MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 434

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017066	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383751990
2	NC_017066	AAAGTA	2	12	1131	1142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383751991
3	NC_017066	ATGCTA	2	12	1657	1668	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383751992
4	NC_017066	AGGATA	2	12	3564	3575	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383751994
5	NC_017066	CTAATA	2	12	4461	4472	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383751994
6	NC_017066	TCGATA	2	12	5355	5366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383751994
7	NC_017066	AAAATA	2	12	5559	5570	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383751994
8	NC_017066	GCAAAA	2	12	9919	9930	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383751998
9	NC_017066	TAAAAA	2	12	10388	10399	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383751999
10	NC_017066	AGAAAA	2	12	10523	10534	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383751999
11	NC_017066	ATTAAA	2	12	11541	11552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752000
12	NC_017066	CTAATT	2	12	13139	13150	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383752002
13	NC_017066	CTATAT	2	12	13754	13765	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383752002
14	NC_017066	GAAGAT	2	12	15971	15982	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383752003
15	NC_017066	ATGATA	2	12	16296	16307	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383752003
16	NC_017066	CCTGTA	2	12	16868	16879	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383752003
17	NC_017066	ATTTAA	2	12	17371	17382	50 %	50 %	0 %	0 %	383752003
18	NC_017066	AATTAT	2	12	17594	17605	50 %	50 %	0 %	0 %	383752003
19	NC_017066	CCTATA	2	12	30571	30582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752015
20	NC_017066	CTTTTA	2	12	30893	30904	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383752015
21	NC_017066	AGTATT	2	12	33619	33630	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383752016
22	NC_017066	ACTGTT	2	12	35527	35538	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383752016
23	NC_017066	ATCTTT	2	12	37965	37976	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383752017
24	NC_017066	TGGAAT	2	12	38571	38582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752017
25	NC_017066	ATTAGC	2	12	38814	38825	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383752017
26	NC_017066	GTATTA	2	12	41330	41341	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383752019
27	NC_017066	TATTTT	2	12	41364	41375	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383752019
28	NC_017066	CACCTC	2	12	42099	42110	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	383752019
29	NC_017066	ACTAAA	2	12	42997	43008	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383752019
30	NC_017066	CTAAAG	2	12	43656	43667	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383752019
31	NC_017066	TCTATC	2	12	43819	43830	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383752019
32	NC_017066	TAGCAA	2	12	43986	43997	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383752019
33	NC_017066	GTTCTA	2	12	46941	46952	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383752020
34	NC_017066	AATTTT	2	12	51996	52007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752026
35	NC_017066	AAATCA	2	12	55750	55761	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383752030
36	NC_017066	ACTAAA	2	12	58576	58587	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383752032
37	NC_017066	TGAAGA	2	12	60387	60398	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383752034
38	NC_017066	TAATTT	2	12	62129	62140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752035
39	NC_017066	ATTAAT	2	12	65525	65536	50 %	50 %	0 %	0 %	383752037
40	NC_017066	GCCTAC	2	12	68430	68441	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383752038
41	NC_017066	TGCTGA	2	12	71874	71885	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383752038
42	NC_017066	TAAAAA	2	12	81516	81527	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383752048
43	NC_017066	TACCTT	2	12	84844	84855	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383752050
44	NC_017066	GCTTGA	2	12	86750	86761	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383752051
45	NC_017066	TGCTTC	2	12	86896	86907	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383752051
46	NC_017066	TCAGGA	2	12	87122	87133	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383752051
47	NC_017066	AATTTC	2	12	87683	87694	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383752052
48	NC_017066	AAATCA	2	12	87858	87869	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383752052
49	NC_017066	AATATT	2	12	88787	88798	50 %	50 %	0 %	0 %	383752052
50	NC_017066	ACGATC	2	12	90211	90222	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383752053
51	NC_017066	TCTTCA	2	12	93034	93045	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383752055
52	NC_017066	GCATTT	2	12	94776	94787	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383752057
53	NC_017066	GTAGTT	2	12	96878	96889	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383752059
54	NC_017066	TCTATT	2	12	97156	97167	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383752060
55	NC_017066	TACTCC	2	12	100033	100044	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383752063
56	NC_017066	ATGCTA	2	12	104840	104851	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383752066
57	NC_017066	ATGCTA	3	18	105189	105206	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383752066
58	NC_017066	ACAAGT	2	12	105535	105546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383752067
59	NC_017066	TCACTA	2	12	107590	107601	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752069
60	NC_017066	TCTTGC	2	12	115867	115878	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383752075
61	NC_017066	ATTCAG	2	12	116341	116352	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383752076
62	NC_017066	ACAGAT	2	12	118720	118731	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383752079
63	NC_017066	CAAAAA	2	12	119317	119328	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	383752079
64	NC_017066	ATAAAT	2	12	120302	120313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752080
65	NC_017066	ATCTTC	2	12	121917	121928	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383752081
66	NC_017066	TAAGAA	2	12	122304	122315	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383752081
67	NC_017066	ACGCTC	2	12	122442	122453	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383752081
68	NC_017066	TAAAAA	2	12	127513	127524	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383752083
69	NC_017066	TATATG	2	12	136788	136799	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383752088
70	NC_017066	ATTTTT	2	12	138281	138292	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383752090
71	NC_017066	TTCTAA	2	12	139188	139199	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383752091
72	NC_017066	TAGAAT	2	12	140643	140654	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383752094
73	NC_017066	TACAAA	2	12	141040	141051	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383752095
74	NC_017066	TCAAAA	2	12	141179	141190	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383752095
75	NC_017066	ATTGAG	2	12	143441	143452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752096
76	NC_017066	AAAGAA	2	12	146083	146094	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383752098
77	NC_017066	TCAAGC	2	12	146100	146111	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383752098
78	NC_017066	GGTGAT	2	12	147206	147217	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383752099
79	NC_017066	TTAGAG	2	12	151287	151298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752104
80	NC_017066	AACTAC	2	12	154715	154726	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383752108
81	NC_017066	GAGCAA	2	12	154806	154817	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383752108
82	NC_017066	ATAAAA	2	12	156223	156234	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383752108
83	NC_017066	TTTTTA	2	12	157251	157262	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383752109
84	NC_017066	GTTTCA	2	12	157856	157867	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383752110
85	NC_017066	GCAGAA	2	12	160353	160364	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383752114
86	NC_017066	CTATTG	2	12	164124	164135	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383752115
87	NC_017066	TTTCTT	2	12	176465	176476	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383752121
88	NC_017066	TAACTC	2	12	177200	177211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752121
89	NC_017066	ATAAAA	2	12	178009	178020	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383752121
90	NC_017066	ATCTGG	2	12	181963	181974	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383752126
91	NC_017066	AACATT	2	12	187045	187056	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383752131
92	NC_017066	TATAAA	2	12	187099	187110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383752132
93	NC_017066	TGATGG	2	12	190763	190774	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383752135
94	NC_017066	CTTTAG	2	12	191173	191184	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383752135
95	NC_017066	ATATTT	2	12	192162	192173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752135
96	NC_017066	CACTAC	2	12	206311	206322	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383752149
97	NC_017066	AAAGCA	2	12	211282	211293	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383752151
98	NC_017066	TAATGC	2	12	211572	211583	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383752151
99	NC_017066	ATTATA	2	12	212005	212016	50 %	50 %	0 %	0 %	383752152
100	NC_017066	GTATCT	2	12	213889	213900	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383752154
101	NC_017066	TTCTAC	2	12	216369	216380	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383752155
102	NC_017066	ATTAGG	2	12	216789	216800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383752155
103	NC_017066	TTCTTT	2	12	220512	220523	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383752158
104	NC_017066	CTTCTC	2	12	221899	221910	0 %	50 %	0 %	50 %	383752159
105	NC_017066	TTAAAT	2	12	236584	236595	50 %	50 %	0 %	0 %	383752168
106	NC_017066	AAGGAG	2	12	237055	237066	50 %	0 %	50 %	0 %	383752168
107	NC_017066	AAATAA	2	12	240340	240351	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383752172
108	NC_017066	ATTAAT	2	12	241472	241483	50 %	50 %	0 %	0 %	383752174
109	NC_017066	AATCTC	2	12	241751	241762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383752174
110	NC_017066	TAAGAA	2	12	246902	246913	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383752178
111	NC_017066	TTAAAG	2	12	251570	251581	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383752180
112	NC_017066	CTAAAG	2	12	254690	254701	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383752182
113	NC_017066	TAAAAA	2	12	260155	260166	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383752184
114	NC_017066	GAAAAT	2	12	261361	261372	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383752185
115	NC_017066	TAATTT	2	12	264530	264541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383752186
116	NC_017066	TTTTGC	2	12	268698	268709	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383752190
117	NC_017066	ATTTTC	2	12	272075	272086	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383752193
118	NC_017066	GGGATA	2	12	272794	272805	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383752194
119	NC_017066	GGCAAT	2	12	273802	273813	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383752194
120	NC_017066	TTGTTC	2	12	276579	276590	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383752195
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231	NC_017066	TTTTGC	2	12	530601	530612	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383752399
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234	NC_017066	CTATTG	2	12	535062	535073	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383752405
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351	NC_017066	TCTTAA	2	12	833026	833037	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383752619
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.