MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC3

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017073	GTCC	2	8	93	100	0 %	25 %	25 %	50 %	383755758
2	NC_017073	CAAT	2	8	766	773	50 %	25 %	0 %	25 %	383755759
3	NC_017073	TCTA	2	8	1612	1619	25 %	50 %	0 %	25 %	383755760
4	NC_017073	TGCC	2	8	2106	2113	0 %	25 %	25 %	50 %	383755761
5	NC_017073	GTCC	2	8	2523	2530	0 %	25 %	25 %	50 %	383755761
6	NC_017073	ATAC	2	8	2633	2640	50 %	25 %	0 %	25 %	383755761
7	NC_017073	GACA	2	8	4492	4499	50 %	0 %	25 %	25 %	383755761
8	NC_017073	CCAA	2	8	6110	6117	50 %	0 %	0 %	50 %	383755766
9	NC_017073	CTTG	2	8	6562	6569	0 %	50 %	25 %	25 %	383755766
10	NC_017073	AATC	2	8	6586	6593	50 %	25 %	0 %	25 %	383755766
11	NC_017073	AACC	2	8	7924	7931	50 %	0 %	0 %	50 %	383755768
12	NC_017073	CTTA	2	8	8016	8023	25 %	50 %	0 %	25 %	383755768
13	NC_017073	TAAC	2	8	8966	8973	50 %	25 %	0 %	25 %	383755771
14	NC_017073	GATA	2	8	9451	9458	50 %	25 %	25 %	0 %	383755772
15	NC_017073	TGTC	2	8	9562	9569	0 %	50 %	25 %	25 %	383755772
16	NC_017073	AGAA	2	8	10268	10275	75 %	0 %	25 %	0 %	383755772
17	NC_017073	TTTG	2	8	10565	10572	0 %	75 %	25 %	0 %	383755772
18	NC_017073	TTTA	2	8	13382	13389	25 %	75 %	0 %	0 %	383755772
19	NC_017073	AAAG	2	8	13885	13892	75 %	0 %	25 %	0 %	383755773
20	NC_017073	ATAG	2	8	15187	15194	50 %	25 %	25 %	0 %	383755773
21	NC_017073	ATTG	2	8	15196	15203	25 %	50 %	25 %	0 %	383755773
22	NC_017073	CAGA	2	8	15762	15769	50 %	0 %	25 %	25 %	383755773
23	NC_017073	GATA	2	8	15784	15791	50 %	25 %	25 %	0 %	383755773
24	NC_017073	CTGC	2	8	16072	16079	0 %	25 %	25 %	50 %	383755773
25	NC_017073	TATT	2	8	16412	16419	25 %	75 %	0 %	0 %	383755773
26	NC_017073	ATAC	2	8	16968	16975	50 %	25 %	0 %	25 %	383755773
27	NC_017073	AGAT	2	8	17408	17415	50 %	25 %	25 %	0 %	383755773
28	NC_017073	TAAA	2	8	17440	17447	75 %	25 %	0 %	0 %	383755773
29	NC_017073	TGCT	2	8	18163	18170	0 %	50 %	25 %	25 %	383755774
30	NC_017073	ATTG	2	8	18649	18656	25 %	50 %	25 %	0 %	383755774
31	NC_017073	CTTT	2	8	18806	18813	0 %	75 %	0 %	25 %	383755774
32	NC_017073	CATA	2	8	18823	18830	50 %	25 %	0 %	25 %	383755774
33	NC_017073	CGCT	2	8	19500	19507	0 %	25 %	25 %	50 %	383755776
34	NC_017073	AACA	2	8	20715	20722	75 %	0 %	0 %	25 %	383755777
35	NC_017073	ATTA	2	8	21748	21755	50 %	50 %	0 %	0 %	383755779
36	NC_017073	TTCC	2	8	22068	22075	0 %	50 %	0 %	50 %	383755780
37	NC_017073	TCCT	2	8	23003	23010	0 %	50 %	0 %	50 %	383755780
38	NC_017073	GCCT	2	8	23840	23847	0 %	25 %	25 %	50 %	383755780
39	NC_017073	GACG	2	8	23890	23897	25 %	0 %	50 %	25 %	383755780
40	NC_017073	GCTG	2	8	23942	23949	0 %	25 %	50 %	25 %	383755780
41	NC_017073	TTGC	2	8	25779	25786	0 %	50 %	25 %	25 %	383755780
42	NC_017073	TGCT	2	8	25864	25871	0 %	50 %	25 %	25 %	383755780
43	NC_017073	CTCA	2	8	26180	26187	25 %	25 %	0 %	50 %	383755780
44	NC_017073	GCCA	2	8	26379	26386	25 %	0 %	25 %	50 %	383755780
45	NC_017073	CTTG	2	8	26639	26646	0 %	50 %	25 %	25 %	383755780
46	NC_017073	ACAA	2	8	26784	26791	75 %	0 %	0 %	25 %	383755780
47	NC_017073	CATA	2	8	27157	27164	50 %	25 %	0 %	25 %	383755780
48	NC_017073	CTGC	2	8	27863	27870	0 %	25 %	25 %	50 %	383755780
49	NC_017073	TATC	2	8	30041	30048	25 %	50 %	0 %	25 %	383755783
50	NC_017073	CCTT	2	8	31134	31141	0 %	50 %	0 %	50 %	383755784
51	NC_017073	CTCG	2	8	31438	31445	0 %	25 %	25 %	50 %	383755785
52	NC_017073	ATGT	2	8	33471	33478	25 %	50 %	25 %	0 %	383755788
53	NC_017073	CAGG	2	8	34077	34084	25 %	0 %	50 %	25 %	383755790
54	NC_017073	ATAA	2	8	35443	35450	75 %	25 %	0 %	0 %	383755791
55	NC_017073	GAAC	2	8	36857	36864	50 %	0 %	25 %	25 %	383755792
56	NC_017073	TTTC	2	8	36926	36933	0 %	75 %	0 %	25 %	383755792
57	NC_017073	TTGC	2	8	37140	37147	0 %	50 %	25 %	25 %	383755792
58	NC_017073	CTGC	2	8	37506	37513	0 %	25 %	25 %	50 %	383755793
59	NC_017073	CATA	2	8	37908	37915	50 %	25 %	0 %	25 %	383755793
60	NC_017073	ACCA	2	8	39187	39194	50 %	0 %	0 %	50 %	383755794
61	NC_017073	ATTG	2	8	39253	39260	25 %	50 %	25 %	0 %	383755794
62	NC_017073	CCAA	2	8	41178	41185	50 %	0 %	0 %	50 %	383755797
63	NC_017073	AAGC	2	8	43117	43124	50 %	0 %	25 %	25 %	383755798
64	NC_017073	AACC	2	8	43357	43364	50 %	0 %	0 %	50 %	383755798
65	NC_017073	ATGT	2	8	44224	44231	25 %	50 %	25 %	0 %	383755801
66	NC_017073	TATG	2	8	44714	44721	25 %	50 %	25 %	0 %	383755802
67	NC_017073	ATGA	2	8	45864	45871	50 %	25 %	25 %	0 %	383755805
68	NC_017073	GATA	2	8	46302	46309	50 %	25 %	25 %	0 %	383755805
69	NC_017073	GCAA	2	8	46413	46420	50 %	0 %	25 %	25 %	383755805
70	NC_017073	AGAT	2	8	46583	46590	50 %	25 %	25 %	0 %	383755806
71	NC_017073	ATTG	2	8	46670	46677	25 %	50 %	25 %	0 %	383755806
72	NC_017073	GGAG	2	8	46748	46755	25 %	0 %	75 %	0 %	383755806
73	NC_017073	AAGG	2	8	46983	46990	50 %	0 %	50 %	0 %	383755806
74	NC_017073	CTGG	2	8	48169	48176	0 %	25 %	50 %	25 %	383755809
75	NC_017073	AACA	2	8	48315	48322	75 %	0 %	0 %	25 %	383755809
76	NC_017073	TAAA	2	8	48436	48443	75 %	25 %	0 %	0 %	383755809
77	NC_017073	CAGG	2	8	49173	49180	25 %	0 %	50 %	25 %	383755811
78	NC_017073	ATGA	2	8	49983	49990	50 %	25 %	25 %	0 %	383755812
79	NC_017073	ATTT	2	8	50293	50300	25 %	75 %	0 %	0 %	383755813
80	NC_017073	AGGG	2	8	50406	50413	25 %	0 %	75 %	0 %	383755814
81	NC_017073	GGAT	2	8	50614	50621	25 %	25 %	50 %	0 %	383755814
82	NC_017073	CTGG	2	8	51207	51214	0 %	25 %	50 %	25 %	383755816
83	NC_017073	TTGT	2	8	51275	51282	0 %	75 %	25 %	0 %	383755816
84	NC_017073	TTGT	2	8	51521	51528	0 %	75 %	25 %	0 %	383755817
85	NC_017073	GGAA	2	8	52419	52426	50 %	0 %	50 %	0 %	383755821
86	NC_017073	AAAT	2	8	53222	53229	75 %	25 %	0 %	0 %	383755822
87	NC_017073	CAGG	2	8	54269	54276	25 %	0 %	50 %	25 %	383755824
88	NC_017073	CTTC	2	8	54718	54725	0 %	50 %	0 %	50 %	383755825
89	NC_017073	GCTT	2	8	54729	54736	0 %	50 %	25 %	25 %	383755825
90	NC_017073	GTTT	2	8	55560	55567	0 %	75 %	25 %	0 %	383755827
91	NC_017073	AAAT	2	8	55917	55924	75 %	25 %	0 %	0 %	383755828
92	NC_017073	TGCT	2	8	56375	56382	0 %	50 %	25 %	25 %	383755829
93	NC_017073	TCTT	2	8	56847	56854	0 %	75 %	0 %	25 %	383755830
94	NC_017073	TCAA	2	8	56940	56947	50 %	25 %	0 %	25 %	383755830
95	NC_017073	TTAT	2	8	57420	57427	25 %	75 %	0 %	0 %	383755832
96	NC_017073	GTCT	2	8	57551	57558	0 %	50 %	25 %	25 %	383755832
97	NC_017073	ACTG	2	8	57571	57578	25 %	25 %	25 %	25 %	383755832
98	NC_017073	TTTC	2	8	58589	58596	0 %	75 %	0 %	25 %	383755835
99	NC_017073	AAAG	2	8	58805	58812	75 %	0 %	25 %	0 %	383755836
100	NC_017073	TCTG	2	8	58872	58879	0 %	50 %	25 %	25 %	383755837
101	NC_017073	CACC	2	8	59504	59511	25 %	0 %	0 %	75 %	383755839
102	NC_017073	ACAT	2	8	59567	59574	50 %	25 %	0 %	25 %	383755839
103	NC_017073	AGGA	2	8	60998	61005	50 %	0 %	50 %	0 %	383755839
104	NC_017073	AGAT	2	8	61293	61300	50 %	25 %	25 %	0 %	383755839
105	NC_017073	CAAC	2	8	62268	62275	50 %	0 %	0 %	50 %	383755841
106	NC_017073	TCTT	2	8	62339	62346	0 %	75 %	0 %	25 %	383755841
107	NC_017073	TCAA	2	8	63815	63822	50 %	25 %	0 %	25 %	383755845
108	NC_017073	GAAC	2	8	64004	64011	50 %	0 %	25 %	25 %	383755845
109	NC_017073	GAAA	2	8	65157	65164	75 %	0 %	25 %	0 %	383755847
110	NC_017073	GTCT	2	8	65831	65838	0 %	50 %	25 %	25 %	383755847
111	NC_017073	TTGA	2	8	67050	67057	25 %	50 %	25 %	0 %	383755848
112	NC_017073	ATAC	2	8	67234	67241	50 %	25 %	0 %	25 %	383755848
113	NC_017073	CATC	2	8	67296	67303	25 %	25 %	0 %	50 %	383755848
114	NC_017073	AATC	2	8	67801	67808	50 %	25 %	0 %	25 %	383755848
115	NC_017073	GGCA	2	8	68068	68075	25 %	0 %	50 %	25 %	383755848
116	NC_017073	TTCC	2	8	68582	68589	0 %	50 %	0 %	50 %	383755850
117	NC_017073	TTCT	2	8	69177	69184	0 %	75 %	0 %	25 %	383755852
118	NC_017073	GCCA	2	8	70659	70666	25 %	0 %	25 %	50 %	383755856
119	NC_017073	CAAT	2	8	71268	71275	50 %	25 %	0 %	25 %	383755857
120	NC_017073	CGCT	2	8	71322	71329	0 %	25 %	25 %	50 %	383755857
121	NC_017073	AAAT	2	8	71584	71591	75 %	25 %	0 %	0 %	383755858

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.