MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia typhi str. B9991CWPP chromosome

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017062	CTTTAA	2	12	8785	8796	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017062	TTTTAT	2	12	10292	10303	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017062	AAACTA	2	12	27034	27045	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017062	TTAAAA	2	12	49714	49725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017062	TTTTAG	2	12	54334	54345	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017062	ATCAAC	2	12	64270	64281	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017062	TCAAAA	2	12	66072	66083	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017062	TAAAAT	2	12	81807	81818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017062	TTACTA	2	12	91883	91894	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017062	TATCAT	2	12	92057	92068	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017062	TACAAG	2	12	104018	104029	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017062	TAAAAG	2	12	118133	118144	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017062	ATTATA	2	12	118250	118261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017062	TTTTCG	2	12	118784	118795	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017062	CCTAAA	2	12	126764	126775	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017062	TTATAT	2	12	130398	130409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017062	TGAGTA	2	12	133410	133421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017062	TGAATT	2	12	134445	134456	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017062	ATAATT	2	12	154011	154022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017062	TAGAGA	2	12	154547	154558	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017062	ATTGTC	2	12	170270	170281	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017062	TATGTA	2	12	174196	174207	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017062	TAATTT	2	12	185402	185413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017062	TATTTA	2	12	189154	189165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017062	TTTAAT	2	12	192836	192847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017062	ATATTT	2	12	203005	203016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017062	ATTTTA	2	12	204912	204923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017062	TAACTA	2	12	210616	210627	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017062	AATCTT	2	12	226911	226922	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017062	TTATTT	2	12	231133	231144	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017062	TTTTAA	2	12	233923	233934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017062	TCAATT	2	12	249786	249797	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017062	TGAAAT	2	12	253538	253549	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017062	GCTAAA	2	12	255935	255946	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017062	ATAAAA	2	12	256433	256444	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017062	ACAGTA	2	12	259847	259858	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017062	ATTTTC	2	12	261516	261527	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017062	TCAGGA	2	12	265611	265622	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017062	TTGCAA	2	12	268367	268378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017062	AAAATA	2	12	269391	269402	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017062	AATATT	2	12	272718	272729	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017062	AACAAA	2	12	292921	292932	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017062	TATATT	2	12	295223	295234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017062	AAGGAT	2	12	309804	309815	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017062	CTGGTT	2	12	315442	315453	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017062	TAATTT	2	12	321909	321920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017062	TTTATT	2	12	329128	329139	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017062	GCATTA	2	12	334868	334879	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017062	TAAAAG	2	12	337920	337931	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017062	TAAAAA	2	12	342541	342552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017062	CACTTT	2	12	342849	342860	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017062	ATCTTG	2	12	348132	348143	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017062	TAAAAT	2	12	353564	353575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017062	TTAACT	2	12	362539	362550	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017062	TTATAA	2	12	368989	369000	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017062	TGCAAA	2	12	370224	370235	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017062	TATTGG	2	12	380026	380037	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017062	TTTGTG	2	12	383533	383544	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017062	TTTTAA	2	12	403802	403813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017062	CTTATA	2	12	404231	404242	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017062	AATAAA	2	12	409670	409681	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017062	CTTTAA	2	12	409756	409767	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017062	CTTTAT	2	12	424804	424815	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017062	AAGACA	2	12	426668	426679	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017062	TATATC	2	12	439222	439233	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017062	CATTAA	2	12	447989	448000	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017062	TTAGTA	2	12	452173	452184	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017062	GTATTA	2	12	452728	452739	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017062	TGTGTT	2	12	452825	452836	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017062	TTTTTA	2	12	453576	453587	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017062	CATTGA	2	12	474438	474449	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017062	AAAGAA	2	12	479636	479647	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017062	TAAATA	2	12	486605	486616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017062	TAAAAA	2	12	513644	513655	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017062	AAGAAC	2	12	518456	518467	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017062	ATTTTT	2	12	521743	521754	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017062	AATATA	2	12	526573	526584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017062	AAATTT	2	12	530126	530137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017062	TTAATT	2	12	546013	546024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017062	GCAAAA	2	12	556233	556244	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017062	AATATA	2	12	556758	556769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017062	TTAAAG	2	12	565796	565807	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017062	GGTATT	2	12	567206	567217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017062	GAAATG	2	12	571829	571840	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017062	TGTCAT	2	12	584623	584634	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017062	AGCCTC	2	12	593505	593516	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017062	TTTTTA	2	12	593668	593679	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017062	ATAGAA	2	12	599954	599965	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017062	CTAATA	2	12	627476	627487	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017062	AATATT	2	12	632242	632253	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017062	TAGTAT	2	12	637052	637063	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017062	ATCAAA	2	12	647336	647347	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017062	ATTAAA	2	12	650248	650259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017062	TTAATA	2	12	654525	654536	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017062	TGTATT	2	12	654755	654766	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017062	TTTATT	2	12	657947	657958	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017062	TAATAT	2	12	659194	659205	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017062	ATCTAA	2	12	661949	661960	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017062	GATTTT	2	12	668240	668251	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017062	AAAATA	2	12	674655	674666	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017062	ATTTAA	2	12	681539	681550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017062	TTTCTA	2	12	694610	694621	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017062	GTTCTA	2	12	697558	697569	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017062	ACAATA	2	12	699637	699648	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017062	TTTAAA	2	12	699952	699963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017062	ATGAAA	2	12	706385	706396	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017062	TTATAA	2	12	708855	708866	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017062	TATCCA	2	12	711658	711669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017062	TATCAT	2	12	729997	730008	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017062	TATTTT	2	12	744152	744163	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017062	ATGATA	2	12	746385	746396	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017062	AATGAA	2	12	746422	746433	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017062	TTAATA	2	12	750541	750552	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017062	TGATAT	2	12	750562	750573	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017062	ATGATT	2	12	764902	764913	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017062	TTTTTC	2	12	769736	769747	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017062	ATTTTT	2	12	775246	775257	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017062	AATAAG	2	12	780748	780759	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017062	ACTATC	2	12	781897	781908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017062	AATACC	2	12	793456	793467	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017062	TATTTT	2	12	803381	803392	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017062	TAAACC	2	12	803547	803558	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017062	GATTGA	2	12	809685	809696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017062	GTTTAT	2	12	809757	809768	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017062	AATCTA	2	12	810707	810718	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017062	AATAAA	2	12	811340	811351	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017062	TCTTTT	2	12	814007	814018	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017062	ATCTAT	2	12	814218	814229	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017062	CTCAAT	2	12	828080	828091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017062	TAATCT	2	12	832049	832060	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017062	TATTAA	2	12	833632	833643	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.