	383760729
31	NC_017078	AGAAC	2	10	35693	35702	60 %	0 %	20 %	20 %	383760729
32	NC_017078	GCATG	2	10	35906	35915	20 %	20 %	40 %	20 %	383760729
33	NC_017078	TCCTG	2	10	35984	35993	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017078	CTTTT	2	10	36262	36271	0 %	80 %	0 %	20 %	383760730
35	NC_017078	GCAGA	2	10	38519	38528	40 %	0 %	40 %	20 %	383760732
36	NC_017078	AGCTC	2	10	39305	39314	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017078	TGAAA	2	10	40375	40384	60 %	20 %	20 %	0 %	383760733
38	NC_017078	ACGGC	2	10	40611	40620	20 %	0 %	40 %	40 %	383760733
39	NC_017078	GGGAA	2	10	40811	40820	40 %	0 %	60 %	0 %	383760733
40	NC_017078	CATGC	2	10	44683	44692	20 %	20 %	20 %	40 %	383760736
41	NC_017078	CCCGC	2	10	45133	45142	0 %	0 %	20 %	80 %	383760736
42	NC_017078	GAAAA	2	10	46648	46657	80 %	0 %	20 %	0 %	383760737
43	NC_017078	GATTT	2	10	47686	47695	20 %	60 %	20 %	0 %	383760739
44	NC_017078	CTGGC	2	10	48864	48873	0 %	20 %	40 %	40 %	383760740
45	NC_017078	AGAAA	2	10	49196	49205	80 %	0 %	20 %	0 %	383760741
46	NC_017078	CCAAT	2	10	50308	50317	40 %	20 %	0 %	40 %	383760743
47	NC_017078	TGTCC	2	10	51307	51316	0 %	40 %	20 %	40 %	383760745
48	NC_017078	AAGGC	2	10	52549	52558	40 %	0 %	40 %	20 %	383760746
49	NC_017078	TTTCG	2	10	57525	57534	0 %	60 %	20 %	20 %	383760754
50	NC_017078	CATGG	2	10	57975	57984	20 %	20 %	40 %	20 %	383760755
51	NC_017078	AGTGA	2	10	63776	63785	40 %	20 %	40 %	0 %	383760762
52	NC_017078	TATGA	2	10	64310	64319	40 %	40 %	20 %	0 %	383760762
53	NC_017078	AGGAT	2	10	66081	66090	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017078	GTAGT	2	10	67406	67415	20 %	40 %	40 %	0 %	383760766
55	NC_017078	CGGAG	2	10	68082	68091	20 %	0 %	60 %	20 %	383760767
56	NC_017078	GCTGC	2	10	69495	69504	0 %	20 %	40 %	40 %	383760767
57	NC_017078	TTCAT	2	10	70851	70860	20 %	60 %	0 %	20 %	383760768
58	NC_017078	GACAA	2	10	71959	71968	60 %	0 %	20 %	20 %	383760769
59	NC_017078	GTATT	2	10	72458	72467	20 %	60 %	20 %	0 %	383760770
60	NC_017078	CAGGA	2	10	73786	73795	40 %	0 %	40 %	20 %	383760773
61	NC_017078	GATAT	2	10	73963	73972	40 %	40 %	20 %	0 %	383760773
62	NC_017078	ATTAA	2	10	75279	75288	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017078	TCATG	2	10	75491	75500	20 %	40 %	20 %	20 %	383760775
64	NC_017078	GTGAA	2	10	76745	76754	40 %	20 %	40 %	0 %	383760777
65	NC_017078	ATTTG	2	10	76757	76766	20 %	60 %	20 %	0 %	383760777
66	NC_017078	ACAGG	2	10	76935	76944	40 %	0 %	40 %	20 %	383760777
67	NC_017078	TATTT	2	10	77762	77771	20 %	80 %	0 %	0 %	383760778
68	NC_017078	ATGCT	2	10	78782	78791	20 %	40 %	20 %	20 %	383760780
69	NC_017078	ATCTG	2	10	80040	80049	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017078	CTGAA	2	10	80977	80986	40 %	20 %	20 %	20 %	383760784
71	NC_017078	TGCCA	2	10	87580	87589	20 %	20 %	20 %	40 %	383760792
72	NC_017078	AAAAT	2	10	88080	88089	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017078	GAAAT	2	10	90807	90816	60 %	20 %	20 %	0 %	383760797
74	NC_017078	ATATA	2	10	93867	93876	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017078	AACTC	2	10	99188	99197	40 %	20 %	0 %	40 %	383760802
76	NC_017078	AAGGC	2	10	100259	100268	40 %	0 %	40 %	20 %	383760802
77	NC_017078	GCTCA	2	10	102682	102691	20 %	20 %	20 %	40 %	383760802
78	NC_017078	CGATG	2	10	103068	103077	20 %	20 %	40 %	20 %	383760802
79	NC_017078	GTAAA	2	10	104213	104222	60 %	20 %	20 %	0 %	383760802
80	NC_017078	TGCCG	2	10	106758	106767	0 %	20 %	40 %	40 %	383760802
81	NC_017078	AAGGA	2	10	108469	108478	60 %	0 %	40 %	0 %	383760802
82	NC_017078	GCAAA	2	10	110119	110128	60 %	0 %	20 %	20 %	383760802
83	NC_017078	GCAAA	2	10	110167	110176	60 %	0 %	20 %	20 %	383760802
84	NC_017078	GAGTT	2	10	110405	110414	20 %	40 %	40 %	0 %	383760802
85	NC_017078	AACGG	2	10	110911	110920	40 %	0 %	40 %	20 %	383760802
86	NC_017078	CCAGG	2	10	112013	112022	20 %	0 %	40 %	40 %	383760803
87	NC_017078	CATTG	2	10	113154	113163	20 %	40 %	20 %	20 %	383760804
88	NC_017078	TGGTC	2	10	113679	113688	0 %	40 %	40 %	20 %	383760804
89	NC_017078	CGGCC	2	10	113866	113875	0 %	0 %	40 %	60 %	383760804
90	NC_017078	TCCTG	2	10	114006	114015	0 %	40 %	20 %	40 %	383760804
91	NC_017078	GCATG	2	10	116163	116172	20 %	20 %	40 %	20 %	383760805
92	NC_017078	TGGCC	2	10	118411	118420	0 %	20 %	40 %	40 %	383760806
93	NC_017078	ACAGC	2	10	118911	118920	40 %	0 %	20 %	40 %	383760806
94	NC_017078	GAAAT	2	10	120505	120514	60 %	20 %	20 %	0 %	383760808
95	NC_017078	GACAA	2	10	120808	120817	60 %	0 %	20 %	20 %	383760808
96	NC_017078	AACTC	2	10	121118	121127	40 %	20 %	0 %	40 %	383760808
97	NC_017078	AGGGG	2	10	121548	121557	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017078	GCGCT	2	10	126272	126281	0 %	20 %	40 %	40 %	383760816
99	NC_017078	ATGAA	2	10	129328	129337	60 %	20 %	20 %	0 %	383760821
100	NC_017078	ATGAG	2	10	130716	130725	40 %	20 %	40 %	0 %	383760822
101	NC_017078	CCCGG	2	10	132789	132798	0 %	0 %	40 %	60 %	383760824
102	NC_017078	GATCA	2	10	133372	133381	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017078	GCATC	2	10	134326	134335	20 %	20 %	20 %	40 %	383760825
104	NC_017078	TGCTT	2	10	134895	134904	0 %	60 %	20 %	20 %	383760825
105	NC_017078	CGGGC	2	10	136688	136697	0 %	0 %	60 %	40 %	383760827
106	NC_017078	GAAAA	2	10	137208	137217	80 %	0 %	20 %	0 %	383760827
107	NC_017078	GGGCA	2	10	139546	139555	20 %	0 %	60 %	20 %	383760830
108	NC_017078	TGCTG	2	10	140748	140757	0 %	40 %	40 %	20 %	383760831
109	NC_017078	ATATT	2	10	143278	143287	40 %	60 %	0 %	0 %	383760835
110	NC_017078	AAGAA	2	10	144230	144239	80 %	0 %	20 %	0 %	383760837
111	NC_017078	GACCA	2	10	144439	144448	40 %	0 %	20 %	40 %	383760837
112	NC_017078	GATAA	2	10	145315	145324	60 %	20 %	20 %	0 %	383760837
113	NC_017078	TCCCG	2	10	145400	145409	0 %	20 %	20 %	60 %	383760837
114	NC_017078	GGTAT	2	10	147783	147792	20 %	40 %	40 %	0 %	383760841
115	NC_017078	TATAA	2	10	148868	148877	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017078	GAGCA	2	10	149383	149392	40 %	0 %	40 %	20 %	383760842
117	NC_017078	AGCGT	2	10	149658	149667	20 %	20 %	40 %	20 %	383760843
118	NC_017078	CAAAA	2	10	150462	150471	80 %	0 %	0 %	20 %	383760843
119	NC_017078	GGTAT	2	10	153738	153747	20 %	40 %	40 %	0 %	383760846
120	NC_017078	AGCAA	2	10	154082	154091	60 %	0 %	20 %	20 %	383760847
121	NC_017078	ATCTG	2	10	157288	157297	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017078	ATATA	2	10	157404	157413	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017078	CGGCC	2	10	158300	158309	0 %	0 %	40 %	60 %	383760853
124	NC_017078	GTGTG	2	10	159116	159125	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017078	CGAAT	2	10	162807	162816	40 %	20 %	20 %	20 %	383760858
126	NC_017078	GCTAT	2	10	164157	164166	20 %	40 %	20 %	20 %	383760859
127	NC_017078	TTTTC	2	10	164185	164194	0 %	80 %	0 %	20 %	383760859
128	NC_017078	ATATC	2	10	168397	168406	40 %	40 %	0 %	20 %	383760864
129	NC_017078	CTGTT	2	10	168759	168768	0 %	60 %	20 %	20 %	383760865
130	NC_017078	AGGTC	2	10	169196	169205	20 %	20 %	40 %	20 %	383760865
131	NC_017078	AAAAG	2	10	171060	171069	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017078	TCTTT	2	10	172753	172762	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017078	TTCGG	2	10	175558	175567	0 %	40 %	40 %	20 %	383760871
134	NC_017078	GGCCT	2	10	176341	176350	0 %	20 %	40 %	40 %	383760871
135	NC_017078	CGGCA	2	10	176752	176761	20 %	0 %	40 %	40 %	383760872
136	NC_017078	GCAGT	2	10	179499	179508	20 %	20 %	40 %	20 %	383760873
137	NC_017078	CTGGC	2	10	182182	182191	0 %	20 %	40 %	40 %	383760878
138	NC_017078	CAAGT	2	10	182340	182349	40 %	20 %	20 %	20 %	383760878
139	NC_017078	TTCAT	2	10	182587	182596	20 %	60 %	0 %	20 %	383760879
140	NC_017078	TTCCG	2	10	183608	183617	0 %	40 %	20 %	40 %	383760881
141	NC_017078	TTTCT	2	10	185795	185804	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017078	TTTTA	2	10	187953	187962	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017078	ACTAC	2	10	188247	188256	40 %	20 %	0 %	40 %	383760886
144	NC_017078	ACTTC	2	10	189722	189731	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017078	TTTAT	2	10	189946	189955	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017078	TAAAT	2	10	189958	189967	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017078	GAAAA	2	10	190463	190472	80 %	0 %	20 %	0 %	383760887
148	NC_017078	AATCA	2	10	194469	194478	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017078	GCAGA	2	10	194986	194995	40 %	0 %	40 %	20 %	383760891
150	NC_017078	AATCA	2	10	197808	197817	60 %	20 %	0 %	20 %	383760894
151	NC_017078	CTTCC	2	10	198539	198548	0 %	40 %	0 %	60 %	383760897
152	NC_017078	GCCCT	2	10	199255	199264	0 %	20 %	20 %	60 %	383760899
153	NC_017078	ATTTT	2	10	200035	200044	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017078	ACATA	2	10	202799	202808	60 %	20 %	0 %	20 %	383760904
155	NC_017078	TCACT	2	10	203074	203083	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
156	NC_017078	TCCTG	2	10	215870	215879	0 %	40 %	20 %	40 %	383760905
157	NC_017078	GTATT	2	10	219353	219362	20 %	60 %	20 %	0 %	383760905
158	NC_017078	CCTGC	2	10	229299	229308	0 %	20 %	20 %	60 %	383760905
159	NC_017078	CCGCA	2	10	232447	232456	20 %	0 %	20 %	60 %	383760905
160	NC_017078	CAGAG	2	10	236330	236339	40 %	0 %	40 %	20 %	383760908
161	NC_017078	CAGCG	2	10	236892	236901	20 %	0 %	40 %	40 %	383760908
162	NC_017078	GATAC	2	10	237530	237539	40 %	20 %	20 %	20 %	383760908
163	NC_017078	TCTGG	2	10	238910	238919	0 %	40 %	40 %	20 %	383760910
164	NC_017078	ATCGG	2	10	240592	240601	20 %	20 %	40 %	20 %	383760911
165	NC_017078	GACAT	2	10	240958	240967	40 %	20 %	20 %	20 %	383760911
166	NC_017078	TTGGA	2	10	242281	242290	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017078	CGCTG	2	10	242713	242722	0 %	20 %	40 %	40 %	383760914
168	NC_017078	GAACA	2	10	243158	243167	60 %	0 %	20 %	20 %	383760914
169	NC_017078	GCTGG	2	10	243172	243181	0 %	20 %	60 %	20 %	383760914
170	NC_017078	AAAAT	2	10	243696	243705	80 %	20 %	0 %	0 %	383760915
171	NC_017078	GCTGC	2	10	245047	245056	0 %	20 %	40 %	40 %	383760916
172	NC_017078	GCCTT	2	10	245675	245684	0 %	40 %	20 %	40 %	383760918
173	NC_017078	CTGTC	2	10	251283	251292	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
174	NC_017078	AATAA	2	10	251356	251365	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017078	CGAAT	2	10	251619	251628	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_017078	AACAA	2	10	251999	252008	80 %	0 %	0 %	20 %	383760922
177	NC_017078	AAAAT	2	10	252353	252362	80 %	20 %	0 %	0 %	383760922
178	NC_017078	ATCAT	2	10	253347	253356	40 %	40 %	0 %	20 %	383760923
179	NC_017078	TATAC	2	10	253890	253899	40 %	40 %	0 %	20 %	383760924
180	NC_017078	TTCTT	2	10	254562	254571	0 %	80 %	0 %	20 %	383760924
181	NC_017078	CAACA	2	10	255113	255122	60 %	0 %	0 %	40 %	383760925
182	NC_017078	TATTT	2	10	256302	256311	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017078	GCTCA	2	10	259865	259874	20 %	20 %	20 %	40 %	383760929
184	NC_017078	TCTCC	2	10	261716	261725	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
185	NC_017078	AAAGC	2	10	262812	262821	60 %	0 %	20 %	20 %	383760930
186	NC_017078	GCAGC	2	10	264130	264139	20 %	0 %	40 %	40 %	383760931
187	NC_017078	CCTGC	2	10	264213	264222	0 %	20 %	20 %	60 %	383760931
188	NC_017078	CATGG	2	10	264318	264327	20 %	20 %	40 %	20 %	383760931
189	NC_017078	TCCAG	2	10	266103	266112	20 %	20 %	20 %	40 %	383760932
190	NC_017078	CGTTT	2	10	266442	266451	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
191	NC_017078	GCCTG	2	10	267069	267078	0 %	20 %	40 %	40 %	383760933
192	NC_017078	CAATC	2	10	271080	271089	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
193	NC_017078	CCTTC	2	10	273469	273478	0 %	40 %	0 %	60 %	383760940
194	NC_017078	TGCCC	2	10	273690	273699	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
195	NC_017078	TGACC	2	10	273840	273849	20 %	20 %	20 %	40 %	383760941
196	NC_017078	CTCCC	2	10	277621	277630	0 %	20 %	0 %	80 %	383760946
197	NC_017078	CCTTT	2	10	278496	278505	0 %	60 %	0 %	40 %	383760948
198	NC_017078	GCCCT	2	10	278683	278692	0 %	20 %	20 %	60 %	383760948
199	NC_017078	CGGCG	2	10	278953	278962	0 %	0 %	60 %	40 %	383760948
200	NC_017078	ACCAG	2	10	281134	281143	40 %	0 %	20 %	40 %	383760951
201	NC_017078	TCACC	2	10	282036	282045	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.