MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017066	CTTTAA	2	12	8785	8796	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017066	TTTTAT	2	12	10292	10303	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017066	AAACTA	2	12	27034	27045	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017066	TTAAAA	2	12	49747	49758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017066	TTTTAG	2	12	54367	54378	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017066	ATCAAC	2	12	64303	64314	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017066	TCAAAA	2	12	66105	66116	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017066	TAAAAT	2	12	81390	81401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017066	TTACTA	2	12	91466	91477	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017066	TATCAT	2	12	91640	91651	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017066	TACAAG	2	12	103601	103612	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017066	TAAAAG	2	12	117716	117727	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017066	ATTATA	2	12	117833	117844	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017066	TTTTCG	2	12	118367	118378	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017066	CCTAAA	2	12	126347	126358	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017066	TTATAT	2	12	129981	129992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017066	TGAGTA	2	12	132993	133004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017066	ACAAAA	2	12	133142	133153	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017066	TGAATT	2	12	134028	134039	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017066	ATAATT	2	12	153594	153605	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017066	TAGAGA	2	12	154130	154141	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017066	ATTGTC	2	12	169853	169864	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017066	TATGTA	2	12	173779	173790	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017066	TAATTT	2	12	184985	184996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017066	TATTTA	2	12	188737	188748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017066	TTTAAT	2	12	192419	192430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017066	ATATTT	2	12	202588	202599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017066	ATTTTA	2	12	204495	204506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017066	TAACTA	2	12	210199	210210	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017066	AATCTT	2	12	226494	226505	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017066	TTATTT	2	12	230716	230727	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017066	TTTTAA	2	12	233506	233517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017066	TCAATT	2	12	249369	249380	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017066	TGAAAT	2	12	253121	253132	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017066	GCTAAA	2	12	255518	255529	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017066	ATAAAA	2	12	256016	256027	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017066	ACAGTA	2	12	259430	259441	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017066	ATTTTC	2	12	261099	261110	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017066	TCAGGA	2	12	265194	265205	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017066	TTGCAA	2	12	267950	267961	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017066	AAAATA	2	12	268974	268985	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017066	AATATT	2	12	272301	272312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017066	AACAAA	2	12	292504	292515	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017066	TATATT	2	12	294806	294817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017066	AAGGAT	2	12	309387	309398	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017066	CTGGTT	2	12	315025	315036	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017066	TAATTT	2	12	321492	321503	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017066	TTTATT	2	12	328711	328722	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017066	GCATTA	2	12	334451	334462	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017066	TAAAAG	2	12	337503	337514	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017066	TAAAAA	2	12	342124	342135	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017066	CACTTT	2	12	342432	342443	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017066	ATCTTG	2	12	347715	347726	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017066	TAAAAT	2	12	353147	353158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017066	TTAACT	2	12	362122	362133	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017066	TTATAA	2	12	368572	368583	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017066	TGCAAA	2	12	369807	369818	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017066	TATTGG	2	12	379609	379620	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017066	TTTGTG	2	12	383116	383127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017066	TTTTAA	2	12	403385	403396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017066	CTTATA	2	12	403814	403825	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017066	AATAAA	2	12	409253	409264	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017066	CTTTAA	2	12	409339	409350	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017066	CTTTAT	2	12	424387	424398	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017066	AAGACA	2	12	426251	426262	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017066	TATATC	2	12	438805	438816	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017066	CATTAA	2	12	447422	447433	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017066	TTAGTA	2	12	451606	451617	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017066	GTATTA	2	12	452161	452172	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017066	TGTGTT	2	12	452258	452269	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017066	TTTTTA	2	12	453009	453020	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017066	CATTGA	2	12	473871	473882	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017066	AAAGAA	2	12	479069	479080	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017066	TAAATA	2	12	486038	486049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017066	TAAAAA	2	12	513077	513088	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017066	AAGAAC	2	12	517889	517900	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017066	ATTTTT	2	12	521176	521187	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017066	AATATA	2	12	526006	526017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017066	AAATTT	2	12	529559	529570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017066	TTAATT	2	12	545446	545457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017066	GCAAAA	2	12	555666	555677	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017066	AATATA	2	12	556191	556202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017066	TTAAAG	2	12	565229	565240	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017066	GGTATT	2	12	566639	566650	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017066	GAAATG	2	12	571262	571273	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017066	TGTCAT	2	12	584056	584067	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017066	AGCCTC	2	12	592938	592949	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017066	TTTTTA	2	12	593101	593112	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017066	ATAGAA	2	12	599387	599398	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017066	CTAATA	2	12	626909	626920	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017066	AATATT	2	12	631675	631686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017066	TAGTAT	2	12	636485	636496	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017066	ATCAAA	2	12	646769	646780	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017066	ATTAAA	2	12	649681	649692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017066	TTAATA	2	12	653958	653969	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017066	TGTATT	2	12	654188	654199	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017066	TTTATT	2	12	657380	657391	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017066	TAATAT	2	12	658627	658638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017066	ATCTAA	2	12	661382	661393	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017066	GATTTT	2	12	667673	667684	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017066	AAAATA	2	12	674088	674099	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017066	TTTCTA	2	12	694042	694053	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017066	GTTCTA	2	12	696990	697001	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017066	ACAATA	2	12	699069	699080	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017066	TTTAAA	2	12	699384	699395	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017066	ATGAAA	2	12	705817	705828	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017066	TTATAA	2	12	708287	708298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017066	TATCCA	2	12	711090	711101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017066	TATCAT	2	12	729429	729440	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017066	TATTTT	2	12	743584	743595	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017066	ATGATA	2	12	745817	745828	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017066	AATGAA	2	12	745854	745865	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017066	TTAATA	2	12	749973	749984	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017066	TGATAT	2	12	749994	750005	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017066	ATGATT	2	12	764334	764345	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017066	TTTTTC	2	12	769168	769179	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017066	ATTTTT	2	12	774678	774689	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017066	AATAAG	2	12	780180	780191	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017066	ACTATC	2	12	781329	781340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017066	AATACC	2	12	792888	792899	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017066	TATTTT	2	12	802813	802824	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017066	TAAACC	2	12	802979	802990	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017066	GATTGA	2	12	809117	809128	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017066	GTTTAT	2	12	809189	809200	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017066	AATCTA	2	12	810139	810150	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017066	AATAAA	2	12	810772	810783	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017066	TCTTTT	2	12	813439	813450	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017066	ATCTAT	2	12	813650	813661	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017066	CTCAAT	2	12	827512	827523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017066	TAATCT	2	12	831481	831492	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017066	TATTAA	2	12	833064	833075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.