MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia typhi str. B9991CWPP chromosome

Total Repeats: 1190

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017062	TAACG	2	10	992	1001	40 %	20 %	20 %	20 %	383842826
2	NC_017062	TTAAT	2	10	1883	1892	40 %	60 %	0 %	0 %	383842827
3	NC_017062	TTTTA	2	10	2444	2453	20 %	80 %	0 %	0 %	383842828
4	NC_017062	ATTTA	2	10	2797	2806	40 %	60 %	0 %	0 %	383842828
5	NC_017062	GCAAA	2	10	3254	3263	60 %	0 %	20 %	20 %	383842829
6	NC_017062	TAAAT	2	10	4753	4762	60 %	40 %	0 %	0 %	383842829
7	NC_017062	GTAGT	2	10	5064	5073	20 %	40 %	40 %	0 %	383842829
8	NC_017062	AATAC	2	10	6715	6724	60 %	20 %	0 %	20 %	383842830
9	NC_017062	AAACC	2	10	7874	7883	60 %	0 %	0 %	40 %	383842832
10	NC_017062	TGATT	2	10	8222	8231	20 %	60 %	20 %	0 %	383842832
11	NC_017062	ATTTA	2	10	8936	8945	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017062	CGAGA	2	10	9646	9655	40 %	0 %	40 %	20 %	383842833
13	NC_017062	TACAT	2	10	13912	13921	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017062	AAAGT	2	10	14397	14406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017062	TGACA	2	10	14923	14932	40 %	20 %	20 %	20 %	383842838
16	NC_017062	TCAAT	2	10	15496	15505	40 %	40 %	0 %	20 %	383842838
17	NC_017062	TGAAT	2	10	15550	15559	40 %	40 %	20 %	0 %	383842838
18	NC_017062	AGATA	2	10	17506	17515	60 %	20 %	20 %	0 %	383842838
19	NC_017062	ATTTA	2	10	18372	18381	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017062	TTAAT	2	10	19001	19010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017062	TATTT	2	10	20675	20684	20 %	80 %	0 %	0 %	383842840
22	NC_017062	TCCTC	2	10	22734	22743	0 %	40 %	0 %	60 %	383842843
23	NC_017062	AAACC	2	10	23375	23384	60 %	0 %	0 %	40 %	383842843
24	NC_017062	ATAGC	2	10	24628	24637	40 %	20 %	20 %	20 %	383842844
25	NC_017062	ATGCT	2	10	25341	25350	20 %	40 %	20 %	20 %	383842845
26	NC_017062	AATTA	2	10	26708	26717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017062	TTTAT	2	10	26942	26951	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017062	TGATA	2	10	27699	27708	40 %	40 %	20 %	0 %	383842848
29	NC_017062	AATGA	2	10	27793	27802	60 %	20 %	20 %	0 %	383842848
30	NC_017062	TTTGT	2	10	28009	28018	0 %	80 %	20 %	0 %	383842848
31	NC_017062	TATTT	2	10	29838	29847	20 %	80 %	0 %	0 %	383842850
32	NC_017062	CTTTG	2	10	31524	31533	0 %	60 %	20 %	20 %	383842850
33	NC_017062	ACCAT	2	10	32850	32859	40 %	20 %	0 %	40 %	383842850
34	NC_017062	GCAAT	2	10	36482	36491	40 %	20 %	20 %	20 %	383842852
35	NC_017062	TATAT	2	10	37707	37716	40 %	60 %	0 %	0 %	383842852
36	NC_017062	AAACT	2	10	38171	38180	60 %	20 %	0 %	20 %	383842852
37	NC_017062	AAAAC	2	10	40812	40821	80 %	0 %	0 %	20 %	383842853
38	NC_017062	TTTCT	2	10	41488	41497	0 %	80 %	0 %	20 %	383842854
39	NC_017062	AAGTA	2	10	43021	43030	60 %	20 %	20 %	0 %	383842854
40	NC_017062	TCTTG	2	10	43439	43448	0 %	60 %	20 %	20 %	383842854
41	NC_017062	ATTAT	2	10	44631	44640	40 %	60 %	0 %	0 %	383842855
42	NC_017062	TAAAA	2	10	45598	45607	80 %	20 %	0 %	0 %	383842855
43	NC_017062	ATATA	2	10	47207	47216	60 %	40 %	0 %	0 %	383842856
44	NC_017062	GATTT	2	10	48602	48611	20 %	60 %	20 %	0 %	383842857
45	NC_017062	ACTAA	2	10	50136	50145	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017062	ATCAT	2	10	51385	51394	40 %	40 %	0 %	20 %	383842861
47	NC_017062	ACAAG	2	10	52305	52314	60 %	0 %	20 %	20 %	383842862
48	NC_017062	AATTC	2	10	54423	54432	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017062	TATTG	2	10	54512	54521	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017062	ATCTT	2	10	54592	54601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017062	ATTAT	2	10	54727	54736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017062	TTTCA	2	10	55067	55076	20 %	60 %	0 %	20 %	383842864
53	NC_017062	GTAAT	2	10	55428	55437	40 %	40 %	20 %	0 %	383842864
54	NC_017062	TACTT	2	10	55896	55905	20 %	60 %	0 %	20 %	383842865
55	NC_017062	ATTAA	2	10	56516	56525	60 %	40 %	0 %	0 %	383842866
56	NC_017062	GTTTT	2	10	56593	56602	0 %	80 %	20 %	0 %	383842866
57	NC_017062	TATTT	2	10	57287	57296	20 %	80 %	0 %	0 %	383842866
58	NC_017062	TTTAT	2	10	59552	59561	20 %	80 %	0 %	0 %	383842869
59	NC_017062	TTTGC	2	10	65185	65194	0 %	60 %	20 %	20 %	383842872
60	NC_017062	AAATT	2	10	67638	67647	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017062	ATGGA	2	10	70499	70508	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
62	NC_017062	ATGGA	2	10	70649	70658	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
63	NC_017062	ATGGA	2	10	70799	70808	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
64	NC_017062	ATGGA	2	10	70949	70958	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
65	NC_017062	ATGGA	2	10	71099	71108	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
66	NC_017062	ATGGA	2	10	71249	71258	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
67	NC_017062	ATGGA	2	10	71399	71408	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
68	NC_017062	ATGGA	2	10	71549	71558	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
69	NC_017062	ATGGA	2	10	71699	71708	40 %	20 %	40 %	0 %	383842873
70	NC_017062	AAAGA	2	10	71908	71917	80 %	0 %	20 %	0 %	383842873
71	NC_017062	AAATC	2	10	72685	72694	60 %	20 %	0 %	20 %	383842873
72	NC_017062	TAGTA	2	10	73240	73249	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017062	AATAA	2	10	73609	73618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017062	AAATT	2	10	74032	74041	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017062	ACTAA	2	10	76230	76239	60 %	20 %	0 %	20 %	383842876
76	NC_017062	AATTA	2	10	79120	79129	60 %	40 %	0 %	0 %	383842879
77	NC_017062	ATTTT	2	10	81705	81714	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017062	TCTTT	2	10	82310	82319	0 %	80 %	0 %	20 %	383842883
79	NC_017062	TATAC	2	10	84430	84439	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017062	GAATA	2	10	84561	84570	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017062	TGATT	2	10	85574	85583	20 %	60 %	20 %	0 %	383842885
82	NC_017062	TTTGT	2	10	90738	90747	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017062	GTAGC	2	10	90762	90771	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017062	TAATG	2	10	91863	91872	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017062	TAATT	2	10	95737	95746	40 %	60 %	0 %	0 %	383842893
86	NC_017062	ATTTA	2	10	96084	96093	40 %	60 %	0 %	0 %	383842893
87	NC_017062	TTTTA	2	10	96441	96450	20 %	80 %	0 %	0 %	383842893
88	NC_017062	TTTTA	2	10	96489	96498	20 %	80 %	0 %	0 %	383842893
89	NC_017062	CATTG	2	10	96905	96914	20 %	40 %	20 %	20 %	383842894
90	NC_017062	TGTAT	2	10	98817	98826	20 %	60 %	20 %	0 %	383842896
91	NC_017062	ATATA	2	10	99415	99424	60 %	40 %	0 %	0 %	383842896
92	NC_017062	AGAAA	2	10	99796	99805	80 %	0 %	20 %	0 %	383842897
93	NC_017062	AATTT	2	10	99806	99815	40 %	60 %	0 %	0 %	383842897
94	NC_017062	TATTG	2	10	100184	100193	20 %	60 %	20 %	0 %	383842897
95	NC_017062	CAAAA	2	10	100640	100649	80 %	0 %	0 %	20 %	383842898
96	NC_017062	AAATA	2	10	101827	101836	80 %	20 %	0 %	0 %	383842899
97	NC_017062	CAACC	2	10	102204	102213	40 %	0 %	0 %	60 %	383842899
98	NC_017062	TATAA	2	10	104889	104898	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017062	TTAGC	2	10	106395	106404	20 %	40 %	20 %	20 %	383842903
100	NC_017062	TAATA	2	10	106705	106714	60 %	40 %	0 %	0 %	383842903
101	NC_017062	TAATA	2	10	106781	106790	60 %	40 %	0 %	0 %	383842904
102	NC_017062	CATAG	2	10	107397	107406	40 %	20 %	20 %	20 %	383842904
103	NC_017062	ATTAA	2	10	108418	108427	60 %	40 %	0 %	0 %	383842904
104	NC_017062	TTTAA	2	10	108641	108650	40 %	60 %	0 %	0 %	383842905
105	NC_017062	TAACA	2	10	109714	109723	60 %	20 %	0 %	20 %	383842905
106	NC_017062	ATTTT	2	10	109835	109844	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017062	TTTTA	2	10	110701	110710	20 %	80 %	0 %	0 %	383842906
108	NC_017062	TTAGT	2	10	111005	111014	20 %	60 %	20 %	0 %	383842907
109	NC_017062	GATAT	2	10	111500	111509	40 %	40 %	20 %	0 %	383842907
110	NC_017062	AGGTA	2	10	115414	115423	40 %	20 %	40 %	0 %	383842910
111	NC_017062	ATATT	2	10	116555	116564	40 %	60 %	0 %	0 %	383842910
112	NC_017062	ATGTT	2	10	118832	118841	20 %	60 %	20 %	0 %	383842914
113	NC_017062	ATAAA	2	10	119030	119039	80 %	20 %	0 %	0 %	383842914
114	NC_017062	GTTAT	2	10	119062	119071	20 %	60 %	20 %	0 %	383842914
115	NC_017062	AATTT	2	10	120995	121004	40 %	60 %	0 %	0 %	383842915
116	NC_017062	CTTTA	2	10	122319	122328	20 %	60 %	0 %	20 %	383842916
117	NC_017062	TCATA	2	10	123152	123161	40 %	40 %	0 %	20 %	383842916
118	NC_017062	CAATT	2	10	123312	123321	40 %	40 %	0 %	20 %	383842916
119	NC_017062	TATTT	2	10	124317	124326	20 %	80 %	0 %	0 %	383842916
120	NC_017062	TTGCT	2	10	129861	129870	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017062	AATTT	2	10	130145	130154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017062	AATAA	2	10	130219	130228	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017062	ATTGC	2	10	131070	131079	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017062	TAAGC	2	10	131156	131165	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017062	TTTTA	2	10	133125	133134	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017062	CATTA	2	10	134315	134324	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017062	GTATG	2	10	135142	135151	20 %	40 %	40 %	0 %	383842923
128	NC_017062	AAACC	2	10	137364	137373	60 %	0 %	0 %	40 %	383842924
129	NC_017062	ATGAT	2	10	137490	137499	40 %	40 %	20 %	0 %	383842924
130	NC_017062	TATAG	2	10	139419	139428	40 %	40 %	20 %	0 %	383842926
131	NC_017062	GTTTG	2	10	139852	139861	0 %	60 %	40 %	0 %	383842928
132	NC_017062	TTTTA	2	10	140074	140083	20 %	80 %	0 %	0 %	383842928
133	NC_017062	TAAAA	2	10	141258	141267	80 %	20 %	0 %	0 %	383842930
134	NC_017062	ATTTA	2	10	141325	141334	40 %	60 %	0 %	0 %	383842931
135	NC_017062	TATTT	2	10	141946	141955	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017062	ATATT	2	10	142843	142852	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017062	TAAAC	2	10	143297	143306	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017062	TATCA	2	10	144487	144496	40 %	40 %	0 %	20 %	383842932
139	NC_017062	ATATT	2	10	144802	144811	40 %	60 %	0 %	0 %	383842933
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263	NC_017062	GGTAT	2	10	273576	273585	20 %	40 %	40 %	0 %	383843030
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270	NC_017062	TAAAA	2	10	278628	278637	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_017062	ATTAA	2	10	278747	278756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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