MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 378

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017066	ATTTA	2	10	8936	8945	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017066	TACAT	2	10	13912	13921	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017066	AAAGT	2	10	14397	14406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017066	ATTTA	2	10	18372	18381	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017066	TTAAT	2	10	19001	19010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017066	AATTA	2	10	26708	26717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017066	TTTAT	2	10	26942	26951	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017066	ACTAA	2	10	50169	50178	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017066	AATTC	2	10	54456	54465	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017066	TATTG	2	10	54545	54554	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017066	ATCTT	2	10	54625	54634	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017066	ATTAT	2	10	54760	54769	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017066	AAATT	2	10	67671	67680	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017066	TAGTA	2	10	72823	72832	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017066	AATAA	2	10	73192	73201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017066	AAATT	2	10	73615	73624	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017066	ATTTT	2	10	81288	81297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017066	TATAC	2	10	84013	84022	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017066	GAATA	2	10	84144	84153	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017066	TTTGT	2	10	90321	90330	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017066	GTAGC	2	10	90345	90354	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017066	TAATG	2	10	91446	91455	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017066	TATAA	2	10	104472	104481	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017066	ATTTT	2	10	109418	109427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017066	TTGCT	2	10	129444	129453	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017066	AATTT	2	10	129728	129737	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017066	AATAA	2	10	129802	129811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017066	ATTGC	2	10	130653	130662	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017066	TAAGC	2	10	130739	130748	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017066	TTTTA	2	10	132708	132717	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017066	CATTA	2	10	133898	133907	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017066	TATTT	2	10	141529	141538	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017066	ATATT	2	10	142426	142435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017066	TAAAC	2	10	142880	142889	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017066	TAAAG	2	10	170150	170159	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017066	TACTT	2	10	170643	170652	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017066	GCATT	2	10	175675	175684	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017066	GTTTC	2	10	175805	175814	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017066	TATAG	2	10	179752	179761	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017066	ATTTT	2	10	185128	185137	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017066	AATTT	2	10	189603	189612	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017066	ATTAT	2	10	189683	189692	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017066	TAATA	2	10	195623	195632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017066	TAATA	2	10	202729	202738	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017066	GCTAA	2	10	204272	204281	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017066	ATATT	2	10	210184	210193	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017066	TTTTA	2	10	210528	210537	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017066	ATTTT	2	10	221294	221303	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017066	ATTAT	2	10	222608	222617	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017066	ATGTA	2	10	226709	226718	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017066	TAAAA	2	10	229962	229971	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017066	CTACA	2	10	231268	231277	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017066	AATTG	2	10	233752	233761	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017066	ATATG	2	10	233909	233918	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017066	TTTAA	2	10	234403	234412	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017066	TAAAA	2	10	234569	234578	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017066	AAATG	2	10	238490	238499	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017066	TGCAA	2	10	243758	243767	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017066	TATAA	2	10	246593	246602	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017066	TTTAA	2	10	249452	249461	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017066	TATCG	2	10	249477	249486	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017066	TTATA	2	10	252968	252977	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017066	TAAAT	2	10	253239	253248	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017066	AAGTT	2	10	255534	255543	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017066	ATCCC	2	10	259260	259269	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_017066	TGCAA	2	10	259345	259354	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017066	TTTTA	2	10	271413	271422	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017066	AATAT	2	10	274637	274646	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017066	TATAA	2	10	275625	275634	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017066	AAATG	2	10	275779	275788	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017066	ATCAA	2	10	276093	276102	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017066	TAAAA	2	10	278211	278220	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017066	ATTAA	2	10	278330	278339	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017066	TAGTT	2	10	282189	282198	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017066	TTCAT	2	10	284250	284259	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017066	TTTAA	2	10	290275	290284	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017066	TATAA	2	10	308750	308759	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017066	GTTGT	2	10	310614	310623	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017066	GCAAT	2	10	314448	314457	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017066	AATAA	2	10	316001	316010	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017066	GTTAT	2	10	319072	319081	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017066	ATTTA	2	10	320289	320298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017066	ATTTT	2	10	321635	321644	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017066	TATAA	2	10	323812	323821	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017066	TTTTA	2	10	324071	324080	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017066	GTTAA	2	10	326994	327003	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017066	TAAAA	2	10	331284	331293	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017066	ATTAT	2	10	331370	331379	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017066	ATTTA	2	10	333219	333228	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017066	ATTTT	2	10	333297	333306	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017066	ATTTG	2	10	334381	334390	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017066	TAAAA	2	10	336654	336663	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017066	AATAA	2	10	337129	337138	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017066	TTTTG	2	10	337613	337622	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017066	TTAAT	2	10	353077	353086	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017066	ATTAA	2	10	357513	357522	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017066	ATGGT	2	10	362307	362316	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017066	AATAT	2	10	365087	365096	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017066	TTATT	2	10	367829	367838	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017066	TAATT	2	10	375212	375221	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017066	ACATA	2	10	380891	380900	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017066	AATAA	2	10	383633	383642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017066	TAATC	2	10	390686	390695	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017066	ATCTA	2	10	397461	397470	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017066	TTCAT	2	10	403676	403685	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017066	TATAT	2	10	404076	404085	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017066	TGATA	2	10	405093	405102	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017066	AAAGT	2	10	408991	409000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017066	TATCA	2	10	423161	423170	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017066	ATATC	2	10	423717	423726	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017066	TATAT	2	10	425520	425529	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017066	ATTAT	2	10	425651	425660	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017066	TTTAT	2	10	425697	425706	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017066	TAGTA	2	10	426104	426113	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017066	AATTT	2	10	429249	429258	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017066	TAATA	2	10	429480	429489	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017066	TGATC	2	10	433240	433249	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017066	ATTGA	2	10	433406	433415	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017066	ATGCA	2	10	433442	433451	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017066	CTAAA	2	10	433970	433979	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017066	CAATT	2	10	434028	434037	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017066	GTCAT	2	10	434765	434774	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017066	TTTAA	2	10	442097	442106	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017066	TTAAT	2	10	443171	443180	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017066	TTTTA	2	10	444476	444485	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017066	AAGAA	2	10	447812	447821	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017066	GTATA	2	10	451485	451494	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017066	TTAAG	2	10	452015	452024	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017066	CAATA	2	10	461645	461654	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017066	TAATA	2	10	462328	462337	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017066	ATGGT	2	10	462340	462349	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017066	TTGCT	2	10	463199	463208	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017066	TTTAA	2	10	463308	463317	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017066	AAGAT	2	10	464599	464608	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017066	TGTTT	2	10	478973	478982	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017066	TATTT	2	10	479213	479222	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017066	TTCAC	2	10	480243	480252	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017066	ATTCC	2	10	491054	491063	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017066	GTATT	2	10	494975	494984	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017066	TTTAA	2	10	496297	496306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017066	ATATA	2	10	498262	498271	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017066	CTTTT	2	10	506994	507003	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017066	ATTTT	2	10	507421	507430	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017066	TATTC	2	10	507746	507755	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017066	TATGA	2	10	507882	507891	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017066	TCAGT	2	10	507908	507917	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017066	TTTAA	2	10	508009	508018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017066	TGAAA	2	10	508628	508637	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.