MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia typhi str. B9991CWPP chromosome

Total Repeats: 435

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017062	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383842825
2	NC_017062	AAAGTA	2	12	1131	1142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383842826
3	NC_017062	ATGCTA	2	12	1657	1668	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842827
4	NC_017062	AGGATA	2	12	3564	3575	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383842829
5	NC_017062	CTAATA	2	12	4461	4472	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383842829
6	NC_017062	TCGATA	2	12	5355	5366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842829
7	NC_017062	AAAATA	2	12	5559	5570	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842829
8	NC_017062	GCAAAA	2	12	9919	9930	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383842833
9	NC_017062	TAAAAA	2	12	10388	10399	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842834
10	NC_017062	AGAAAA	2	12	10523	10534	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383842834
11	NC_017062	ATTAAA	2	12	11541	11552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842835
12	NC_017062	CTAATT	2	12	13139	13150	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383842837
13	NC_017062	CTATAT	2	12	13754	13765	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383842837
14	NC_017062	GAAGAT	2	12	15971	15982	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383842838
15	NC_017062	ATGATA	2	12	16296	16307	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383842838
16	NC_017062	CCTGTA	2	12	16868	16879	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383842838
17	NC_017062	ATTTAA	2	12	17371	17382	50 %	50 %	0 %	0 %	383842838
18	NC_017062	AATTAT	2	12	17594	17605	50 %	50 %	0 %	0 %	383842838
19	NC_017062	CCTATA	2	12	30571	30582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383842850
20	NC_017062	CTTTTA	2	12	30893	30904	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383842850
21	NC_017062	AGTATT	2	12	33619	33630	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383842851
22	NC_017062	ACTGTT	2	12	35527	35538	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842851
23	NC_017062	ATCTTT	2	12	37965	37976	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383842852
24	NC_017062	TGGAAT	2	12	38571	38582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842852
25	NC_017062	ATTAGC	2	12	38814	38825	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842852
26	NC_017062	GTATTA	2	12	41330	41341	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383842854
27	NC_017062	TATTTT	2	12	41364	41375	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383842854
28	NC_017062	CACCTC	2	12	42066	42077	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	383842854
29	NC_017062	ACTAAA	2	12	42964	42975	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842854
30	NC_017062	CTAAAG	2	12	43623	43634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383842854
31	NC_017062	TCTATC	2	12	43786	43797	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842854
32	NC_017062	TAGCAA	2	12	43953	43964	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383842854
33	NC_017062	GTTCTA	2	12	46908	46919	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842855
34	NC_017062	AATTTT	2	12	51963	51974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842861
35	NC_017062	AAATCA	2	12	55717	55728	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842865
36	NC_017062	ACTAAA	2	12	58543	58554	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842867
37	NC_017062	TGAAGA	2	12	60354	60365	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383842869
38	NC_017062	TAATTT	2	12	62096	62107	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842870
39	NC_017062	ATTAAT	2	12	65492	65503	50 %	50 %	0 %	0 %	383842872
40	NC_017062	GCCTAC	2	12	68397	68408	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383842873
41	NC_017062	TGCTGA	2	12	72291	72302	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383842873
42	NC_017062	TAAAAA	2	12	81933	81944	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842883
43	NC_017062	TACCTT	2	12	85261	85272	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842885
44	NC_017062	GCTTGA	2	12	87167	87178	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383842886
45	NC_017062	TGCTTC	2	12	87313	87324	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383842886
46	NC_017062	TCAGGA	2	12	87539	87550	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383842886
47	NC_017062	AATTTC	2	12	88100	88111	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383842887
48	NC_017062	AAATCA	2	12	88275	88286	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842887
49	NC_017062	AATATT	2	12	89204	89215	50 %	50 %	0 %	0 %	383842887
50	NC_017062	ACGATC	2	12	90628	90639	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383842888
51	NC_017062	TCTTCA	2	12	93451	93462	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842890
52	NC_017062	GCATTT	2	12	95193	95204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842892
53	NC_017062	GTAGTT	2	12	97295	97306	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383842894
54	NC_017062	TCTATT	2	12	97573	97584	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383842895
55	NC_017062	TACTCC	2	12	100450	100461	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383842898
56	NC_017062	ATGCTA	2	12	105257	105268	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842901
57	NC_017062	ATGCTA	3	18	105606	105623	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842901
58	NC_017062	ACAAGT	2	12	105952	105963	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383842902
59	NC_017062	TCACTA	2	12	108007	108018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383842904
60	NC_017062	TCTTGC	2	12	116284	116295	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383842910
61	NC_017062	ATTCAG	2	12	116758	116769	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842911
62	NC_017062	ACAGAT	2	12	119137	119148	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383842914
63	NC_017062	CAAAAA	2	12	119734	119745	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	383842914
64	NC_017062	ATAAAT	2	12	120719	120730	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842915
65	NC_017062	ATCTTC	2	12	122334	122345	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842916
66	NC_017062	TAAGAA	2	12	122721	122732	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383842916
67	NC_017062	ACGCTC	2	12	122859	122870	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383842916
68	NC_017062	TAAAAA	2	12	127930	127941	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842918
69	NC_017062	ACAAAA	2	12	133559	133570	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	383842922
70	NC_017062	TATATG	2	12	137205	137216	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383842924
71	NC_017062	ATTTTT	2	12	138698	138709	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383842926
72	NC_017062	TTCTAA	2	12	139605	139616	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383842927
73	NC_017062	TAGAAT	2	12	141060	141071	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383842930
74	NC_017062	TACAAA	2	12	141457	141468	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842931
75	NC_017062	TCAAAA	2	12	141596	141607	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383842931
76	NC_017062	ATTGAG	2	12	143858	143869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842932
77	NC_017062	AAAGAA	2	12	146500	146511	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383842934
78	NC_017062	TCAAGC	2	12	146517	146528	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383842934
79	NC_017062	GGTGAT	2	12	147623	147634	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383842935
80	NC_017062	TTAGAG	2	12	151704	151715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842940
81	NC_017062	AACTAC	2	12	155132	155143	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383842944
82	NC_017062	GAGCAA	2	12	155223	155234	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383842944
83	NC_017062	ATAAAA	2	12	156640	156651	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842944
84	NC_017062	TTTTTA	2	12	157668	157679	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383842945
85	NC_017062	GTTTCA	2	12	158273	158284	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842946
86	NC_017062	GCAGAA	2	12	160770	160781	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383842950
87	NC_017062	CTATTG	2	12	164541	164552	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842951
88	NC_017062	TTTCTT	2	12	176882	176893	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383842957
89	NC_017062	TAACTC	2	12	177617	177628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383842957
90	NC_017062	ATAAAA	2	12	178426	178437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383842957
91	NC_017062	ATCTGG	2	12	182380	182391	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383842962
92	NC_017062	AACATT	2	12	187462	187473	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383842967
93	NC_017062	TATAAA	2	12	187516	187527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842968
94	NC_017062	TGATGG	2	12	191180	191191	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383842971
95	NC_017062	CTTTAG	2	12	191590	191601	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842971
96	NC_017062	ATATTT	2	12	192579	192590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842971
97	NC_017062	CACTAC	2	12	206728	206739	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383842985
98	NC_017062	AAAGCA	2	12	211699	211710	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383842987
99	NC_017062	TAATGC	2	12	211989	212000	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842987
100	NC_017062	ATTATA	2	12	212422	212433	50 %	50 %	0 %	0 %	383842988
101	NC_017062	GTATCT	2	12	214306	214317	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383842990
102	NC_017062	TTCTAC	2	12	216786	216797	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383842991
103	NC_017062	ATTAGG	2	12	217206	217217	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842991
104	NC_017062	TTCTTT	2	12	220929	220940	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383842994
105	NC_017062	CTTCTC	2	12	222316	222327	0 %	50 %	0 %	50 %	383842995
106	NC_017062	TTAAAT	2	12	237001	237012	50 %	50 %	0 %	0 %	383843004
107	NC_017062	AAGGAG	2	12	237472	237483	50 %	0 %	50 %	0 %	383843004
108	NC_017062	AAATAA	2	12	240757	240768	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383843008
109	NC_017062	ATTAAT	2	12	241889	241900	50 %	50 %	0 %	0 %	383843010
110	NC_017062	AATCTC	2	12	242168	242179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383843010
111	NC_017062	TAAGAA	2	12	247319	247330	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383843014
112	NC_017062	TTAAAG	2	12	251987	251998	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383843016
113	NC_017062	CTAAAG	2	12	255107	255118	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383843018
114	NC_017062	TAAAAA	2	12	260572	260583	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383843020
115	NC_017062	GAAAAT	2	12	261778	261789	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383843021
116	NC_017062	TAATTT	2	12	264947	264958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383843022
117	NC_017062	TTTTGC	2	12	269115	269126	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383843026
118	NC_017062	ATTTTC	2	12	272492	272503	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383843029
119	NC_017062	GGGATA	2	12	273211	273222	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383843030
120	NC_017062	GGCAAT	2	12	274219	274230	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383843030
121	NC_017062	TTGTTC	2	12	276996	277007	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383843031
122	NC_017062	AATGAA	2	12	280989	281000	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383843035
123	NC_017062	CTTTAG	2	12	281803	281814	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383843035
124	NC_017062	TGATAT	2	12	282125	282136	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383843035
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127	NC_017062	CAAGAT	2	12	286522	286533	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383843038
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138	NC_017062	ATAATT	2	12	308115	308126	50 %	50 %	0 %	0 %	383843060
139	NC_017062	TAAGAA	2	12	308527	308538	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383843060
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219	NC_017062	TTCAGC	2	12	518233	518244	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383843223
220	NC_017062	AGAACA	2	12	518737	518748	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383843224
221	NC_017062	TAGGTA	2	12	520390	520401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383843225
222	NC_017062	TCCTAT	2	12	520463	520474	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383843225
223	NC_017062	AGTACC	2	12	520499	520510	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383843225
224	NC_017062	ACCGTT	2	12	522439	522450	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383843226
225	NC_017062	TTCTTT	2	12	523697	523708	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383843228
226	NC_017062	CAAGTC	2	12	524615	524626	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383843230
227	NC_017062	AAACTG	2	12	525561	525572	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383843230
228	NC_017062	AGTTAT	2	12	526101	526112	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383843231
229	NC_017062	TTATTT	2	12	526391	526402	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383843231
230	NC_017062	AAAGTT	2	12	529598	529609	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383843235
231	NC_017062	TTTTAC	2	12	531030	531041	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383843236
232	NC_017062	TTTTGC	2	12	531168	531179	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383843236
233	NC_017062	TACCTC	2	12	532489	532500	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383843237
234	NC_017062	CGTAAT	2	12	533806	533817	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383843239
235	NC_017062	CTATTG	2	12	535629	535640	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383843242
236	NC_017062	AATCTT	2	12	539646	539657	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383843245
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240	NC_017062	TCAATC	2	12	547332	547343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383843250
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347	NC_017062	CCATGA	2	12	825988	825999	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383843447
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349	NC_017062	TTAGCA	2	12	828671	828682	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383843451
350	NC_017062	TTTTGC	2	12	830470	830481	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383843453
351	NC_017062	CTCAAA	2	12	832284	832295	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383843455
352	NC_017062	TCTTAA	2	12	833594	833605	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383843455
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354	NC_017062	TTATAG	2	12	844110	844121	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383843464
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.