MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC2

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017076	ATTG	2	8	363	370	25 %	50 %	25 %	0 %	383760554
2	NC_017076	CTTC	2	8	1722	1729	0 %	50 %	0 %	50 %	383760555
3	NC_017076	AAAC	2	8	1978	1985	75 %	0 %	0 %	25 %	383760555
4	NC_017076	TCTT	2	8	2750	2757	0 %	75 %	0 %	25 %	383760556
5	NC_017076	TATT	2	8	3130	3137	25 %	75 %	0 %	0 %	383760556
6	NC_017076	AGGA	2	8	3146	3153	50 %	0 %	50 %	0 %	383760556
7	NC_017076	GCAT	2	8	3987	3994	25 %	25 %	25 %	25 %	383760556
8	NC_017076	GAAT	2	8	4373	4380	50 %	25 %	25 %	0 %	383760557
9	NC_017076	GAAA	2	8	4391	4398	75 %	0 %	25 %	0 %	383760557
10	NC_017076	GAAG	2	8	4782	4789	50 %	0 %	50 %	0 %	383760558
11	NC_017076	GGCT	2	8	5149	5156	0 %	25 %	50 %	25 %	383760558
12	NC_017076	GAAT	2	8	5203	5210	50 %	25 %	25 %	0 %	383760558
13	NC_017076	CTAT	2	8	5973	5980	25 %	50 %	0 %	25 %	383760560
14	NC_017076	ATTC	2	8	5995	6002	25 %	50 %	0 %	25 %	383760560
15	NC_017076	TGAA	2	8	7122	7129	50 %	25 %	25 %	0 %	383760561
16	NC_017076	CAAG	2	8	7450	7457	50 %	0 %	25 %	25 %	383760561
17	NC_017076	CGAG	2	8	7627	7634	25 %	0 %	50 %	25 %	383760561
18	NC_017076	CCAC	2	8	8079	8086	25 %	0 %	0 %	75 %	383760561
19	NC_017076	ATCC	2	8	8367	8374	25 %	25 %	0 %	50 %	383760562
20	NC_017076	CATC	2	8	9314	9321	25 %	25 %	0 %	50 %	383760562
21	NC_017076	TAAA	2	8	9863	9870	75 %	25 %	0 %	0 %	383760563
22	NC_017076	CATA	2	8	9986	9993	50 %	25 %	0 %	25 %	383760563
23	NC_017076	CTTG	2	8	10865	10872	0 %	50 %	25 %	25 %	383760565
24	NC_017076	CCAG	2	8	11234	11241	25 %	0 %	25 %	50 %	383760565
25	NC_017076	AGGT	2	8	11924	11931	25 %	25 %	50 %	0 %	383760566
26	NC_017076	GCCA	2	8	12055	12062	25 %	0 %	25 %	50 %	383760566
27	NC_017076	GGAA	2	8	12163	12170	50 %	0 %	50 %	0 %	383760566
28	NC_017076	CAAA	2	8	12529	12536	75 %	0 %	0 %	25 %	383760566
29	NC_017076	GCCC	2	8	13108	13115	0 %	0 %	25 %	75 %	383760568
30	NC_017076	AATT	2	8	14229	14236	50 %	50 %	0 %	0 %	383760569
31	NC_017076	GAAG	2	8	14320	14327	50 %	0 %	50 %	0 %	383760569
32	NC_017076	ATAG	2	8	14626	14633	50 %	25 %	25 %	0 %	383760569
33	NC_017076	TCCT	2	8	14779	14786	0 %	50 %	0 %	50 %	383760569
34	NC_017076	CCTG	2	8	15944	15951	0 %	25 %	25 %	50 %	383760571
35	NC_017076	CAGC	2	8	16181	16188	25 %	0 %	25 %	50 %	383760571
36	NC_017076	AGAA	2	8	16495	16502	75 %	0 %	25 %	0 %	383760572
37	NC_017076	CTTT	2	8	16941	16948	0 %	75 %	0 %	25 %	383760572
38	NC_017076	TCCA	2	8	17449	17456	25 %	25 %	0 %	50 %	383760574
39	NC_017076	TGGA	2	8	18025	18032	25 %	25 %	50 %	0 %	383760575
40	NC_017076	TCTG	2	8	18102	18109	0 %	50 %	25 %	25 %	383760575
41	NC_017076	ATTT	2	8	18329	18336	25 %	75 %	0 %	0 %	383760575
42	NC_017076	ATGG	2	8	18384	18391	25 %	25 %	50 %	0 %	383760575
43	NC_017076	GGTT	2	8	18673	18680	0 %	50 %	50 %	0 %	383760576
44	NC_017076	TTGA	2	8	18829	18836	25 %	50 %	25 %	0 %	383760576
45	NC_017076	GAAA	2	8	19076	19083	75 %	0 %	25 %	0 %	383760576
46	NC_017076	CTGC	2	8	19182	19189	0 %	25 %	25 %	50 %	383760576
47	NC_017076	AACG	2	8	19349	19356	50 %	0 %	25 %	25 %	383760576
48	NC_017076	ATCA	2	8	19537	19544	50 %	25 %	0 %	25 %	383760576
49	NC_017076	TTTC	2	8	19899	19906	0 %	75 %	0 %	25 %	383760576
50	NC_017076	ATTT	2	8	19923	19930	25 %	75 %	0 %	0 %	383760576
51	NC_017076	TCAA	2	8	19946	19953	50 %	25 %	0 %	25 %	383760576
52	NC_017076	AAAG	2	8	20561	20568	75 %	0 %	25 %	0 %	383760577
53	NC_017076	TAAA	2	8	20830	20837	75 %	25 %	0 %	0 %	383760577
54	NC_017076	AAAC	2	8	20876	20883	75 %	0 %	0 %	25 %	383760577
55	NC_017076	GTTG	2	8	22582	22589	0 %	50 %	50 %	0 %	383760578
56	NC_017076	CAAG	2	8	22814	22821	50 %	0 %	25 %	25 %	383760578
57	NC_017076	AAGA	2	8	23993	24000	75 %	0 %	25 %	0 %	383760580
58	NC_017076	TCTT	2	8	24026	24033	0 %	75 %	0 %	25 %	383760580
59	NC_017076	CTTA	2	8	24125	24132	25 %	50 %	0 %	25 %	383760580
60	NC_017076	TTAT	2	8	24153	24160	25 %	75 %	0 %	0 %	383760580
61	NC_017076	GAAA	2	8	24580	24587	75 %	0 %	25 %	0 %	383760580
62	NC_017076	ATGA	2	8	25073	25080	50 %	25 %	25 %	0 %	383760580
63	NC_017076	CAGA	2	8	25216	25223	50 %	0 %	25 %	25 %	383760581
64	NC_017076	CTAT	2	8	26442	26449	25 %	50 %	0 %	25 %	383760582
65	NC_017076	GCTG	2	8	27156	27163	0 %	25 %	50 %	25 %	383760584
66	NC_017076	ATAG	2	8	27238	27245	50 %	25 %	25 %	0 %	383760584
67	NC_017076	CCTT	2	8	27620	27627	0 %	50 %	0 %	50 %	383760584
68	NC_017076	GGCC	2	8	27994	28001	0 %	0 %	50 %	50 %	383760585
69	NC_017076	TAAG	2	8	28420	28427	50 %	25 %	25 %	0 %	383760585
70	NC_017076	TGAG	2	8	28854	28861	25 %	25 %	50 %	0 %	383760586
71	NC_017076	GGCA	2	8	29070	29077	25 %	0 %	50 %	25 %	383760586
72	NC_017076	AACA	2	8	30144	30151	75 %	0 %	0 %	25 %	383760587
73	NC_017076	AGAA	2	8	30203	30210	75 %	0 %	25 %	0 %	383760587
74	NC_017076	CAAT	2	8	30215	30222	50 %	25 %	0 %	25 %	383760587
75	NC_017076	AGGC	2	8	31247	31254	25 %	0 %	50 %	25 %	383760589
76	NC_017076	GCTG	2	8	31267	31274	0 %	25 %	50 %	25 %	383760589
77	NC_017076	TTCC	2	8	31358	31365	0 %	50 %	0 %	50 %	383760589
78	NC_017076	TGCC	2	8	31525	31532	0 %	25 %	25 %	50 %	383760589
79	NC_017076	CTTT	2	8	32462	32469	0 %	75 %	0 %	25 %	383760590
80	NC_017076	GCAT	2	8	32624	32631	25 %	25 %	25 %	25 %	383760590
81	NC_017076	CTGG	2	8	32932	32939	0 %	25 %	50 %	25 %	383760590
82	NC_017076	GAAA	2	8	33650	33657	75 %	0 %	25 %	0 %	383760591
83	NC_017076	TTTG	2	8	33719	33726	0 %	75 %	25 %	0 %	383760591
84	NC_017076	TCCA	2	8	33762	33769	25 %	25 %	0 %	50 %	383760591
85	NC_017076	GGGA	2	8	34091	34098	25 %	0 %	75 %	0 %	383760591
86	NC_017076	TGTA	2	8	34689	34696	25 %	50 %	25 %	0 %	383760594
87	NC_017076	TGGC	2	8	34737	34744	0 %	25 %	50 %	25 %	383760594
88	NC_017076	CAAA	2	8	35335	35342	75 %	0 %	0 %	25 %	383760595
89	NC_017076	CTTA	2	8	35938	35945	25 %	50 %	0 %	25 %	383760596
90	NC_017076	CCGT	2	8	36299	36306	0 %	25 %	25 %	50 %	383760597
91	NC_017076	GGAT	2	8	36616	36623	25 %	25 %	50 %	0 %	383760598
92	NC_017076	CATC	2	8	36625	36632	25 %	25 %	0 %	50 %	383760598
93	NC_017076	AGCC	2	8	37103	37110	25 %	0 %	25 %	50 %	383760599
94	NC_017076	ATGC	2	8	37272	37279	25 %	25 %	25 %	25 %	383760599
95	NC_017076	TCTA	2	8	38488	38495	25 %	50 %	0 %	25 %	383760601
96	NC_017076	ACTA	2	8	38497	38504	50 %	25 %	0 %	25 %	383760601
97	NC_017076	TCAT	2	8	39202	39209	25 %	50 %	0 %	25 %	383760601
98	NC_017076	AAGG	2	8	39406	39413	50 %	0 %	50 %	0 %	383760601
99	NC_017076	TTGA	2	8	39581	39588	25 %	50 %	25 %	0 %	383760601
100	NC_017076	CGTA	2	8	39657	39664	25 %	25 %	25 %	25 %	383760602
101	NC_017076	GTGG	2	8	39724	39731	0 %	25 %	75 %	0 %	383760602
102	NC_017076	AGAC	2	8	40364	40371	50 %	0 %	25 %	25 %	383760602
103	NC_017076	ATGA	2	8	41625	41632	50 %	25 %	25 %	0 %	383760603
104	NC_017076	GGCT	2	8	41866	41873	0 %	25 %	50 %	25 %	383760604
105	NC_017076	TTGG	2	8	42193	42200	0 %	50 %	50 %	0 %	383760605
106	NC_017076	ACTC	2	8	42378	42385	25 %	25 %	0 %	50 %	383760606
107	NC_017076	CTAC	2	8	42795	42802	25 %	25 %	0 %	50 %	383760606
108	NC_017076	GACA	2	8	43546	43553	50 %	0 %	25 %	25 %	383760607
109	NC_017076	TCAT	2	8	44077	44084	25 %	50 %	0 %	25 %	383760608
110	NC_017076	TATG	2	8	44194	44201	25 %	50 %	25 %	0 %	383760609
111	NC_017076	TGGC	2	8	44464	44471	0 %	25 %	50 %	25 %	383760609
112	NC_017076	TTGA	2	8	45573	45580	25 %	50 %	25 %	0 %	383760611
113	NC_017076	AAGT	2	8	45802	45809	50 %	25 %	25 %	0 %	383760611
114	NC_017076	TTTC	2	8	46962	46969	0 %	75 %	0 %	25 %	383760611
115	NC_017076	GTAG	2	8	49078	49085	25 %	25 %	50 %	0 %	383760614
116	NC_017076	GGCA	2	8	49320	49327	25 %	0 %	50 %	25 %	383760614
117	NC_017076	GGCA	2	8	49932	49939	25 %	0 %	50 %	25 %	383760615
118	NC_017076	TGTT	2	8	50556	50563	0 %	75 %	25 %	0 %	383760616
119	NC_017076	CAGC	2	8	52061	52068	25 %	0 %	25 %	50 %	383760618
120	NC_017076	TTCT	2	8	52524	52531	0 %	75 %	0 %	25 %	383760618
121	NC_017076	CTGC	2	8	54008	54015	0 %	25 %	25 %	50 %	383760620
122	NC_017076	GAAG	2	8	54649	54656	50 %	0 %	50 %	0 %	383760621
123	NC_017076	GCAG	2	8	55163	55170	25 %	0 %	50 %	25 %	383760622
124	NC_017076	AGGC	2	8	55200	55207	25 %	0 %	50 %	25 %	383760622
125	NC_017076	GCAG	2	8	55550	55557	25 %	0 %	50 %	25 %	383760622
126	NC_017076	CAGC	2	8	55573	55580	25 %	0 %	25 %	50 %	383760622
127	NC_017076	GTAA	2	8	55893	55900	50 %	25 %	25 %	0 %	383760623
128	NC_017076	GACG	2	8	56297	56304	25 %	0 %	50 %	25 %	383760624
129	NC_017076	GCAC	2	8	56486	56493	25 %	0 %	25 %	50 %	383760624
130	NC_017076	CTTC	2	8	56749	56756	0 %	50 %	0 %	50 %	383760624
131	NC_017076	CAAT	2	8	57021	57028	50 %	25 %	0 %	25 %	383760624
132	NC_017076	CTTT	2	8	57439	57446	0 %	75 %	0 %	25 %	383760626
133	NC_017076	GATG	2	8	57928	57935	25 %	25 %	50 %	0 %	383760627
134	NC_017076	CCAG	2	8	58954	58961	25 %	0 %	25 %	50 %	383760628
135	NC_017076	ATGG	2	8	59084	59091	25 %	25 %	50 %	0 %	383760628
136	NC_017076	TCTG	2	8	59233	59240	0 %	50 %	25 %	25 %	383760628
137	NC_017076	CATA	2	8	59257	59264	50 %	25 %	0 %	25 %	383760628
138	NC_017076	TGGA	2	8	59854	59861	25 %	25 %	50 %	0 %	383760630
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.