MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421

Total Repeats: 295

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017068	ATGTC	2	10	1873	1882	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017068	ATTTT	2	10	44846	44855	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017068	GGGAA	2	10	92540	92549	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017068	AAGAA	2	10	129641	129650	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017068	TACTA	2	10	132146	132155	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017068	ATGCG	2	10	132161	132170	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017068	CGCTT	2	10	132334	132343	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017068	GATAA	2	10	133487	133496	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017068	TCGTG	2	10	134795	134804	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017068	GGGAG	2	10	136192	136201	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017068	TAGTT	2	10	139456	139465	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017068	TAGAA	2	10	146317	146326	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017068	ATAAA	2	10	156981	156990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017068	AAAGG	2	10	161629	161638	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017068	AAATA	2	10	175581	175590	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017068	TAAAT	2	10	175649	175658	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017068	AAATA	2	10	175681	175690	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017068	TGAGG	2	10	185157	185166	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017068	ATCAC	2	10	198218	198227	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017068	CAAGC	2	10	199852	199861	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017068	CGCTG	2	10	214887	214896	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017068	TAGTA	2	10	231589	231598	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017068	TTTCC	2	10	232325	232334	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017068	GTTTT	2	10	233297	233306	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017068	TCTAT	2	10	233594	233603	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017068	GAAAA	2	10	257252	257261	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017068	GAAAT	2	10	257453	257462	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017068	AATAA	2	10	264587	264596	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017068	AAAAT	2	10	268384	268393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017068	ACCTC	2	10	293946	293955	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
31	NC_017068	TATGG	2	10	293965	293974	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017068	GCCGC	2	10	297837	297846	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
33	NC_017068	TTATA	2	10	301499	301508	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017068	GCATG	2	10	304874	304883	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017068	ATAGT	2	10	305859	305868	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017068	TTTTA	2	10	327522	327531	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017068	AGTCC	2	10	340128	340137	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017068	GTAAA	2	10	350274	350283	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017068	TTAGG	2	10	353436	353445	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017068	TGAAT	2	10	355428	355437	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017068	AATCA	2	10	370181	370190	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017068	GACAA	2	10	373289	373298	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017068	ATTTC	2	10	373603	373612	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017068	TCGCT	2	10	374742	374751	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017068	GGGGA	2	10	374977	374986	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017068	ACTTG	2	10	375934	375943	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017068	TGTCT	2	10	396444	396453	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017068	TGTTA	2	10	403442	403451	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017068	AAAAT	2	10	403471	403480	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017068	AATAT	2	10	412616	412625	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017068	AATAA	2	10	422366	422375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017068	TCTCT	2	10	422454	422463	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017068	GTTTT	2	10	428564	428573	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017068	AATGC	2	10	434679	434688	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017068	CTATA	2	10	434696	434705	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017068	TTTGA	2	10	438044	438053	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017068	ACTTT	2	10	438592	438601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017068	TATAC	2	10	438604	438613	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017068	TAATA	2	10	450130	450139	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017068	ACAGC	2	10	450167	450176	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017068	GATAA	2	10	450262	450271	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017068	TCGTG	2	10	451569	451578	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017068	GGGAG	2	10	452843	452852	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017068	TATGA	2	10	456574	456583	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017068	TTATC	2	10	457970	457979	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017068	TATAT	2	10	458649	458658	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017068	AAGCG	2	10	480007	480016	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017068	TAGAA	2	10	492323	492332	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017068	TGATA	2	10	521770	521779	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017068	TTTTA	2	10	531921	531930	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017068	TAAAA	2	10	533943	533952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017068	TGTTT	2	10	546526	546535	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017068	ATATA	2	10	554376	554385	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017068	GGATT	2	10	557129	557138	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017068	AAAAT	2	10	561938	561947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017068	AGGGA	2	10	563806	563815	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017068	ATAGT	2	10	592964	592973	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017068	AGATT	2	10	635521	635530	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017068	GGGGC	2	10	639882	639891	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017068	ATAGA	2	10	647714	647723	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017068	TGATT	2	10	664997	665006	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017068	TATAA	2	10	668025	668034	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017068	AGGGG	2	10	694388	694397	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017068	ATTCT	2	10	701630	701639	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017068	TTTAT	2	10	711295	711304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017068	TACCT	2	10	718079	718088	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017068	ATAGT	2	10	732950	732959	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017068	TTTTA	2	10	737757	737766	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017068	TGCTT	2	10	746675	746684	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017068	GCTTT	2	10	749284	749293	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017068	GGCAT	2	10	764924	764933	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017068	AAATT	2	10	777843	777852	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017068	ATCAC	2	10	800925	800934	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017068	TATTT	2	10	848563	848572	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017068	GGTGT	2	10	870734	870743	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017068	TTATT	2	10	871742	871751	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017068	CACAT	2	10	872124	872133	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017068	TCTGG	2	10	881761	881770	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017068	CAGGA	2	10	893699	893708	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017068	CAGGG	2	10	935516	935525	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017068	TTATT	2	10	956944	956953	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017068	TGACG	2	10	965585	965594	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017068	GGGGA	2	10	999582	999591	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017068	CCGCT	2	10	1019699	1019708	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
105	NC_017068	TATAT	2	10	1020581	1020590	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017068	TTTTG	2	10	1021752	1021761	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017068	TCGTG	2	10	1058241	1058250	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017068	GGGAG	2	10	1059446	1059455	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017068	AGTTA	2	10	1062197	1062206	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017068	AGGGG	2	10	1062310	1062319	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017068	TCTAA	2	10	1064642	1064651	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017068	TTTTA	2	10	1079935	1079944	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017068	AACGA	2	10	1080021	1080030	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017068	TCAGA	2	10	1084079	1084088	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017068	ATGAG	2	10	1090945	1090954	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017068	TGCTA	2	10	1102380	1102389	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017068	TATAA	2	10	1115775	1115784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017068	TTTAT	2	10	1129912	1129921	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017068	TAATT	2	10	1149635	1149644	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017068	GTGAG	2	10	1174163	1174172	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017068	ATACA	2	10	1176840	1176849	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017068	ATAGA	2	10	1189992	1190001	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017068	CTTTT	2	10	1200497	1200506	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017068	GTAGA	2	10	1205617	1205626	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017068	AATTA	2	10	1212947	1212956	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017068	AAAGG	2	10	1212961	1212970	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017068	CTGTA	2	10	1225303	1225312	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017068	CTGTC	2	10	1225403	1225412	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017068	GAAGC	2	10	1236772	1236781	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017068	TTGCT	2	10	1250867	1250876	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017068	GACAG	2	10	1254781	1254790	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017068	GAGAG	2	10	1254855	1254864	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017068	TTTTA	2	10	1276146	1276155	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017068	GCTTT	2	10	1281322	1281331	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017068	TATTG	2	10	1297592	1297601	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017068	AAGTT	2	10	1311284	1311293	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017068	GGGGC	2	10	1347709	1347718	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017068	TGCTG	2	10	1359312	1359321	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017068	GCATT	2	10	1360051	1360060	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017068	TATGA	2	10	1361497	1361506	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017068	TGATT	2	10	1367535	1367544	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017068	ATTTT	2	10	1380102	1380111	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017068	TTATA	2	10	1381578	1381587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017068	GGAAA	2	10	1409481	1409490	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017068	GGTTT	2	10	1425575	1425584	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_017068	CACGA	2	10	2871318	2871327	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
287	NC_017068	TGCTG	2	10	2872810	2872819	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
288	NC_017068	CTCAG	2	10	2893997	2894006	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_017068	TGCCA	2	10	2939281	2939290	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
290	NC_017068	TACAA	2	10	2952380	2952389	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_017068	TTCGC	2	10	2952446	2952455	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_017068	AAACA	2	10	2969423	2969432	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_017068	TGTTA	2	10	2983582	2983591	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_017068	TTACA	2	10	2987008	2987017	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_017068	AATAT	2	10	3003649	3003658	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.