MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC3

Total Repeats: 62

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017073	TACTG	2	10	552	561	20 %	40 %	20 %	20 %	383755758
2	NC_017073	ATATG	2	10	1013	1022	40 %	40 %	20 %	0 %	383755759
3	NC_017073	AATAA	2	10	1147	1156	80 %	20 %	0 %	0 %	383755759
4	NC_017073	ATGCA	2	10	1205	1214	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017073	GGCCC	2	10	2139	2148	0 %	0 %	40 %	60 %	383755761
6	NC_017073	ATCGC	2	10	2413	2422	20 %	20 %	20 %	40 %	383755761
7	NC_017073	CGATG	2	10	5347	5356	20 %	20 %	40 %	20 %	383755763
8	NC_017073	CAGGA	2	10	5882	5891	40 %	0 %	40 %	20 %	383755765
9	NC_017073	GCATC	2	10	6850	6859	20 %	20 %	20 %	40 %	383755766
10	NC_017073	GCATT	2	10	9804	9813	20 %	40 %	20 %	20 %	383755772
11	NC_017073	CAACG	2	10	10048	10057	40 %	0 %	20 %	40 %	383755772
12	NC_017073	ATAAC	2	10	10149	10158	60 %	20 %	0 %	20 %	383755772
13	NC_017073	TGCCA	2	10	10234	10243	20 %	20 %	20 %	40 %	383755772
14	NC_017073	TTACA	2	10	11671	11680	40 %	40 %	0 %	20 %	383755772
15	NC_017073	GATTT	2	10	11787	11796	20 %	60 %	20 %	0 %	383755772
16	NC_017073	CTATA	2	10	12232	12241	40 %	40 %	0 %	20 %	383755772
17	NC_017073	CATAT	2	10	16819	16828	40 %	40 %	0 %	20 %	383755773
18	NC_017073	TTGAA	2	10	18027	18036	40 %	40 %	20 %	0 %	383755773
19	NC_017073	TTTTC	2	10	18341	18350	0 %	80 %	0 %	20 %	383755774
20	NC_017073	CAGAC	2	10	19445	19454	40 %	0 %	20 %	40 %	383755776
21	NC_017073	CCACA	2	10	19636	19645	40 %	0 %	0 %	60 %	383755776
22	NC_017073	TAAAA	2	10	19735	19744	80 %	20 %	0 %	0 %	383755776
23	NC_017073	AGAAA	2	10	20026	20035	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017073	AAAGA	2	10	20060	20069	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017073	CCGCA	2	10	21449	21458	20 %	0 %	20 %	60 %	383755779
26	NC_017073	CCATT	2	10	24918	24927	20 %	40 %	0 %	40 %	383755780
27	NC_017073	CGCTG	2	10	27831	27840	0 %	20 %	40 %	40 %	383755780
28	NC_017073	CATCA	2	10	29851	29860	40 %	20 %	0 %	40 %	383755783
29	NC_017073	CATAG	2	10	29938	29947	40 %	20 %	20 %	20 %	383755783
30	NC_017073	AAGCC	2	10	30573	30582	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_017073	CTGCA	2	10	32682	32691	20 %	20 %	20 %	40 %	383755787
32	NC_017073	AAGTC	2	10	33328	33337	40 %	20 %	20 %	20 %	383755788
33	NC_017073	AGGGT	2	10	33695	33704	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017073	TCACA	2	10	34831	34840	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017073	GACCA	2	10	36275	36284	40 %	0 %	20 %	40 %	383755792
36	NC_017073	CATCA	2	10	38203	38212	40 %	20 %	0 %	40 %	383755793
37	NC_017073	TTTCT	2	10	39812	39821	0 %	80 %	0 %	20 %	383755795
38	NC_017073	TGACG	2	10	39878	39887	20 %	20 %	40 %	20 %	383755795
39	NC_017073	AGCGA	2	10	41674	41683	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017073	AGCGA	2	10	41694	41703	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017073	TGGTA	2	10	42587	42596	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017073	ACTAT	2	10	42762	42771	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017073	TAATA	2	10	42887	42896	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017073	CGGGC	2	10	44185	44194	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017073	TTGAT	2	10	44704	44713	20 %	60 %	20 %	0 %	383755802
46	NC_017073	GAAAA	2	10	45001	45010	80 %	0 %	20 %	0 %	383755803
47	NC_017073	AAAAT	2	10	45829	45838	80 %	20 %	0 %	0 %	383755805
48	NC_017073	ATAGC	2	10	46360	46369	40 %	20 %	20 %	20 %	383755805
49	NC_017073	GAAAA	2	10	46494	46503	80 %	0 %	20 %	0 %	383755806
50	NC_017073	GAAAA	2	10	47292	47301	80 %	0 %	20 %	0 %	383755807
51	NC_017073	TAAAT	2	10	47899	47908	60 %	40 %	0 %	0 %	383755808
52	NC_017073	GGCCG	2	10	48104	48113	0 %	0 %	60 %	40 %	383755809
53	NC_017073	GAAAA	2	10	48213	48222	80 %	0 %	20 %	0 %	383755809
54	NC_017073	AAGGA	2	10	49085	49094	60 %	0 %	40 %	0 %	383755810
55	NC_017073	GAAAA	2	10	50082	50091	80 %	0 %	20 %	0 %	383755813
56	NC_017073	TTAGT	2	10	50460	50469	20 %	60 %	20 %	0 %	383755814
57	NC_017073	GCTGC	2	10	52142	52151	0 %	20 %	40 %	40 %	383755820
58	NC_017073	CAATC	2	10	57351	57360	40 %	20 %	0 %	40 %	383755831
59	NC_017073	TATCT	2	10	64286	64295	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017073	ATCTA	2	10	70009	70018	40 %	40 %	0 %	20 %	383755855
61	NC_017073	CAAGG	2	10	71024	71033	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017073	CAATT	2	10	72494	72503	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.