MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia typhi str. B9991CWPP chromosome

Total Repeats: 604

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017062	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383842825
2	NC_017062	AAAGTA	2	12	1131	1142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383842826
3	NC_017062	ATGCTA	2	12	1657	1668	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842827
4	NC_017062	AGGATA	2	12	3564	3575	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383842829
5	NC_017062	CTAATA	2	12	4461	4472	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383842829
6	NC_017062	TCGATA	2	12	5355	5366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842829
7	NC_017062	AAAATA	2	12	5559	5570	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842829
8	NC_017062	CTTTAA	2	12	8785	8796	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017062	GCAAAA	2	12	9919	9930	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383842833
10	NC_017062	TTTTAT	2	12	10292	10303	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017062	TAAAAA	2	12	10388	10399	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842834
12	NC_017062	AGAAAA	2	12	10523	10534	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383842834
13	NC_017062	ATTAAA	2	12	11541	11552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842835
14	NC_017062	CTAATT	2	12	13139	13150	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383842837
15	NC_017062	CTATAT	2	12	13754	13765	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383842837
16	NC_017062	GAAGAT	2	12	15971	15982	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383842838
17	NC_017062	ATGATA	2	12	16296	16307	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383842838
18	NC_017062	CCTGTA	2	12	16868	16879	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383842838
19	NC_017062	ATTTAA	2	12	17371	17382	50 %	50 %	0 %	0 %	383842838
20	NC_017062	AATTAT	2	12	17594	17605	50 %	50 %	0 %	0 %	383842838
21	NC_017062	AAACTA	2	12	27034	27045	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017062	CCTATA	2	12	30571	30582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383842850
23	NC_017062	CTTTTA	2	12	30893	30904	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383842850
24	NC_017062	AGTATT	2	12	33619	33630	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383842851
25	NC_017062	ACTGTT	2	12	35527	35538	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842851
26	NC_017062	ATCTTT	2	12	37965	37976	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383842852
27	NC_017062	TGGAAT	2	12	38571	38582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842852
28	NC_017062	ATTAGC	2	12	38814	38825	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842852
29	NC_017062	GTATTA	2	12	41330	41341	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383842854
30	NC_017062	TATTTT	2	12	41364	41375	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383842854
31	NC_017062	CACCTC	2	12	42066	42077	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	383842854
32	NC_017062	ACTAAA	2	12	42964	42975	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842854
33	NC_017062	CTAAAG	2	12	43623	43634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383842854
34	NC_017062	TCTATC	2	12	43786	43797	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842854
35	NC_017062	TAGCAA	2	12	43953	43964	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383842854
36	NC_017062	GTTCTA	2	12	46908	46919	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842855
37	NC_017062	TTAAAA	2	12	49714	49725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017062	AATTTT	2	12	51963	51974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842861
39	NC_017062	TTTTAG	2	12	54334	54345	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017062	AAATCA	2	12	55717	55728	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842865
41	NC_017062	ACTAAA	2	12	58543	58554	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842867
42	NC_017062	TGAAGA	2	12	60354	60365	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383842869
43	NC_017062	TAATTT	2	12	62096	62107	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842870
44	NC_017062	ATCAAC	2	12	64270	64281	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017062	ATTAAT	2	12	65492	65503	50 %	50 %	0 %	0 %	383842872
46	NC_017062	TCAAAA	2	12	66072	66083	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017062	GCCTAC	2	12	68397	68408	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383842873
48	NC_017062	TGCTGA	2	12	72291	72302	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383842873
49	NC_017062	TAAAAT	2	12	81807	81818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017062	TAAAAA	2	12	81933	81944	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842883
51	NC_017062	TACCTT	2	12	85261	85272	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842885
52	NC_017062	GCTTGA	2	12	87167	87178	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383842886
53	NC_017062	TGCTTC	2	12	87313	87324	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383842886
54	NC_017062	TCAGGA	2	12	87539	87550	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383842886
55	NC_017062	AATTTC	2	12	88100	88111	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383842887
56	NC_017062	AAATCA	2	12	88275	88286	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842887
57	NC_017062	AATATT	2	12	89204	89215	50 %	50 %	0 %	0 %	383842887
58	NC_017062	ACGATC	2	12	90628	90639	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383842888
59	NC_017062	TTACTA	2	12	91883	91894	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017062	TATCAT	2	12	92057	92068	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017062	TCTTCA	2	12	93451	93462	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842890
62	NC_017062	GCATTT	2	12	95193	95204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842892
63	NC_017062	GTAGTT	2	12	97295	97306	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383842894
64	NC_017062	TCTATT	2	12	97573	97584	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383842895
65	NC_017062	TACTCC	2	12	100450	100461	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383842898
66	NC_017062	TACAAG	2	12	104018	104029	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017062	ATGCTA	2	12	105257	105268	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842901
68	NC_017062	ATGCTA	3	18	105606	105623	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842901
69	NC_017062	ACAAGT	2	12	105952	105963	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383842902
70	NC_017062	TCACTA	2	12	108007	108018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383842904
71	NC_017062	TCTTGC	2	12	116284	116295	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383842910
72	NC_017062	ATTCAG	2	12	116758	116769	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842911
73	NC_017062	TAAAAG	2	12	118133	118144	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017062	ATTATA	2	12	118250	118261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017062	TTTTCG	2	12	118784	118795	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017062	ACAGAT	2	12	119137	119148	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383842914
77	NC_017062	CAAAAA	2	12	119734	119745	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	383842914
78	NC_017062	ATAAAT	2	12	120719	120730	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842915
79	NC_017062	ATCTTC	2	12	122334	122345	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842916
80	NC_017062	TAAGAA	2	12	122721	122732	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383842916
81	NC_017062	ACGCTC	2	12	122859	122870	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383842916
82	NC_017062	CCTAAA	2	12	126764	126775	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017062	TAAAAA	2	12	127930	127941	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842918
84	NC_017062	TTATAT	2	12	130398	130409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017062	TGAGTA	2	12	133410	133421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017062	ACAAAA	2	12	133559	133570	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	383842922
87	NC_017062	TGAATT	2	12	134445	134456	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017062	TATATG	2	12	137205	137216	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383842924
89	NC_017062	ATTTTT	2	12	138698	138709	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383842926
90	NC_017062	TTCTAA	2	12	139605	139616	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383842927
91	NC_017062	TAGAAT	2	12	141060	141071	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383842930
92	NC_017062	TACAAA	2	12	141457	141468	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842931
93	NC_017062	TCAAAA	2	12	141596	141607	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842931
94	NC_017062	ATTGAG	2	12	143858	143869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842932
95	NC_017062	AAAGAA	2	12	146500	146511	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383842934
96	NC_017062	TCAAGC	2	12	146517	146528	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383842934
97	NC_017062	GGTGAT	2	12	147623	147634	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383842935
98	NC_017062	TTAGAG	2	12	151704	151715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842940
99	NC_017062	ATAATT	2	12	154011	154022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017062	TAGAGA	2	12	154547	154558	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017062	AACTAC	2	12	155132	155143	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383842944
102	NC_017062	GAGCAA	2	12	155223	155234	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383842944
103	NC_017062	ATAAAA	2	12	156640	156651	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842944
104	NC_017062	TTTTTA	2	12	157668	157679	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383842945
105	NC_017062	GTTTCA	2	12	158273	158284	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842946
106	NC_017062	GCAGAA	2	12	160770	160781	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383842950
107	NC_017062	CTATTG	2	12	164541	164552	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842951
108	NC_017062	ATTGTC	2	12	170270	170281	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017062	TATGTA	2	12	174196	174207	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017062	TTTCTT	2	12	176882	176893	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383842957
111	NC_017062	TAACTC	2	12	177617	177628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383842957
112	NC_017062	ATAAAA	2	12	178426	178437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842957
113	NC_017062	ATCTGG	2	12	182380	182391	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383842962
114	NC_017062	TAATTT	2	12	185402	185413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017062	AACATT	2	12	187462	187473	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383842967
116	NC_017062	TATAAA	2	12	187516	187527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842968
117	NC_017062	TATTTA	2	12	189154	189165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017062	TGATGG	2	12	191180	191191	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383842971
119	NC_017062	CTTTAG	2	12	191590	191601	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842971
120	NC_017062	ATATTT	2	12	192579	192590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842971
121	NC_017062	TTTAAT	2	12	192836	192847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017062	ATATTT	2	12	203005	203016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017062	ATTTTA	2	12	204912	204923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017062	CACTAC	2	12	206728	206739	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383842985
125	NC_017062	TAACTA	2	12	210616	210627	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017062	AAAGCA	2	12	211699	211710	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383842987
127	NC_017062	TAATGC	2	12	211989	212000	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842987
128	NC_017062	ATTATA	2	12	212422	212433	50 %	50 %	0 %	0 %	383842988
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135	NC_017062	TTATTT	2	12	231133	231144	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017062	TTTTAA	2	12	233923	233934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017062	TTAAAT	2	12	237001	237012	50 %	50 %	0 %	0 %	383843004
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241	NC_017062	AATAAA	2	12	409670	409681	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
242	NC_017062	CTTTAA	2	12	409756	409767	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
243	NC_017062	GAAATT	2	12	410754	410765	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383843138
244	NC_017062	TAGCAA	2	12	411360	411371	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383843139
245	NC_017062	TTTAAA	2	12	411871	411882	50 %	50 %	0 %	0 %	383843139
246	NC_017062	GAAAAA	2	12	412182	412193	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383843140
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250	NC_017062	GGTATA	2	12	419221	419232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383843146
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253	NC_017062	TAATAT	2	12	427268	427279	50 %	50 %	0 %	0 %	383843153
254	NC_017062	TTGATT	2	12	427693	427704	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383843153
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269	NC_017062	TTTTTA	2	12	453576	453587	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_017062	GTTGCT	2	12	457718	457729	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	383843177
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342	NC_017062	ATATTA	2	12	591429	591440	50 %	50 %	0 %	0 %	383843276
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359	NC_017062	TTAATT	2	12	616396	616407	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383843293
360	NC_017062	AAATTA	2	12	617208	617219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383843294
361	NC_017062	TCATTA	2	12	617754	617765	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383843294
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363	NC_017062	CTTTAT	2	12	620108	620119	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383843296
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372	NC_017062	ATTTTA	2	12	632966	632977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383843306
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388	NC_017062	TAGCAT	2	12	659746	659757	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383843323
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474	NC_017062	ATTAAT	2	12	825378	825389	50 %	50 %	0 %	0 %	383843445
475	NC_017062	CCATGA	2	12	825988	825999	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383843447
476	NC_017062	GTTTTA	2	12	827844	827855	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383843450
477	NC_017062	CTCAAT	2	12	828080	828091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
478	NC_017062	TTAGCA	2	12	828671	828682	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383843451
479	NC_017062	TTTTGC	2	12	830470	830481	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383843453
480	NC_017062	TAATCT	2	12	832049	832060	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
481	NC_017062	CTCAAA	2	12	832284	832295	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383843455
482	NC_017062	TCTTAA	2	12	833594	833605	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383843455
483	NC_017062	TATTAA	2	12	833632	833643	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
484	NC_017062	ATATTT	2	12	841963	841974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
485	NC_017062	ATTAAT	2	12	842877	842888	50 %	50 %	0 %	0 %	383843462
486	NC_017062	TTATAG	2	12	844110	844121	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383843464
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492	NC_017062	TACGAG	2	12	849436	849447	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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