MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA1

Total Repeats: 371

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017060	CATAA	2	10	5113	5122	60 %	20 %	0 %	20 %	384527590
2	NC_017060	GCGGT	2	10	5747	5756	0 %	20 %	60 %	20 %	384527591
3	NC_017060	ACGCC	2	10	7700	7709	20 %	0 %	20 %	60 %	384527593
4	NC_017060	TCATT	2	10	8434	8443	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017060	TTCGC	2	10	13992	14001	0 %	40 %	20 %	40 %	384527599
6	NC_017060	GCGCA	2	10	14333	14342	20 %	0 %	40 %	40 %	384527599
7	NC_017060	GGTCA	2	10	14932	14941	20 %	20 %	40 %	20 %	384527600
8	NC_017060	GCAAA	2	10	15141	15150	60 %	0 %	20 %	20 %	384527600
9	NC_017060	CGCGC	2	10	17028	17037	0 %	0 %	40 %	60 %	384527602
10	NC_017060	CCATA	2	10	18319	18328	40 %	20 %	0 %	40 %	384527603
11	NC_017060	CGCAG	2	10	18683	18692	20 %	0 %	40 %	40 %	384527603
12	NC_017060	CAGCG	2	10	20929	20938	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017060	AGCCG	2	10	23282	23291	20 %	0 %	40 %	40 %	384527606
14	NC_017060	GTTTT	2	10	26156	26165	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017060	CGCTT	2	10	30492	30501	0 %	40 %	20 %	40 %	384527613
16	NC_017060	GCACC	2	10	30842	30851	20 %	0 %	20 %	60 %	384527613
17	NC_017060	AGCAC	2	10	32407	32416	40 %	0 %	20 %	40 %	384527614
18	NC_017060	ATGTC	2	10	34850	34859	20 %	40 %	20 %	20 %	384527616
19	NC_017060	ACGGT	2	10	35717	35726	20 %	20 %	40 %	20 %	384527617
20	NC_017060	GCCGT	2	10	36481	36490	0 %	20 %	40 %	40 %	384527617
21	NC_017060	TGCTG	2	10	36966	36975	0 %	40 %	40 %	20 %	384527617
22	NC_017060	GCTCG	2	10	37217	37226	0 %	20 %	40 %	40 %	384527618
23	NC_017060	TGGCA	2	10	40699	40708	20 %	20 %	40 %	20 %	384527621
24	NC_017060	CTGAA	2	10	40897	40906	40 %	20 %	20 %	20 %	384527621
25	NC_017060	GCGCA	2	10	41517	41526	20 %	0 %	40 %	40 %	384527621
26	NC_017060	GCTGA	2	10	44123	44132	20 %	20 %	40 %	20 %	384527622
27	NC_017060	ATGAA	2	10	44316	44325	60 %	20 %	20 %	0 %	384527622
28	NC_017060	CGGCG	2	10	50295	50304	0 %	0 %	60 %	40 %	384527627
29	NC_017060	TGGCG	2	10	50444	50453	0 %	20 %	60 %	20 %	384527627
30	NC_017060	GATGG	2	10	50588	50597	20 %	20 %	60 %	0 %	384527627
31	NC_017060	ATCAC	2	10	54180	54189	40 %	20 %	0 %	40 %	384527630
32	NC_017060	AATTT	2	10	55549	55558	40 %	60 %	0 %	0 %	384527631
33	NC_017060	TGTGT	2	10	55616	55625	0 %	60 %	40 %	0 %	384527631
34	NC_017060	TCAGC	2	10	57366	57375	20 %	20 %	20 %	40 %	384527633
35	NC_017060	ATCAG	2	10	57895	57904	40 %	20 %	20 %	20 %	384527634
36	NC_017060	CCGCG	2	10	60016	60025	0 %	0 %	40 %	60 %	384527636
37	NC_017060	CGCGG	2	10	61505	61514	0 %	0 %	60 %	40 %	384527637
38	NC_017060	TTTTA	2	10	65516	65525	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017060	GATGT	2	10	65822	65831	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017060	CCGAG	2	10	67716	67725	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017060	CTAAA	2	10	68207	68216	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017060	TGATG	2	10	69949	69958	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017060	TTAAG	2	10	69975	69984	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017060	ATTTC	2	10	70489	70498	20 %	60 %	0 %	20 %	384527645
45	NC_017060	TTTTC	2	10	70708	70717	0 %	80 %	0 %	20 %	384527645
46	NC_017060	ATTTC	2	10	70820	70829	20 %	60 %	0 %	20 %	384527645
47	NC_017060	AAGTA	2	10	71021	71030	60 %	20 %	20 %	0 %	384527645
48	NC_017060	GGAAA	2	10	71640	71649	60 %	0 %	40 %	0 %	384527646
49	NC_017060	CCATC	2	10	76196	76205	20 %	20 %	0 %	60 %	384527649
50	NC_017060	GTGAC	2	10	79187	79196	20 %	20 %	40 %	20 %	384527653
51	NC_017060	CTGCC	2	10	83686	83695	0 %	20 %	20 %	60 %	384527659
52	NC_017060	GCGCC	2	10	83732	83741	0 %	0 %	40 %	60 %	384527659
53	NC_017060	CGCGG	2	10	85343	85352	0 %	0 %	60 %	40 %	384527661
54	NC_017060	AGACC	2	10	86870	86879	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017060	GTTTT	2	10	86884	86893	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017060	CGCGC	2	10	86937	86946	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
57	NC_017060	GCCGC	2	10	86971	86980	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
58	NC_017060	CAGCG	2	10	87478	87487	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017060	TTGCG	2	10	88148	88157	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017060	AGCGG	2	10	88625	88634	20 %	0 %	60 %	20 %	384527663
61	NC_017060	CAGCG	2	10	92746	92755	20 %	0 %	40 %	40 %	384527666
62	NC_017060	GGTCA	2	10	92794	92803	20 %	20 %	40 %	20 %	384527666
63	NC_017060	GCAAG	2	10	94490	94499	40 %	0 %	40 %	20 %	384527669
64	NC_017060	GAAAA	2	10	96865	96874	80 %	0 %	20 %	0 %	384527672
65	NC_017060	CAGCA	2	10	98793	98802	40 %	0 %	20 %	40 %	384527675
66	NC_017060	GGTCA	2	10	100785	100794	20 %	20 %	40 %	20 %	384527678
67	NC_017060	GTGAT	2	10	102937	102946	20 %	40 %	40 %	0 %	384527682
68	NC_017060	GAAAT	2	10	105742	105751	60 %	20 %	20 %	0 %	384527685
69	NC_017060	GTGAA	2	10	105757	105766	40 %	20 %	40 %	0 %	384527685
70	NC_017060	TACGT	2	10	107238	107247	20 %	40 %	20 %	20 %	384527686
71	NC_017060	TTTGC	2	10	108520	108529	0 %	60 %	20 %	20 %	384527688
72	NC_017060	CGGGT	2	10	108936	108945	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017060	GGCCG	2	10	109714	109723	0 %	0 %	60 %	40 %	384527689
74	NC_017060	TCTGC	2	10	113925	113934	0 %	40 %	20 %	40 %	384527693
75	NC_017060	GCGAA	2	10	115486	115495	40 %	0 %	40 %	20 %	384527693
76	NC_017060	CACCG	2	10	116157	116166	20 %	0 %	20 %	60 %	384527694
77	NC_017060	TGAAC	2	10	117762	117771	40 %	20 %	20 %	20 %	384527695
78	NC_017060	CTGCC	2	10	117917	117926	0 %	20 %	20 %	60 %	384527695
79	NC_017060	GCGCT	2	10	119306	119315	0 %	20 %	40 %	40 %	384527696
80	NC_017060	AATGA	2	10	121653	121662	60 %	20 %	20 %	0 %	384527697
81	NC_017060	CGGTA	2	10	121962	121971	20 %	20 %	40 %	20 %	384527698
82	NC_017060	AGAAC	2	10	123933	123942	60 %	0 %	20 %	20 %	384527699
83	NC_017060	GAAAT	2	10	124807	124816	60 %	20 %	20 %	0 %	384527699
84	NC_017060	TACGG	2	10	125757	125766	20 %	20 %	40 %	20 %	384527701
85	NC_017060	TGCCG	2	10	125917	125926	0 %	20 %	40 %	40 %	384527701
86	NC_017060	AACGG	2	10	126010	126019	40 %	0 %	40 %	20 %	384527701
87	NC_017060	AAAAC	2	10	132954	132963	80 %	0 %	0 %	20 %	384527705
88	NC_017060	AATCT	2	10	137829	137838	40 %	40 %	0 %	20 %	384527708
89	NC_017060	TTCAG	2	10	138110	138119	20 %	40 %	20 %	20 %	384527709
90	NC_017060	AAAGG	2	10	138144	138153	60 %	0 %	40 %	0 %	384527709
91	NC_017060	GCAGT	2	10	139904	139913	20 %	20 %	40 %	20 %	384527711
92	NC_017060	CTGGC	2	10	142259	142268	0 %	20 %	40 %	40 %	384527712
93	NC_017060	AACTC	2	10	142876	142885	40 %	20 %	0 %	40 %	384527712
94	NC_017060	CAGCT	2	10	143174	143183	20 %	20 %	20 %	40 %	384527712
95	NC_017060	CTGTC	2	10	143955	143964	0 %	40 %	20 %	40 %	384527713
96	NC_017060	CAGCG	2	10	146056	146065	20 %	0 %	40 %	40 %	384527714
97	NC_017060	GCGCC	2	10	147827	147836	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
98	NC_017060	CGCGC	2	10	148622	148631	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_017060	ACGGC	2	10	149236	149245	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017060	TGCAT	2	10	149452	149461	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017060	ATTAT	2	10	156728	156737	40 %	60 %	0 %	0 %	384527721
102	NC_017060	ATCAT	2	10	157091	157100	40 %	40 %	0 %	20 %	384527721
103	NC_017060	CGCAT	2	10	157345	157354	20 %	20 %	20 %	40 %	384527721
104	NC_017060	TCGCT	2	10	157878	157887	0 %	40 %	20 %	40 %	384527722
105	NC_017060	TTCCC	2	10	159664	159673	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_017060	GGCAT	2	10	160530	160539	20 %	20 %	40 %	20 %	384527724
107	NC_017060	GCTTT	2	10	161000	161009	0 %	60 %	20 %	20 %	384527724
108	NC_017060	GTGAT	2	10	161476	161485	20 %	40 %	40 %	0 %	384527725
109	NC_017060	ACTGG	2	10	161804	161813	20 %	20 %	40 %	20 %	384527725
110	NC_017060	ACCCC	2	10	162609	162618	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
111	NC_017060	TCGCG	2	10	166324	166333	0 %	20 %	40 %	40 %	384527729
112	NC_017060	GGCGC	2	10	166877	166886	0 %	0 %	60 %	40 %	384527730
113	NC_017060	GTATC	2	10	173030	173039	20 %	40 %	20 %	20 %	384527736
114	NC_017060	GCCTG	2	10	175636	175645	0 %	20 %	40 %	40 %	384527738
115	NC_017060	GGCGT	2	10	176979	176988	0 %	20 %	60 %	20 %	384527739
116	NC_017060	CGATG	2	10	180143	180152	20 %	20 %	40 %	20 %	384527743
117	NC_017060	CGGCG	2	10	182812	182821	0 %	0 %	60 %	40 %	384527746
118	NC_017060	GCGCA	2	10	184019	184028	20 %	0 %	40 %	40 %	384527748
119	NC_017060	TGTGC	2	10	184918	184927	0 %	40 %	40 %	20 %	384527748
120	NC_017060	CAAGG	2	10	186842	186851	40 %	0 %	40 %	20 %	384527750
121	NC_017060	CTGTA	2	10	187470	187479	20 %	40 %	20 %	20 %	384527751
122	NC_017060	AAGGC	2	10	188617	188626	40 %	0 %	40 %	20 %	384527753
123	NC_017060	ATTTT	2	10	189053	189062	20 %	80 %	0 %	0 %	384527753
124	NC_017060	ATAAA	2	10	191132	191141	80 %	20 %	0 %	0 %	384527755
125	NC_017060	GCCCC	2	10	191264	191273	0 %	0 %	20 %	80 %	384527756
126	NC_017060	TCTGC	2	10	193072	193081	0 %	40 %	20 %	40 %	384527757
127	NC_017060	ACTGA	2	10	194219	194228	40 %	20 %	20 %	20 %	384527759
128	NC_017060	CATTG	2	10	194702	194711	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017060	TGGGG	2	10	196179	196188	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017060	CGGCT	2	10	197143	197152	0 %	20 %	40 %	40 %	384527762
131	NC_017060	ATTTC	2	10	197319	197328	20 %	60 %	0 %	20 %	384527762
132	NC_017060	TGGCC	2	10	202903	202912	0 %	20 %	40 %	40 %	384527768
133	NC_017060	CACAA	2	10	204136	204145	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_017060	GAATG	2	10	205044	205053	40 %	20 %	40 %	0 %	384527771
135	NC_017060	TTTTA	2	10	206068	206077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017060	CCGCG	2	10	207146	207155	0 %	0 %	40 %	60 %	384527774
137	NC_017060	CCAAA	2	10	207250	207259	60 %	0 %	0 %	40 %	384527774
138	NC_017060	GCGCA	2	10	209563	209572	20 %	0 %	40 %	40 %	384527775
139	NC_017060	AATCA	2	10	210485	210494	60 %	20 %	0 %	20 %	384527776
140	NC_017060	GACGC	2	10	212925	212934	20 %	0 %	40 %	40 %	384527779
141	NC_017060	TTATT	2	10	214516	214525	20 %	80 %	0 %	0 %	384527781
142	NC_017060	ATGCC	2	10	215972	215981	20 %	20 %	20 %	40 %	384527782
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147	NC_017060	CTGCA	2	10	224731	224740	20 %	20 %	20 %	40 %	384527790
148	NC_017060	GCGAT	2	10	226790	226799	20 %	20 %	40 %	20 %	384527794
149	NC_017060	ATTTT	2	10	229286	229295	20 %	80 %	0 %	0 %	384527797
150	NC_017060	CTCAT	2	10	230752	230761	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
151	NC_017060	GCGCC	2	10	231461	231470	0 %	0 %	40 %	60 %	384527802
152	NC_017060	CATTA	2	10	231643	231652	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_017060	GCTGA	2	10	232255	232264	20 %	20 %	40 %	20 %	384527804
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155	NC_017060	GGAAG	2	10	238594	238603	40 %	0 %	60 %	0 %	384527811
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159	NC_017060	ATGTG	2	10	248507	248516	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017060	GCTTT	2	10	249557	249566	0 %	60 %	20 %	20 %	384527822
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176	NC_017060	TTTAT	2	10	277041	277050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017060	TAATC	2	10	277090	277099	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_017060	GATCT	2	10	300026	300035	20 %	40 %	20 %	20 %	384527865
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230	NC_017060	GGCGC	2	10	371336	371345	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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239	NC_017060	AACAG	2	10	381509	381518	60 %	0 %	20 %	20 %	384527938
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247	NC_017060	GCACC	2	10	385707	385716	20 %	0 %	20 %	60 %	384527941
248	NC_017060	ATAAC	2	10	387857	387866	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
249	NC_017060	ATAAA	2	10	388534	388543	80 %	20 %	0 %	0 %	384527944
250	NC_017060	CTGAC	2	10	390450	390459	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
251	NC_017060	AAACC	2	10	391937	391946	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
252	NC_017060	TTCTG	2	10	397720	397729	0 %	60 %	20 %	20 %	384527949
253	NC_017060	GCGCA	2	10	406162	406171	20 %	0 %	40 %	40 %	384527955
254	NC_017060	ACCCA	2	10	407621	407630	40 %	0 %	0 %	60 %	384527957
255	NC_017060	ACGGC	2	10	407867	407876	20 %	0 %	40 %	40 %	384527957
256	NC_017060	GTACG	2	10	408720	408729	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
257	NC_017060	TGGAT	2	10	413140	413149	20 %	40 %	40 %	0 %	384527961
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261	NC_017060	CGTGA	2	10	417787	417796	20 %	20 %	40 %	20 %	384527969
262	NC_017060	GCGCC	2	10	418487	418496	0 %	0 %	40 %	60 %	384527970
263	NC_017060	CGGCA	2	10	420141	420150	20 %	0 %	40 %	40 %	384527971
264	NC_017060	ATCCT	2	10	420743	420752	20 %	40 %	0 %	40 %	384527971
265	NC_017060	TGGTC	2	10	422487	422496	0 %	40 %	40 %	20 %	384527973
266	NC_017060	ATTCC	2	10	423833	423842	20 %	40 %	0 %	40 %	384527975
267	NC_017060	CTGAT	2	10	426810	426819	20 %	40 %	20 %	20 %	384527979
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269	NC_017060	TCTCA	2	10	428145	428154	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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370	NC_017060	GCGCC	2	10	565346	565355	0 %	0 %	40 %	60 %	384528101
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.