MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 809

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017066	TAACG	2	10	992	1001	40 %	20 %	20 %	20 %	383751991
2	NC_017066	TTAAT	2	10	1883	1892	40 %	60 %	0 %	0 %	383751992
3	NC_017066	TTTTA	2	10	2444	2453	20 %	80 %	0 %	0 %	383751993
4	NC_017066	ATTTA	2	10	2797	2806	40 %	60 %	0 %	0 %	383751993
5	NC_017066	GCAAA	2	10	3254	3263	60 %	0 %	20 %	20 %	383751994
6	NC_017066	TAAAT	2	10	4753	4762	60 %	40 %	0 %	0 %	383751994
7	NC_017066	GTAGT	2	10	5064	5073	20 %	40 %	40 %	0 %	383751994
8	NC_017066	AATAC	2	10	6715	6724	60 %	20 %	0 %	20 %	383751995
9	NC_017066	AAACC	2	10	7874	7883	60 %	0 %	0 %	40 %	383751997
10	NC_017066	TGATT	2	10	8222	8231	20 %	60 %	20 %	0 %	383751997
11	NC_017066	CGAGA	2	10	9646	9655	40 %	0 %	40 %	20 %	383751998
12	NC_017066	TGACA	2	10	14923	14932	40 %	20 %	20 %	20 %	383752003
13	NC_017066	TCAAT	2	10	15496	15505	40 %	40 %	0 %	20 %	383752003
14	NC_017066	TGAAT	2	10	15550	15559	40 %	40 %	20 %	0 %	383752003
15	NC_017066	AGATA	2	10	17506	17515	60 %	20 %	20 %	0 %	383752003
16	NC_017066	TATTT	2	10	20675	20684	20 %	80 %	0 %	0 %	383752005
17	NC_017066	TCCTC	2	10	22734	22743	0 %	40 %	0 %	60 %	383752008
18	NC_017066	AAACC	2	10	23375	23384	60 %	0 %	0 %	40 %	383752008
19	NC_017066	ATAGC	2	10	24628	24637	40 %	20 %	20 %	20 %	383752009
20	NC_017066	ATGCT	2	10	25341	25350	20 %	40 %	20 %	20 %	383752010
21	NC_017066	TGATA	2	10	27699	27708	40 %	40 %	20 %	0 %	383752013
22	NC_017066	AATGA	2	10	27793	27802	60 %	20 %	20 %	0 %	383752013
23	NC_017066	TTTGT	2	10	28009	28018	0 %	80 %	20 %	0 %	383752013
24	NC_017066	TATTT	2	10	29838	29847	20 %	80 %	0 %	0 %	383752015
25	NC_017066	CTTTG	2	10	31524	31533	0 %	60 %	20 %	20 %	383752015
26	NC_017066	ACCAT	2	10	32850	32859	40 %	20 %	0 %	40 %	383752015
27	NC_017066	GCAAT	2	10	36482	36491	40 %	20 %	20 %	20 %	383752017
28	NC_017066	TATAT	2	10	37707	37716	40 %	60 %	0 %	0 %	383752017
29	NC_017066	AAACT	2	10	38171	38180	60 %	20 %	0 %	20 %	383752017
30	NC_017066	AAAAC	2	10	40812	40821	80 %	0 %	0 %	20 %	383752018
31	NC_017066	TTTCT	2	10	41488	41497	0 %	80 %	0 %	20 %	383752019
32	NC_017066	AAGTA	2	10	43054	43063	60 %	20 %	20 %	0 %	383752019
33	NC_017066	TCTTG	2	10	43472	43481	0 %	60 %	20 %	20 %	383752019
34	NC_017066	ATTAT	2	10	44664	44673	40 %	60 %	0 %	0 %	383752020
35	NC_017066	TAAAA	2	10	45631	45640	80 %	20 %	0 %	0 %	383752020
36	NC_017066	ATATA	2	10	47240	47249	60 %	40 %	0 %	0 %	383752021
37	NC_017066	GATTT	2	10	48635	48644	20 %	60 %	20 %	0 %	383752022
38	NC_017066	ATCAT	2	10	51418	51427	40 %	40 %	0 %	20 %	383752026
39	NC_017066	ACAAG	2	10	52338	52347	60 %	0 %	20 %	20 %	383752027
40	NC_017066	TTTCA	2	10	55100	55109	20 %	60 %	0 %	20 %	383752029
41	NC_017066	GTAAT	2	10	55461	55470	40 %	40 %	20 %	0 %	383752029
42	NC_017066	TACTT	2	10	55929	55938	20 %	60 %	0 %	20 %	383752030
43	NC_017066	ATTAA	2	10	56549	56558	60 %	40 %	0 %	0 %	383752031
44	NC_017066	GTTTT	2	10	56626	56635	0 %	80 %	20 %	0 %	383752031
45	NC_017066	TATTT	2	10	57320	57329	20 %	80 %	0 %	0 %	383752031
46	NC_017066	TTTAT	2	10	59585	59594	20 %	80 %	0 %	0 %	383752034
47	NC_017066	TTTGC	2	10	65218	65227	0 %	60 %	20 %	20 %	383752037
48	NC_017066	ATGGA	2	10	70532	70541	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
49	NC_017066	ATGGA	2	10	70682	70691	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
50	NC_017066	ATGGA	2	10	70832	70841	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
51	NC_017066	ATGGA	2	10	70982	70991	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
52	NC_017066	ATGGA	2	10	71132	71141	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
53	NC_017066	ATGGA	2	10	71282	71291	40 %	20 %	40 %	0 %	383752038
54	NC_017066	AAAGA	2	10	71491	71500	80 %	0 %	20 %	0 %	383752038
55	NC_017066	AAATC	2	10	72268	72277	60 %	20 %	0 %	20 %	383752038
56	NC_017066	ACTAA	2	10	75813	75822	60 %	20 %	0 %	20 %	383752041
57	NC_017066	AATTA	2	10	78703	78712	60 %	40 %	0 %	0 %	383752044
58	NC_017066	TCTTT	2	10	81893	81902	0 %	80 %	0 %	20 %	383752048
59	NC_017066	TGATT	2	10	85157	85166	20 %	60 %	20 %	0 %	383752050
60	NC_017066	TAATT	2	10	95320	95329	40 %	60 %	0 %	0 %	383752058
61	NC_017066	ATTTA	2	10	95667	95676	40 %	60 %	0 %	0 %	383752058
62	NC_017066	TTTTA	2	10	96024	96033	20 %	80 %	0 %	0 %	383752058
63	NC_017066	TTTTA	2	10	96072	96081	20 %	80 %	0 %	0 %	383752058
64	NC_017066	CATTG	2	10	96488	96497	20 %	40 %	20 %	20 %	383752059
65	NC_017066	TGTAT	2	10	98400	98409	20 %	60 %	20 %	0 %	383752061
66	NC_017066	ATATA	2	10	98998	99007	60 %	40 %	0 %	0 %	383752061
67	NC_017066	AGAAA	2	10	99379	99388	80 %	0 %	20 %	0 %	383752062
68	NC_017066	AATTT	2	10	99389	99398	40 %	60 %	0 %	0 %	383752062
69	NC_017066	TATTG	2	10	99767	99776	20 %	60 %	20 %	0 %	383752062
70	NC_017066	CAAAA	2	10	100223	100232	80 %	0 %	0 %	20 %	383752063
71	NC_017066	AAATA	2	10	101410	101419	80 %	20 %	0 %	0 %	383752064
72	NC_017066	CAACC	2	10	101787	101796	40 %	0 %	0 %	60 %	383752064
73	NC_017066	TTAGC	2	10	105978	105987	20 %	40 %	20 %	20 %	383752068
74	NC_017066	TAATA	2	10	106288	106297	60 %	40 %	0 %	0 %	383752068
75	NC_017066	TAATA	2	10	106364	106373	60 %	40 %	0 %	0 %	383752069
76	NC_017066	CATAG	2	10	106980	106989	40 %	20 %	20 %	20 %	383752069
77	NC_017066	ATTAA	2	10	108001	108010	60 %	40 %	0 %	0 %	383752069
78	NC_017066	TTTAA	2	10	108224	108233	40 %	60 %	0 %	0 %	383752070
79	NC_017066	TAACA	2	10	109297	109306	60 %	20 %	0 %	20 %	383752070
80	NC_017066	TTTTA	2	10	110284	110293	20 %	80 %	0 %	0 %	383752071
81	NC_017066	TTAGT	2	10	110588	110597	20 %	60 %	20 %	0 %	383752072
82	NC_017066	GATAT	2	10	111083	111092	40 %	40 %	20 %	0 %	383752072
83	NC_017066	AGGTA	2	10	114997	115006	40 %	20 %	40 %	0 %	383752075
84	NC_017066	ATATT	2	10	116138	116147	40 %	60 %	0 %	0 %	383752075
85	NC_017066	ATGTT	2	10	118415	118424	20 %	60 %	20 %	0 %	383752079
86	NC_017066	ATAAA	2	10	118613	118622	80 %	20 %	0 %	0 %	383752079
87	NC_017066	GTTAT	2	10	118645	118654	20 %	60 %	20 %	0 %	383752079
88	NC_017066	AATTT	2	10	120578	120587	40 %	60 %	0 %	0 %	383752080
89	NC_017066	CTTTA	2	10	121902	121911	20 %	60 %	0 %	20 %	383752081
90	NC_017066	TCATA	2	10	122735	122744	40 %	40 %	0 %	20 %	383752081
91	NC_017066	CAATT	2	10	122895	122904	40 %	40 %	0 %	20 %	383752081
92	NC_017066	TATTT	2	10	123900	123909	20 %	80 %	0 %	0 %	383752081
93	NC_017066	GTATG	2	10	134725	134734	20 %	40 %	40 %	0 %	383752087
94	NC_017066	AAACC	2	10	136947	136956	60 %	0 %	0 %	40 %	383752088
95	NC_017066	ATGAT	2	10	137073	137082	40 %	40 %	20 %	0 %	383752088
96	NC_017066	TATAG	2	10	139002	139011	40 %	40 %	20 %	0 %	383752090
97	NC_017066	GTTTG	2	10	139435	139444	0 %	60 %	40 %	0 %	383752092
98	NC_017066	TTTTA	2	10	139657	139666	20 %	80 %	0 %	0 %	383752092
99	NC_017066	TAAAA	2	10	140841	140850	80 %	20 %	0 %	0 %	383752094
100	NC_017066	ATTTA	2	10	140908	140917	40 %	60 %	0 %	0 %	383752095
101	NC_017066	TATCA	2	10	144070	144079	40 %	40 %	0 %	20 %	383752096
102	NC_017066	ATATT	2	10	144385	144394	40 %	60 %	0 %	0 %	383752097
103	NC_017066	ATTTT	2	10	145817	145826	20 %	80 %	0 %	0 %	383752098
104	NC_017066	TAATA	2	10	149094	149103	60 %	40 %	0 %	0 %	383752101
105	NC_017066	TAAAA	2	10	149943	149952	80 %	20 %	0 %	0 %	383752102
106	NC_017066	TGGTG	2	10	150077	150086	0 %	40 %	60 %	0 %	383752102
107	NC_017066	TTAAT	2	10	150979	150988	40 %	60 %	0 %	0 %	383752104
108	NC_017066	TATAA	2	10	150999	151008	60 %	40 %	0 %	0 %	383752104
109	NC_017066	AAGAA	2	10	152591	152600	80 %	0 %	20 %	0 %	383752104
110	NC_017066	TGGAT	2	10	154795	154804	20 %	40 %	40 %	0 %	383752108
111	NC_017066	CAAGT	2	10	156709	156718	40 %	20 %	20 %	20 %	383752108
112	NC_017066	ACAGA	2	10	157352	157361	60 %	0 %	20 %	20 %	383752110
113	NC_017066	TATAC	2	10	168714	168723	40 %	40 %	0 %	20 %	383752116
114	NC_017066	GTAGA	2	10	169123	169132	40 %	20 %	40 %	0 %	383752116
115	NC_017066	GATAT	2	10	171673	171682	40 %	40 %	20 %	0 %	383752117
116	NC_017066	AGATA	2	10	174613	174622	60 %	20 %	20 %	0 %	383752120
117	NC_017066	AATTT	2	10	176162	176171	40 %	60 %	0 %	0 %	383752121
118	NC_017066	ATTAT	2	10	176290	176299	40 %	60 %	0 %	0 %	383752121
119	NC_017066	GTTTT	2	10	176754	176763	0 %	80 %	20 %	0 %	383752121
120	NC_017066	TAAAA	2	10	177471	177480	80 %	20 %	0 %	0 %	383752121
121	NC_017066	GTTTT	2	10	178774	178783	0 %	80 %	20 %	0 %	383752122
122	NC_017066	ATACC	2	10	183826	183835	40 %	20 %	0 %	40 %	383752127
123	NC_017066	ATATA	2	10	187020	187029	60 %	40 %	0 %	0 %	383752131
124	NC_017066	AATTT	2	10	187030	187039	40 %	60 %	0 %	0 %	383752131
125	NC_017066	AAAAC	2	10	187450	187459	80 %	0 %	0 %	20 %	383752132
126	NC_017066	AAAGT	2	10	187772	187781	60 %	20 %	20 %	0 %	383752132
127	NC_017066	AATAA	2	10	188338	188347	80 %	20 %	0 %	0 %	383752132
128	NC_017066	TCATA	2	10	190831	190840	40 %	40 %	0 %	20 %	383752135
129	NC_017066	AGAAA	2	10	191067	191076	80 %	0 %	20 %	0 %	383752135
130	NC_017066	AGCTA	2	10	191189	191198	40 %	20 %	20 %	20 %	383752135
131	NC_017066	AATAG	2	10	191618	191627	60 %	20 %	20 %	0 %	383752135
132	NC_017066	TACTC	2	10	191736	191745	20 %	40 %	0 %	40 %	383752135
133	NC_017066	AAGTG	2	10	192179	192188	40 %	20 %	40 %	0 %	383752135
134	NC_017066	AAAGC	2	10	193524	193533	60 %	0 %	20 %	20 %	383752136
135	NC_017066	CAATA	2	10	193625	193634	60 %	20 %	0 %	20 %	383752136
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